Søren Johannes Sørensen
Professor
Microbiology
Universitetsparken 15
2100 København Ø
- 2015
- Udgivet
Draft genome sequences of two protease-producing strains of Arsukibacterium, isolated from two cold and alkaline environments
Lylloff, J. E., Hansen, L. B. S., Jepsen, M., Hallin, P. F., Sørensen, Søren Johannes, Stougaard, P. & Glaring, M. A., 2015, I: Genome Announcements. 3, 3, 2 s., e00585-15.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identifying qualitative effects of different grazing types on below-ground communities and function in a long-term field experiment
Macdonald, C. A., Crawley, M. J., Wright, D. J., Kuczynski, J., Robinson, L., Knight, R., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes, Deng, Y., Zhou, J. & Singh, B. K., 2015, I: Environmental Microbiology. 17, 3, s. 841-854 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Facultative control of matrix production optimizes competitive fitness in Pseudomonas aeruginosa PA14 biofilm models
Madsen, Jonas Stenløkke, Lin, Y. C., Squyres, G. R., Price-Whelan, A., Torio, A. D. S., Song, A., Cornell, W. C., Sørensen, Søren Johannes, Xavier, J. B. & Dietrich, L. E. P., 2015, I: Applied and Environmental Microbiology. 81, 24, s. 8414-8426 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Shifts in the microbial community structure explain the response of soil respiration to land-use change but not to climate warming
Nazaries, L., Tottey, W., Robinson, L., Khachane, A., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes & Singh, B. K., 2015, I: Soil Biology & Biochemistry. 89, s. 123-134 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Maize lines with different nitrogen use efficiency select bacterial communities with different β-glucosidase-encoding genes and glucosidase activity in the rhizosphere
Pathan, S. I., Ceccherini, M. T., Hansen, M. A., Giagnoni, L., Ascher, J., Arenella, M., Sørensen, Søren Johannes, Pietramellara, G., Nannipieri, P. & Renella, G., 2015, I: Biology and Fertility of Soils. 51, 8, s. 995-1004 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
High prevalence of biofilm synergy among bacterial soil isolates in cocultures indicates bacterial interspecific cooperation
Ren, D., Madsen, Jonas Stenløkke, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 11 jan. 2015, I: ISME Journal. 9, s. 81-89 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Microbial diversity and dynamics throughout manufacturing and ripening of surface ripened semi-hard Danish Danbo cheeses investigated by culture-independent techniques
Ryssel, M., Johansen, P., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes, Arneborg, Nils & Jespersen, Lene, 2015, I: International Journal of Food Microbiology. 215, s. 124-30 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Interspecies interactions result in enhanced biofilm formation by co-cultures of bacteria isolated from a food processing environment
Røder, Henriette Lyng, Raghupathi, P. K., Herschend, J., Brejnrod, A. D., Knoechel, Susanne, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2015, I: Food Microbiology. 51, s. 18-24 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Acromyrmex leaf-cutting ants have simple gut microbiota with nitrogen-fixing potential
Sapountzis, P., Zhukova, M., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes, Schiøtt, M. & Boomsma, Jacobus J., 2015, I: Applied and Environmental Microbiology. 81, 16, s. 5527-5537 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Similar sponge-associated bacteria can be acquired via both vertical and horizontal transmission
Sipkema, D., de Caralt, S., Morillo, J. A., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes, Smidt, H. & Uriz, M. J., 2015, I: Environmental Microbiology. 17, 10, s. 3807-3821 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification of the amidase BbdA that initiates biodegradation of the groundwater micropollutant 2,6-dichlorobenzamide (BAM) in Aminobacter sp. MSH1
T'Syen, J., Tassoni, R., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes, Leroy, B., Sekhar, A., Wattiez, R., De Mot, R. & Springael, D., 2015, I: Environmental Science & Technology (Washington). 49, 19, s. 11703-11713 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2016
- Udgivet
Exploring the complex response to linuron of bacterial communities from biopurification systems by means of cultivation-independent methods
Dealtry, S., Nour, E. H., Holmsgaard, P. N., Ding, G. C., Weichelt, V., Dunon, V., Heuer, H., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes, Springael, D. & Smalla, K., 2016, I: F E M S Microbiology Ecology. 92, 2, 12 s., fiv157.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
High frequencies of antibiotic resistance genes in infants' meconium and early fecal samples
Gosalbes, M. J., Vallès, Y., Jiménez-Hernández, N., Balle, C., Riva, P., Miravet-Verde, S., de Vries, Lisbeth Elvira, Llop, S., Agersø, Y., Sørensen, Søren Johannes, Ballester, F. & Francino, M. P., 2016, I: Journal of Developmental Origins of Health and Disease. 7, 01, s. 35-44 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ecological patterns, diversity and core taxa of microbial communities in groundwater-fed rapid gravity filters
Gülay, A., Musovic, S., Albrechtsen, H., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes & Smets, B. F., 2016, I: The ISME Journal. 10, 9, s. 2209-2222 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Draft genome sequences of two Kocuria isolates, K. salsicia G1 and K. rhizophila G2, isolated from a slaughterhouse in Denmark
Herschend, J., Raghupathi, P. K., Røder, Henriette Lyng, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2016, I: Genome Announcements. 4, 2, 2 s., e00075-16.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome sequence of Arthrobacter antarcticus strain W2, isolated from a slaughterhouse
Herschend, J., Raghupathi, P. K., Røder, Henriette Lyng, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2016, I: Genome Announcements. 4, 2, 2 s., e00073-16.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome sequence of Kocuria palustris strain W4
Herschend, J., Raghupathi, P. K., Røder, Henriette Lyng, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2016, I: Genome Announcements. 4, 2, 1 s., e00074-16.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Metagenomes provide valuable comparative information on soil microeukaryotes
Jacquiod, S. J. A., Stenbæk, J., Santos, S. S., Winding, A., Sørensen, Søren Johannes & Priemé, Anders, 2016, I: Research in Microbiology. 167, 5, s. 436-450 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Plasmid metagenomics reveals multiple antibiotic resistance gene classes among the gut microbiomes of hospitalised patients
Jitwasinkul, T., Suriyaphol, P., Tangphatsornruang, S., Hansen, M. A., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes, Permpikul, C., Rongrungruang, Y. & Tribuddharat, C., 2016, I: Journal of Global Antimicrobial Resistance. 6, s. 57-66 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Interspecific bacterial interactions are reflected in multispecies biofilm spatial organization
Liu, W., Røder, Henriette Lyng, Madsen, Jonas Stenløkke, Bjarnsholt, Thomas, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2016, I: Frontiers in Microbiology. 7, 8 s., 1366.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Diverse gene functions in a soil mobilome
Luo, W., Xu, Z., Riber, Leise, Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2016, I: Soil Biology & Biochemistry. 101, s. 175-183 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genomic and exoproteomic analyses of cold- and alkaline-adapted bacteria reveal an abundance of secreted subtilisin-like proteases
Lylloff, J. E., Hansen, L. B. S., Jepsen, M., Sanggaard, K. W., Vester, J. K., Enghild, J. J., Sørensen, Søren Johannes, Stougaard, P. & Glaring, M. A., 2016, I: Microbial Biotechnology. 9, 2, s. 245-256 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Coexistence facilitates interspecific biofilm formation in complex microbial communities
Madsen, Jonas Stenløkke, Røder, Henriette Lyng, Russel, J., Sørensen, Helle, Burmølle, Mette & Sørensen, Søren Johannes, 2016, I: Environmental Microbiology. 18, 8, s. 2565–2574Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Type 3 fimbriae encoded on plasmids are expressed from a unique promoter without affecting host motility, facilitating an exceptional phenotype that enhances conjugal plasmid transfer
Madsen, Jonas Stenløkke, Riber, Leise, Kot, Witold, Basfeld, A., Burmølle, Mette, Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2016, I: P L o S One. 11, 9, 19 s., e0162390.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The developing hypopharyngeal microbiota in early life
Mortensen, M. S., Brejnrod, A. D., Roggenbuck, M., Abu Al-Soud, W., Balle, C., Krogfelt, K. A., Stokholm, Jakob, Thorsen, Jonathan Jan Ilve, Waage, J. E., Rasmussen, Morten Arendt, Bisgaard, H. & Sørensen, Søren Johannes, 2016, I: Microbiome. 4, 12 s., 70.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Back to the future of soil metagenomics
Nesme, J., Achouak, W., Agathos, S. N., Bailey, M., Baldrian, P., Brunel, D., Frostegard, A., Heulin, T., Jansson, J. K., Jurkevitch, E., Kruus, K. L., Kowalchuk, G. A., Lagares, A., Lappin-Scott, H. M., Lemanceau, P., Le Paslier, D., Mandic-Mulec, I., Murrell, J. C., Myrold, D. D., Nalin, R. & 28 flere, , 2016, I: Frontiers in Microbiology. 7, 5 s., 73.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Coping with copper: legacy effect of copper on potential activity of soil bacteria following a century of exposure
Nunes, I. M., Jacquiod, S. J. A., Brejnrod, A. D., Holm, Peter Engelund, Johansen, A., Brandt, Kristian Koefoed, Priemé, Anders & Sørensen, Søren Johannes, 2016, I: F E M S Microbiology Ecology. 92, 11, 12 s., fiw175.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Bacterial communities in termite fungus combs are comprised of consistent gut deposits and contributions from the environment
Otani, S., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes & Poulsen, Michael, 2016, I: Microbial Ecology. 71, 1, s. 207-220 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Draft genome assembly of two Pseudoclavibacter helvolus strains, G8 and W3, isolated from slaughterhouse environments
Raghupathi, P. K., Herschend, J., Røder, Henriette Lyng, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2016, I: Genome Announcements. 4, 2, 1 s., e00077-16.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome sequence of Kocuria varians G6 ssolated from a slaughterhouse in Denmark
Raghupathi, P. K., Herschend, J., Røder, Henriette Lyng, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2016, I: Genome Announcements. 4, 2, 2 s., e00076-16.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome sequence of Psychrobacter cibarius strain W1
Raghupathi, P. K., Herschend, J., Røder, Henriette Lyng, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2016, I: Genome Announcements. 4, 3, 1 s., e00078-16.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Enhanced plasmid loss in bacterial populations exposed to the antimicrobial compound irgasan delivered from interpenetrating polymer network silicone hydrogels
Riber, Leise, Burmølle, Mette, Alm, M., Milani, S. M., Thomsen, P., Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2016, I: Plasmid. 87-88, s. 72-78 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Natural decay process affects the abundance and community structure of Bacteria and Archaea in Picea abies logs
Rinta-Kanto, J. M., Sinkko, H., Rajala, T., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes, Tamminen, M. V. & Timonen, S., 2016, I: F E M S Microbiology Ecology. 92, 7, 10 s., fiw087.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Vitamin D and allergic airway disease shape the murine lung microbiome in a sex-specific manner
Roggenbuck, M., Anderson, D., Barfod, K. K., Feelisch, M., Geldenhuys, S., Sørensen, Søren Johannes, Weeden, C. E., Hart, P. H. & Gorman, S., 2016, I: Respiratory Research. 17, 18 s., 116.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Studying bacterial multispecies biofilms: where to start?
Røder, Henriette Lyng, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2016, I: Trends in Microbiology. 24, 6, s. 503-513 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Large-scale benchmarking reveals false discoveries and count transformation sensitivity in 16S rRNA gene amplicon data analysis methods used in microbiome studies
Thorsen, Jonathan Jan Ilve, Brejnrod, A. D., Mortensen, M. S., Rasmussen, Morten Arendt, Stokholm, Jakob, Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes, Bisgaard, H. & Waage, J. E., 2016, I: Microbiome. 4, 14 s., 62.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2017
- Udgivet
Alterations of the murine gut microbiome in allergic airway disease are independent of surfactant protein D
Barfod, K. K., Roggenbuck, M., Al-Shuweli, S., Fakih, D., Sørensen, Søren Johannes & Sørensen, G. L., mar. 2017, I: Heliyon. 3, 3, 19 s., e00262.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
It is elemental: soil nutrient stoichiometry drives bacterial diversity
Delgado-Baquerizo, M., Reich, P. B., Khachane, A. N., Campbell, C. D., Thomas, N., Freitag, T. E., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes, Bardgett, R. D. & Singh, B. K., 2017, I: Environmental Microbiology. 19, 3, s. 1176-1188 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Microbiomes associated with infective stages of root-knot and lesion nematodes in soil
Elhadyl, A., Giné, A., Topalovic, O., Jacquiod, S. J. A., Sørensen, Søren Johannes, Javier Sorribas, F. & Heuer, H., 4 maj 2017, I: PLoS ONE. 12, 5, 17 s., e0177145.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A novel baiting microcosm approach used to identify the bacterial community associated with Penicillium bilaii hyphae in soil
Ghodsalavi, B., Svenningsen, N. B., Hao, X., Olsson, S., Nicolaisen, Mette Haubjerg, Al-Soud, W. A., Sørensen, Søren Johannes & Nybroe, O., 27 okt. 2017, I: PLOS ONE. 12, 10, 14 s., e0187116.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Whole-genome sequence of Pseudomonas fluorescens EK007-RG4, a promising biocontrol agent against a broad range of bacteria, including the fire blight bacterium Erwinia amylovora
Habibi, R., Tarighi, S., Behravan, J., Taheri, P., Kjøller, Annelise Helene, Brejnrod, A. D., Madsen, Jonas Stenløkke & Sørensen, Søren Johannes, 2017, I: Genome Announcements. 5, 13, 2 s., e00026-17.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Distinct gene expression profile of Xanthomonas retroflexus engaged in synergistic multispecies biofilm formation
Hansen, L. B. S., Ren, D., Burmølle, Mette & Sørensen, Søren Johannes, 2017, I: The ISME Journal. 11, 1, s. 300-303 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A meta-proteomics approach to study the interspecies interactions affecting microbial biofilm development in a model community
Herschend, J., Damholt, Z. B. V., Marquard, A. M., Svensson, B., Sørensen, Søren Johannes, Hägglund, Per Mårten & Burmølle, Mette, 28 nov. 2017, I: Scientific Reports. 7, 13 s., 16483.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Response of the bacterial community in an on-farm biopurification system, to which diverse pesticides are introduced over an agricultural season
Holmsgaard, P. N., Dealtry, S., Dunon, V., Heuer, H., Hansen, Lars Hestbjerg, Springael, D., Smalla, K., Riber, Leise & Sørensen, Søren Johannes, okt. 2017, I: Environmental Pollution. 229, s. 854-862 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Comparative genomic analysis reveals ecological differentiation in the genus Carnobacterium
Iskandar, C. F., Borges, F., Taminiau, B., Daube, G., Zagorec, M., Remenant, B., Leisner, Jørgen, Hansen, M. A., Sørensen, Søren Johannes, Mangavel, C., Cailliez-Grimal, C. & Revol-Junelles, A., 2017, I: Frontiers in Microbiology. 8, 14 s., 357.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Deciphering conjugative plasmid permissiveness in wastewater microbiomes
Jacquiod, S. J. A., Brejnrod, A. D., Milani, S. M., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes & Riber, Leise, jul. 2017, I: Molecular Ecology. 26, 13, s. 3556-3571 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Autogenic succession and deterministic recovery following disturbance in soil bacterial communities
Jurburg, S. D., Nunes, I. M., Stegen, J. C., Le Roux, X., Priemé, Anders, Sørensen, Søren Johannes & Salles, J. F., 6 apr. 2017, I: Scientific Reports. 7, 11 s., 45691.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Legacy Effects on the Recovery of Soil Bacterial Communities from Extreme Temperature Perturbation
Jurburg, S. D., Nunes, I. M., Brejnrod, A. D., Jacquiod, S. J. A., Priemé, Anders, Sørensen, Søren Johannes, Van Elsas, J. D. & Salles, J. F., 2017, I: Frontiers in Microbiology. 8, 13 s., 1832.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Plasmids, viruses, and other circular elements in rat gut
Jørgensen, T. S., Hansen, M. A., Xu, Z., Tabak, M. A., Sørensen, Søren Johannes & Hansen, Lars Hestbjerg, 2017, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 30 s.Publikation: Working paper
- Udgivet
Metal stressors consistently modulate bacterial conjugal plasmid uptake potential in a phylogenetically conserved manner
Klümper, U., Dechesne, A., Riber, Leise, Brandt, Kristian Koefoed, Gülay, A., Sørensen, Søren Johannes & Smets, B. F., 2017, I: The ISME Journal. 11, 1, s. 152-165 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Low-abundant species facilitates specific spatial organization that promotes multispecies biofilm formation
Liu, W., Russel, J., Røder, Henriette Lyng, Madsen, Jonas Stenløkke, Burmølle, Mette & Sørensen, Søren Johannes, 2017, I: Environmental Microbiology. 19, 7, s. 2893-2905 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Metagenomic analysis of dairy bacteriophages: extraction method and pilot study on whey samples derived from using undefined and defined mesophilic starter cultures
Muhammed, Musemma Kedir, Kot, Witold, Neve, H., Mahony, J., Castro Mejia, J. L., Krych, Lukasz, Hansen, L. H., Nielsen, Dennis Sandris, Sørensen, Søren Johannes, Heller, K. J., van Sinderen, D. & Vogensen, Finn Kvist, 2017, I: Applied and Environmental Microbiology. 83, 19, 15 s., e00888-17.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Antagonism correlates with metabolic similarity in diverse bacteria
Russel, J., Røder, Henriette Lyng, Madsen, Jonas Stenløkke, Burmølle, Mette & Sørensen, Søren Johannes, 3 okt. 2017, I: Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 114, 40, s. 10684-10688 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Critical Assessment of Metagenome Interpretation: a benchmark of metagenomics software
Sczyrba, A., Hofmann, P., Belmann, P., Koslicki, D., Janssen, S., Dröge, J., Gregor, I., Majda, S., Fiedler, J., Dahms, E., Bremges, A., Fritz, A., Garrido-Oter, R., Jørgensen, T. S., Shapiro, N., Blood, P. D., Gurevich, A., Bai, Y., Turaev, D., DeMaere, M. Z. & 47 flere, , 2017, I: Nature Methods. 14, 11, s. 1063-1071 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A post-planktonic era of in vitro infectious models: issues and changes addressed by a clinically relevant wound like media
Trivedi, Urvish, Madsen, Jonas Stenløkke, Rumbaugh, K. P., Wolcott, R. D., Burmølle, Mette & Sørensen, Søren Johannes, 2017, I: Critical Reviews in Microbiology. 43, 4, s. 453-465 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Effects of soil pre-treatment with Basamid© granules, Brassica juncea, Raphanus sativus, and Tagetes patula on bacterial and fungal communities at two apple replant disease sites
Yim, B., Nitt, H., Wrede, A., Jacquiod, S. J. A., Sørensen, Søren Johannes, Winkelmann, T. & Smalla, K., 1 sep. 2017, I: Frontiers in Microbiology. 8, 15 s., 1604.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Community structure of the metabolically active rumen bacterial and archaeal communities of dairy cows over the transition period
Zhu, Z., Noel, S. J., Difford, G. F., Abu Al-Soud, W., Brejnrod, A. D., Sørensen, Søren Johannes, Lassen, J., Løvendahl, P. & Højberg, O., 8 nov. 2017, I: PLoS ONE. 12, 11, 24 s., e0187858.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2018
- Udgivet
A culture-independent method for studying transfer of IncI1 plasmids from wild-type Escherichia coli in complex microbial communities
Anjum, M., Madsen, Jonas Stenløkke, Espinosa-Gongora, C., Jana, B., Wiese, M., Nielsen, Dennis Sandris, Sørensen, Søren Johannes, Moodley, Arshnee, Bortolaia, V. & Guardabassi, Luca, sep. 2018, I: Journal of Microbiological Methods. 152, s. 18-26 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
In situ metabolomic- and transcriptomic-profiling of the host-associated cyanobacteria Prochloron and Acaryochloris marina
Behrendt, L., Raina, J., Lutz, A., Kot, W., Albertsen, M., Nielsen, P. H., Sørensen, Søren Johannes, Larkum, A. W. D. & Kühl, Michael, 2018, I: I S M E Journal. 12, s. 556–567 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genetic barcoding of dark-spored myxomycetes (Amoebozoa): identification, evaluation and application of a sequence similarity threshold for species differentiation in NGS studies
Dahl, M. B., Brejnrod, A. D., Unterseher, M., Hoppe, T., Feng, Y., Novozhilov, Y., Sørensen, Søren Johannes & Schnittler, M., mar. 2018, I: Molecular Ecology Resources. 18, 2, s. 306-318 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The bacterial microbiota in first-void urine from men with and without idiopathic urethritis
Frølund, M., Wikström, A., Lidbrink, P., Abu Al-Soud, W., Larsen, N., Harder, C. B., Sørensen, Søren Johannes, Jensen, J. S. & Ahrens, P., 2018, I: PLoS ONE. 13, 7, s. 1-19 e0201380.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Long-term soil metal exposure impaired temporal variation in microbial metatranscriptomes and enriched active phages
Jacquiod, S., Nunes, I., Brejnrod, A., Hansen, M. A., Holm, Peter Engelund, Johansen, A., Brandt, Kristian Koefoed, Priemé, Anders & Sørensen, Søren Johannes, 2018, I: Microbiome. 6, s. 1-14 223.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Long-term industrial metal contamination unexpectedly shaped diversity and activity response of sediment microbiome
Jacquiod, S. J. A., Cyriaque, V., Riber, Leise, Al-Soud, W. A., Gillan, D. C., Wattiez, R. & Sørensen, Søren Johannes, 15 feb. 2018, I: Journal of Hazardous Materials. 344, s. 299-307 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Free-Living Nematodes Together With Associated Microbes Play an Essential Role in Apple Replant Disease
Kanfra, X., Liu, B., Beerhues, L., Sørensen, Søren Johannes & Heuer, H., 2018, I: Frontiers in Plant Science. 9, s. 1-13 1666.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Enrichment and characterization of an environmental microbial consortium displaying efficient keratinolytic activity
Kang, D., Herschend, J., Abu Al-Soud, W., Mortensen, M. S., Gonzalo, M., Jacquiod, S. J. A. & Sørensen, Søren Johannes, 2018, I: Bioresource Technology. 270, s. 303-310Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Rifaximin has minor effects on bacterial composition, inflammation and bacterial translocation in cirrhosis: a randomized trial
Kimer, N., Pedersen, J. S., Tavenier, J., Christensen, J. E., Busk, T. M., Hobolth, L., Krag, A., Abu Al-Soud, W., Mortensen, M. S., Sørensen, Søren Johannes, Møller, Søren & Bendtsen, Flemming, jan. 2018, I: Journal of Gastroenterology and Hepatology. 33, 1, s. 307-314 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Estimating the Transfer Range of Plasmids Encoding Antimicrobial Resistance in a Wastewater Treatment Plant Microbial Community
Li, L., Dechesne, A., He, Z., Madsen, Jonas Stenløkke, Nesme, Joseph, Sørensen, Søren Johannes & Smets, B. F., 8 maj 2018, I: Environmental Science & Technology Letters. 5, 5, s. 260-265 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Micro-scale intermixing: a requisite for stable and synergistic co-establishment in a four-species biofilm
Liu, W., Russel, J., Burmølle, Mette, Sørensen, Søren Johannes & Madsen, Jonas Stenløkke, 2018, I: I S M E Journal. 12, s. 1940-1951 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
An intriguing relationship between the cyclic diguanylate signaling system and horizontal gene transfer
Madsen, Jonas Stenløkke, Hylling, Ole, Jacquiod, S. J. A., Pécastaings, S., Hansen, L. H., Riber, Leise, Vestergaard, G. A. & Sørensen, Søren Johannes, 2018, I: ISME Journal. 12, 9, s. 2330-2334 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Bacterial social interactions and the emergence of community-intrinsic properties
Madsen, Jonas Stenløkke, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2018, I: Current Opinion in Microbiology. 42, s. 104-109 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Stability and resilience of the intestinal microbiota in children in daycare - a 12 month cohort study
Mortensen, M. S., Jensen, Betina Hebbelstrup, Williams, J., Brejnrod, A. D., Andersen, L. O., Röser, D., Andreassen, B. U., Petersen, Andreas Munk, Stensvold, C. R., Sørensen, Søren Johannes & Krogfelt, K. A., 2018, I: BMC Microbiology. 18, 11 s., 223.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Investigation of the bacteriophage community in induced lysates of undefined mesophilic mixed-strain DL-cultures using classical and metagenomic approaches
Muhammed, Musemma Kedir, Olsen, M. L., Kot, Witold, Neve, H., Castro Mejia, J. L., Janzen, T., Hansen, L. H., Nielsen, Dennis Sandris, Sørensen, Søren Johannes, Heller, K. J. & Vogensen, Finn Kvist, 2018, I: International Journal of Food Microbiology. 272, s. 61-72 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Soil bacteria show different tolerance ranges to an unprecedented disturbance
Nunes, I. M., Jurburg, S., Jacquiod, S. J. A., Brejnrod, A. D., Falcão Salles, J., Priemé, Anders & Sørensen, Søren Johannes, feb. 2018, I: Biology and Fertility of Soils. 54, 2, s. 189–202 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Monitoring plasmid-mediated horizontal gene transfer in microbiomes: recent advances and future perspectives
Pinilla Redondo, Rafael, Cyriaque, V., Jacquiod, S., Sørensen, Søren Johannes & Riber, Leise, 2018, I: Plasmid. 99, s. 56-67Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Fluorescence recovery allows theimplementation of a fluorescence reporter gene platform applicable for the detection and quantification of horizontal gene transfer in anoxic environments
Pinilla Redondo, Rafael, Riber, Leise & Sørensen, Søren Johannes, 2018, I: Applied and Environmental Microbiology. 84, 6, 9 s., e02507-17.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Microbial diversity and putative opportunistic pathogens in dishwasher biofilm communities
Raghupathi, P. K., Zupančič, J., Brejnrod, A. D., Jacquiod, S. J. A., Houf, K., Burmølle, Mette, Gunde-Cimerman, N. & Sørensen, Søren Johannes, 2018, I: Applied and Environmental Microbiology. 84, 5, 17 s., e02755-17.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Synergistic Interactions within a Multispecies Biofilm Enhance Individual Species Protection against Grazing by a Pelagic Protozoan
Raghupathi, P. K., Liu, W., Sabbe, K., Houf, K., Burmølle, Mette & Sørensen, Søren Johannes, 2018, I: Frontiers in Microbiology. 8, 11 s., 2649.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Enhanced bacterial mutualism through an evolved biofilm phenotype
Røder, Henriette Lyng, Herschend, J., Russel, J., Andersen, M. F., Madsen, Jonas Stenløkke, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 1 nov. 2018, I: I S M E Journal. 12, s. 2608-2618 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Microbial indicators for soil quality
Schloter, M., Nannipieri, P., Sørensen, Søren Johannes & van Elsas, J. D., jan. 2018, I: Biology and Fertility of Soils. 54, 1, s. 1-10 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Maturation of the gut microbiome and risk of asthma in childhood
Stokholm, Jakob, Blaser, M. J., Thorsen, Jonathan Jan Ilve, Rasmussen, Morten Arendt, Waage, J. E., Vinding, R. K., Schoos, A. M., Kunøe, A., Fink, N. R., Chawes, Bo Lund Krogsgaard, Bønnelykke, Klaus, Brejnrod, A. D., Mortensen, M. S., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes & Bisgaard, H., 2018, I: Nature Communications. 9, 10 s., 141.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Nutrient Fortification of Human Donor Milk Affects Intestinal Function and Protein Metabolism in Preterm Pigs
Sun, Jing, Li, Yanqi, Nguyen, Duc Ninh, Mortensen, M. S., van den Akker, C. H. P., Skeath, T., Pors, S. E., Pankratova, Stanislava, Rudloff, S., Sørensen, Søren Johannes, Burrin, D. G., Thymann, Thomas & Sangild, Per Torp, 2018, I: Journal of Nutrition. 148, 3, s. 336-347 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
How Microbial Aggregates Protect against Nanoparticle Toxicity
Tang, J., Wu, Y., Esquivel-Elizondo, S., Sørensen, Søren Johannes & Rittmann, B. E., 2018, I: Trends in Biotechnology. 36, 11, s. 1171-1182Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Staphylococcus aureus coagulases are exploitable yet stable public goods in clinically relevant conditions
Trivedi, Urvish, Madsen, Jonas Stenløkke, Everett, J., Fell, C., Russel, J., Haaber, J., Crosby, H. A., Horswill, A. R., Burmølle, Mette, Rumbaugh, K. P. & Sørensen, Søren Johannes, 11 dec. 2018, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115, 50, s. E11771-E11779Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Short- and long-term impacts of azithromycin treatment on the gut microbiota in children: a double-blind, randomized, placebo-controlled trial
Wei, S., Mortensen, M. S., Stokholm, Jakob, Brejnrod, A. D., Thorsen, Jonathan Jan Ilve, Rasmussen, Morten Arendt, Trivedi, Urvish, Bisgaard, H. & Sørensen, Søren Johannes, 2018, I: EBioMedicine. 38, s. 265-272Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Bulk soil and maize rhizosphere resistance genes, mobile genetic elements and microbial communities are differently impacted by organic and inorganic fertilization
Wolters, B., Jacquiod, S. J. A., Sørensen, Søren Johannes, Widyasari-Mehta, A., Bech, T. B., Kreuzig, R. & Smalla, K., 2018, I: F E M S Microbiology Ecology. 94, 4, 13 s., fiy027.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Changes in rumen bacterial and archaeal communities over the transition period in primiparous Holstein dairy cows
Zhu, Z., Kristensen, L., Difford, G. F., Poulsen, M., Noel, S. J., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes, Lassen, J., Løvendahl, P. & Højberg, O., 2018, I: Journal of Dairy Science. 101, 11, s. 9847-9862Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Synergistic Interactions in Microbial Biofilms Facilitate the Establishment of Opportunistic Pathogenic Fungi in Household Dishwashers
Zupancic, J., Raghupathi, P. K., Houf, K., Burmølle, Mette, Sørensen, Søren Johannes & Gunde-Cimerman, N., 2018, I: Frontiers in Microbiology. 9, 13 s., 21.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2019
- Udgivet
Fate of CMY-2-Encoding Plasmids Introduced into the Human Fecal Microbiota by Exogenous Escherichia coli
Anjum, M., Madsen, Jonas Stenløkke, Nesme, Joseph, Jana, B., Wiese, M., Jasinskyte, D., Nielsen, Dennis Sandris, Sørensen, Søren Johannes, Dalsgaard, Anders, Moodley, Arshnee, Bortolaia, V. & Guardabassi, Luca, 2019, I: Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 63, 5, 13 s., e02528-18.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Impact of long-term agricultural management practices on soil prokaryotic communities
Babin, D., Deubel, A., Jacquiod, S. J. A., Sørensen, Søren Johannes, Geistlinger, J., Grosch, R. & Smalla, K., 2019, I: Soil Biology & Biochemistry. 129, s. 17-28Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Manure and Doxycycline Affect the Bacterial Community and Its Resistome in Lettuce Rhizosphere and Bulk Soil
Blau, K., Jacquiod, S., Sørensen, Søren Johannes, Su, J., Zhu, Y., Smalla, K. & Jechalke, S., 2019, I: Frontiers in Microbiology. 10, s. 1-15 725.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Tailings microbial community profile and prediction of its functionality in basins of tungsten mine
Chung, A. P., Coimbra, C., Farias, P., Francisco, R., Branco, R., Simão, F. V., Gomes, E., Pereira, A., Vila, M. C., Fiúza, A., Mortensen, M. S., Sørensen, Søren Johannes & Morais, P. V., 2019, I: Scientific Reports. 9, 13 s., 19596.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Different Degrees of Niche Differentiation for Bacteria, Fungi, and Myxomycetes Within an Elevational Transect in the German Alps
Dahl, M. B., Brejnrod, A. D., Russel, J., Sørensen, Søren Johannes & Schnittler, M., 2019, I: Microbial Ecology. 78, 3, s. 764-780Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Amplicon sequencing provides more accurate microbiome information in healthy children compared to culturing
Gupta, S., Mortensen, M. S., Schjørring, S., Trivedi, Urvish, Vestergaard, G., Stokholm, Jakob, Bisgaard, H., Krogfelt, K. A. & Sørensen, Søren Johannes, 2019, I: Communications Biology. 2, s. 1-7 7 s., 291.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
DNA-and RNA-SIP Reveal Nitrospira spp. as Key Drivers of Nitrification in Groundwater-Fed Biofilters
Gülay, A., Fowler, S. J., Tatari, K., Thamdrup, B., Albrechtsen, H., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes & Smets, B. F., 2019, I: mBio. 10, 6, 14 s., e01870-19.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Quantitative Flow Cytometry to Understand Population Heterogeneity in Response to Changes in Substrate Availability in Escherichia coli and Saccharomyces cerevisiae Chemostats
Heins, A., Johanson, T., Han, S., Lundin, L., Carlquist, M., Gernaey, K. V., Sørensen, Søren Johannes & Lantz, A. E., 2019, I: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. 7, 15 s., 187.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The effect of acetate on population heterogeneity in different cellular characteristics of Escherichia coli in aerobic batch cultures
Heins, A., Lundin, L., Nunes, I., Gernaey, K. V., Sørensen, Søren Johannes & Eliasson Lantz, A., 2019, I: Biotechnology Progress. 35, 3, e2796.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Bacterial community analysis for investigating bacterial transfer from tonsils to the pig carcass
Jakobsen, A. M., Bahl, M. I., Buschhardt, T., Hansen, T. B., Abu Al-Soud, W., Brejnrod, A. D., Sørensen, Søren Johannes, Nesbakken, T. & Aabo, S., 2019, I: International Journal of Food Microbiology. 295, s. 8-18 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Heavy metal exposure causes changes in the metabolic health-associated gut microbiome and metabolites
Li, Xuan Ji, Brejnrod, A. D., Ernst, M., Rykær, M., Herschend, J., Olsen, N. M. C., Dorrestein, P. C., Rensing, C. & Sørensen, Søren Johannes, 2019, I: Environment International. 126, s. 454-467 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Deciphering links between bacterial interactions and spatial organization in multispecies biofilms
Liu, W., Jacquiod, S., Brejnrod, A., Russel, J., Burmølle, Mette & Sørensen, Søren Johannes, 2019, I: ISME Journal. 13, 12, s. 3054-3066 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Intra- and inter-field diversity of 2,4-dichlorophenoxyacetic acid-degradative plasmids and their tfd catabolic genes in rice fields of the Mekong delta in Vietnam
Nguyen, T. P. O., Hansen, M. A., Hansen, Lars Hestbjerg, Horemans, B., Sørensen, Søren Johannes, De Mot, R. & Springael, D., 2019, I: FEMS Microbiology Ecology. 95, 1, s. 1-11 fiy214.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 4269
Flest downloads
-
5138
downloads
Gut microbiota in human adults with type 2 diabetes differs from non-diabetic adults
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
3030
downloads
Sequence and comparative analysis of Leuconostoc dairy bacteriophages
Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
Udgivet -
2838
downloads
Complete genome sequence of the cystic fibrosis pathogen Achromobacter xylosoxidans NH44784-1996 complies with important pathogenic phenotypes
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet