Albin Gustav Sandelin
Professor
Bioinformatik og RNA Biologi
Ole Maaløes Vej 5
2200 København N.
- Udgivet
Cross-species ChIP-seq studies provide insights into regulatory strategies of PPAR¿ in adipocytes
Schmidt, S. F., Jørgensen, M., Sandelin, Albin Gustav & Mandrup, S., 2012, I: Transcription. 3, 1, s. 19-24 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Crosstalk between tumor acidosis, p53 and extracellular matrix regulates pancreatic cancer aggressiveness
Czaplinska, D., Ialchina, Renata, Andersen, Henriette Berg, Yao, Jiayi, Stigliani, Arnaud, Dannesboe, Johs, Flinck, M., Chen, X., Mitrega, J., Gnosa, S. P., Dmytriyeva, O., Alves, F., Napp, J., Sandelin, Albin Gustav & Pedersen, Stine Helene Falsig, 2023, I: International Journal of Cancer. 152, 6, s. 1210-1225 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Deep transcriptome profiling of mammalian stem cells supports a regulatory role for retrotransposons in pluripotency maintenance
Fort, A., Hashimoto, K., Yamada, D., Salimullah, M., Keya, C. A., Saxena, A., Bonetti, A., Voineagu, I., Bertin, N., Kratz, A., Noro, Y., Wong, C-H., de Hoon, M., Andersson, R., Sandelin, A. G., Suzuki, H., Wei, C-L., Koseki, H., Hasegawa, Y., Forrest, A. R. R. & 2 flere, , 2014, I: Nature Genetics. 46, 6, s. 558-566 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Detecting host responses to microbial stimulation using primary epithelial organoids
Lange, Jette Bornholdt, Müller, C. V., Nielsen, M. J., Strickertsson, J., Rago, D., Chen, Y., Maciag, Grzegorz Jerzy, Skov, Jonathan, Wellejus, A., Schweiger, P. J., Hansen, Stine Lind, Broholm, C., Gögenur, Ismail, Maimets, Martti, Sloth, S., Hendel, J., Baker, A., Sandelin, Albin Gustav & Jensen, Kim Bak, 2023, I: Gut Microbes. 15, 2, 16 s., 2281012.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Detection of reverse transcriptase termination sites using cDNA ligation and massive parallel sequencing
Kielpinski, L. J., Boyd, M., Sandelin, Albin Gustav & Vinther, Jeppe, 2013, I: Methods in molecular biology (Clifton, N.J.). 1038, s. 213-31 19 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Determinants of enhancer and promoter activities of regulatory elements
Andersson, Robin & Sandelin, Albin Gustav, 2020, I: Nature Reviews Genetics. 21, 2, s. 71-87 17 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Dioxin increases the interaction between aryl hydrocarbon receptor and estrogen receptor alpha at human promoters
Ahmed, S., Valen, E., Sandelin, Albin Gustav & Matthews, J., 2009, I: Toxicological Sciences. 111, 2, s. 254-266Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Discovery of regulatory elements is improved by a discriminatory approach
Valen, E., Sandelin, Albin Gustav, Winther, Ole & Krogh, Anders, 2009, I: PLoS Computational Biology. 5, 11, s. e1000562Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Discovery of widespread transcription initiation at microsatellites predictable by sequence-based deep neural network
Grapotte, M., Saraswat, M., Bessière, C., Menichelli, C., Ramilowski, J. A., Severin, J., Hayashizaki, Y., Itoh, M., Tagami, M., Murata, M., Kojima-Ishiyama, M., Noma, S., Noguchi, S., Kasukawa, T., Hasegawa, A., Suzuki, H., Nishiyori-Sueki, H., Frith, M. C., Abugessaisa, I., Aitken, S. & 31 flere, , 2021, I: Nature Communications. 12, 18 s., 3297.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Dynamic usage of transcription start sites within core promoters.
Kawaji, H., Frith, M. C., Katayama, S., Sandelin, Albin Gustav, Kai, C., Kawai, J., Carninci, P. & Hayashizaki, Y., 2006, I: Genome Biology. 7, 12, s. R118Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Functional annotation of human long noncoding RNAs via molecular phenotyping
Ramilowski, J. A., Yip, C. W., Agrawal, S., Chang, J-C., Ciani, Y., Kulakovskiy, I. V., Mendez, M., Ooi, J. L. C., Ouyang, J. F., Parkinson, N., Petri, A., Roos, L., Severin, J., Yasuzawa, K., Abugessaisa, I., Akalin, A., Antonov, I. V., Arner, E., Bonetti, A., Bono, H. & 96 flere, , 2020, I: Genome Research. 30, 7, s. 1060-1072 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
GMD: measuring the distance between histograms with applications on high-throughput sequencing reads
Zhao, X. & Sandelin, Albin Gustav, 2012, I: Bioinformatics. 28, 8, s. 1164-1165 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Gateways to the FANTOM5 promoter level mammalian expression atlas
Lizio, M., Harshbarger, J., Shimoji, H., Severin, J., Kasukawa, T., Sahin, S., Abugessaisa, I., Fukuda, S., Hori, F., Ishikawa-Kato, S., Mungall, C. J., Arner, E., Baillie, J. K., Bertin, N., Bono, H., de Hoon, M., Diehl, A. D., Dimont, E., Freeman, T. C., Fujieda, K. & 21 flere, , 2015, I: Genome Biology (Online Edition). 16, 14 s., 22.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Gene expression analysis of the emergence of epileptiform activity after focal injection of kainic acid into mouse hippocampus
Motti, D., Le Duigou, C., Eugène, E., Chemaly, N., Wittner, L., Lazarevic, D., Krmac, H., Marstrand, T., Valen, E., Sanges, R., Stupka, E., Sandelin, Albin Gustav, Cherubini, E., Gustincich, S. & Miles, R., 2010, I: European Journal of Neuroscience. 32, 8, s. 1364-79 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome-wide detection and analysis of hippocampus core promoters using DeepCAGE
Valen, E., Pascarella, G., Chalk, A., Maeda, N., Kojima, M., Kawazu, C., Murata, M., Nishiyori, H., Lazarevic, D., Motti, D., Marstrand, T. T., Tang, M-H. E., Zhao, X., Krogh, A., Winther, O., Arakawa, T., Kawai, J., Wells, C., Daub, C., Harbers, M. & 4 flere, , 2009, I: Genome Research. 19, 2, s. 255-65 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome-wide identification of estrogen receptor alpha-binding sites in mouse liver.
Gao, H., Fält, S., Sandelin, Albin Gustav, Gustafsson, J. & Dahlman-Wright, K., 2007, I: Molecular Endocrinology. 22, 1, s. 10-22 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome-wide nucleosome map and cytosine methylation levels of an ancient human genome
Pedersen, J. S., Valen, E., Velazquez, A. M. V., Parker, B. J., Rasmussen, M., Lindgreen, S., Lilje, B., Tobin, D. J., Kelly, T. K., Vang, S., Andersson, R., Jones, P. A., Hoover, C. A., Tikhonov, A., Prokhortchouk, E., Rubin, E. M., Sandelin, A. G., Gilbert, M. T. P., Krogh, A., Willerslev, E. & 1 flere, , 2014, I: Genome Research. 24, 3, s. 454-466 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genomic Stability and Phenotypic Characteristics of Industrially Produced Lacticaseibacillus rhamnosus GG in a Yogurt Matrix
Strickertsson, Marianne Stage, Hui, Y., Nielsen, Dennis Sandris, Vera-Jimenéz, N. I., Olsen, J., Sandelin, Albin Gustav & Wichmann, A., 2021, I: Applied and Environmental Microbiology. 87, 24, 18 s., e01575-21.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genomic and chromatin signals underlying transcription start-site selection
Valen, E. & Sandelin, Albin Gustav, 2011, I: Trends in Genetics. 27, 11, s. 475-485 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Hidden layers of human small RNAs
Kawaji, H., Nakamura, M., Takahashi, Y., Sandelin, Albin Gustav, Katayama, S., Fukuda, S., Daub, C. O., Kai, C., Kawai, J., Yasuda, J., Carninci, P. & Hayashizaki, Y., 2008, I: BMC Genomics. 9, s. 157Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Human gene promoters are intrinsically bidirectional
Andersson, Robin, Chen, Y., Core, L., Lis, J. T., Sandelin, Albin Gustav & Jensen, T. H., 2015, I: Molecular Cell. 60, 3, s. 346-347 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Human nonsense-mediated RNA decay initiates widely by endonucleolysis and targets snoRNA host genes
Lykke-Andersen, S., Chen, Y., Ardal, B., Lilje, B., Waage, J. E., Sandelin, Albin Gustav & Jensen, T. H., 2014, I: Genes & Development. 28, s. 2498-2517 20 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project.
Birney, E., Stamatoyannopoulos, J. A., Dutta, A., Guigó, R., Gingeras, T. R., Margulies, E. H., Weng, Z., Snyder, M., Dermitzakis, E. T., Thurman, R. E., Kuehn, M. S., Taylor, C. M., Neph, S., Koch, C. M., Asthana, S., Malhotra, A., Adzhubei, I., Greenbaum, J. A., Andrews, R. M., Flicek, P. & 36 flere, , 2007, I: Nature. 447, 7146, s. 799-816 17 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification of TNF-α-responsive promoters and enhancers in the intestinal epithelial cell model Caco-2
Boyd, M., Coskun, M., Lilje, B., Andersson, Robin, Hoof, I., Lange, Jette Bornholdt, Dahlgaard, K., Olsen, Jørgen, Vitezic, M., Bjerrum, Jakob Tveiten , Seidelin, Jakob Benedict, Nielsen, Ole Haagen, Troelsen, J. & Sandelin, Albin Gustav, 2014, I: D N A Research. 21, 6, s. 569-583 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification of a nuclear exosome decay pathway for processed transcripts
Meola, N., Domanski, M., Karadoulama, Evdoxia, Chen, Y., Gentil, C. A. J., Pultz, D., Vitting-Seerup, K., Lykke-Andersen, S., Andersen, J. S., Sandelin, Albin Gustav & Jensen, T. H., 3 nov. 2016, I: Molecular Cell. 64, 3, s. 520-533 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 5007
Flest downloads
-
3497
downloads
spliceR: an R package for classification of alternative splicing and prediction of coding potential from RNA-seq data
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
3343
downloads
Prediction of RNA Polymerase II recruitment, elongation and stalling from histone modification data
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
2989
downloads
Multivariate Hawkes process models of the occurrence of regulatory elements
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet