Søren Johannes Sørensen
Professor
Microbiology
Universitetsparken 15
2100 København Ø
- Udgivet
454 pyrosequencing analyses of bacterial and archaeal richness in 21 full-scale biogas digesters
Sundberg, C., Abu Al-Soud, W., Larsson, M., Alm, E., Yekta, S. S., Svensson, B. H., Sørensen, Søren Johannes & Karlsson, A., 2013, I: FEMS Microbiology Ecology. 85, 3, s. 612-626 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
454-sequencing reveals stochastic local reassembly and high disturbance tolerance within arbuscular mycorrhizal fungal communities
Lekberg, K. Y. M., Schnoor, T., Kjøller, Rasmus, Gibbons, S. M., Hansen, Lars Hestbjerg, Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes & Rosendahl, Søren, 2012, I: Journal of Ecology. 100, 1, s. 151-160 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Extrachromosomal replicons:
Sørensen, Søren Johannes, 2011, Lewin's GENES X. Lewin, B., Krebs, J. E., Goldstein, E. S., Kilpatrick, S. T. & Goldstein, E. S. (red.). 10th ed udg. Sudbury, Mass. : Jones and Bartlett Publishers, s. 282-298 16 s. (Jones and Bartlett books in computer science).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Undervisning
- Udgivet
In Vivo Detection and Quantification of Tetracycline by Use of a Whole-Cell Biosensor in the Rat Intestine
Bahl, M. I., Hansen, Lars Hestbjerg, Licht, T. R. & Sørensen, Søren Johannes, 2004, I: Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 48, 4, s. 1112-1117Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Acromyrmex leaf-cutting ants have simple gut microbiota with nitrogen-fixing potential
Sapountzis, P., Zhukova, M., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes, Schiøtt, M. & Boomsma, Jacobus J., 2015, I: Applied and Environmental Microbiology. 81, 16, s. 5527-5537 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Hordeum vulgare differentiates its response to beneficial bacteria
Duan, Y., Han, M., Grimm, M., Schierstaedt, J., Imani, J., Cardinale, M., Le Jean, M., Nesme, Joseph, Sørensen, Søren Johannes & Schikora, A., 2023, I: BMC Plant Biology. 23, 1, 16 s., 460.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
In situ metabolomic- and transcriptomic-profiling of the host-associated cyanobacteria Prochloron and Acaryochloris marina
Behrendt, L., Raina, J., Lutz, A., Kot, W., Albertsen, M., Nielsen, P. H., Sørensen, Søren Johannes, Larkum, A. W. D. & Kühl, Michael, 2018, I: I S M E Journal. 12, s. 556–567 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
In vivo detection and quantification of tetracycline by use of a whole-cell biosensor in the intestine of rats
Bahl, M. I., Hansen, L. H., Licht, T. R. & Sørensen, Søren Johannes, 2003, I: Antimicrobial Agents and Chemotherapy. ., s. .Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Salmonella persistence in soil depends on reciprocal interactions with indigenous microorganisms
Schierstaedt, J., Jechalke, S., Nesme, Joseph, Neuhaus, K., Sørensen, Søren Johannes, Grosch, R., Smalla, K. & Schikora, A., 2020, I: Environmental Microbiology. 22, 7, s. 2639-2652 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Staphylococcus aureus coagulases are exploitable yet stable public goods in clinically relevant conditions
Trivedi, Urvish, Madsen, Jonas Stenløkke, Everett, J., Fell, C., Russel, J., Haaber, J., Crosby, H. A., Horswill, A. R., Burmølle, Mette, Rumbaugh, K. P. & Sørensen, Søren Johannes, 11 dec. 2018, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115, 50, s. E11771-E11779Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A community resource for paired genomic and metabolomic data mining
Schorn, M. A., Verhoeven, S., Ridder, L., Huber, F., Acharya, D. D., Aksenov, A. A., Aleti, G., Moghaddam, J. A., Aron, A. T., Aziz, S., Bauermeister, A., Bauman, K. D., Baunach, M., Beemelmanns, C., Beman, J. M., Berlanga-Clavero, M. V., Blacutt, A. A., Bode, H. B., Boullie, A., Brejnrod, A. & 90 flere, , 2021, I: Nature Chemical Biology. 17, 4, s. 363-368Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A comparison of short-read, HiFi long-read, and hybrid strategies for genome-resolved metagenomics
Eisenhofer Philipona, Raphael A, Nesme, J., Santos-Bay, Luisa, Koziol, Adam Leslie, Sørensen, Søren Johannes, Alberdi, Antton & Aizpurua Arrieta, Ostaizka, 2024, I: Microbiology Spectrum. 12, 4, 14 s., e03590-23.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A converging subset of soil bacterial taxa is permissive to the IncP-1 plasmid pKJK5 across a range of soil copper contamination
Song, J., Klümper, U., Riber, Leise, Dechesne, A., Smets, B. F., Sørensen, Søren Johannes & Brandt, Kristian Koefoed, 2020, I: FEMS Microbiology Ecology. 96, 11, 10 s., fiaa200.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A culture-independent method for studying transfer of IncI1 plasmids from wild-type Escherichia coli in complex microbial communities
Anjum, M., Madsen, Jonas Stenløkke, Espinosa-Gongora, C., Jana, B., Wiese, M., Nielsen, Dennis Sandris, Sørensen, Søren Johannes, Moodley, Arshnee, Bortolaia, V. & Guardabassi, Luca, sep. 2018, I: Journal of Microbiological Methods. 152, s. 18-26 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A flow cytometry-optimized assay using an SOS-green fluorescent protein (SOS-GFP) whole-cell biosensor for the detection of genotoxins in complex environments
Norman, A., Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2006, I: Mutation Research - Reviews. 603, 2, s. 164-172 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
- Udgivet
A low-cost, multiplexable, automated flow cytometry procedure for the characterization of microbial stress dynamics in bioreactors
Brognaux, A., Han, S., Sørensen, Søren Johannes, Lebeau, F., Thonart, P. & Delvigne, F., 2013, I: Microbial Cell Factories. 12, 100, 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A meta-proteomics approach to study the interspecies interactions affecting microbial biofilm development in a model community
Herschend, J., Damholt, Z. B. V., Marquard, A. M., Svensson, B., Sørensen, Søren Johannes, Hägglund, Per Mårten & Burmølle, Mette, 28 nov. 2017, I: Scientific Reports. 7, 13 s., 16483.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A new method for determining the metabolic activity of specific bacterial populations in soil using tritiated leucine and immunomagnetic separation
Sengeløv, G., Sørensen, Søren Johannes, Frette, L. & Kroer, Niels, 2000, I: Biology and Fertility of Soils. 32, 3, s. 202-208Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A novel and affordable bioaugmentation strategy with microbial extracts to accelerate the biodegradation of emerging contaminants in different media
Aguilar-Romero, I., van Dillewijn, P., Nesme, Joseph, Sørensen, Søren Johannes, Nogales, R., Delgado-Moreno, L. & Romero, E., 2022, I: Science of the Total Environment. 834, 10 s., 155234.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A novel baiting microcosm approach used to identify the bacterial community associated with Penicillium bilaii hyphae in soil
Ghodsalavi, B., Svenningsen, N. B., Hao, X., Olsson, S., Nicolaisen, Mette Haubjerg, Al-Soud, W. A., Sørensen, Søren Johannes & Nybroe, O., 27 okt. 2017, I: PLOS ONE. 12, 10, 14 s., e0187116.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A post-planktonic era of in vitro infectious models: issues and changes addressed by a clinically relevant wound like media
Trivedi, Urvish, Madsen, Jonas Stenløkke, Rumbaugh, K. P., Wolcott, R. D., Burmølle, Mette & Sørensen, Søren Johannes, 2017, I: Critical Reviews in Microbiology. 43, 4, s. 453-465 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A spatiotemporal view of plasmid loss in biofilms and planktonic cultures: [plus] Erratum
Madsen, Jonas Stenløkke, Burmølle, Mette & Sørensen, Søren Johannes, 2013, I: Biotechnology and Bioengineering (Print). 110, 12, s. 3071-3074 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Acclimation of subsurface microbial communities to mercury
de Lipthay, J. R., Rasmussen, L. D., Øregaard, G., Simonsen, K., Bahl, M. I., Kroer, Niels & Sørensen, Søren Johannes, 2008, I: FEMS Microbiology Ecology. 65, 1, s. 145-55 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Adaptation and heterogeneity of Escherichia coli MC1000 growing in complex environments
Puentes-Téllez, P., Hansen, M. A., Sørensen, Søren Johannes & van Elsas, J., 2013, I: Applied and Environmental Microbiology. 79, 3, s. 1008-1017 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Adaptation of the bacterial community to heavy metal contamination
Müller, A. K., Rasmussen, L. D. & Sørensen, Søren Johannes, 2001, I: FEMS Microbiology Letters. 205, s. 49-53Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning
- Udgivet
All IncP-1 plasmid subgroups, including the novel e subgroup, are prevalent in the influent of a Danish wastewater treatment plant
Bahl, M. I., Burmølle, Mette, Meisner, A., Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2009, I: Plasmid. 62, 2, s. 134-139 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
All equal, all different?
