Albin Gustav Sandelin
Professor
Bioinformatik og RNA Biologi
Ole Maaløes Vej 5
2200 København N.
- 2024
- Udgivet
JASPAR 2024: 20th anniversary of the open-access database of transcription factor binding profiles
Rauluseviciute, I., Riudavets-puig, R., Blanc-mathieu, R., Castro-mondragon, J., Ferenc, K., Kumar, V., Lemma, R. B., Lucas, J., Chèneby, J., Baranasic, D., Khan, A., Fornes, O., Gundersen, S., Johansen, M., Hovig, E., Lenhard, B., Sandelin, Albin Gustav, Wasserman, W., Parcy, F. & Mathelier, A., 2024, I: Nucleic Acids Symposium Series. 52, D1, s. D174–D182 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2023
- Udgivet
Chronic acidosis rewires cancer cell metabolism through PPARα signaling
Rolver, M. G., Holland, L. K. K., Ponniah, M., Prasad, N. S., Yao, Jiayi, Schnipper, J., Kramer, S., Elingaard-Larsen, L., Pedraz-Cuesta, E., Liu, B., Pardo, L. A., Maeda, K., Sandelin, Albin Gustav & Pedersen, Stine Helene Falsig, 2023, I: International Journal of Cancer. 152, 8, 17 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Crosstalk between tumor acidosis, p53 and extracellular matrix regulates pancreatic cancer aggressiveness
Czaplinska, D., Ialchina, Renata, Andersen, Henriette Berg, Yao, Jiayi, Stigliani, Arnaud, Dannesboe, Johs, Flinck, M., Chen, X., Mitrega, J., Gnosa, S. P., Dmytriyeva, O., Alves, F., Napp, J., Sandelin, Albin Gustav & Pedersen, Stine Helene Falsig, 2023, I: International Journal of Cancer. 152, 6, s. 1210-1225 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Detecting host responses to microbial stimulation using primary epithelial organoids
Lange, Jette Bornholdt, Müller, C. V., Nielsen, M. J., Strickertsson, J., Rago, D., Chen, Y., Maciag, Grzegorz Jerzy, Skov, Jonathan, Wellejus, A., Schweiger, P. J., Hansen, Stine Lind, Broholm, C., Gögenur, Ismail, Maimets, Martti, Sloth, S., Hendel, J., Baker, A., Sandelin, Albin Gustav & Jensen, Kim Bak, 2023, I: Gut Microbes. 15, 2, 16 s., 2281012.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Lactate receptor GPR81 drives breast cancer growth and invasiveness through regulation of ECM properties and Notch ligand DLL4
Jørgensen, Kathrine Lundø, Dmytriyeva, O., Spøhr, L., Alves, Eliana Carolina Goncalves, Yao, Jiayi, Puig Blasco, Laia, Trauelsen, Mette, Ponniah, M., Severin, M., Sandelin, Albin Gustav, Kveiborg, Marie, Schwartz, Thue W. & Pedersen, Stine Helene Falsig, 2023, I: BMC Cancer. 23, 1, 20 s., 1136.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Transcriptional and epigenomic profiling identifies YAP signaling as a key regulator of intestinal epithelium maturation
Pikkupeura, Laura Maarit, Bardini Bressan, Raul, Guiu, J., Chen, Y., Maimets, Martti, Mayer, Daniela, Schweiger, P. J., Hansen, Stine Lind, Maciag, Grzegorz Jerzy, Larsen, Hjalte List, Lõhmussaar, Kadi, Pedersen, M. T., Teves, Joji Marie Yap, Lange, Jette Bornholdt, Benes, V., Sandelin, Albin Gustav & Jensen, Kim Bak, 2023, I: Science Advances. 9, 28, 16 s., eadf9460.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2022
- Udgivet
Chromatin modifier HUSH co-operates with RNA decay factor NEXT to restrict transposable element expression
Garland, W., Müller, I., Wu, M., Schmid, M., Imamura, K., Rib, Leonor, Sandelin, Albin Gustav, Helin, K. & Jensen, T. H., 2022, I: Molecular Cell. 82, 9, s. 1691-1707.e8Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Computational identification of signals predictive for nuclear RNA exosome degradation pathway targeting
Wu, M., Schmid, M., Jensen, T. H. & Sandelin, Albin Gustav, 2022, I: NAR Genomics and Bioinformatics. 4, 3, 18 s., lqac071.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
JASPAR 2022: the 9th release of the open-access database of transcription factor binding profiles
Castro-Mondragon, J. A., Riudavets-Puig, R., Rauluseviciute, I., Lemma, R. B., Turchi, L., Blanc-Mathieu, R., Lucas, J., Boddie, P., Khan, A., Perez, N. M., Fornes, O., Leung, T. Y., Aguirre, A., Hammal, F., Schmelter, D., Baranasic, D., Ballester, B., Sandelin, A., Lenhard, B., Vandepoele, K. & 3 flere, , 2022, I: Nucleic acids symposium series. 50, D1, s. D165-D173 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Mesenchymal-epithelial crosstalk shapes intestinal regionalisation via Wnt and Shh signalling
Maimets, Martti, Pedersen, M. T., Guiu, J., Dreier, J., Thodberg, Malte, Antoku, Yasuko, Schweiger, P. J., Rib, Leonor, Bardini Bressan, Raul, Miao, Y., Garcia, K. C., Sandelin, Albin Gustav, Serup, Palle & Jensen, Kim Bak, 2022, I: Nature Communications. 13, 12 s., 715.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
PAMP-triggered genetic reprogramming involves widespread alternative transcription initiation and an immediate transcription factor wave
Thieffry, A., López Márquez, Diego, Lange, Jette Bornholdt, Gholami Malekroudi, M., Bressendorff, Simon, Barghetti, A., Sandelin, Albin Gustav & Brodersen, Peter, 2022, I: The Plant Cell. 34, 7, 23 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2021
- Udgivet
Discovery of widespread transcription initiation at microsatellites predictable by sequence-based deep neural network
Grapotte, M., Saraswat, M., Bessière, C., Menichelli, C., Ramilowski, J. A., Severin, J., Hayashizaki, Y., Itoh, M., Tagami, M., Murata, M., Kojima-Ishiyama, M., Noma, S., Noguchi, S., Kasukawa, T., Hasegawa, A., Suzuki, H., Nishiyori-Sueki, H., Frith, M. C., Abugessaisa, I., Aitken, S. & 31 flere, , 2021, I: Nature Communications. 12, 18 s., 3297.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genomic Stability and Phenotypic Characteristics of Industrially Produced Lacticaseibacillus rhamnosus GG in a Yogurt Matrix
Strickertsson, Marianne Stage, Hui, Y., Nielsen, Dennis Sandris, Vera-Jimenéz, N. I., Olsen, J., Sandelin, Albin Gustav & Wichmann, A., 2021, I: Applied and Environmental Microbiology. 87, 24, 18 s., e01575-21.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
TrancriptomeReconstructoR: data-driven annotation of complex transcriptomes
Ivanov, M., Sandelin, Albin Gustav & Marquardt, Sebastian, 2021, I: BMC Bioinformatics. 22, 15 s., 290.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2020
- Udgivet
Personalized B cell response to the Lactobacillus rhamnosus GG probiotic in healthy human subjects: a randomized trial
Lange, Jette Bornholdt, Chen, Y., Rago, Alfredo, Sloth, S., Hendel, J., Melsæther, C., Müller, C. V., Juul Nielsen, M., Strickertsson, J., Engelholm, Lars Henning, Vitting-Seerup, K., Jensen, Kim Bak, Baker, A. & Sandelin, Albin Gustav, 9 nov. 2020, I: Gut Microbes. 12, 1, s. 1-14 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Lactobacillus rhamnosus GG Genomic and Phenotypic Stability in an Industrial Production Process
Strickertsson, Marianne Stage, Wichmann, A., Jørgensen, M., Vera-Jimenéz, N. I., Wielje, M., Nielsen, Dennis Sandris, Sandelin, Albin Gustav, Chen, Y. & Baker, A., 2020, I: Applied and Environmental Microbiology. 86, 6, 15 s., e02780-19.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A Two-Layered Targeting Mechanism Underlies Nuclear RNA Sorting by the Human Exosome
Wu, G., Schmid, M., Rib, Leonor, Polak, P., Meola, N., Sandelin, Albin Gustav & Jensen, T. H., 2020, I: Cell Reports. 30, 7, s. 2387-2401, e1-e5Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cancer Cell Acid Adaptation Gene Expression Response is Correlated to Tumor-Specific Tissue Expression Profiles and Patient Survival
Yao, Jiayi, Czaplinska, D., Ialchina, Renata, Schnipper, J., Liu, B., Sandelin, Albin Gustav & Pedersen, Stine Helene Falsig, 2020, I: Cancers. 12, 8, 27 s., 2183.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Characterization of Arabidopsis thaliana Promoter Bidirectionality and Antisense RNAs by Inactivation of Nuclear RNA Decay Pathways
Thieffry, A., Vigh, Maria Louisa, Lange, Jette Bornholdt, Ivanov, M., Brodersen, Peter & Sandelin, Albin Gustav, 2020, I: The Plant Cell. 32, 6, s. 1845-1867 23 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Determinants of enhancer and promoter activities of regulatory elements
Andersson, Robin & Sandelin, Albin Gustav, 2020, I: Nature Reviews Genetics. 21, 2, s. 71-87 17 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Functional annotation of human long noncoding RNAs via molecular phenotyping
Ramilowski, J. A., Yip, C. W., Agrawal, S., Chang, J-C., Ciani, Y., Kulakovskiy, I. V., Mendez, M., Ooi, J. L. C., Ouyang, J. F., Parkinson, N., Petri, A., Roos, L., Severin, J., Yasuzawa, K., Abugessaisa, I., Akalin, A., Antonov, I. V., Arner, E., Bonetti, A., Bono, H. & 96 flere, , 2020, I: Genome Research. 30, 7, s. 1060-1072 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
JASPAR 2020: update of the open-access database of transcription factor binding profiles
Fornes, O., Castro-Mondragon, J. A., Khan, A., van der Lee, R., Zhang, X., Richmond, P. A., Modi, B. P., Correard, S., Gheorghe, M., Baranašić, D., Santana-Garcia, W., Tan, G., Chèneby, J., Ballester, B., Parcy, F., Sandelin, Albin Gustav, Lenhard, B., Wasserman, W. W. & Mathelier, A., 2020, I: Nucleic Acids Research. 48, D1, s. D87-D92 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Organismal benefits of transcription speed control at gene boundaries
Leng, Xueyuan, Ivanov, M., Kindgren, P., Malik, I., Thieffry, A., Brodersen, Peter, Sandelin, Albin Gustav, Kaplan, C. D. & Marquardt, Sebastian, 2020, I: EMBO Reports. 21, 4, 16 s., e49315.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The RNA exosome shapes the expression of key protein-coding genes
Wu, M., Karadoulama, Evdoxia, Lloret-llinares, M., Rouviere, J. O., Vaagensø, C. S., Moravec, M., Li, B., Wang, J., Wu, G., Gockert, M. A. M., Pelechano, V., Jensen, T. H. & Sandelin, Albin Gustav, 2020, I: Nucleic Acids Research. 48, 15, s. 8509-8528Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2019
- Udgivet
A step-by-step guide to analyzing CAGE data using R/Bioconductor
Thodberg, Malte & Sandelin, Albin Gustav, 18 jun. 2019, I: F1000Research. 8, 49 s., 886.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 5007
Flest downloads
-
3479
downloads
spliceR: an R package for classification of alternative splicing and prediction of coding potential from RNA-seq data
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
3332
downloads
Prediction of RNA Polymerase II recruitment, elongation and stalling from histone modification data
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
2984
downloads
Multivariate Hawkes process models of the occurrence of regulatory elements
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet