Søren Johannes Sørensen
Professor
Microbiology
Universitetsparken 15
2100 København Ø
- 2011
- Udgivet
- Udgivet
Construction of biosensors to investigate physiological diversity in fermentation processes
Han, S., Lundin, L. & Sørensen, Søren Johannes, 2011.Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
- Udgivet
Endolithic chlorophyll d-containing phototrophs
Behrendt, L., Larkum, A. W. D., Norman, A., Qvortrup, Klaus, Chen, M., Ralph, P., Sørensen, Søren Johannes, Trampe, Erik & Kühl, Michael, 2011, I: I S M E Journal. 5, 6, s. 1072-6 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Experimental methods and modeling techniques for description of cell population heterogeneity
Lencastre Fernandes, R., Nierychlo, M., Lundin, L., Pedersen, A. E., Tellez, P. E. P., Dutta, A., Carlquist, M., Bolic, A., Schäpper, D., Brunetti, A. C., Helmark, S., Heins, A-L., Jensen, A. D., Nopens, I., Rottwitt, K., Szita, N., Elsas, J. D. V., Nielsen, P. H., Martinussen, J., Sørensen, S. J. & 2 flere, , 2011, I: Biotechnology Advances. 29, 6, s. 575-599 25 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Green fluorescent protein (GFP) leakage from microbial biosensors provides useful information for the evaluation of the scale-down effect
Delvigne, F., Brognaux, A., Francis, F., Twizere, J., Gorret, N., Sørensen, Søren Johannes & Thonart, P., 2011, I: Biotechnology Journal. 6, 8, s. 968-978 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Investigation of diversity of plasmids carrying the blaTEM-52 gene
Bielak, E. M., Bergenholtz, R. D., Jørgensen, M. S., Sørensen, Søren Johannes, Hansen, Lars Hestbjerg & Hasman, H., 2011, I: Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 66, 11, s. 2465-74 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
- Udgivet
Nitrogenase gene amplicons from global marine surface waters are dominated by genes of non-cyanobacteria
Farnelid, H., Andersson, A. F., Bertilsson, S., Abu Al-Soud, W., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes, Steward, G. F., Hagström, Å. & Riemann, Lasse, 2011, I: P L o S One. 6, 4, s. e19223 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Predominant genera of fecal microbiota in children with atopic dermatitis are not altered by intake of probiotic bacteria Lactobacillus acidophilus NCFM and Bifidobacterium animalis subsp.lactis Bi-07
Larsen, Nadja, Vogensen, Finn Kvist, Gøbel, R. J., Michaelsen, Kim F., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes, Hansen, Lars Hestbjerg & Jakobsen, M., 2011, I: FEMS Microbiology Ecology. 75, 3, s. 482-496 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Quantitative metagenomic analyses based on average genome size normalization
Frank, J. A. & Sørensen, Søren Johannes, 2011, I: Applied and Environmental Microbiology. 77, 7, s. 2513-2521 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
- Udgivet
Sequence and comparative analysis of Leuconostoc dairy bacteriophages
Kot, Witold, Hansen, Lars Hestbjerg, Neve, H., Hammer, K., Sørensen, Søren Johannes, Heller, K. J. & Vogensen, Finn Kvist, 2011. 1 s.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning
- Udgivet
Diversity and characterization of mercury-resistant bacteria in snow, freshwater and sea-ice brine from the High Arctic
Møller, A., Barkay, T., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes, Skov, H. & Kroer, Niels, 1 mar. 2011, I: F E M S Microbiology Ecology. 75, 3, s. 390-401 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
- Udgivet
Design and Synthesis of a Quintessential Self-Transmissible IncX1 Plasmid, pX1.0
Hansen, Lars Hestbjerg, Bentzon-Tilia, M., Bentzon-Tilia, S., Norman, A., Rafty, L. & Sørensen, Søren Johannes, maj 2011, I: P L o S One. 6, 5, 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Applicability of GFP microbial whole cell biosensors to bioreactor operations: mathematical modeling and related experimental tools
Delvigne, F., Brognaux, A., Gorret, N., Sørensen, Søren Johannes, Michel, C. & Thonart, P., jul. 2011, Biosensors - Emerging Materials and Applications. Serra, P. A. (red.). Rijeka, Croatia: InTech, s. 601-630 30 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Bias in bacterial diversity as a result of Nycodenz extraction from bulk soil
Holmsgaard, P. N., Norman, A., Hede, S. C., Poulsen, P. H. B., Al-Soud, W. A., Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 14 jul. 2011, I: Soil Biology & Biochemistry. 43, 10, s. 2152-2159 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sequence and comparative analysis of Lactococcus lactis c2 dairy bacteriphages with different thermal inactivation
Vogensen, Finn Kvist, Nielsen, C. L. M., Bashir, A., Kot, Witold, Hansen, Lars Hestbjerg, Neve, H., Heller, K. J., Sørensen, Søren Johannes & Knoechel, Susanne, aug. 2011.Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
- 2012
- Udgivet
454-sequencing reveals stochastic local reassembly and high disturbance tolerance within arbuscular mycorrhizal fungal communities
Lekberg, K. Y. M., Schnoor, T., Kjøller, Rasmus, Gibbons, S. M., Hansen, Lars Hestbjerg, Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes & Rosendahl, Søren, 2012, I: Journal of Ecology. 100, 1, s. 151-160 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
An invisible workforce: biofilms in the soil
Burmølle, Mette, Kjøller, Annelise Helene & Sørensen, Søren Johannes, 2012, Microbial biofilms: current research and applications. Lear, G. & Lewis, G. D. (red.). Caister Academic Press, s. 61-71 11 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Assessment of the specificity of Burkholderia and Pseudomonas qPCR assays for detection of these genera in soil using 454 pyrosequencing
Bergmark, L., Poulsen, P. H. B., Abu Al-Soud, W., Norman, A., Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2012, I: F E M S Microbiology Letters. 333, 1, s. 77-84 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Bacteria in the first void urine of urethritis patients and healthy controls analysed by 454 high throughput senquencing
Ahrens, P., Frølund, M., Abu Al-Soud, W., Wikström, A., Lidbrink, P., Cullberg, M., Sørensen, Søren Johannes & Jensen, J. S., 2012.Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
- Udgivet
Biofilm growth and near infrared radiation-driven photosynthesis of the chlorophyll d-containing cyanobacterium Acaryochloris marina
Behrendt, L., Schrameyer, V., Qvortrup, Klaus, Neves Lundin, A. L., Sørensen, Søren Johannes, Larkum, A. W. D. & Kühl, Michael, 2012, I: Applied and Environmental Microbiology. 78, 11, s. 3896-3904 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Culture-dependent and -independent investigations of microbial diversity on urinary catheters
Xu, Y., Moser, Claus Ernst, Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes, Høiby, Niels, Nielsen, P. H. & Thomsen, T. R., 2012, I: Journal of Clinical Microbiology. 50, 12, s. 3901-3908 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
DGGE and Pyrosequencing characterization of microbial community and methane-metabolizing microorganisms in livestock slurry surface crusts
Duan, Y. (., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes, Elsgaard, L., Petersen, S. O. & Boon, N., 2012.Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
- Udgivet
- Udgivet
Draft Genome Sequence of the Soil Bacterium Burkholderia terrae Strain BS001, Which Interacts with Fungal Surface Structures
Nazir, R., Hansen, M. A., Sørensen, Søren Johannes & van Elsas, J. D., 2012, I: Journal of Bacteriology. 194, 16, s. 4480-4481 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Early life treatment with vancomycin propagates Akkermansia muciniphila and reduces diabetes incidence in the NOD mouse
Hansen, Camilla Hartmann Friis, Krych, Lukasz, Nielsen, Dennis Sandris, Vogensen, Finn Kvist, Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes, Buschard, K. & Hansen, Axel Kornerup, 2012, I: Diabetologia. 55, 8, s. 2285-2294 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ecology and photobiology of chlorophyll d-containing cyanobacteria
Kühl, Michael, Behrendt, L., Trampe, Erik, Sørensen, Søren Johannes, Chen, M., Qvortrup, K. & Larkum, A., 2012.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning
- Udgivet
- Udgivet
Gut microbiota composition is correlated to grid floor induced stress and behavior in the BALB/c mouse
Bendtsen, K. M. B., Krych, Lukasz, Sørensen, Dorte Bratbo, Pang, W., Nielsen, Dennis Sandris, Josefsen, K., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes & Hansen, Axel Kornerup, 2012, I: P L o S One. 7, 10, 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Heterogeneity in recombinant protein production
Schalén, M., Johanson, T., Neves Lundin, A. L., Sørensen, Søren Johannes & Lantz, A. E., 2012, I: New Biotechnology. 29, Supplement, 0, s. S78 1 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
High robustness of soil bacteria and funghi to multifactorial climate change manipulations
Bergmark, L., Haugwitz-Hardenberg-Reventlow, M. S., Sørensen, Søren Johannes & Priemé, Anders, 2012.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning
- Udgivet
Insight from the draft genome of Dietzia cinnamea P4 reveals mechanisms of survival in complex tropical soil habitats and biotechnology potential
Procópio, L., Alvarez, V. M., Jurelevicius, D. A., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes, Cardoso, J. S., Pádula, M., Leitao, Á. C., Seldin, L. & van Elsas, J. D., 2012, I: Antonie van Leeuwenhoek: Journal of Microbiology. 101, 2, s. 289-302 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
- Udgivet
Metamobilomics — expanding our knowledge on the pool of plasmid encoded traits in natural environments using high-throughput sequencing
Li, L., Norman, A., Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2012, I: Clinical Microbiology and Infection. 18, Suppl. 4, s. 8-11 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Microbial diversity of biofilm communities in microniches associated with the didemnid ascidian Lissoclinum patella
Behrendt, L., Larkum, A. W. D., Trampe, Erik, Norman, A., Sørensen, Søren Johannes & Kühl, Michael, 2012, I: I S M E Journal. 6, s. 1222-1237 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Mining of unexplored habitats for novel chitinases - chiA as a helper gene proxy in metagenomics
Cretoiu, M. S., Kielak, A. M., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes & van Elsas, J. D., 2012, I: Applied Microbiology and Biotechnology. 94, 5, s. 1347-1358 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Novel and conserved bacterial mercuric reductase genes (merA) and mercury resistance plasmids in High Arctic snow, freshwater and sea-ice brine
Kroer, Niels, Møller, A., Barkay, T., Hansen, M. A., Norman, A., Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2012.Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
- Udgivet
Permissiveness of soil microbial communities toward receipt of mobile genetic elements
Musovic, S., Klümper, U., Neves Lundin, A. L., Sørensen, Søren Johannes & Smets, B. F., 2012.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning
- Udgivet
Physiological heterogeneities in microbial populations and implications for physical stress tolerance
Carlqvist, M., Lencastre Fernandes, R., Helmark, S., Heins, A., Neves Lundin, A. L., Sørensen, Søren Johannes, Gernaey, K. & Eliasson Lantz, A., 2012, I: Microbial Cell Factories. 11, 94, 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Profiling of the metabolically active community from a production-scale biogas plant by means of high-throughput metatranscriptome sequencing
Zakrzewski, M., Goesmann, A., Jaenicke, S., Jünemann, S., Eikmeyer, F., Szczepanowski, R., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes, Pühler, A. & Schlüter, A., 2012, I: Journal of Biotechnology. 158, 4, s. 248-258 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Selection for Cu-tolerant bacterial communities with altered composition, but unaltered richness, via long-term Cu exposure
Berg, J., Brandt, Kristian Koefoed, Abu Al-Soud, W., Holm, Peter Engelund, Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes & Nybroe, O., 2012, I: Applied and Environmental Microbiology. 78, 20, s. 7438-7446 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sequencing of IncX-plasmids suggests ubiquity of mobile forms of a biofilm-promoting gene cassette recruited from Klebsiella pneumoniae
Burmølle, Mette, Norman, A., Sørensen, Søren Johannes & Hansen, Lars Hestbjerg, 2012, I: PLOS ONE. 7, 7, 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The fate of indigenous microbiota, starter cultures, Escherichia coli, Listeria innocua and Staphylococcus aureus in Danish raw milk and cheeses determined by pyrosequencing and quantitative real time (qRT)-PCR
Masoud, W. M. H., Vogensen, Finn Kvist, Lillevang, S., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes & Jakobsen, M., 2012, I: International Journal of Food Microbiology. 153, 1-2, s. 192-202 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The fate of mercury in Arctic terrestrial and aquatic ecosystems, a review
Douglas, T. A., Loseto, L. L., Macdonald, R. W., Outridge, P., Dommergue, A., Poulain, A., Amyot, M., Barkay, T., Berg, T., Chételat, J., Constant, P., Evans, M., Ferrari, C., Gantner, N., Johnson, M. S., Kirk, J., Kroer, N., Larose, C., Lean, D., Nielsen, T. G. & 7 flere, , 2012, I: Environmental Chemistry (Online). 9, 4, s. 321-355 35 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The genome sequence of the lactic acid bacterium, Carnobacterium maltaromaticum ATCC 35586 encodes potential virulence factors
Leisner, Jørgen, Hansen, M. A., Larsen, M. H., Hansen, L., Ingmer, Hanne & Sørensen, Søren Johannes, 2012, I: International Journal of Food Microbiology. 152, 3, s. 107-115 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The interconnection between biofilm formation and horizontal gene transfer
Madsen, Jonas Stenløkke, Burmølle, Mette, Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2012, I: F E M S Immunology and Medical Microbiology. 65, 2, s. 183-195 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
When it makes sense to socialize whilst being on the move: A small EAL-domain containing protein, encoded on natural biofilm-promoting plasmids, triggers motility
Madsen, Jonas Stenløkke, Riber, Leise, Burmølle, Mette, Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2012.Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
- 2013
- Udgivet
454 pyrosequencing analyses of bacterial and archaeal richness in 21 full-scale biogas digesters
Sundberg, C., Abu Al-Soud, W., Larsson, M., Alm, E., Yekta, S. S., Svensson, B. H., Sørensen, Søren Johannes & Karlsson, A., 2013, I: FEMS Microbiology Ecology. 85, 3, s. 612-626 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A low-cost, multiplexable, automated flow cytometry procedure for the characterization of microbial stress dynamics in bioreactors
Brognaux, A., Han, S., Sørensen, Søren Johannes, Lebeau, F., Thonart, P. & Delvigne, F., 2013, I: Microbial Cell Factories. 12, 100, 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A spatiotemporal view of plasmid loss in biofilms and planktonic cultures: [plus] Erratum
Madsen, Jonas Stenløkke, Burmølle, Mette & Sørensen, Søren Johannes, 2013, I: Biotechnology and Bioengineering (Print). 110, 12, s. 3071-3074 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Adaptation and heterogeneity of Escherichia coli MC1000 growing in complex environments
Puentes-Téllez, P., Hansen, M. A., Sørensen, Søren Johannes & van Elsas, J., 2013, I: Applied and Environmental Microbiology. 79, 3, s. 1008-1017 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Bacterial chitinolytic communities respond to chitin and pH alteration in soil
Kielak, A., Cretoiu, M., Semenov, A., Sørensen, Søren Johannes & van Elsas, J., 2013, I: Applied and Environmental Microbiology. 79, 1, s. 263-272 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Bacterial community structure in High-Arctic snow and freshwater as revealed by pyrosequencing of 16S rRNA genes and cultivation
Møller, A. K., Søborg, D. A., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes & Kroer, Niels, 2013, I: Polar Research. 32, 11 s., 17390.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cell mass and cell cycle dynamics of an asynchronous budding yeast population: Experimental observations, flow cytometry data analysis, and multi-scale modeling
Lencastre Fernandes, R., Carlquist, M., Neves Lundin, A. L., Heins, A., Dutta, A., Sørensen, Søren Johannes, Jensen, R. A., Nopens, I., Eliasson Lantz, A. & Gernaey, K., 2013, I: Biotechnology and Bioengineering (Print). 110, 3, s. 812-826 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Complete genome sequence of the cystic fibrosis pathogen Achromobacter xylosoxidans NH44784-1996 complies with important pathogenic phenotypes