Han, S., Lundin, L. & Sørensen, Søren Johannes, 2010.Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
- Udgivet
Alterations of the murine gut microbiome in allergic airway disease are independent of surfactant protein D
Barfod, K. K., Roggenbuck, M., Al-Shuweli, S., Fakih, D., Sørensen, Søren Johannes & Sørensen, G. L., mar. 2017, I: Heliyon. 3, 3, 19 s., e00262.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Amplicon sequencing provides more accurate microbiome information in healthy children compared to culturing
Gupta, S., Mortensen, M. S., Schjørring, S., Trivedi, Urvish, Vestergaard, G., Stokholm, Jakob, Bisgaard, H., Krogfelt, K. A. & Sørensen, Søren Johannes, 2019, I: Communications Biology. 2, s. 1-7 7 s., 291.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
An Unexpected Location of the Arginine Catabolic Mobile Element (ACME) in a USA300-Related MRSA Strain
Bartels, Mette Damkjær, Hansen, Lars Hestbjerg, Boye, K., Sørensen, Søren Johannes & Westh, Henrik T., 2011, I: P L o S One. 6, 1, 5 s., e16193.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
An examination of the biodiversity-ecosystem function relationship in arable soil microbial communities
Griffiths, B. S., Ritz, K., Wheatley, R., Kuan, H. L., Boag, B., Christensen, Søren, Ekelund, Flemming, Sørensen, Søren Johannes, Muller, S. & Bloem, J., 2001, I: Soil Biology & Biochemistry. 33, 12-13, s. 1713-1722Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
An improved method for including upper size range plasmids in metamobilomes
Norman, A., Riber, Leise, Luo, W., Li, L., Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2014, I: PLoS ONE. 9, 8, 12 s., e104405.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
An intriguing relationship between the cyclic diguanylate signaling system and horizontal gene transfer
Madsen, Jonas Stenløkke, Hylling, Ole, Jacquiod, S. J. A., Pécastaings, S., Hansen, L. H., Riber, Leise, Vestergaard, G. A. & Sørensen, Søren Johannes, 2018, I: ISME Journal. 12, 9, s. 2330-2334 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
An invisible workforce: biofilms in the soil
Burmølle, Mette, Kjøller, Annelise Helene & Sørensen, Søren Johannes, 2012, Microbial biofilms: current research and applications. Lear, G. & Lewis, G. D. (red.). Caister Academic Press, s. 61-71 11 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
An overview of plasmid transfer in the plant microbiome
Sanchez Salazar, Angela Maria, Taparia, Tanvi, Olesen, Asmus Kalckar, Acuña, J. J., Sørensen, Søren Johannes & Jorquera, M. A., 2023, I: Plasmid. 127, 11 s., 102695.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Antagonism correlates with metabolic similarity in diverse bacteria
Russel, J., Røder, Henriette Lyng, Madsen, Jonas Stenløkke, Burmølle, Mette & Sørensen, Søren Johannes, 3 okt. 2017, I: Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 114, 40, s. 10684-10688 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- E-pub ahead of print
Antibiotic implant irrigation and deep infection: A retrospective study of 1508 patients undergoing breast reconstruction with implants
Hemmingsen, Mathilde Nejrup, Bennedsen, A. K., Kullab, R. B., Weltz, T. K., Ørholt, M., Norlin, C. B., Kalstrup, J., Bredgaard, R., Sørensen, Søren Johannes, Bjarnsholt, Thomas, Hølmich, Lisbet Rosenkrantz, Damsgaard, T. E., Vester-Glowinski, Peter Viktor & Herly, Mikkel, 2024, (E-pub ahead of print) I: Plastic and Reconstructive Surgery. 26 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Applicability of GFP microbial whole cell biosensors to bioreactor operations: mathematical modeling and related experimental tools
Delvigne, F., Brognaux, A., Gorret, N., Sørensen, Søren Johannes, Michel, C. & Thonart, P., jul. 2011, Biosensors - Emerging Materials and Applications. Serra, P. A. (red.). Rijeka, Croatia: InTech, s. 601-630 30 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Application of a mer-lux biosensor for estimating bioavailable mercury in soil
Rasmussen, L. D., Sørensen, Søren Johannes, Turner, R. R. & Barkay, T., 2000, I: Soil Biology & Biochemistry. 32, 5, s. 639-646Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Application of whole-cell biosensors in soil
Sørensen, Søren Johannes, Hansen, Lars Hestbjerg, Burmølle, Mette, Oregaard, G. & Hermansen, P., 2004, Molecular Microbial Ecology Manual. Kowalchuk, G. A., de Bruijn, F. J., Head, I. M., Akkermans, A. D. L. & van Elsas, J. D. (red.). 2. ed udg. Kluwer Academic Publishers, s. 1613-1628 8.03Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning
- Udgivet
Artificial selection of stable rhizosphere microbiota leads to heritable plant phenotype changes
Jacquiod, S., Spor, A., Wei, S., Munkager, V., Bru, D., Sørensen, Søren Johannes, Salon, C., Philippot, L. & Blouin, M., 2022, I: Ecology Letters. 25, 1, s. 189-201 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Assessment of the specificity of Burkholderia and Pseudomonas qPCR assays for detection of these genera in soil using 454 pyrosequencing
Bergmark, L., Poulsen, P. H. B., Abu Al-Soud, W., Norman, A., Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2012, I: F E M S Microbiology Letters. 333, 1, s. 77-84 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Associational Resistance to Predation by Protists in a Mixed Species Biofilm
Goh, Y. F., Røder, Henriette Lyng, Chan, S. H., Ismail, M. H., Madsen, Jonas Stenløkke, Lee, K. W. K., Sørensen, Søren Johannes, Givskov, Michael, Burmølle, Mette, Rice, S. A. & McDougald, D., 2023, I: Applied and Environmental Microbiology. 89, 2, 16 s., e0174122.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Asthma and Wheeze Severity and the Oropharyngeal Microbiota in Children and Adolescents
Thorsen, J., Stokholm, J., Rasmussen, M. A., Roggenbuck-Wedemeyer, M., Vissing, N. H., Mortensen, M. S., Brejnrod, A. D., Fleming, L., Bush, A., Roberts, G., Singer, F., Frey, U., Hedlin, G., Nordlund, B., Murray, C. S., Abdel-Aziz, M. I., Hashimoto, S., van Aalderen, W., Maitland-van der Zee, A. H., Shaw, D. & 13 flere, , 2022, I: Annals of the American Thoracic Society. 19, 12, s. 2031-2043 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Autogenic succession and deterministic recovery following disturbance in soil bacterial communities
Jurburg, S. D., Nunes, I. M., Stegen, J. C., Le Roux, X., Priemé, Anders, Sørensen, Søren Johannes & Salles, J. F., 6 apr. 2017, I: Scientific Reports. 7, 11 s., 45691.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Azo dying of α-keratin material improves microbial keratinase screening and standardization
Gonzalo, M., Espersen, R., Al-Soud, W. A., Cristiano Falco, F., Hägglund, Per Mårten, Sørensen, Søren Johannes, Svensson, B. & Jacquiod, S., 2020, I: Microbial Biotechnology. 13, 4, s. 984-996Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Back to the future of soil metagenomics
Nesme, J., Achouak, W., Agathos, S. N., Bailey, M., Baldrian, P., Brunel, D., Frostegard, A., Heulin, T., Jansson, J. K., Jurkevitch, E., Kruus, K. L., Kowalchuk, G. A., Lagares, A., Lappin-Scott, H. M., Lemanceau, P., Le Paslier, D., Mandic-Mulec, I., Murrell, J. C., Myrold, D. D., Nalin, R. & 28 flere, , 2016, I: Frontiers in Microbiology. 7, 5 s., 73.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Bacteria in the first void urine of urethritis patients and healthy controls analysed by 454 high throughput senquencing
Ahrens, P., Frølund, M., Abu Al-Soud, W., Wikström, A., Lidbrink, P., Cullberg, M., Sørensen, Søren Johannes & Jensen, J. S., 2012.Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
- Udgivet
Bacterial chitinolytic communities respond to chitin and pH alteration in soil
Kielak, A., Cretoiu, M., Semenov, A., Sørensen, Søren Johannes & van Elsas, J., 2013, I: Applied and Environmental Microbiology. 79, 1, s. 263-272 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 4269
Flest downloads
-
5129
downloads
Gut microbiota in human adults with type 2 diabetes differs from non-diabetic adults
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
3026
downloads
Sequence and comparative analysis of Leuconostoc dairy bacteriophages
Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
Udgivet -
2836
downloads
Complete genome sequence of the cystic fibrosis pathogen Achromobacter xylosoxidans NH44784-1996 complies with important pathogenic phenotypes
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet