Biologisk Institut

 

 
  1. 2023
  2. Udgivet

    Congeneric temperate orchids recruit similar—yet differentially abundant—endophytic bacterial communities that are uncoupled from soil, but linked to host phenology and population size

    Kaur, J., Harder, Christoffer Bugge & Sharma, J., 2023, I: American Journal of Botany. 110, 5, 16 s., e16168.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  3. Udgivet

    Conjugative plasmids inhibit extracellular electron transfer in Geobacter sulfurreducens

    Fessler, M., Madsen, Jonas Stenløkke & Zhang, Y., 2023, I: Frontiers in Microbiology. 14, 12 s., 1150091.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  4. Udgivet

    Conservation implications of elucidating the Korean wolf taxonomic ambiguity through whole-genome sequencing

    Hernández-Alonso, G., Ramos-Madrigal, J., Sun, X., Scharff-Olsen, C. H., Sinding, M. H. S., Martins, N. F., Ciucani, M. M., Mak, S. S. T., Lanigan, L. T., Clausen, C. G., Bhak, J., Jeon, S., Kim, C., Eo, K. Y., Cho, S. H., Boldgiv, B., Gantulga, G., Unudbayasgalan, Z., Kosintsev, P. A., Stenøien, H. K. & 2 flere, Gilbert, M Thomas P & Gopalakrishnan, Shyam, 2023, I: Ecology and Evolution. 13, 8, 15 s., e10404.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  5. E-pub ahead of print

    Controlling biases in targeted plant removal experiments

    Monteux, S., Blume-Werry, G., Gavazov, K., Kirchhoff, L., Krab, E. J., Lett, Signe, Pedersen, Emily Pickering & Väisänen, M., 2023, (E-pub ahead of print) I: New Phytologist.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  6. Udgivet

    Convergent molecular evolution of thermogenesis and circadian rhythm in Arctic ruminants

    Li, M., Li, X., Wu, Z., Zhang, G., Wang, N., Dou, M., Liu, S., Yang, C., Meng, G., Sun, H., Hvilsom, C., Xie, G., Li, Y., Li, Z. H., Wang, W., Jiang, Y., Heller, Rasmus & Wang, Y., 2023, I: Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences. 290, 1999, 10 s., 20230538.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  7. Udgivet

    Cooperative antibiotic resistance facilitates horizontal gene transfer

    Wang, Q., Wei, S., Silva, A. F. & Madsen, Jonas Stenløkke, 2023, I: ISME Journal. 17, 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  8. Udgivet

    Cooperative microbial interactions drive spatial segregation in porous environments

    Wu, Y., Fu, C., Peacock, C. L., Sørensen, Søren Johannes, Redmile-Gordon, M. A., Xiao, K. Q., Gao, C., Liu, J., Huang, Q., Li, Z., Song, P., Zhu, Y., Zhou, J. & Cai, P., 2023, I: Nature Communications. 14, 1, 14 s., 4226.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  9. Udgivet

    Crosstalk between tumor acidosis, p53 and extracellular matrix regulates pancreatic cancer aggressiveness

    Czaplinska, D., Ialchina, Renata, Andersen, Henriette Berg, Yao, Jiayi, Stigliani, Arnaud, Dannesboe, Johs, Flinck, M., Chen, X., Mitrega, J., Gnosa, S. P., Dmytriyeva, O., Alves, F., Napp, J., Sandelin, Albin Gustav & Pedersen, Stine Helene Falsig, 2023, I: International Journal of Cancer. 152, 6, s. 1210-1225 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  10. Udgivet

    Cultivation and sequencing of commensal bacteria of the human gut through culture-based and metagenomics analyses

    ZOU, Y., 2023, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 154 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandling

  11. Udgivet

    DNA metabarcoding illuminates the contribution of small and very small prey taxa to the diet of lions

    Groen, K., Beekenkamp, S., de Iongh, H. H., Lesilau, F., Chege, M., Narisha, L., Veldhuis, M., Bertola, Laura, van Bodegom, P. M. & Trimbos, K. B., 2023, I: Environmental DNA. 5, 6, s. 1321-1331 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Deciphering regulatory mechanisms underlying gene co-activity

    van Duin, Lucas, 2023, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 131 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandling

  13. Udgivet

    Decoupled phylogenetic and functional diversity in European grasslands

    Večeřa, M., Axmanová, I., Chytrý, M., Divíšek, J., Ndiribe, C., Mones, G. V., Čeplová, N., Aćić, S., Bahn, M., Bergamini, A., Boenisch, G., Biurrun, I., Bruun, H. H., Byun, C., Catford, J. A., Cerabolini, B. E. L., Cornelissen, J. H. C., Dengler, J., Jansen, F., Jansen, S. & 17 flere, Kattge, J., Kozub, Ł., Kuzemko, A., Minden, V., Mitchell, R. M., Moeslund, J. E., Mori, A. S., Niinemets, Ü., Ruprecht, E., Rusina, S., Šilc, U., Soudzilovskaia, N. A., van Bodegom, P. M., Vassilev, K., Weiher, E., Wright, I. J. & Lososová, Z., 2023, I: Preslia. 95, 4, s. 413-445 33 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  14. Udgivet

    Deep integrative models for large-scale human genomics

    Sigurdsson, Arnór Ingi, Louloudis, Ioannis, Banasik, Karina, Westergaard, David, Winther, Ole, Lund, O., Ostrowski, Sisse Rye, Erikstrup, C., Pedersen, Ole Birger Vesterager, Nyegaard, Mette, Brunak, Søren, Vilhjálmsson, B. & Rasmussen, Simon, 2023, I: Nucleic Acids Symposium Series. 51, 12, 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  15. Udgivet

    Deep-sea sponge derived environmental DNA analysis reveals demersal fish biodiversity of a remote Arctic ecosystem

    Brodnicke, O. B., Meyer, H. K., Busch, K., Xavier, J. R., Knudsen, Steen Wilhelm, Møller, Peter Rask, Hentschel, U. H. & Sweet, M. J., 2023, I: Environmental DNA. 5, 6, s. 1405-1417 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  16. Udgivet

    Deep-sequencing of viral genomes from a large and diverse cohort of treatment-naive HIV-infected persons shows associations between intrahost genetic diversity and viral load

    INSIGHT START Study Group, I. S. S. G., 2023, I: PLOS Computational Biology. 19, 1, 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  17. Udgivet

    DeepPeptide predicts cleaved peptides in proteins using conditional random fields

    Teufel, Felix Georg, Refsgaard, J. C., Madsen, C. T., Stahlhut, C., Grønborg, M., Winther, Ole & Madsen, D., 2023, I: Bioinformatics (Oxford, England). 39, 10, 6 s., btad616.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  18. Udgivet

    Deepened snow in combination with summer warming increases growing season nitrous oxide emissions in dry tundra, but not in wet tundra

    Xu, W., Frendrup, L. L., Michelsen, Anders, Elberling, Bo & Ambus, Per Lennart, 2023, I: Soil Biology and Biochemistry. 180, 12 s., 109013.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  19. Udgivet

    Delayed benefits for fallow bucks: more fights decrease same day mating success, but increase matings the next day

    Bateman-Neubert, A., Briefer, Elodie & McElligott, A. G., 2023, I: Animal Behaviour. 200, s. 37-48 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  20. Udgivet

    Den danske checkliste over bier er blevet opdateret

    Madsen, Henning Bang, Calabuig, Isabel & Rasmussen, C., 2023

    Publikation: AndetUdgivelser på nettet - Net-publikationFormidling

  21. Udgivet

    Deorphanizing Peptides Using Structure Prediction

    Teufel, Felix Georg, Refsgaard, J. C., Kasimova, M. A., Deibler, K., Madsen, C. T., Stahlhut, C., Grønborg, M., Winther, Ole & Madsen, D., 2023, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 63, 9, 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  22. Udgivet

    DermX: An end-to-end framework for explainable automated dermatological diagnosis

    Jalaboi, R., Faye, F., Orbes-Arteaga, M., Jørgensen, D., Winther, Ole & Galimzianova, A., 2023, I: Medical Image Analysis. 83, 12 s., 102647.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  23. Udgivet

    Destabilization and degradation of Parkin and FLCN protein variants in hereditary disease

    Bjørnkjær, Lene, 2023, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 188 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandling

  24. Udgivet

    Detecting host responses to microbial stimulation using primary epithelial organoids

    Lange, Jette Bornholdt, Müller, C. V., Nielsen, M. J., Strickertsson, J., Rago, D., Chen, Y., Maciag, Grzegorz Jerzy, Skov, Jonathan, Wellejus, A., Schweiger, P. J., Hansen, Stine Lind, Broholm, C., Gögenur, Ismail, Maimets, Martti, Sloth, S., Hendel, J., Baker, A., Sandelin, Albin Gustav & Jensen, Kim Bak, 2023, I: Gut Microbes. 15, 2, 16 s., 2281012.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  25. Udgivet

    Determination of heavy metals (Pb, Cr, As, Hg, and Cd) into the body organs of selected fish, water, sediment, and soil samples from Head Punjnad and Head Taunsa, Punjab, Pakistan

    Iqbal, K. J., Khan, N., Fatima, M., Lashari, M. H., Asad, M., Ashraf, A., Fatima, H., Majeed, H., Baboo, I., Iqbal, K. J., Asghar, M., Saeed, Usama, Ali, W., Nazir, S., Bano, S. & Tanveer, A., 2023, I: PLoS ONE. 18, 9, 10 s., e0288163.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  26. Udgivet

    Development and application of new bioinformatic tools for large-scale population genomic study

    ZHANG, YONG, 2023, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 103 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandling

  27. Udgivet

    Development and validation of a minimally invasive and image-guided tape stripping method to sample atopic skin in children

    Yélamos, O., Andersen, D., Pont, M., Iglesias, P., Potrony, M., Domínguez, M., Herrero, A., Alejo, B., Mateu, J., Røpke, Mads Almose, Danneskiold-Samsøe, Niels Banhos, Malvehy, J., Guy, R. H., Brix, S. & Puig, S., 2023, I: Clinical and Experimental Dermatology. 48, 2, s. 80-88 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  28. Udgivet

    Development of a novel SRAP-SCAR marker for rapid identification of lager and ale types in brewer's yeast

    Liu, J., Cai, G., Li, X. & Lu, J., 2023, I: Molecular Biology Reports. 50, 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLetterfagfællebedømt

  29. Udgivet

    Did circular DNA shape the evolution of mammalian genomes?

    Holt, Sylvester, Arrey Tané, Gerard & Regenberg, Birgitte, 2023, I: Trends in Biochemical Sciences. 48, 4, 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  30. Udgivet

    Dietary diversity, sociality, and the evolution of ant gustation

    Smith, E. J., Vizueta Moraga, Joel, Younger, M. A. A., Mullen, S. P. P. & Traniello, J. F. A., 2023, I: Frontiers in Ecology and Evolution. 11, 9 s., 1175719.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewfagfællebedømt

  31. Udgivet

    Differential responses of the gut microbiome and resistome to antibiotic exposures in infants and adults

    Li, X., Brejnrod, A., Thorsen, J., Zachariasen, Trine, Trivedi, Urvish, Russel, J., Vestergaard, G. A., Stokholm, Jakob, Rasmussen, Morten Arendt & Sørensen, Søren Johannes, 2023, I: Nature Communications. 14, 1, 16 s., 8526.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  32. Udgivet

    Discovering functionally important sites in proteins

    Cagiada, Matteo, Bottaro, S., Lindemose, Søren, Schenstrøm, S. M., Stein, Amelie, Hartmann-Petersen, Rasmus & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: Nature Communications. 14, 1, 13 s., 4175.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  33. Udgivet

    Distribution patterns of selenium and its fractions in penguin and seal colony soil profiles in response to their population dynamics in maritime Antarctica

    Shui, Y., Ye, W., Zhang, W., Yuan, L., Jiao, Yi, Sun, B., Zang, H., Yin, X. & Zhu, R., 2023, I: Polar Biology. 46, 17 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  34. Udgivet

    Do Nitrogen and Phosphorus Additions Affect Nitrogen Fixation Associated with Tropical Mosses?

    Avila Clasen, Lina, Permin, Aya Tora Foged, Horwath, A. B., Metcalfe, D. B. & Rousk, Kathrin, 2023, I: Plants. 12, 7, 13 s., 1443.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  35. Udgivet

    DoxoDB: A Database for the Expression Analysis of Doxorubicin-Induced lncRNA Genes

    Distefano, R., Ilieva, M., Madsen, J. H., Rennie, Sarah & Uchida, S., 2023, I: Non-coding RNA. 9, 4, 24 s., 39.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  36. Udgivet
  37. Udgivet

    Drivers and ecology of Ceratium furcoides invasion of a Brazilian subtropical reservoir and its interaction with the phytoplankton community

    Rojas-Castillo, O. A., Pereira, L., Buffon, P. & de Souza Cardoso, L., 2023, I: Limnologica. 101, 13 s., 126080.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  38. Udgivet

    Drying of Springs in the Himalayan Region of Nepal: Perspectives of Local Government Leaders on Causes, Consequences, and Conservation Efforts

    Thapa, B., Bhattarai, C., Dahal, N., Tiwari, S. & Jacobsen, Dean, 2023, I: Mountain Research and Development. 43, 4, s. R9-R15 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  39. Udgivet

    Dynamic localization of the Na+-HCO3- co-transporter NBCn1 to the plasma membrane, centrosomes, spindle and primary cilia

    Severin, M., Pedersen, E. L., Borre, M. T., Axholm, I., Christiansen, F. B., Ponniah, M., Czaplinska, D., Larsen, T., Pardo, L. A. & Pedersen, Stine Helene Falsig, 2023, I: Journal of Cell Science. 136, 7, 20 s., jcs260687.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  40. Udgivet

    Dynamic social interactions and keystone species shape the diversity and stability of mixed-species biofilms – an example from dairy isolates

    Sadiq, F. A., De Reu, K., Steenackers, H., Van De Walle, A., Burmølle, Mette & Heyndrickx, M., 2023, I: ISME communications. 3, 1, 12 s., 118.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  41. Udgivet

    ERK and USP5 govern PD-1 homeostasis via deubiquitination to modulate tumor immunotherapy

    Xiao, X., Shi, J., He, C., Bu, X., Sun, Y., Gao, M., Xiang, B., Xiong, W., Dai, P., Mao, Q., Xing, X., Yao, Y., Yu, H., Xu, G., Li, S., Ren, Y., Chen, B., Jiang, C., Meng, G., Lee, Y. R. & 4 flere, Wei, W., Freeman, G. J., Xie, C. & Zhang, J., 2023, I: Nature Communications. 14, 1, 19 s., 2859.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  42. Udgivet

    Ecological Indicator Values for Europe (EIVE) 1.0

    Dengler, J., Jansen, F., Chusova, O., Hüllbusch, E., Nobis, M. P., Van Meerbeek, K., Axmanová, I., Bruun, H. H., Chytrý, M., Guarino, R., Karrer, G., Moeys, K., Raus, T., Steinbauer, M. J., Tichý, L., Tyler, T., Batsatsashvili, K., Bita-Nicolae, C., Didukh, Y., Diekmann, M. & 14 flere, Englisch, T., Fernández-Pascual, E., Frank, D., Graf, U., Hájek, M., Jelaska, S. D., Jiménez-Alfaro, B., Julve, P., Nakhutsrishvili, G., Ozinga, W. A., Ruprecht, E. K., Šilc, U., Theurillat, J. P. & Gillet, F., 2023, I: Vegetation Classification and Survey. 4, s. 7-29 23 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  43. Udgivet

    Ecological strategies of (pl)ants: Towards a world-wide worker economic spectrum for ants

    Gibb, H., Bishop, T. R., Leahy, L., Parr, C. L., Lessard, J., Sanders, N. J., Shik, Jonathan Z., Ibarra-Isassi, J., Narendra, A., Dunn, R. R. & Wright, I. J., 2023, I: Functional Ecology. 37, 1, 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  44. Udgivet

    Ecomorphological correlates of inner ear shape in Australian limb-reduced skinks (Scincidae: Sphenomorphini)

    Camaiti, M., Wiles, J., Aguilar, R., Hutchinson, M. N., Hipsley, Christy Anna, Chapple, D. G. & Evans, A. R., 2023, I: Zoological Journal of the Linnean Society. 199, 4, s. 994-1012 19 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  45. Udgivet

    Editorial: Signaling by primary cilia in development and disease

    Kim, S. E., Nechipurenko, I. & Christensen, Søren Tvorup, 2023, I: Frontiers in Cell and Developmental Biology. 11, 3 s., 1186367.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLederfagfællebedømt

  46. Udgivet

    Editorial: Long-read sequencing—Pitfalls, benefits and success stories

    Wohlers, I., Garg, S. & Hehir-Kwa, J. Y., 2023, I: Frontiers in Genetics. 13, 3 s., 1114542.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLederfagfællebedømt

  47. Udgivet

    Editorial: Drivers of host-microbiome interactions in the rhizosphere

    Topalovic, Olivera, Koorem, K. & Wilschut, R. A., 2023, I: Frontiers in Plant Science. 14, 3 s., 1294388.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLederfagfællebedømt

  48. Udgivet

    Effects of Glacial Flour on Marine Micro-plankton: Evidences from Natural Communities of Greenlandic Fjords and Experimental Studies

    Maselli, Maira, Meire, L., Meire, P. & Hansen, Per Juel, 2023, I: Protist. 174, 1, 17 s., 125928.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  49. Udgivet

    Effects of acid-adaptation on cancer cell acid-base regulation, metabolism and stemness

    Rolver, M. G., 2023, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 190 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandling

  50. Udgivet

    Eighty million years of rapid evolution of the primate Y chromosome

    Zhou, Y., Zhan, X., Jin, J., Zhou, L., Bergman, J., Li, X., Rousselle, M. M. C., Belles, M. R., Zhao, L., Fang, M., Chen, J., Fang, Q., Kuderna, L., Marques-Bonet, T., Kitayama, H., Hayakawa, T., Yao, Y. G., Yang, H., Cooper, D. N., Qi, X. & 3 flere, Wu, D. D., Schierup, M. H. & KU, thw266, 2023, I: Nature Ecology and Evolution. 7, 20 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  51. Udgivet

    Emerging roles of the CIP2A–TopBP1 complex in genome integrity

    Ummethum, Henning Ole, Li, Jiayi, Lisby, Michael & Østergaard, Vibe Hallundbæk, 2023, I: NAR Cancer. 5, 4, 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt