Ole Winther

Ole Winther

Professor MSO, Gæsteprofessor


  1. 2015
  2. Udgivet

    Airway inflammation in chronic rhinosinusitis with nasal polyps and asthma: the united airways concept further supported

    Håkansson, K., Bachert, C., Konge, Lars, Thomsen, Simon Francis, Pedersen, Anders Elm, Poulsen, Steen Seier, Martin-Bertelsen, T., Winther, Ole, Backer, Vibeke & von Buchwald, Christian, 2015, I: PloS one. 10, 7, 11 s., e0127228.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  3. Udgivet

    Cancers of unknown primary origin (CUP) are characterized by chromosomal instability (CIN) compared to metastasis of know origin

    Vikeså, J., Møller, A. K. H., Kaczkowski, B., Helweg-Larsen, R. B., Winther, Ole, Henao Giraldo, R., Krogh, Anders, Perell, K., Jensen, F., Daugaard, G. & Nielsen, Finn Cilius, 2015, I: B M C Cancer. 15, 14 s., 151.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  4. Udgivet

    Convolutional LSTM networks for subcellular localization of proteins

    Sønderby, S. K., Sønderby, C. K., Nielsen, H. & Winther, Ole, 2015, Algorithms for Computational Biology. Dediu, A-H., Hernández-Quiroz, F., Martín-Vide, C. & Rosenblueth, D. A. (red.). Springer, s. 68-80 13 s. (Lecture notes in computer science, Bind 9199).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportKonferencebidrag i proceedingsForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    Differential gene expression in the otic capsule and the middle ear-an annotation of bone-related signaling genes

    Nielsen, M. C., Martin-Bertelsen, T., Friis, M., Winther, Ole, Friis-Hansen, Lennart Jan, Rye-Jørgensen, N., Bloch, S. & Sørensen, Mads Sølvsten, 2015, I: Otology & Neurotology. 36, 4, s. 727-732 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  6. Udgivet

    Tumor suppressor ASXL1 is essential for the activation of INK4B expression in response to oncogene activity and anti-proliferative signals

    Wu, X., Bekker-Jensen, I. H., Christensen, J., Rasmussen, K. D., Sidoli, S., Qi, Y., Kong, Y., Wang, X., Cui, Y., Xiao, Z., Xu, G., Williams, K., Rappsilber, J., Sønderby, C. K., Winther, Ole, Jensen, O. N. & Helin, K., 2015, I: Cell Research. 25, s. 1205-1218 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  7. Udgivet

    Cellular origin of prognostic chromosomal aberrations in AML patients

    Mora-Jensen, H., Jendholm, L. J., Rapin, N. P. J., Andersen, M. K., Roug, A. S., Bagger, F. O., Bullinger, L., Winther, Ole, Borregaard, N., Porse, Bo Torben & Theilgaard-Mønch, Kim, 11 feb. 2015, I: Leukemia. 29, s. 1785-1789 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  8. 2016
  9. Udgivet

    Autoencoding beyond pixels using a learned similarity metric

    Larsen, A. B. L., Sønderby, S. K., Larochelle, H. & Winther, Ole, 2016, Proceedings of The 33rd International Conference on Machine Learning. Balcan, M. F. & Weinberger, K. Q. (red.). s. 1558–1566 9 s. (JMLR: Workshop and Conference Proceedings, Bind 48).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportKonferencebidrag i proceedingsForskningfagfællebedømt

  10. Udgivet

    Competence classification of cumulus and granulosa cell transcriptome in embryos matched by morphology and female age

    Borup, R., Thuesen, L. L., tcg964, tcg964, Andersen, A. N., Ziebe, S., Winther, Ole & Grøndahl, M. L., 2016, I: P L o S One. 11, 4, s. 1-19 19 s., e0153562.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. Udgivet

    Ladder variational autoencoders

    Sønderby, C. K., Raiko, T., Maaløe, L., Sønderby, S. K. & Winther, Ole, 2016, Advances in Neural Information Processing Systems 29 (NIPS 2016). Lee, D. D., Sugiyama, M., Luxburg, U. V., Guyon, I. & Garnett, R. (red.). Curran Associates, Inc., s. 3745-3753 9 s. (Advances in Neural Information Processing Systems, Bind 29).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportKonferencebidrag i proceedingsForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Sequential neural models with stochastic layers

    Fraccaro, M., Sønderby, S. K., Paquet, U. & Winther, Ole, 2016, Neural Information Processing Systems 2016. Lee, D. D., Sugiyama, M., Luxburg, U. V., Guyon, I. & Garnett, R. (red.). Neural Information Processing Systems Foundation, s. 2207-2215 9 s. (Advances in Neural Information Processing Systems, Bind 29).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportKonferencebidrag i proceedingsForskningfagfællebedømt

  13. Udgivet

    The middle ear immune defense changes with age

    Nielsen, M. C., Friis, M., Martin-Bertelsen, T., Winther, Ole, Friis-Hansen, Lennart Jan & Cayé-Thomasen, Per, 2016, I: European Archives of Oto-Rhino-Laryngology. 273, 1, s. 81-86 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  14. Udgivet

    BloodSpot: a database of gene expression profiles and transcriptional programs for healthy and malignant haematopoiesis

    Bagger, F. O., Sasivarevic, D., Hadi Sohi, S., Laursen, L. G., Pundhir, Sachin, Sønderby, C. K., Winther, Ole, Rapin, N. & Porse, Bo Torben, 4 jan. 2016, I: Nucleic Acids Research. 44, D1, s. D917-24 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  15. Udgivet

    Angiotensinogen and HLA class II predict bevacizumab response in recurrent glioblastoma patients

    Urup, T., Michaelsen, Signe Regner, Olsen, L. R., Toft, A., Christensen, I. J., Grunnet, K., Winther, Ole, Broholm, H., Kosteljanetz, M., Issazadeh-Navikas, Shohreh, Poulsen, H. S. & Lassen, Ulrik Niels, okt. 2016, I: Molecular Oncology. 10, 8, s. 1160-1168

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  16. 2017
  17. Udgivet

    The Bipolar Illness Onset study: research protocol for the BIO cohort study

    Kessing, Lars Vedel, Munkholm, K., Faurholt-Jepsen, M., Miskowiak, Kamilla, Nielsen, L. B., Frikke-Schmidt, Ruth, Ekstrøm, Claus Thorn, Winther, Ole, Pedersen, Bente Klarlund, Poulsen, Henrik Enghusen, McIntyre, R. S., Kapczinski, F., Gattaz, W. F., Bardram, J., Frost, M., Mayora, O., Knudsen, Gitte Moos, Phillips, M. & Vinberg, Maj, 2017, I: BMJ Open. 7, 6, 12 s., e015462.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  18. Udgivet

    DeepLoc: prediction of protein subcellular localization using deep learning

    Almagro Armenteros, J. J., Sønderby, C. K., Sønderby, S. K., Nielsen, H. & Winther, Ole, 1 nov. 2017, I: Bioinformatics. 33, 21, s. 3387-3395 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  19. Udgivet

    An introduction to deep learning on biological sequence data: examples and solutions

    Jurtz, V. I., Johansen, A. R., Nielsen, M., Almagro Armenteros, J. J., Nielsen, H., Sønderby, C. K., Winther, Ole & Sønderby, S. K., 15 nov. 2017, I: Bioinformatics. 33, 22, s. 3685-3690 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  20. 2018
  21. Udgivet

    Binning microbial genomes using deep learning

    Nissen, J. N., Sønderby, C. K., Armenteros, J. J. A., Grønbech, Christopher Heje, Nielsen, H. B., Petersen, T. N., Winther, Ole & Rasmussen, Simon, 2018, (bioRxiv).

    Publikation: Working paperPreprintForskning

  22. Udgivet

    SinaPlot: an enhanced chart for simple and truthful representation of single observations over multiple classes

    Sidiropoulos, N., Sohi, S. H., Pedersen, T. L., Porse, Bo Torben, Winther, Ole, Rapin, N. & Bagger, F. O., 2018, I: Journal of Computational and Graphical Statistics. 27, 3, s. 673-676 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  23. 2019
  24. Udgivet

    A perspective on inverse design of battery interphases using multi-scale modelling, experiments and generative deep learning

    Bhowmik, A., Castelli, I. E., Garcia-Lastra, J. M., Bjørn-Jørgensen, P., Winther, Ole & Vegge, T., 2019, I: Energy Storage Materials. 21, s. 446-456

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  25. Udgivet

    Deconvolution of autoencoders to learn biological regulatory modules from single cell mRNA sequencing data

    Kinalis, S., Nielsen, Finn Cilius, Winther, Ole & Bagger, F. O., 2019, I: BMC Bioinformatics. 20, 9 s., 379.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  26. Udgivet

    Detecting sequence signals in targeting peptides using deep learning

    Almagro Armenteros, J. J., Salvatore, Marco, Emanuelsson, O., Winther, Ole, von Heijne, G., Elofsson, A. & Nielsen, H., 2019, I: Life Science Alliance. 2, 5, 14 s., 201900429.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  27. Udgivet

    NetSurfP-2.0: improved prediction of protein structural features by integrated deep learning

    Klausen, M. S., Jespersen, M. C., Nielsen, H., Jensen, K. K., Jurtz, V. I., Sønderby, C. K., Sommer, M. O. A., Winther, Ole, Nielsen, M., Petersen, Bent & Marcatili, P., 2019, I: Proteins: Structure, Function and Bioinformatics. 87, 6, s. 520-527

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  28. Udgivet

    SignalP 5.0 improves signal peptide predictions using deep neural networks

    Armenteros, J. J. A., Tsirigos, Konstantinos, Sønderby, C. K., Petersen, T. N., Winther, Ole, Brunak, Søren, von Heijne, G. & Nielsen, H., 18 feb. 2019, I: Nature Biotechnology. 37, 4, s. 420-423

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelFormidling

  29. 2020
  30. Udgivet

    Daily estimates of clinical severity of symptoms in bipolar disorder from smartphone-based self-assessments

    Busk, J., Faurholt-Jepsen, M., Frost, M., Bardram, J. E., Kessing, Lars Vedel & Winther, Ole, 2020, I: Translational Psychiatry. 10, 12 s., 194.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  31. Udgivet

    Deep Learning for Diagnostic Binary Classification of Multiple-Lesion Skin Diseases

    Thomsen, K., Christensen, A. L., Iversen, L., Lomholt, H. B. & Winther, Ole, 2020, I: Frontiers in Medicine. 7, 7 s., 574329.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

ID: 171145930