Ole Winther
Professor MSO, Gæsteprofessor
- Udgivet
scVAE: variational auto-encoders for single-cell gene expression data
Grønbech, Christopher Heje, Vording, M. F., Timshel, P., Sønderby, C. K., Pers, Tune H & Winther, Ole, 2020, I: Bioinformatics. 36, 16, s. 4415-4422 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Variational Open-Domain Question Answering
Liévin, V., Motzfeldt, A. G., Jensen, I. R. & Winther, Ole, 2023, I: Proceedings of Machine Learning Research. 202, s. 20950-20977 28 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Uncertainty-aware and explainable machine learning for early prediction of battery degradation trajectory
Rieger, L. H., Flores, E., Nielsen, K. F., Norby, P., Ayerbe, E., Winther, Ole, Vegge, T. & Bhowmik, A., 2023, I: Digital Discovery. 2, 1, s. 112-122 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Tumor suppressor ASXL1 is essential for the activation of INK4B expression in response to oncogene activity and anti-proliferative signals
Wu, X., Bekker-Jensen, I. H., Christensen, J., Rasmussen, K. D., Sidoli, S., Qi, Y., Kong, Y., Wang, X., Cui, Y., Xiao, Z., Xu, G., Williams, K., Rappsilber, J., Sønderby, C. K., Winther, Ole, Jensen, O. N. & Helin, K., 2015, I: Cell Research. 25, s. 1205-1218 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Tumor antigens as proteogenomic biomarkers in invasive ductal carcinomas
Olsen, L. R., Campos, B., Winther, Ole, Sgroi, D. C., Karger, B. L. & Brusic, V., 2014, I: B M C Medical Genomics. 7, 3, s. 1-13 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Transition1x: a dataset for building generalizable reactive machine learning potentials
Schreiner, M., Bhowmik, A., Vegge, T., Busk, J. & Winther, Ole, 2022, I: Scientific Data. 9, 1, 9 s., 779.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
- Udgivet
Transfer learning identifies sequence determinants of cell-type specific regulatory element accessibility
Salvatore, Marco, Horlacher, M., Marsico, A., Winther, Ole & Andersson, Robin, 2023, I: NAR Genomics and Bioinformatics. 5, 2, 10 s., 026.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Transcriptional regulation of gene expression clusters in motor neurons following spinal cord injury
Ryge, J., Winther, Ole, Wienecke, Jacob, Sandelin, Albin Gustav, Westerdahl, A., Hultborn, Hans & Kiehn, O., 2010, I: BMC Genomics. 11, 1, s. 365 22 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Towards in silico CLIP-seq: predicting protein-RNA interaction via sequence-to-signal learning
Horlacher, M., Wagner, N., Moyon, L., Kuret, K., Goedert, N., Salvatore, Marco, Ule, J., Gagneur, J., Winther, Ole & Marsico, A., 2023, I: Genome Biology. 24, 1, 37 s., 180.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line
Suzuki, H., Forrest, A. R. R., van Nimwegen, E., Daub, C. O., Balwierz, P. J., Irvine, K. M., Lassmann, T., Ravasi, T., Hasegawa, Y., de Hoon, M. J. L., Katayama, S., Schroder, K., Carninci, P., Tomaru, Y., Kanamori-Katayama, M., Kubosaki, A., Akalin, A., Ando, Y., Arner, E., Asada, M. & 31 flere, , 2009, I: Nature Genetics. 41, 5, s. 553-62 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The middle ear immune defense changes with age
Nielsen, M. C., Friis, M., Martin-Bertelsen, T., Winther, Ole, Friis-Hansen, Lennart Jan & Cayé-Thomasen, Per, 2016, I: European Archives of Oto-Rhino-Laryngology. 273, 1, s. 81-86 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The effect of smartphone-based monitoring and treatment on the rate and duration of psychiatric readmission in patients with unipolar depressive disorder: The RADMIS randomized controlled trial
Tønning, M. L., Faurholt-Jepsen, Maria , Frost, M., Martiny, Klaus, Tuxen, N., Rosenberg, N., Busk, J., Winther, Ole, Melbye, S. A., Thaysen-Petersen, D., Aamund, K. A., Tolderlundh, L., Bardram, J. E. & Kessing, Lars Vedel, 2021, I: Journal of Affective Disorders. 282, s. 354-363 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The Bipolar Illness Onset study: research protocol for the BIO cohort study
Kessing, Lars Vedel, Munkholm, K., Faurholt-Jepsen, M., Miskowiak, Kamilla, Nielsen, L. B., Frikke-Schmidt, Ruth, Ekstrøm, Claus Thorn, Winther, Ole, Pedersen, Bente Klarlund, Poulsen, Henrik Enghusen, McIntyre, R. S., Kapczinski, F., Gattaz, W. F., Bardram, J., Frost, M., Mayora, O., Knudsen, Gitte Moos, Phillips, M. & Vinberg, Maj, 2017, I: BMJ Open. 7, 6, 12 s., e015462.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Systematic review of machine learning for diagnosis and prognosis in dermatology
Thomsen, K., Iversen, L., Titlestad, T. L. & Winther, Ole, 2020, I: Journal of Dermatological Treatment. 31, 5, s. 496-510Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
SinaPlot: an enhanced chart for simple and truthful representation of single observations over multiple classes
Sidiropoulos, N., Sohi, S. H., Pedersen, T. L., Porse, Bo Torben, Winther, Ole, Rapin, N. & Bagger, F. O., 2018, I: Journal of Computational and Graphical Statistics. 27, 3, s. 673-676 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
SignalP 6.0 predicts all five types of signal peptides using protein language models
Teufel, Felix Georg, Almagro Armenteros, J. J., Johansen, A. R., Gíslason, M. H., Pihl, S. I., Tsirigos, Konstantinos, Winther, Ole, Brunak, Søren, von Heijne, G. & Nielsen, H., 2022, I: Nature Biotechnology. 40, s. 1023-1025Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning
- Udgivet
SignalP 5.0 improves signal peptide predictions using deep neural networks
Armenteros, J. J. A., Tsirigos, Konstantinos, Sønderby, C. K., Petersen, T. N., Winther, Ole, Brunak, Søren, von Heijne, G. & Nielsen, H., 18 feb. 2019, I: Nature Biotechnology. 37, 4, s. 420-423Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Formidling
- Udgivet
Sequential neural models with stochastic layers
Fraccaro, M., Sønderby, S. K., Paquet, U. & Winther, Ole, 2016, Neural Information Processing Systems 2016. Lee, D. D., Sugiyama, M., Luxburg, U. V., Guyon, I. & Garnett, R. (red.). Neural Information Processing Systems Foundation, s. 2207-2215 9 s. (Advances in Neural Information Processing Systems, Bind 29).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
Robust multi-scale clustering of large DNA microarray datasets with the consensus algorithm
Grotkjær, T., Winther, Ole, Regenberg, Birgitte, Nielsen, J. & Hansen, L. K., 2006, I: Bioinformatics. 22, 1, s. 58-67 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Reducing the rate of psychiatric re-admissions in bipolar disorder using smartphones - The RADMIS trial
Faurholt-Jepsen, M., Lindbjerg Tønning, M., Fros, M., Martiny, Klaus, Tuxen, N., Rosenberg, N., Busk, J., Winther, Ole, Thaysen-Petersen, D., Aamund, K. A., Tolderlund, L., Bardram, J. E. & Kessing, Lars Vedel, 2021, I: Acta Psychiatrica Scandinavica. 143, 5, s. 453-465 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
RSK is a principal effector of the RAS-ERK pathway for eliciting a coordinate promotile/invasive gene program and phenotype in epithelial cells
Doehn, U., Hauge, C., Frank, S. R., Jensen, C. A. J., Duda, K., Nielsen, J. V., Cohen, M. S., Johansen, Jens Vilstrup, Winther, B. R., Lund, L. R., Winther, Ole, Taunton, J., Hansen, S. H. & Frödin, Morten, 2009, I: Molecular Cell. 35, 4, s. 511-22 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
RNA trafficking and subcellular localization—a review of mechanisms, experimental and predictive methodologies
Wang, Jun, Horlacher, M., Cheng, L. & Winther, Ole, 2023, I: Briefings in Bioinformatics. 24, 5, 14 s., bbad249.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Predictive active set selection methods for Gaussian processes
Henao, R. & Winther, Ole, 2012, I: Neurocomputing. 80, s. 10-18 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Optimal Variance Control of the Score-Function Gradient Estimator for Importance Weighted Bounds
Liévin, V., Dittadi, A., Christensen, Anders & Winther, Ole, 2020, I: Advances in Neural Information Processing Systems. 2020-December, 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
NetTCR-2.0 enables accurate prediction of TCR-peptide binding by using paired TCRα and β sequence data
Montemurro, A., Schuster, Viktoria, Povlsen, H. R., Bentzen, A. K., Jurtz, V., Chronister, W. D., Crinklaw, A., Hadrup, S. R., Winther, Ole, Peters, B., Jessen, L. E. & Nielsen, M., 2021, I: Communications Biology . 4, 13 s., 1060.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
NetSurfP-3.0: accurate and fast prediction of protein structural features by protein language models and deep learning
Høie, M. H., Kiehl, E. N., Petersen, Bent, Nielsen, M., Winther, Ole, Nielsen, H., Hallgren, J. & Marcatili, P., 2022, I: Nucleic Acids Research. 50, W1, s. W510-W515 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
NetSurfP-2.0: improved prediction of protein structural features by integrated deep learning
Klausen, M. S., Jespersen, M. C., Nielsen, H., Jensen, K. K., Jurtz, V. I., Sønderby, C. K., Sommer, M. O. A., Winther, Ole, Nielsen, M., Petersen, Bent & Marcatili, P., 2019, I: Proteins: Structure, Function and Bioinformatics. 87, 6, s. 520-527Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Multivariate Hawkes process models of the occurrence of regulatory elements
Carstensen, L., Sandelin, Albin Gustav, Winther, Ole & Hansen, Niels Richard, 2010, I: BMC Bioinformatics. 11, s. 456Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Molecular signatures of thyroid follicular neoplasia
Helweg-Larsen, R. B., Rossing, M., Henao Giraldo, R., Yamamoto, Y., Krogdahl, A., Godballe, C., Winther, Ole, Kiss, K., Christensen, L. H., Høgdall, Estrid Vilma Solyom, Bennedbæk, F. N. & Nielsen, Finn Cilius, 2010, I: Endocrine - Related Cancer. 17, 3, s. 691-708 18 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Molecular Representations in Machine-Learning-Based Prediction of PK Parameters for Insulin Analogs
Einarson, K. A., Bendtsen, K. M., Li, K., Thomsen, M., Kristensen, N. R., Winther, Ole, Fulle, S., Clemmensen, L. & Refsgaard, H. H. F., 2023, I: ACS Omega. 8, 26, s. 23566-23578 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
MicroRNA expression analysis and Multiplex ligation-dependent probe amplification in metastatic and non-metastatic uveal melanoma
Larsen, A., Holst, L. M., Kaczkowski, B., Andersen, M. T., Manfé, V., Siersma, Volkert Dirk, Kolko, Miriam, Kiilgaard, Jens Folke, Winther, Ole, Prause, J. U., Gniadecki, R. & Heegaard, Steffen, 2014, I: Acta Ophthalmologica. 92, 6, s. 541-549Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Literature classification for semi-automated updating of biological knowledgebases
Olsen, L. R., Kudahl, U. J., Winther, Ole & Brusic, V., 2013, I: B M C Genomics. 14(Suppl 5), 10 s., S14.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ladder variational autoencoders
Sønderby, C. K., Raiko, T., Maaløe, L., Sønderby, S. K. & Winther, Ole, 2016, Advances in Neural Information Processing Systems 29 (NIPS 2016). Lee, D. D., Sugiyama, M., Luxburg, U. V., Guyon, I. & Garnett, R. (red.). Curran Associates, Inc., s. 3745-3753 9 s. (Advances in Neural Information Processing Systems, Bind 29).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
JASPAR, the open access database of transcription factor-binding profiles: new content and tools in the 2008 update.
Bryne, J. C., Valen, E., Tang, M. E., Marstrand, T., Winther, Ole, da Piedade, I., Krogh, Anders, Lenhard, B. & Sandelin, Albin Gustav, 2008, I: Nucleic Acids Research. 36, Database issue, s. D102-6Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Interpretable autoencoders trained on single cell sequencing data can transfer directly to data from unseen tissues
Walbech, J. S., Kinalis, S., Winther, Ole, Nielsen, Finn Cilius & Bagger, F. O., 2022, I: Cells. 11, 12 s., 85.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Integrative analyses reveal novel strategies in HPV11,-16 and -45 early infection
Kaczkowski, B., Rossing, M., Andersen, D. K., Dreher, A., Morevati, M., Visser, M. A., Winther, Ole, Nielsen, Finn Cilius & Norrild, B., 2012, I: Scientific Reports. 2, s. 515Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Improving The Analysis Of Gene Expression Profiles By Comparing AML Blasts With Their Nearest Normal Counterparts
Rapin, N., Bagger, F. O., Jendholm, J., Mora-Jensen, H. I., Krogh, Anders, Kohlmann, A., Thiede, C., Borregaard, N., Bullinger, L., Winther, Ole, Theilgaard-Mønch, Kim & Porse, Bo Torben, 2013, I: Blood. 122, 21Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Improved metagenome binning and assembly using deep variational autoencoders
Nissen, J. N., Johansen, Joachim, Allesoe, R. L., Sonderby, C. K., Armenteros, J. J. A., Grønbech, Christopher Heje, Jensen, Lars Juhl, Nielsen, H. B., Petersen, T. N., Winther, Ole & Rasmussen, Simon, 2021, I: Nature Biotechnology. 39, s. 555-560Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification and validation of 174 COVID-19 vaccine candidate epitopes reveals low performance of common epitope prediction tools
Prachar, Marek, Justesen, S., Steen-Jensen, D. B., Thorgrimsen, S., Jurgons, E., Winther, Ole & Bagger, F. O., 2020, I: Scientific Reports. 10, 8 s., 20465.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
HemaExplorer: a database of mRNA expression profiles in normal and malignant haematopoiesis
Bagger, F. O., Rapin, N. P. J., Theilgaard-Mønch, Kim, Kaczkowski, B., Thorén, L. A. M., Jendholm, L. J., Winther, Ole & Porse, Bo Torben, 2013, I: Nucleic Acids Research. 41, Database issue, s. D1034-D1039 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Growth-rate regulated genes have profound impact on interpretation of transcriptome profiling in Saccharomyces cerevisiae
Regenberg, Birgitte, Grotkjaer, T., Winther, Ole, Fausbøll, A., Akesson, M., Bro, C., Hansen, L. K., Brunak, Søren & Nielsen, Jens Bo, 2006, I: Genome Biology (Online Edition). 7, 11, s. R107Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
GraphPart: homology partitioning for biological sequence analysis
Teufel, Felix Georg, Gíslason, M. H., Almagro Armenteros, J. J., Johansen, A. R., Winther, Ole & Nielsen, H., 2023, I: NAR Genomics and Bioinformatics. 5, 4, 9 s., lqad088.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Graph neural network interatomic potential ensembles with calibrated aleatoric and epistemic uncertainty on energy and forces
Busk, J., Schmidt, M. N., Winther, Ole, Vegge, T. & Jørgensen, P. B., 2023, I: Physical Chemistry Chemical Physics. 25, s. 25828-25837 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome-wide detection and analysis of hippocampus core promoters using DeepCAGE
Valen, E., Pascarella, G., Chalk, A., Maeda, N., Kojima, M., Kawazu, C., Murata, M., Nishiyori, H., Lazarevic, D., Motti, D., Marstrand, T. T., Tang, M-H. E., Zhao, X., Krogh, A., Winther, O., Arakawa, T., Kawai, J., Wells, C., Daub, C., Harbers, M. & 4 flere, , 2009, I: Genome Research. 19, 2, s. 255-65 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Gene expression of the endolymphatic sac
Friis, M., Martin-Bertelsen, T., Friis-Hansen, Lennart Jan, Winther, Ole, Henao Giraldo, R., Sørensen, Mads Sølvsten & Qvortrup, Klaus, 2011, I: Acta Oto-Laryngologica. 131, 12, s. 1257-63 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Forecasting Mood in Bipolar Disorder From Smartphone Self-assessments: Hierarchical Bayesian Approach
Busk, J., Faurholt-Jepsen, M., Frost, M., Bardram, J. E., Kessing, Lars Vedel & Winther, Ole, 1 apr. 2020, I: JMIR mHealth and uHealth. 8, 4, 14 s., e15028.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Explainable Image Quality Assessments in Teledermatological Photography
Jalaboi, R., Winther, Ole & Galimzianova, A., 2023, I: Telemedicine and e-Health. 29, 9, s. 1342-1348 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Enterococcus faecalis infection causes inflammation, intracellular oxphos-independent ROS production, and DNA damage in human gastric cancer cells
Strickertsson, J. A. B., Desler, Claus, Martin-Bertelsen, T., Machado, A. M. D., Wadstrøm, T., Winther, Ole, Rasmussen, Lene Juel & Friis-Hansen, Lennart Jan, 2013, I: PLOS ONE. 8, 4, s. 1-13 13 s., e63147.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Down-regulation of microRNAs controlling tumourigenic factors in follicular thyroid carcinoma
Rossing, M., Helweg-Larsen, R. B., Henao Giraldo, R., Winther, Ole, Vikeså, J., Niazi, O., Godballe, C., Krogdahl, A., Glud, M., Sørensen, C. H., Kiss, K., Bennedbæk, F. N. & Nielsen, Finn Cilius, 2012, I: Journal of Molecular Endocrinology. 48, 1, s. 11-23 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 171145930
Flest downloads
-
2989
downloads
Multivariate Hawkes process models of the occurrence of regulatory elements
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
2497
downloads
HemaExplorer: a database of mRNA expression profiles in normal and malignant haematopoiesis
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
987
downloads
Enterococcus faecalis infection causes inflammation, intracellular oxphos-independent ROS production, and DNA damage in human gastric cancer cells
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet