Kresten Lindorff-Larsen

Kresten Lindorff-Larsen

Professor


  1. 2024
  2. Udgivet

    A mutational atlas for Parkin proteostasis

    Clausen, L., Voutsinos, Vasileios, Cagiada, Matteo, Johansson, Kristoffer Enøe, Grønbæk-Thygesen, Martin, Nariya, S., Powell, R. L., Have, M. K. N., Østergaard, Vibe Hallundbæk, Stein, Amelie, Fowler, D. M., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2024, I: Nature Communications. 15, 1, 17 s., 1541.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  3. Udgivet

    Conformational ensembles of the human intrinsically disordered proteome

    Tesei, Giulio, Trolle, A. I., Jonsson, Nicolas, Betz, J., Knudsen, F. E., Pesce, Francesco, Johansson, Kristoffer Enøe & Lindorff-Larsen, Kresten, 2024, I: Nature. 626, s. 897-904 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  4. Udgivet

    FRETpredict: a Python package for FRET efficiency predictions using rotamer libraries

    Montepietra, D., Tesei, Giulio, Martins, J. M., Kunze, M. B. A., Best, R. B. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2024, I: Communications Biology . 7, 1, 10 s., 298.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  5. 2023
  6. Udgivet

    Fitting Force Field Parameters to NMR Relaxation Data

    Kümmerer, Felix, Orioli, S. & Lindorff-Larsen, Kresten, 5 jun. 2023, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 19, 12, s. 3741-3751 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  7. Udgivet

    A comprehensive map of human glucokinase variant activity

    Andersen, Sarah Gersing, Cagiada, Matteo, Gebbia, M., Gjesing, A. P., Coté, A. G., Seesankar, G., Li, R., Tabet, D., Weile, J., Stein, Amelie, Gloyn, A. L., Hansen, Torben, Roth, F. P., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2023, I: Genome Biology. 24, 1, 23 s., 97.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  8. Udgivet

    Accurate protein stability predictions from homology models

    Valanciute, A., Nygaard, L., Zschach, Henrike, Maglegaard Jepsen, M., Lindorff-Larsen, Kresten & Stein, Amelie, 2023, I: Computational and Structural Biotechnology Journal. 21, s. 66-73 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  9. Udgivet

    Activation and substrate specificity of the human P4-ATPase ATP8B1

    Dieudonné, T., Kümmerer, Felix, Laursen, M. J., Stock, C., Flygaard, R. K., Khalid, S., Lenoir, G., Lyons, J. A., Lindorff-Larsen, Kresten & Nissen, P., 2023, I: Nature Communications. 14, 1, 14 s., 7492.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  10. Udgivet

    Assessment of models for calculating the hydrodynamic radius of intrinsically disordered proteins

    Pesce, Francesco, Newcombe, Estella Anne, Seiffert, P., Tranchant, E. E., Olsen, Johan Gotthardt, Grace, C. R., Kragelund, Birthe Brandt & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: Biophysical Journal. 122, 2, s. 310-321 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  11. Udgivet

    Combining Experiments and Simulations to Examine the Temperature-Dependent Behavior of a Disordered Protein

    Pesce, Francesco & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: Journal of Physical Chemistry B. 127, 28, s. 6277-6286 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Conformational and oligomeric states of SPOP from small-angle X-ray scattering and molecular dynamics simulations

    Thomasen, Emil, Cuneo, M. J., Mittag, T. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: eLife. 12, 23 s., e84147.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  13. Udgivet

    Discovering functionally important sites in proteins

    Cagiada, Matteo, Bottaro, S., Lindemose, Søren, Schenstrøm, S. M., Stein, Amelie, Hartmann-Petersen, Rasmus & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: Nature Communications. 14, 1, 13 s., 4175.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  14. Udgivet

    Folding of heterologous proteins in bacterial cell factories: Cellular mechanisms and engineering strategies

    Rong, Y., Jensen, S. I., Lindorff-Larsen, Kresten & Nielsen, A. T., 2023, I: Biotechnology Advances. 63, 21 s., 108079.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewfagfællebedømt

  15. Udgivet

    Global analysis of multi-mutants to improve protein function

    Johansson, Kristoffer Enøe, Lindorff-Larsen, Kresten & Winther, Jakob R., 2023, I: Journal of Molecular Biology. 435, 8, 15 s., 168034.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  16. Udgivet

    HSP70-binding motifs function as protein quality control degrons

    Abildgaard, A. B., Voutsinos, Vasileios, Petersen, S. D., Larsen, Fia Brunsgaard Valsted, Kampmeyer, Caroline, Johansson, Kristoffer Enøe, Stein, Amelie, Ravid, T., Andréasson, C., Jensen, M. K., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2023, I: Cellular and Molecular Life Sciences. 80, 1, 17 s., 32.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  17. Udgivet

    Improved predictions of phase behaviour of intrinsically disordered proteins by tuning the interaction range

    Tesei, Giulio & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: Open Research Europe. 2, 94, 24 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  18. Udgivet

    Integrated NMR/Molecular Dynamics Determination of the Ensemble Conformation of a Thermodynamically Stable CUUG RNA Tetraloop

    Oxenfarth, A., Kümmerer, Felix, Bottaro, S., Schnieders, R., Pinter, G., Jonker, H. R. A., Fürtig, B., Richter, C., Blackledge, M., Lindorff-Larsen, Kresten & Schwalbe, H., 2023, I: Journal of the American Chemical Society. 145, 30, s. 16557-16572 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  19. Udgivet

    Interpreting the molecular mechanisms of disease variants in human transmembrane proteins

    Tiemann, Johanna Katarina Sofie, Zschach, Henrike, Lindorff-Larsen, Kresten & Stein, Amelie, 2023, I: Biophysical Journal. 122, 11, 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  20. Udgivet

    Lynch syndrome, molecular mechanisms and variant classification

    Abildgaard, A. B., Nielsen, S., Bernstein, I., Stein, Amelie, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2023, I: British Journal of Cancer. 128, 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewfagfællebedømt

  21. Udgivet

    Plant YTHDF proteins are direct effectors of antiviral immunity against an N6-methyladenosine-containing RNA virus

    Martínez-Pérez, M., Aparicio, F., Arribas Hernandez, Laura, Tankmar, Mathias Due, Rennie, Sarah, von Bülow, Sören, Lindorff-Larsen, Kresten, Brodersen, Peter & Pallas, V., 2023, I: EMBO Journal. 42, 18, 17 s., e113378.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  22. Udgivet

    Prediction of Quality-control Degradation Signals in Yeast Proteins

    Johansson, Kristoffer Enøe, Mashahreh, B., Hartmann-Petersen, Rasmus, Ravid, T. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: Journal of Molecular Biology. 435, 2, 9 s., 167915.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  23. Udgivet

    Rapid protein stability prediction using deep learning representations

    Blaabjerg, Lasse Møller, Kassem, M. M., Good, L. L., Jonsson, Nicolas, Cagiada, Matteo, Johansson, Kristoffer Enøe, Boomsma, Wouter, Stein, Amelie & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: eLife. 12, 19 s., e82593.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  24. Udgivet

    Rare Catechol-O-methyltransferase Missense Variants Are Structurally Unstable Proteasome Targets

    Larsen, Fia Brunsgaard Valsted, Cagiada, Matteo, Dideriksen, J., Stein, Amelie, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2023, I: Biochemistry. 62, 8, 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  25. Udgivet

    Slow conformational changes in the rigid and highly stable chymotrypsin inhibitor 2

    Gavrilov, Y., Prestel, Andreas, Lindorff-Larsen, Kresten & Teilum, Kaare, 2023, I: Protein Science. 32, 4, 9 s., 4604.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  26. Udgivet

    The effect of linker conformation on performance and stability of a two-domain lytic polysaccharide monooxygenase

    Forsberg, Z., Stepnov, A. A., Tesei, Giulio, Wang, Yong, Buchinger, E., Kristiansen, S. K., Aachmann, F. L., Arleth, Lise, Eijsink, V. G. H., Lindorff-Larsen, Kresten & Courtade, G., 2023, I: Journal of Biological Chemistry. 299, 11, 17 s., 105262.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  27. Udgivet

    The prolactin receptor scaffolds Janus kinase 2 via co-structure formation with phosphoinositide-4,5-bisphosphate

    Araya-Secchi, R., Bugge, K., Seiffert, P., Petry, A., Haxholm, G. W., Lindorff-Larsen, Kresten, Pedersen, Stine Helene Falsig, Arleth, Lise & Kragelund, Birthe Brandt, 2023, I: eLife. 12, 27 s., e84645.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  28. Udgivet

    Tyrosine kinases compete for growth hormone receptor binding and regulate receptor mobility and degradation

    Chhabra, Y., Seiffert, P., Gormal, R. S., Vullings, M., Lee, C. M. M., Wallis, T. P., Dehkhoda, F., Indrakumar, S., Jacobsen, Nina Louise, Lindorff-Larsen, Kresten, Durisic, N., Waters, M. J., Meunier, F. A., Kragelund, Birthe Brandt & Brooks, A. J., 2023, I: Cell Reports. 42, 5, 26 s., 112490.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  29. Udgivet

    WASCO: A Wasserstein-based Statistical Tool to Compare Conformational Ensembles of Intrinsically Disordered Proteins

    González-Delgado, J., Sagar, A., Zanon, C., Lindorff-Larsen, Kresten, Bernadó, P., Neuvial, P. & Cortés, J., 2023, I: Journal of Molecular Biology. 435, 14, 11 s., 168053.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  30. 2022
  31. Udgivet

    14-fold increased prevalence of rare glucokinase gene variant carriers in unselected Danish patients with newly diagnosed type 2 diabetes

    Gjesing, A. P., Engelbrechtsen, L., Cathrine B. Thuesen, A., Have, C. T., Hollensted, M., Grarup, N., Linneberg, A., Steen Nielsen, J., Christensen, L. B., Thomsen, R. W., Johansson, K. E., Cagiada, M., Gersing, S., Hartmann-Petersen, R., Lindorff-Larsen, K., Vaag, A., Sørensen, H. T., Brandslund, I., Beck-Nielsen, H., Pedersen, O. & 2 flere, Rungby, Jørgen & Hansen, Torben, 2022, I: Diabetes Research and Clinical Practice. 194, 9 s., 110159.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  32. Udgivet

    A structural biology community assessment of AlphaFold2 applications

    Akdel, M., Pires, D. E., Porta Pardo, E., Jänes, J., Zalevsky, A. O., Meszaros, B., Bryant, P., Good, L. L., Laskowski, R. A., Pozzati, G., Shenoy, A., Zhu, W., Kundrotas, P., Serra, V. R., Rodrigues, C. H. M., Dunham, A. S., Burke, D., Borkakoti, N., Velankar, S., Frost, A. & 14 flere, Basquin, J., Lindorff-Larsen, Kresten, Bateman, A., Kajava, A., Valencia, A., Ovchinnikov, S., Durairaj, J., Ascher, D. B., Thornton, J. M., Davey, N. E., Stein, Amelie, Elofsson, A., Croll, T. & Beltrao, P., 2022, I: Nature Structural & Molecular Biology. 29, 11, 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  33. Udgivet

    Co-evolution of drug resistance and broadened substrate recognition in HIV protease variants isolated from an Escherichia coli genetic selection system

    Koivisto, J. M., Poulsen, N. R., Larsen, B. S., Weibull, M. G. M., Stein, Amelie, Doro, F., Winther, Jakob R., Lindorff-Larsen, Kresten & Willemoës, Martin, 2022, I: The Biochemical journal. 479, 4, s. 479-501

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  34. Udgivet

    Conformational ensembles of intrinsically disordered proteins and flexible multidomain proteins

    Thomasen, Emil & Lindorff-Larsen, Kresten, 2022, I: Biochemical Society Transactions. 50, 1, s. 541-554 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewfagfællebedømt

  35. Udgivet

    Conserved conformational dynamics determine enzyme activity

    Torgeson, K. R., Clarkson, M. W., Granata, D., Lindorff-Larsen, Kresten, Page, R. & Peti, W., 2022, I: Science Advances. 8, 31, 10 s., eabo5546.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  36. Udgivet

    Conserved degronome features governing quality control associated proteolysis

    Mashahreh, B., Armony, S., Johansson, Kristoffer Enøe, Chappleboim, A., Friedman, N., Gardner, R. G., Hartmann-Petersen, Rasmus, Lindorff-Larsen, Kresten & Ravid, T., 2022, I: Nature Communications. 13, 1, 13 s., 7588.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  37. Udgivet

    Cryo-EM structure of the human NKCC1 transporter reveals mechanisms of ion coupling and specificity

    Neumann, C., Rosenbæk, L. L., Flygaard, R. K., Habeck, M., Karlsen, J. L., Wang, Yong, Lindorff-Larsen, Kresten, Gad, H. H., Hartmann, R., Lyons, J. A., Fenton, R. A. & Nissen, P., 2022, I: EMBO Journal. 41, 23, 15 s., e110169.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  38. Udgivet

    Deciphering the Alphabet of Disorder-Glu and Asp Act Differently on Local but Not Global Properties

    Roesgaard, M. A., Lundsgaard, J. E., Newcombe, Estella Anne, Jacobsen, Nina Louise, Pesce, Francesco, Tranchant, E. E., Lindemose, Søren, Prestel, Andreas, Hartmann-Petersen, Rasmus, Lindorff-Larsen, Kresten & Kragelund, Birthe Brandt, 2022, I: Biomolecules. 12, 10, 19 s., 1426.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  39. Udgivet

    Disease-linked mutations cause exposure of a protein quality control degron

    Kampmeyer, Caroline, Larsen-Ledet, Sven, Wagnkilde, M. R., Michelsen, M., Iversen, Henriette Kring Mangor, Nielsen, S. V., Lindemose, Søren, Caregnato, A., Ravid, T., Stein, Amelie, Teilum, Kaare, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2022, I: Structure. 30, 9, s. 1245-1253.e5

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  40. Udgivet

    Double Mutant of Chymotrypsin Inhibitor 2 Stabilized through Increased Conformational Entropy

    Gavrilov, Y., Kümmerer, Felix, Orioli, S., Prestel, Andreas, Lindorff-Larsen, Kresten & Teilum, Kaare, 2022, I: Biochemistry. 61, 3, s. 160-170 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  41. Udgivet

    Effect of naturally-occurring mutations on the stability and function of cancer-associated NQO1: Comparison of experiments and computation

    Pacheco-Garcia, J. L., Cagiada, Matteo, Tienne-Matos, K., Salido, E., Lindorff-Larsen, Kresten & L. Pey, A., 2022, I: Frontiers in Molecular Biosciences. 9, 17 s., 1063620.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  42. Udgivet

    IL-2 is inactivated by the acidic pH environment of tumors enabling engineering of a pH-selective mutein

    Gaggero, S., Martinez-Fabregas, J., Cozzani, A., Fyfe, P. K., Leprohon, M., Yang, J., Thomasen, F. E., Winkelmann, H., Magnez, R., Conti, A. G., Wilmes, S., Pohler, E., van Gijsel Bonnello, M., Thuru, X., Quesnel, B., Soncin, F., Piehler, J., Lindorff-Larsen, K., Roychoudhuri, R., Moraga, I. & 1 flere, Mitra, S., 2022, I: Science immunology. 7, 78, 15 s., eade5686.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  43. Udgivet

    Improving Martini 3 for Disordered and Multidomain Proteins

    Thomasen, Emil, Pesce, Francesco, Roesgaard, M. A., Tesei, Giulio & Lindorff-Larsen, Kresten, 2022, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 18, 4, s. 2033-2041 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  44. Udgivet

    Increasing protein stability by inferring substitution effects from high-throughput experiments

    Norrild, R. K., Johansson, Kristoffer Enøe, O'Shea, Charlotte, Morth, J. P., Lindorff-Larsen, Kresten & Winther, Jakob R., 2022, I: Cell Reports Methods. 2, 11, 11 s., 100333.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  45. Udgivet

    Mg2+-dependent conformational equilibria in CorA and an integrated view on transport regulation

    Johansen, Nicolai Tidemand, Bonaccorsi, M., Bengtsen, T., Nørgrd Larsen, Andreas, Tidemand, Frederik Grønbæk, Pedersen, M. C., Huda, P., Berndtsson, J., Darwish, T., Yepuri, N. R., Martel, A., Pomorski, Thomas Guenther, Bertarello, A., Sansom, M., Rapp, M., Crehuet, R., Schubeis, T., Lindorff-Larsen, Kresten, Pintacuda, G. & Arleth, Lise, 2022, I: eLife. 11, 35 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  46. Udgivet

    Predicting and interpreting large-scale mutagenesis data using analyses of protein stability and conservation

    Høie, M. H., Cagiada, Matteo, Frederiksen, A. H. B., Stein, Amelie & Lindorff-Larsen, Kresten, 2022, I: Cell Reports. 38, 2, 15 s., 110207.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  47. Udgivet

    The covalent reactivity of functionalized 5-hydroxy-butyrolactams is the basis for targeting of fatty acid binding protein 5 (FABP5) by the neurotrophic agent MT-21

    Svenningsen, E. B., Ottosen, R. N., Jørgensen, K. H., Nisavic, M., Larsen, C. K., Hansen, B. K., Wang, Yong, Lindorff-Larsen, Kresten, Tørring, T., Hacker, S. M., Palmfeldt, J. & Poulsen, T. B., 2022, I: RSC Chemical Biology. 3, 10, s. 1216-1229 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  48. Udgivet

    The role of water coordination in the pH-dependent gating of hAQP10

    Truelsen, S. F., Missel, Julie Winkel, Gotfryd, K., Pedersen, Per Amstrup, Gourdon, Pontus Emanuel, Lindorff-Larsen, Kresten & Hélix-Nielsen, C., 2022, I: B B A - Biomembranes. 1864, 1, 13 s., 183809.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  49. Udgivet

    Transient exposure of a buried phosphorylation site in an autoinhibited protein

    Orioli, S., Henning Hansen, C. G. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2022, I: Biophysical Journal. 121, 1, s. 91-101 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  50. 2021
  51. Udgivet

    VM i molekylære puslespil

    Abildgaard, A. B., Winther, Jakob R., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 16 apr. 2021, I: Weekendavisen: Ideer. 15, s. 11

    Publikation: Bidrag til tidsskriftBidrag til avis - Kronik

  52. Udgivet

    Molekylære stavefejl

    Abildgaard, A. B., Winther, Jakob R., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 28 jan. 2021, I: Weekendavisen, Ideer.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftBidrag til avis - Kronik

  53. Udgivet

    A dual-reporter system for investigating and optimizing protein translation and folding in E. coli

    Zutz, A., Hamborg, L., Pedersen, L. E., Kassem, M. M., Papaleo, E., Koza, A., Herrgård, M. J., Ingemann Jensen, S., Teilum, Kaare, Lindorff-Larsen, Kresten & Nielsen, A. T., 2021, I: Nature Communications. 12, 15 s., 6093.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  54. Udgivet

    Accurate model of liquid-liquid phase behavior of intrinsically disordered proteins from optimization of single-chain properties

    Tesei, Giulio, Schulze, T. K., Crehuet, R. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2021, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 118, 44, 10 s., e2111696118.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  55. Udgivet

    Architecture and assembly dynamics of the essential mitochondrial chaperone complex TIM9·10·12

    Weinhäupl, K., Wang, Yong, Hessel, A., Brennich, M., Lindorff-Larsen, Kresten & Schanda, P., 2021, I: Structure. 29, 9, s. 1065-1073.e4

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  56. Udgivet

    Charge Interactions in a Highly Charge-Depleted Protein

    Hervø-Hansen, S., Højgaard, C., Johansson, Kristoffer Enøe, Wang, Yong, Wahni, K., Young, D., Messens, J., Teilum, Kaare, Lindorff-Larsen, Kresten & Winther, Jakob R., 2021, I: Journal of the American Chemical Society. 143, 6, s. 2500-2508 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  57. Udgivet

    Computational and Experimental Assessment of Backbone Templates for Computational Redesign of the Thioredoxin Fold

    Marin, Frederikke Isa, Johansson, Kristoffer Enøe, O'Shea, Charlotte, Lindorff-Larsen, Kresten & Winther, Jakob R., 2021, I: The Journal of Physical Chemistry B. 125, 40, s. 11141-11149

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  58. Udgivet
  59. Udgivet

    Conformational Ensembles of Noncoding Elements in the SARS-CoV-2 Genome from Molecular Dynamics Simulations

    Bottaro, S., Bussi, G. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2021, I: Journal of the American Chemical Society. 143, 22, s. 8333-8343

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  60. Udgivet
  61. Udgivet

    DEER-PREdict: Software for efficient calculation of spin-labeling EPR and NMR data from conformational ensembles

    Tesei, Giulio, Martins, J. M., Kunze, M. B. A., Wang, Yong, Crehuet, R. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2021, I: PLOS Computational Biology. 17, 1, 18 s., e1008551.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  62. Udgivet

    Ensuring scientific reproducibility in bio-macromolecular modeling via extensive, automated benchmarks

    Koehler Leman, J., Lyskov, S., Lewis, S. M., Adolf-Bryfogle, J., Alford, R. F., Barlow, K., Ben-Aharon, Z., Farrell, D., Fell, J., Hansen, W. A., Harmalkar, A., Jeliazkov, J., Kuenze, G., Krys, J. D., Ljubetič, A., Loshbaugh, A. L., Maguire, J., Moretti, R., Mulligan, V. K., Nance, M. L. & 30 flere, Nguyen, P. T., Ó Conchúir, S., Roy Burman, S. S., Samanta, R., Smith, S. T., Teets, F., Tiemann, Johanna Katarina Sofie, Watkins, A., Woods, H., Yachnin, B. J., Bahl, C. D., Bailey-Kellogg, C., Baker, D., Das, R., DiMaio, F., Khare, S. D., Kortemme, T., Labonte, J. W., Lindorff-Larsen, Kresten, Meiler, J., Schief, W., Schueler-Furman, O., Siegel, J. B., Stein, Amelie, Yarov-Yarovoy, V., Kuhlman, B., Leaver-Fay, A., Gront, D., Gray, J. J. & Bonneau, R., 2021, I: Nature Communications. 12, 15 s., 6947.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  63. Udgivet

    Fitting Side-Chain NMR Relaxation Data Using Molecular Simulations

    Kümmerer, Felix, Orioli, S., Harding-Larsen, D., Hoffmann, F., Gavrilov, Y., Teilum, Kaare & Lindorff-Larsen, Kresten, 2021, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 17, 8, s. 5262-5275 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  64. Udgivet

    Force Field Effects in Simulations of Flexible Peptides with Varying Polyproline II Propensity

    Jephthah, S., Pesce, Francesco, Lindorff-Larsen, Kresten & Skepö, M., 2021, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 17, 10, s. 6634-6646 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  65. Udgivet

    Insight into Calcium-Binding Motifs of Intrinsically Disordered Proteins

    Newcombe, Estella Anne, Fernandes, Catarina, Lundsgaard, J. E., Brakti, Inna, Lindorff-Larsen, Kresten, Langkilde, Annette Eva, Skriver, Karen & Kragelund, Birthe Brandt, 2021, I: Biomolecules. 11, 8, 17 s., 1173.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  66. Udgivet

    Interplay of folded domains and the disordered low-complexity domain in mediating hnRNPA1 phase separation

    Martin, E. W., Thomasen, Emil, Milkovic, N. M., Cuneo, M. J., Grace, C. R., Nourse, A., Lindorff-Larsen, Kresten & Mittag, T., 2021, I: Nucleic Acids Research. 49, 5, s. 2931-2945 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  67. Udgivet

    Linking thermodynamics and measurements of protein stability

    Lindorff-Larsen, Kresten & Teilum, Kaare, 2021, I: Protein engineering, design & selection : PEDS. 34, 13 s., gzab002.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewfagfællebedømt

  68. Udgivet
  69. Udgivet

    Multiplexed assays reveal effects of missense variants in MSH2 and cancer predisposition

    Nielsen, S. V., Hartmann-Petersen, Rasmus, Stein, Amelie & Lindorff-Larsen, Kresten, 2021, I: PLOS Genetics. 17, 4, 6 s., e1009496.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  70. Udgivet
  71. Udgivet

    Order and disorder - An integrative structure of the full-length human growth hormone receptor

    Kassem, N., Araya-Secchi, R., Bugge, K., Barclay, A., Steinocher, H., Khondker, A., Wang, Yong, Lenard, A. J., Bürck, J., Sahin, Cagla, Ulrich, A. S., Landreh, M., Pedersen, M. C., Rheinstädter, M. C., Pedersen, Per Amstrup, Lindorff-Larsen, Kresten, Arleth, Lise & Kragelund, Birthe Brandt, 2021, I: Science Advances. 7, 27, 20 s., eabh3805.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  72. Udgivet

    Properdin oligomers adopt rigid extended conformations supporting function

    Pedersen, D. V., Pedersen, M. N., Mazarakis, S. M. M., Wang, Yong, Lindorff-Larsen, Kresten, Arleth, Lise & Andersen, G. R., 2021, I: eLife. 10, 22 s., e63356.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  73. Udgivet

    Refinement of α-Synuclein Ensembles Against SAXS Data: Comparison of Force Fields and Methods

    Ahmed, M. C., Skaanning, L. K., Jussupow, A., Newcombe, Estella Anne, Kragelund, Birthe Brandt, Camilloni, C., Langkilde, Annette Eva & Lindorff-Larsen, Kresten, 2021, I: Frontiers in Molecular Biosciences. 8, 13 s., 654333.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  74. Udgivet

    Refining conformational ensembles of flexible proteins against small-angle x-ray scattering data

    Pesce, Francesco & Lindorff-Larsen, Kresten, 2021, I: Biophysical Journal. 120, 22, s. 5124-5135 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  75. Udgivet

    Structural and functional variation of chitin-binding domains of a lytic polysaccharide monooxygenase from Cellvibrio japonicus

    Madland, E., Forsberg, Z., Wang, Yong, Lindorff-Larsen, Kresten, Niebisch, A., Modregger, J., Eijsink, V. G. H., Aachmann, F. L. & Courtade, G., 2021, I: Journal of Biological Chemistry. 297, 4, 17 s., 101084.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  76. Udgivet

    Synergistic stabilization of a double mutant in chymotrypsin inhibitor 2 from a library screen in E. coli

    Hamborg, L., Granata, D., Olsen, Johan Gotthardt, Roche, J. V., Pedersen, L. E., Nielsen, A. T., Lindorff-Larsen, Kresten & Teilum, Kaare, 2021, I: Communications Biology . 4, 9 s., 980.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  77. Udgivet

    Ubiquitin Interacting Motifs: Duality Between Structured and Disordered Motifs

    Lambrughi, M., Maiani, E., Fas, B. A., Shaw, G. S., Kragelund, Birthe Brandt, Lindorff-Larsen, Kresten, Teilum, Kaare, Invernizzi, G. & Papaleo, E., 2021, I: Frontiers in Molecular Biosciences. 8, 14 s., 676235.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  78. Udgivet

    Understanding the Origins of Loss of Protein Function by Analyzing the Effects of Thousands of Variants on Activity and Abundance

    Cagiada, Matteo, Johansson, Kristoffer Enøe, Valanciute, A., Nielsen, S. V., Hartmann-Petersen, Rasmus, Yang, J. J., Fowler, D. M., Stein, Amelie & Lindorff-Larsen, Kresten, 2021, I: Molecular Biology and Evolution. 38, 8, s. 3235-3246

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  79. 2020
  80. Udgivet

    Structure and dynamics of a nanodisc by integrating NMR, SAXS and SANS experiments with molecular dynamics simulations.

    Bengtsen, T., Midtgaard, S. R., Holm-Janas, Viktor, Kjølbye, L. R., Johansen, Nicolai Tidemand, Tesei, Giulio, Bottaro, S., Schiøtt, B., Arleth, Lise & Lindorff-Larsen, Kresten, 30 jul. 2020, I: eLife. 9, 24 s., e56518.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  81. Udgivet

    Small-angle Neutron Scattering Shows that the Solution Structures of the Bacterial Mg2+-Channel CorA are Overall Similar with and without Mg2+ Bound

    Arleth, Lise, Johansen, Nicolai Tidemand, Bengtsen, T., Larsen, A. H., Tidemand, Frederik Grønbæk, Pomorski, Thomas Guenther & Lindorff-Larsen, Kresten, 7 feb. 2020, I: Biophysical Journal. 118, 3, Suppl. 1, s. 12A 1 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceabstrakt i tidsskrift

  82. Udgivet

    Classifying disease-associated variants using measures of protein activity and stability

    Jepsen, M. M., Fowler, D. M., Hartmann-Petersen, Rasmus, Stein, Amelie & Lindorff-Larsen, Kresten, 2020, Protein Homeostasis Diseases: Mechanisms and Novel Therapies. Pey, A. L. (red.). Elsevier, s. 91-107

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt

  83. Udgivet

    Co-Chaperones in Targeting and Delivery of Misfolded Proteins to the 26S Proteasome

    Abildgaard, A. B., Andersen, Sarah Gersing, Larsen-Ledet, Sven, Nielsen, S. V., Stein, Amelie, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2020, I: Biomolecules. 10, 8, 24 s., 1141.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewfagfællebedømt

  84. Udgivet

    Combining molecular dynamics simulations with small-angle X-ray and neutron scattering data to study multi-domain proteins in solution

    Nørgrd Larsen, Andreas, Wang, Yong, Bottaro, S., Grudinin, S., Arleth, Lise & Lindorff-Larsen, Kresten, 2020, I: P L o S Computational Biology. 16, 4, 29 s., e1007870.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  85. Udgivet

    Computing, Analyzing, and Comparing the Radius of Gyration and Hydrodynamic Radius in Conformational Ensembles of Intrinsically Disordered Proteins

    Ahmed, M. C., Crehuet, R. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2020, Intrinsically Disordered Proteins: Methods and Protocols. Kragelund, B. B. & Skriver, K. (red.). Humana Press, s. 429-445 17 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 2141).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt

  86. Udgivet

    Folliculin variants linked to Birt-Hogg-Dubé syndrome are targeted for proteasomal degradation

    Bjørnkjær, Lene, Stein, Amelie, Grønbæk-Thygesen, Martin, Nygaard, L., Søltoft, C. L., Nielsen, S. V., Lisby, Michael, Ravid, T., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2020, I: PLOS Genetics. 16, 11, 28 s., e1009187.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  87. Udgivet

    Global analysis of protein stability by temperature and chemical denaturation

    Hamborg, L., Horsted, E. W., Johansson, Kristoffer Enøe, Willemoës, Martin, Lindorff-Larsen, Kresten & Teilum, Kaare, 2020, I: Analytical Biochemistry. 605, 7 s., 113863.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  88. Udgivet

    How to learn from inconsistencies: Integrating molecular simulations with experimental data

    Orioli, S., Nørgrd Larsen, Andreas, Bottaro, S. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2020, Computational Approaches for Understanding Dynamical Systems: Protein Folding and Assembly. Strodel, B. & Barz, B. (red.). Academic Press, s. 123-176 54 s. (Progress in Molecular Biology and Translational Science, Bind 170).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt

  89. Udgivet

    Integrating Molecular Simulation and Experimental Data: A Bayesian/Maximum Entropy Reweighting Approach

    Bottaro, S., Bengtsen, T. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2020, Structural Bioinformatics: Methods and Protocols. Gáspári, Z. (red.). Humana Press, s. 219-240 22 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 2112).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt

  90. Udgivet

    Integrating NMR and simulations reveals motions in the UUCG tetraloop

    Bottaro, S., Nichols, P. J., Vögeli, B., Parrinello, M. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2020, I: Nucleic Acids Research. 48, 11, s. 5839-5848 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  91. Udgivet

    Novel HARS2 missense variants identified in individuals with sensorineural hearing impairment and Perrault syndrome

    Karstensen, H. G., Rendtorff, N. D., Hindbæk, L. S., Colombo, R., Stein, Amelie, Birkebæk, N. H., Hartmann-Petersen, Rasmus, Lindorff-Larsen, Kresten, Højland, A. T., Petersen, M. B. & Tranebjærg, Lisbeth, 2020, I: European Journal of Medical Genetics. 63, 3, 6 s., 103733.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  92. Udgivet

    Protein Dynamics Enables Phosphorylation of Buried Residues in Cdk2/Cyclin-A-Bound p27

    Henriques, J. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2020, I: Biophysical Journal. 119, 10, s. 2010-2018 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  93. Udgivet

    Protein destabilization and degradation as a mechanism for hereditary disease

    Nielsen, S. V., Schenstrøm, S. M., Christensen, Caspar Elo, Stein, Amelie, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2020, Protein Homeostasis Diseases: Mechanisms and Novel Therapies. Pey, A. L. (red.). Elsevier, s. 111-125

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt

  94. Udgivet

    Structural basis of client specificity in mitochondrial membrane-protein chaperones

    Sučec, I., Wang, Yong, Dakhlaoui, O., Weinhäupl, K., Jores, T., Costa, D., Hessel, A., Brennich, M., Rapaport, D., Lindorff-Larsen, Kresten, Bersch, B. & Schanda, P., 2020, I: Science Advances. 6, 51, 15 s., eabd0263.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  95. Udgivet

    What Will Computational Modeling Approaches Have to Say in the Era of Atomistic Cryo-EM Data?

    Fraser, J. S., Lindorff-Larsen, Kresten & Bonomi, M., 2020, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 60, 5, s. 2410-2412 3 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKommentar/debatfagfællebedømt

  96. 2019
  97. Udgivet

    Molecular dynamics-guided discovery of an ago-allosteric modulator for GPR40/FFAR1

    Lückmann, Michael, Trauelsen, Mette, Bentsen, M. A., Nissen, T. A. D., Martins, J., Fallah, Z., Nygaard, M. M., Papaleo, E., Lindorff-Larsen, Kresten, Schwartz, Thue W. & Frimurer, Thomas Michael, 2 apr. 2019, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 116, 14, s. 7123-7128

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  98. Udgivet

    PSX, Protein-Solvent Exchange: software for calculation of deuterium-exchange effects in small-angle neutron scattering measurements from protein coordinates

    Pedersen, M. C., Wang, Yong, Tidemand, Frederik Grønbæk, Martel, A., Lindorff-Larsen, Kresten & Arleth, Lise, 2019, I: Journal of Applied Crystallography. 52, 6, s. 1427-1436 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  99. Udgivet

    A Multi-State Coarse-Grained Simulation Model Captures Conformational Cycling in P-Type ATPases

    Wang, Yong, Saleh, N., Chu, X. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2019, I: Biophysical Journal. 116, 3, suppl. 1, s. 300a 1484-Plat.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceabstrakt i tidsskriftfagfællebedømt

  100. Udgivet

    Allosteric modulation of the sarcoplasmic reticulum Ca2+ ATPase by thapsigargin via decoupling of functional motions

    Saleh, N., Wang, Yong, Nissen, P. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2019, I: Physical Chemistry Chemical Physics. 21, 39, s. 21991-21995

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  101. Udgivet

    Barnaba: software for analysis of nucleic acid structures and trajectories

    Bottaro, S., Bussi, G., Pinamonti, G., Reisser, S., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2019, I: RNA. 25, 2, s. 219-231

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  102. Udgivet

    Bayesian-Maximum-Entropy Reweighting of IDP Ensembles Based on NMR Chemical Shifts

    Crehuet, R., Buigues, P. J., Salvatella, X. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2019, I: Entropy. 21, 9, 17 s., 898.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  103. Udgivet

    Biophysical and Mechanistic Models for Disease-Causing Protein Variants

    Stein, Amelie, Fowler, D. M., Hartmann-Petersen, Rasmus & Lindorff-Larsen, Kresten, 2019, I: Trends in Biochemical Sciences. 44, 7, s. 575-588

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewfagfællebedømt

  104. Udgivet

    Computational and cellular studies reveal structural destabilization and degradation of MLH1 variants in Lynch syndrome

    Abildgaard, A. B., Stein, Amelie, Nielsen, S. V., Schultz-Knudsen, Katrine, Papaleo, E., Shrikhande, A., Hoffmann, Eva, Bernstein, I., Gerdes, Anne-Marie Axø, Takahashi, M., Ishioka, C., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2019, I: eLife. 8, 28 s., e49138 .

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  105. Udgivet

    Dissecting the statistical properties of the linear extrapolation method of determining protein stability

    Lindorff-Larsen, Kresten, 2019, I: Protein engineering, design & selection : PEDS. 32, 10, s. 471-479 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  106. Udgivet

    Fitting Corrections to an RNA Force Field Using Experimental Data

    Cesari, A., Bottaro, S., Lindorff-Larsen, Kresten, Banás, P., Sponer, J. & Bussi, G., 2019, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 15, 6, s. 3425-3431

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

Forrige 1 2 3 Næste

ID: 35228567