Søren Johannes Sørensen

Søren Johannes Sørensen

Professor


  1. Udgivet

    Community-intrinsic properties enhance keratin degradation from bacterial consortia

    Nasipuri, P., Herschend, J., Brejnrod, A. D., Madsen, Jonas Stenløkke, Espersen, R., Svensson, B., Burmølle, Mette, Jacquiod, S. & Sørensen, Søren Johannes, 2020, I: PLoS ONE. 15, 1, 26 s., e0228108.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  2. Udgivet

    Host-specific microbial communities in three sympatric North Sea sponges

    Naim, M. A., Morillo, J. A., Sørensen, Søren Johannes, Abu Al-Soud, W., Smidt, H. & Sipkema, D., 2014, I: F E M S Microbiology Ecology. 90, 2, s. 390-403 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  3. Udgivet

    Adaptation of the bacterial community to heavy metal contamination

    Müller, A. K., Rasmussen, L. D. & Sørensen, Søren Johannes, 2001, I: FEMS Microbiology Letters. 205, s. 49-53

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskning

  4. Udgivet

    The Effect of Long Term Mercury Pollution on the Soil Microbial Community

    Müller, A. K., Westergaard, K., Christensen, Søren & Sørensen, Søren Johannes, 2001, I: FEMS Microbiology Ecology. 36, 1, s. 11-19

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    The diversity, structure and function of soil microbial communities exposed to different disturbances

    Müller, A. K., Westergaard, K., Christensen, S. & Sørensen, Søren Johannes, 2002, I: Microbial Ecology. 44, s. 49-58

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  6. Udgivet

    Mercuric reductase genes (merA) and mercury resistance plasmids in High Arctic snow, freshwater and sea-ice brine

    Møller, A. K., Barkay, T., Hansen, M. A., Norman, A., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes, Boyd, E. S. & Kroer, Niels, 2014, I: FEMS Microbiology Ecology. 87, 1, s. 52-63 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  7. Udgivet

    Bacterial community structure in High-Arctic snow and freshwater as revealed by pyrosequencing of 16S rRNA genes and cultivation

    Møller, A. K., Søborg, D. A., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes & Kroer, Niels, 2013, I: Polar Research. 32, 11 s., 17390.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  8. Udgivet

    Diversity and characterization of mercury-resistant bacteria in snow, freshwater and sea-ice brine from the High Arctic

    Møller, A., Barkay, T., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes, Skov, H. & Kroer, Niels, 1 mar. 2011, I: F E M S Microbiology Ecology. 75, 3, s. 390-401 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  9. Udgivet

    Permissiveness of soil microbial communities toward receipt of mobile genetic elements

    Musovic, S., Klümper, U., Neves Lundin, A. L., Sørensen, Søren Johannes & Smets, B. F., 2012.

    Publikation: KonferencebidragKonferenceabstrakt til konferenceForskning

  10. Udgivet

    Cultivation-independent examination of horizontal transfer and host range of an IncP-1 plasmid among gram-positive and gram-negative bacteria indigenous to the barley rhizosphere

    Musovic, S., Oregaard, G., Kroer, Niels & Sørensen, Søren Johannes, 2006, I: Applied and Environmental Microbiology. 72, 10, s. 6687-6692 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. Udgivet

    Investigation of the bacteriophage community in induced lysates of undefined mesophilic mixed-strain DL-cultures using classical and metagenomic approaches

    Muhammed, Musemma Kedir, Olsen, M. L., Kot, Witold, Neve, H., Castro Mejia, J. L., Janzen, T., Hansen, L. H., Nielsen, Dennis Sandris, Sørensen, Søren Johannes, Heller, K. J. & Vogensen, Finn Kvist, 2018, I: International Journal of Food Microbiology. 272, s. 61-72 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Metagenomic analysis of dairy bacteriophages: extraction method and pilot study on whey samples derived from using undefined and defined mesophilic starter cultures

    Muhammed, Musemma Kedir, Kot, Witold, Neve, H., Mahony, J., Castro Mejia, J. L., Krych, Lukasz, Hansen, L. H., Nielsen, Dennis Sandris, Sørensen, Søren Johannes, Heller, K. J., van Sinderen, D. & Vogensen, Finn Kvist, 2017, I: Applied and Environmental Microbiology. 83, 19, 15 s., e00888-17.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  13. Udgivet

    Stability and resilience of the intestinal microbiota in children in daycare - a 12 month cohort study

    Mortensen, M. S., Jensen, Betina Hebbelstrup, Williams, J., Brejnrod, A. D., Andersen, L. O., Röser, D., Andreassen, B. U., Petersen, Andreas Munk, Stensvold, C. R., Sørensen, Søren Johannes & Krogfelt, K. A., 2018, I: BMC Microbiology. 18, 11 s., 223.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  14. Udgivet

    The developing hypopharyngeal microbiota in early life

    Mortensen, M. S., Brejnrod, A. D., Roggenbuck, M., Abu Al-Soud, W., Balle, C., Krogfelt, K. A., Stokholm, Jakob, Thorsen, Jonathan Jan Ilve, Waage, J. E., Rasmussen, Morten Arendt, Bisgaard, H. & Sørensen, Søren Johannes, 2016, I: Microbiome. 4, 12 s., 70.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  15. Udgivet

    Modeling transfer of vaginal microbiota from mother to infant in early life

    Mortensen, M. S., Rasmussen, Morten Arendt, Stokholm, Jakob, Brejnrod, A. D., Balle, C., Thorsen, J., Krogfelt, K. A., Bisgaard, H. & Sørensen, Søren Johannes, 2021, I: eLife. 10, 19 s., e57051.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  16. Udgivet

    Epigenetic landscape links upper airway microbiota in infancy with allergic rhinitis at 6 years of age

    Morin, A., McKennan, C. G., Pedersen, C. T., Stokholm, Jakob, Chawes, Bo Lund Krogsgaard, Schoos, A. M., Naughton, K. A., Thorsen, Jonathan Jan Ilve, Mortensen, M. S., Vercelli, D., Trivedi, Urvish, Sørensen, Søren Johannes, Bisgaard, H., Nicolae, D. L., Bønnelykke, Klaus & Ober, C., 2020, I: Journal of Allergy and Clinical Immunology. 146, 6, s. 1358-1366

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  17. Udgivet

    Plasmid permissiveness of wastewater microbiomes can be predicted from 16S rRNA sequences by machine learning

    Moradigaravand, D., Li, L., Dechesne, A., Nesme, Joseph, de la Cruz, R., Ahmad, H., Banzhaf, M., Sørensen, Søren Johannes, Smets, B. F. & Kreft, J. U., 2023, I: Bioinformatics (Oxford, England). 39, 7, 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  18. Udgivet

    Critical Assessment of Metagenome Interpretation: the second round of challenges

    Meyer, F., Fritz, A., Deng, Z. L., Koslicki, D., Lesker, T. R., Gurevich, A., Robertson, G., Alser, M., Antipov, D., Beghini, F., Bertrand, D., Brito, J. J., Brown, C. T., Buchmann, J., Buluç, A., Chen, B., Chikhi, R., Clausen, P. T. L. C., Cristian, A., Dabrowski, P. W. & 83 flere, Darling, A. E., Egan, R., Eskin, E., Georganas, E., Goltsman, E., Gray, M. A., Hansen, Lars Hestbjerg, Hofmeyr, S., Huang, P., Irber, L., Jia, H., Jørgensen, T. S., Kieser, S. D., Klemetsen, T., Kola, A., Kolmogorov, M., Korobeynikov, A., Kwan, J., LaPierre, N., Lemaitre, C., Li, C., Limasset, A., Malcher-Miranda, F., Mangul, S., Marcelino, V. R., Marchet, C., Marijon, P., Meleshko, D., Mende, D. R., Milanese, A., Nagarajan, N., Nissen, Jakob Nybo, Nurk, S., Oliker, L., Paoli, L., Peterlongo, P., Piro, V. C., Porter, J. S., Rasmussen, Simon, Rees, E. R., Reinert, K., Renard, B., Robertsen, E. M., Rosen, G. L., Ruscheweyh, H. J., Sarwal, V., Segata, N., Seiler, E., Shi, L., Sun, F., Sunagawa, S., Sørensen, Søren Johannes, Thomas, A., Tong, C., Trajkovski, M., Tremblay, J., Uritskiy, G., Vicedomini, R., Wang, Z., Wang, Z., Wang, Z., Warren, A., Willassen, N. P., Yelick, K., You, R., Zeller, G., Zhao, Z., Zhu, S., Zhu, J., Garrido-Oter, R., Gastmeier, P., Hacquard, S., Häußler, S., Khaledi, A., Maechler, F., Mesny, F., Radutoiu, S., Schulze-Lefert, P., Smit, N., Strowig, T., Bremges, A., Sczyrba, A. & McHardy, A. C., 2022, I: Nature Methods. 19, 4, s. 429-440

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  19. Udgivet

    Characterization of bacterial populations in Danish raw milk cheeses made with different starter cultures by denaturating gradient gel electrophoresis and pyrosequencing

    Masoud, W. M. H., Takamiya, M. K. W., Vogensen, Finn Kvist, Lillevang, S., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes & Jakobsen, M., 2011, I: International Dairy Journal. 21, 3, s. 142-148 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  20. Udgivet

    The fate of indigenous microbiota, starter cultures, Escherichia coli, Listeria innocua and Staphylococcus aureus in Danish raw milk and cheeses determined by pyrosequencing and quantitative real time (qRT)-PCR

    Masoud, W. M. H., Vogensen, Finn Kvist, Lillevang, S., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes & Jakobsen, M., 2012, I: International Journal of Food Microbiology. 153, 1-2, s. 192-202 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  21. Udgivet

    Influence of sewage sludge stabilization method on microbial community and the abundance of antibiotic resistance genes

    Major, N., Jechalke, S., Nesme, Joseph, Goreta Ban, S., Černe, M., Sørensen, Søren Johannes, Ban, D., Grosch, R., Schikora, A. & Schierstaedt, J., 2022, I: Waste Management. 154, s. 126-135 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  22. Udgivet

    Composted sewage sludge influences the microbiome and persistence of human pathogens in soil

    Major, N., Schierstaedt, J., Jechalke, S., Nesme, Joseph, Ban, S. G., Černe, M., Sørensen, Søren Johannes, Ban, D. & Schikora, A., 2020, I: Microorganisms. 8, 7, 14 s., 1020.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  23. Udgivet

    Investigation of the relationship between lactococcal host cell wall polysaccharide genotype and 936 phage receptor binding protein phylogeny

    Mahony, J., Kot, Witold, Murphy, J., Ainsworth, S., Neve, H., Hansen, Lars Hestbjerg, Heller, K. J., Sørensen, Søren Johannes, Hammer, K., Cambillau, C., Vogensen, Finn Kvist & Sinderen, D. V., 2013, I: Applied and Environmental Microbiology. 79, 14, s. 4385-4392 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  24. Udgivet

    Facultative control of matrix production optimizes competitive fitness in Pseudomonas aeruginosa PA14 biofilm models

    Madsen, Jonas Stenløkke, Lin, Y. C., Squyres, G. R., Price-Whelan, A., Torio, A. D. S., Song, A., Cornell, W. C., Sørensen, Søren Johannes, Xavier, J. B. & Dietrich, L. E. P., 2015, I: Applied and Environmental Microbiology. 81, 24, s. 8414-8426 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  25. Udgivet

    A spatiotemporal view of plasmid loss in biofilms and planktonic cultures: [plus] Erratum

    Madsen, Jonas Stenløkke, Burmølle, Mette & Sørensen, Søren Johannes, 2013, I: Biotechnology and Bioengineering (Print). 110, 12, s. 3071-3074 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  26. Udgivet

    An intriguing relationship between the cyclic diguanylate signaling system and horizontal gene transfer

    Madsen, Jonas Stenløkke, Hylling, Ole, Jacquiod, S. J. A., Pécastaings, S., Hansen, L. H., Riber, Leise, Vestergaard, G. A. & Sørensen, Søren Johannes, 2018, I: ISME Journal. 12, 9, s. 2330-2334 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  27. Udgivet

    Coexistence facilitates interspecific biofilm formation in complex microbial communities

    Madsen, Jonas Stenløkke, Røder, Henriette Lyng, Russel, J., Sørensen, Helle, Burmølle, Mette & Sørensen, Søren Johannes, 2016, I: Environmental Microbiology. 18, 8, s. 2565–2574

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  28. Udgivet
  29. Udgivet

    Bacterial social interactions and the emergence of community-intrinsic properties

    Madsen, Jonas Stenløkke, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2018, I: Current Opinion in Microbiology. 42, s. 104-109 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  30. Udgivet

    The interconnection between biofilm formation and horizontal gene transfer

    Madsen, Jonas Stenløkke, Burmølle, Mette, Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2012, I: F E M S Immunology and Medical Microbiology. 65, 2, s. 183-195 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  31. Udgivet
  32. Udgivet
  33. Udgivet

    Horizontal Gene Transfer of an IncP1 Plasmid to Soil Bacterial Community Introduced by Escherichia coli through Manure Amendment in Soil Microcosms

    Macedo, G., Olesen, Asmus Kalckar, Maccario, Lorrie, Leal, L. H., v. d. Maas, P., Heederik, D., Mevius, D., Sørensen, Søren Johannes & Schmitt, H., 2022, I: Environmental Science & Technology. 56, 16, s. 11398-11408 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  34. Udgivet

    Identifying qualitative effects of different grazing types on below-ground communities and function in a long-term field experiment

    Macdonald, C. A., Crawley, M. J., Wright, D. J., Kuczynski, J., Robinson, L., Knight, R., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes, Deng, Y., Zhou, J. & Singh, B. K., 2015, I: Environmental Microbiology. 17, 3, s. 841-854 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  35. Udgivet

    Draft genomes of seven isolates from Danish wastewater facilities belonging to Pseudomonas, Bacillus, Pseudochrobactrum, Brevundimonas, and Pandoraea

    Maccario, Lorrie, Silva, A. F., Nesme, Joseph, Amador Hierro, Cristina Isabel, Sørensen, Søren Johannes, Cooper, V. S. & Røder, Henriette Lyng, 2023, I: Microbiology resource announcements. 12, 12, 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLetterForskningfagfællebedømt

  36. Udgivet

    Genomic and exoproteomic analyses of cold- and alkaline-adapted bacteria reveal an abundance of secreted subtilisin-like proteases

    Lylloff, J. E., Hansen, L. B. S., Jepsen, M., Sanggaard, K. W., Vester, J. K., Enghild, J. J., Sørensen, Søren Johannes, Stougaard, P. & Glaring, M. A., 2016, I: Microbial Biotechnology. 9, 2, s. 245-256 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  37. Udgivet

    Draft genome sequences of two protease-producing strains of Arsukibacterium, isolated from two cold and alkaline environments

    Lylloff, J. E., Hansen, L. B. S., Jepsen, M., Hallin, P. F., Sørensen, Søren Johannes, Stougaard, P. & Glaring, M. A., 2015, I: Genome Announcements. 3, 3, 2 s., e00585-15.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  38. Udgivet

    Diverse gene functions in a soil mobilome

    Luo, W., Xu, Z., Riber, Leise, Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2016, I: Soil Biology & Biochemistry. 101, s. 175-183 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  39. Udgivet

    Draft genome sequence of Burkholderia sordidicola S170, a potential plant growth promoter isolated from coniferous forest soil in the Czech Republic

    Lladó, S., Xu, Z., Sørensen, Søren Johannes & Baldrian, P., 2014, I: Genome Announcements. 2, 4, 2 s., e00810-14.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  40. Udgivet

    Low-abundant species facilitates specific spatial organization that promotes multispecies biofilm formation

    Liu, W., Russel, J., Røder, Henriette Lyng, Madsen, Jonas Stenløkke, Burmølle, Mette & Sørensen, Søren Johannes, 2017, I: Environmental Microbiology. 19, 7, s. 2893-2905 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  41. Udgivet

    Deciphering links between bacterial interactions and spatial organization in multispecies biofilms

    Liu, W., Jacquiod, S., Brejnrod, A., Russel, J., Burmølle, Mette & Sørensen, Søren Johannes, 2019, I: ISME Journal. 13, 12, s. 3054-3066 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  42. Udgivet

    Micro-scale intermixing: a requisite for stable and synergistic co-establishment in a four-species biofilm

    Liu, W., Russel, J., Burmølle, Mette, Sørensen, Søren Johannes & Madsen, Jonas Stenløkke, 2018, I: I S M E Journal. 12, s. 1940-1951 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  43. Udgivet

    Interspecific bacterial interactions are reflected in multispecies biofilm spatial organization

    Liu, W., Røder, Henriette Lyng, Madsen, Jonas Stenløkke, Bjarnsholt, Thomas, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2016, I: Frontiers in Microbiology. 7, 8 s., 1366.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  44. Udgivet

    Impact of dna extraction method on bacterial community composition measured by denaturing gradient gel electrophoresis

    Lipthay, J. R. D., Enzinger, C., Johnsen, K., Aamand, J. & Sørensen, Søren Johannes, 2004, I: Soil Biology & Biochemistry. 36, s. 1607-1614

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  45. Udgivet

    Enhanced degradation of phenoxyacetic acid in soil by horizontal transfer of the tfdA gene encoding a 2,4-dichlorophenoxyacetic acid dioxygenase

    Lipthay, J. R. D., Barkay, T. & Sørensen, Søren Johannes, 2001, I: FEMS Microbiology Ecology. 35, s. 75-84

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  46. Udgivet

    Bacterial symbiont sharing in Megalomyrmex social parasites and their fungus-growing ant hosts

    Liberti, J., Sapountzis, P., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes, Adams, R. M. M. & Boomsma, Jacobus J., 2015, I: Molecular Ecology. 24, 12, s. 3151-3169 19 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  47. Udgivet

    The infant gut resistome associates with E. coli, environmental exposures, gut microbiome maturity, and asthma-associated bacterial composition

    Li, Xuan Ji, Stokholm, Jakob, Brejnrod, A., Vestergaard, G. A., Russel, J., Trivedi, Urvish, Thorsen, Jonathan Jan Ilve, Gupta, S., Hjelmsø, M. H., Shah, S. A., Rasmussen, Morten Arendt, Bisgaard, H. & Sørensen, Søren Johannes, 2021, I: Cell Host & Microbe. 29, 6, s. 975–987.e4 17 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  48. Udgivet

    Differential responses of the gut microbiome and resistome to antibiotic exposures in infants and adults

    Li, Xuan Ji, Brejnrod, A., Thorsen, J., Zachariasen, Trine, Trivedi, Urvish, Russel, J., Vestergaard, G. A., Stokholm, Jakob, Rasmussen, Morten Arendt & Sørensen, Søren Johannes, 2023, I: Nature Communications. 14, 1, 16 s., 8526.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  49. Udgivet

    Metagenomic evidence for co-occurrence of antibiotic, biocide and metal resistance genes in pigs

    Li, Xuan Ji, Rensing, C., Vestergaard, G., Arumugam, Mani, Nesme, Joseph, Gupta, S., Brejnrod, A. D. & Sørensen, Søren Johannes, 2022, I: Environment International. 158, 10 s., 106899.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  50. Udgivet

    Co-localization of antibiotic resistance genes is widespread in the infant gut microbiome and associates with an immature gut microbial composition

    Li, Xuan Ji, Brejnrod, A., Trivedi, Urvish, Russel, J., Thorsen, J., Shah, S. A., Vestergaard, G. A., Rasmussen, Morten Arendt, Nesme, Joseph, Bisgaard, H., Stokholm, Jakob & Sørensen, Søren Johannes, 2024, I: Microbiome. 12, 1, 18 s., 87.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

ID: 4269