Jakobsen, T. H., Hansen, M. A., Jensen, P. Ø., Hansen, L., Riber, L., Cockburn, A. P. I., Kolpen, M., Hansen, C. R., Ridderberg, W., Eickhardt-Sørensen, S. R., Hansen, M., Kerpedjiev, P., Alhede, M., Qvortrup, K., Burmølle, M., Moser, C. E., Kühl, M., Ciofu, O., Givskov, M., Sørensen, S. J. & 2 flere, , 2013, I: P L o S One. 8, 7, 17 s., e68484.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Design of growth-dependent biosensors based on destabilized GFP for the detection of physiological behavior of Escherichia coli in heterogeneous bioreactors
Han, S., Delvigne, F., Brognaux, A., Charbon, G. E. & Sørensen, Søren Johannes, 2013, I: Biotechnology Progress. 29, 2, s. 553-563 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Effects of fertilization with urban and agricultural organic wastes in a field trial – Prokaryotic diversity investigated by pyrosequencing
Poulsen, P. H. B., Abu Al-Soud, W., Bergmark, L., Magid, Jakob, Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2013, I: Soil Biology & Biochemistry. 57, s. 784-893 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Investigating the diversity of Pseudomonas spp. in soil using culture dependent and independent techniques
Li, L., Abu Al-Soud, W., Bergmark, L., Riber, Leise, Hansen, Lars Hestbjerg, Magid, Jakob & Sørensen, Søren Johannes, 2013, I: Current Microbiology. 67, 4, s. 423-430 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Investigation of the relationship between lactococcal host cell wall polysaccharide genotype and 936 phage receptor binding protein phylogeny
Mahony, J., Kot, Witold, Murphy, J., Ainsworth, S., Neve, H., Hansen, Lars Hestbjerg, Heller, K. J., Sørensen, Søren Johannes, Hammer, K., Cambillau, C., Vogensen, Finn Kvist & Sinderen, D. V., 2013, I: Applied and Environmental Microbiology. 79, 14, s. 4385-4392 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Microbial diversity and PAH catabolic genes tracking spatial heterogeneity of PAH concentrations
Bengtsson, G., Törneman, N., Lipthay, J. R. D. & Sørensen, Søren Johannes, 2013, I: Microbial Ecology. 65, 1, s. 91-100 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Simultaneous pyrosequencing of the 16S rRNA, IncP-1 trfA, and merA genes
Holmsgaard, P. N., Sørensen, Søren Johannes & Hansen, Lars Hestbjerg, 2013, I: Journal of Microbiological Methods. 95, 2, s. 280-284 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Specificity and stability of the Acromyrmex–Pseudonocardia symbiosis
Andersen, Sandra Breum, Hansen, Lars Hestbjerg, Sapountzis, P., Sørensen, Søren Johannes & Boomsma, Jacobus J., 2013, I: Molecular Ecology. 22, 16, s. 4307-4321 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The ability of soil bacteria to receive the conjugative IncP1 plasmid, pKJK10, is different in a mixed community compared to single strains
de la Cruz Perera, C. I., Ren, D., Blanchet, M., Dendooven, L., Marsch, R., Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2013, I: F E M S Microbiology Letters. 338, 1, s. 95-100 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The impact of the conjugative IncP-1 plasmid pKJK5 on multispecies biofilm formation is dependent on the plasmid host
Røder, Henriette Lyng, Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2013, I: F E M S Microbiology Letters. 344, 2, s. 186-192 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The murine lung microbiome in relation to the intestinal and vaginal bacterial communities
Barfod, K. K., Roggenbuck, M., Hansen, Lars Hestbjerg, Schjørring, S., Larsen, S. T., Sørensen, Søren Johannes & Krogfelt, K. A., 2013, I: B M C Microbiology. 13, 12 s., 303.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2014
- Udgivet
An improved method for including upper size range plasmids in metamobilomes
Norman, A., Riber, Leise, Luo, W., Li, L., Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2014, I: PLoS ONE. 9, 8, 12 s., e104405.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Bioinformatic approaches reveal metagenomic characterization of soil microbial community
Xu, Z., Hansen, M. A., Hansen, Lars Hestbjerg, Jacquiod, S. J. A. & Sørensen, Søren Johannes, 2014, I: P L o S One. 9, 4, 11 s., e93445.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Characterization of the gut microbiota in leptin deficient obese mice: correlation to inflammatory and diabetic parameters
Ellekilde, M., Krych, Lukasz, Hansen, Camilla Hartmann Friis, Hufeldt, M. R., Dahl, K., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes, Vogensen, Finn Kvist, Nielsen, Dennis Sandris & Hansen, Axel Kornerup, 2014, I: Research in Veterinary Science. 96, 2, s. 241-250 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Complete genome sequences of four novel Lactococcus lactis phages distantly related to the Rare 1706 Phage Species
Kot, Witold, Neve, H., Vogensen, Finn Kvist, Heller, K. J., Sørensen, Søren Johannes & Hansen, L. H., 2014, I: Genome Announcements. 2, 4, 2 s., e00265-14.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
DPS - a rapid method for genome sequencing of DNA-containing bacteriophages directly from a single plaque
Kot, Witold, Vogensen, Finn Kvist, Sørensen, Søren Johannes & Hansen, Lars Hestbjerg, 2014, I: Journal of Virological Methods. 196, s. 152-156 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Draft genome sequence of Burkholderia sordidicola S170, a potential plant growth promoter isolated from coniferous forest soil in the Czech Republic
Lladó, S., Xu, Z., Sørensen, Søren Johannes & Baldrian, P., 2014, I: Genome Announcements. 2, 4, 2 s., e00810-14.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Exploring the immediate and long-term impact on bacterial communities in soil amended with animal and urban organic waste fertilizers using pyrosequencing and screening for horizontal transfer of antibiotic resistance
Riber, Leise, Poulsen, P. H. B., Abu Al-Soud, W., Hansen, L. B. S., Bergmark, L., Brejnrod, A. D., Norman, A., Hansen, Lars Hestbjerg, Magid, Jakob & Sørensen, Søren Johannes, 2014, I: F E M S Microbiology Ecology. 90, 1, s. 206-224 19 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome sequence of Leuconostoc mesenteroides subsp. cremoris strain T26, isolated from mesophilic undefined cheese starter
Pedersen, T. B., Kot, Witold, Hansen, L. H., Sørensen, Søren Johannes, Broadbent, J. R., Vogensen, Finn Kvist & Ardö, Ylva Margareta, 2014, I: Genome Announcements. 2, 3, 1 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome sequences of two Leuconostoc pseudomesenteroides strains isolated from Danish dairy starter cultures
Pedersen, T. B., Kot, Witold, Hansen, L. H., Sørensen, Søren Johannes, Broadbent, J. R., Vogensen, Finn Kvist & Ardö, Ylva Margareta, 2014, I: Genome Announcements. 2, 3, s. 2 e00484-14.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
High-throughput screening of multispecies biofilm formation and quantitative PCR-based assessment of individual species proportions, useful for exploring interspecific bacterial interactions
Ren, D., Madsen, Jonas Stenløkke, de la Cruz Perera, C. I., Bergmark, L., Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2014, I: Microbial Ecology. 68, 1, s. 146-154 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Host-specific microbial communities in three sympatric North Sea sponges
Naim, M. A., Morillo, J. A., Sørensen, Søren Johannes, Abu Al-Soud, W., Smidt, H. & Sipkema, D., 2014, I: F E M S Microbiology Ecology. 90, 2, s. 390-403 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Hundreds of circular novel plasmids and DNA elements identified in a rat cecum metamobilome
Jørgensen, T. S., Xu, Z., Hansen, M. A., Sørensen, Søren Johannes & Hansen, L. H., 2014, I: P L o S One. 9, 2, 9 s., e87924.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification and assembly of genomes and genetic elements in complex metagenomic samples without using reference genomes
Nielsen, H. B., Almeida, M., Juncker, A., Rasmussen, S., Li, J., Sunagawa, S., Plichta, D. R., Gautier, L., Pedersen, A. G., Le Chatelier, E., Pelletier, E., Bonde, I., Nielsen, T., Manichanh, C., Arumugam, M., Batto, J-M., dos Santos, M. B. Q., Blom, N., Borruel, N., Burgdorf, K. S. & 31 flere, , 2014, I: Nature Biotechnology. 32, 8, s. 822–828 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identifying the core microbial community in the gut of fungus-growing termites
Otani, S., Mikaelyan, A., Nobre, T., Hansen, Lars Hestbjerg, Koné, N. A., Sørensen, Søren Johannes, Aanen, D. K., Boomsma, Jacobus J., Brune, A. & Poulsen, Michael, 2014, I: Molecular Ecology. 23, 18, s. 4631–4644 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Interactions in multispecies biofilms: do they actually matter?
Burmølle, Mette, Ren, D., Bjarnsholt, Thomas & Sørensen, Søren Johannes, 2014, I: Trends in Microbiology. 22, 2, s. 84-91 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Loss of microbial diversity in soils is coincident with reductions in some specialized functions
Singh, B. K., Quince, C., Macdonald, C. A., Khachane, A., Thomas, N., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes, He, Z., White, D., Sinclair, A., Crooks, B., Zhou, J. & Campbell, C. D., 2014, I: Environmental Microbiology. 16, 8, s. 2408-2420 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Mercuric reductase genes (merA) and mercury resistance plasmids in High Arctic snow, freshwater and sea-ice brine
Møller, A. K., Barkay, T., Hansen, M. A., Norman, A., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes, Boyd, E. S. & Kroer, Niels, 2014, I: FEMS Microbiology Ecology. 87, 1, s. 52-63 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Metabolic variability in bioprocessing: implications of microbial phenotypic heterogeneity
Delvigne, F., Zune, Q., Lara, A. R., Abu Al-Soud, W. & Sørensen, Søren Johannes, 2014, I: Trends in Biotechnology. 32, 12, s. 608-616 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Methanotrophs, methanogens and microbial community structure in livestock slurry surface crusts
Duan, Y. F., Abu Al-Soud, W., Brejnrod, A. D., Sørensen, Søren Johannes, Elsgaard, L., Petersen, S. O. & Boon, N., 2014, I: Journal of Applied Microbiology. 117, 4, s. 1066-1078 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Rapid TaqMan-based quantification of chlorophyll d-containing cyanobacteria in the genus Acaryochloris
Behrendt, L., Nielsen, J. L., Sørensen, Søren Johannes, Larkum, A. W. D., Winther, Jakob R. & Kühl, Michael, 2014, I: Applied and Environmental Microbiology. 80, 10, s. 3244-3249 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sequence and comparative analysis of Leuconostoc dairy bacteriophages
Kot, Witold, Hansen, Lars Hestbjerg, Neve, H., Hammer, K., Jacobsen, S., Pedersen, P. D., Sørensen, Søren Johannes, Heller, K. J. & Vogensen, Finn Kvist, 2014, I: International Journal of Food Microbiology. 176, s. 29-37 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sequentially aerated membrane biofilm reactors for autotrophic nitrogen removal: microbial community composition and dynamics
Pellicer i Nàcher, C., Franck, S., Gülay, A., Ruscalleda, M., Terada, A., Abu Al-Soud, W., Hansen, M. A., Sørensen, Søren Johannes & Smets, B. F., 2014, I: Microbial Biotechnology. 7, 1, s. 32-43 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Shifts in abundance and diversity of mobile genetic elements after the introduction of diverse pesticides into an on-farm biopurification system over the course of a year
Dealtry, S., Holmsgaard, P. N., Dunon, V., Jechalke, S., Ding, G., Kroegerrecklenfort, E., Heuer, H., Hansen, Lars Hestbjerg, Springael, D., Zuehlke, S., Sørensen, Søren Johannes & Smalla, K., 2014, I: Applied and Environmental Microbiology. 80, 13, s. 4012-4020 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Synbiotic Lactobacillus acidophilus NCFM and cellobiose does not affect human gut bacterial diversity but increases abundance of lactobacilli, bifidobacteria and branched-chain fatty acids: a randomized, double-blinded cross-over trial
van Zanten, G. C., Krych, Lukasz, Röytiö, H., Forssten, S., Lahtinen, S. J., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes, Svensson, B., Jespersen, Lene & Jakobsen, M., 2014, I: F E M S Microbiology Ecology. 90, 1, s. 225-236 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The giraffe (Giraffa camelopardalis) rumen microbiome
Roggenbuck, M., Sauer, C., Poulsen, M., Bertelsen, M. F. & Sørensen, Søren Johannes, 2014, I: F E M S Microbiology Ecology. 90, 1, s. 237-246 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The microbiome of New World vultures
Roggenbuck, M., Schnell, I. B., Blom, N., Bælum, J., Bertelsen, M. F., Sicheritz-Pontén, T., Sørensen, Søren Johannes, Gilbert, M Thomas P, Graves, G. R. & Hansen, L. H., 2014, I: Nature Communications. 5, 7 s., 5498.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2015
- Udgivet
Acromyrmex leaf-cutting ants have simple gut microbiota with nitrogen-fixing potential
Sapountzis, P., Zhukova, M., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes, Schiøtt, M. & Boomsma, Jacobus J., 2015, I: Applied and Environmental Microbiology. 81, 16, s. 5527-5537 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Bacterial symbiont sharing in Megalomyrmex social parasites and their fungus-growing ant hosts
Liberti, J., Sapountzis, P., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes, Adams, R. M. M. & Boomsma, Jacobus J., 2015, I: Molecular Ecology. 24, 12, s. 3151-3169 19 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Broad host range plasmids can invade an unexpectedly diverse fraction of a soil bacterial community
Klümper, U., Riber, Leise, Dechesne, A., Sannazzaro, A. I., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes & Smets, B. F., 2015, I: I S M E Journal. 9, s. 934-945 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Chlorophyll f-driven photosynthesis in a cavernous cyanobacterium
Behrendt, L., Brejnrod, A. D., Schliep, M., Sørensen, Søren Johannes, Larkum, A. W. D. & Kühl, Michael, 2015, I: The ISME Journal. 9, 9, s. 2108-2111 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Current strategies for mobilome research
Jørgensen, T. S., Kiil, A. S., Hansen, M. A., Sørensen, Søren Johannes & Hansen, Lars Hestbjerg, 2015, I: Frontiers in Microbiology. 5, 6 s., 750.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Draft genome sequences of two protease-producing strains of Arsukibacterium, isolated from two cold and alkaline environments
Lylloff, J. E., Hansen, L. B. S., Jepsen, M., Hallin, P. F., Sørensen, Søren Johannes, Stougaard, P. & Glaring, M. A., 2015, I: Genome Announcements. 3, 3, 2 s., e00585-15.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Facultative control of matrix production optimizes competitive fitness in Pseudomonas aeruginosa PA14 biofilm models
Madsen, Jonas Stenløkke, Lin, Y. C., Squyres, G. R., Price-Whelan, A., Torio, A. D. S., Song, A., Cornell, W. C., Sørensen, Søren Johannes, Xavier, J. B. & Dietrich, L. E. P., 2015, I: Applied and Environmental Microbiology. 81, 24, s. 8414-8426 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 4269
Flest downloads
-
5138
downloads
Gut microbiota in human adults with type 2 diabetes differs from non-diabetic adults
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
3028
downloads
Sequence and comparative analysis of Leuconostoc dairy bacteriophages
Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
Udgivet -
2838
downloads
Complete genome sequence of the cystic fibrosis pathogen Achromobacter xylosoxidans NH44784-1996 complies with important pathogenic phenotypes
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet