Søren Johannes Sørensen

Søren Johannes Sørensen

Professor


  1. Udgivet

    The initial inoculation ratio regulates bacterial coculture interactions and metabolic capacity

    Gao, C., Cao, H., Cai, P. & Sørensen, Søren Johannes, 2021, I: ISME Journal. 15, s. 29-40 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  2. Udgivet

    A novel baiting microcosm approach used to identify the bacterial community associated with Penicillium bilaii hyphae in soil

    Ghodsalavi, B., Svenningsen, N. B., Hao, X., Olsson, S., Nicolaisen, Mette Haubjerg, Al-Soud, W. A., Sørensen, Søren Johannes & Nybroe, O., 27 okt. 2017, I: PLOS ONE. 12, 10, 14 s., e0187116.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  3. Udgivet

    Microbial diversity in a permanently cold and alkaline environment in Greenland

    Glaring, M. A., Vester, J. K., Lylloff, J. E., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes & Stougaard, P., 2015, I: PLoS ONE. 10, 4, 22 s., e0124863.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  4. Udgivet

    Associational Resistance to Predation by Protists in a Mixed Species Biofilm

    Goh, Y. F., Røder, Henriette Lyng, Chan, S. H., Ismail, M. H., Madsen, Jonas Stenløkke, Lee, K. W. K., Sørensen, Søren Johannes, Givskov, Michael, Burmølle, Mette, Rice, S. A. & McDougald, D., 2023, I: Applied and Environmental Microbiology. 89, 2, 16 s., e0174122.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    Azo dying of α-keratin material improves microbial keratinase screening and standardization

    Gonzalo, M., Espersen, R., Al-Soud, W. A., Cristiano Falco, F., Hägglund, Per Mårten, Sørensen, Søren Johannes, Svensson, B. & Jacquiod, S., 2020, I: Microbial Biotechnology. 13, 4, s. 984-996

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  6. Udgivet

    High frequencies of antibiotic resistance genes in infants' meconium and early fecal samples

    Gosalbes, M. J., Vallès, Y., Jiménez-Hernández, N., Balle, C., Riva, P., Miravet-Verde, S., de Vries, Lisbeth Elvira, Llop, S., Agersø, Y., Sørensen, Søren Johannes, Ballester, F. & Francino, M. P., 2016, I: Journal of Developmental Origins of Health and Disease. 7, 01, s. 35-44 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  7. Udgivet

    Ecosystem response of pasture soil communities to fumigation-induced microbial diversity reductions: an examination of the biodiversity-ecosystem function relationship

    Griffiths, B. S., Ritz, K., Bardgett, R. D., Cook, R., Christensen, Søren, Ekelund, Flemming, Sørensen, Søren Johannes, Bååth, E., Bloem, J., De Ruiter, P. C., Dolfing, J. & Nicolardot, B., 2000, I: Oikos. 90, 2, s. 279-294

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  8. Udgivet

    An examination of the biodiversity-ecosystem function relationship in arable soil microbial communities

    Griffiths, B. S., Ritz, K., Wheatley, R., Kuan, H. L., Boag, B., Christensen, Søren, Ekelund, Flemming, Sørensen, Søren Johannes, Muller, S. & Bloem, J., 2001, I: Soil Biology & Biochemistry. 33, 12-13, s. 1713-1722

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  9. Udgivet

    Inducible Gene Expression by non-culturable bacteria in milk after pasterurization

    Gunasekera, T. S., Atfield, A. H., Sørensen, Søren Johannes & Veal, D., 2002, I: Applied and Environmental Microbiology. 68(4), s. 1988-1994

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  10. Udgivet

    Comparative analysis of the alveolar microbiome in COPD, ECOPD, Sarcoidosis, and ILD patients to identify respiratory illnesses specific microbial signatures

    Gupta, S., Shariff, M., Chaturvedi, G., Sharma, A., Goel, N., Yadav, M., Mortensen, M. S., Sørensen, Søren Johannes, Mukerji, M. & Chauhan, N. S., 2021, I: Scientific Reports. 11, 11 s., 3963.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. Udgivet

    Amplicon sequencing provides more accurate microbiome information in healthy children compared to culturing

    Gupta, S., Mortensen, M. S., Schjørring, S., Trivedi, Urvish, Vestergaard, G., Stokholm, Jakob, Bisgaard, H., Krogfelt, K. A. & Sørensen, Søren Johannes, 2019, I: Communications Biology. 2, s. 1-7 7 s., 291.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Environmental shaping of the bacterial and fungal community in infant bed dust and correlations with the airway microbiota

    Gupta, S., Hjelmsø, M. H., Lehtimäki, J., Li, Xuan Ji, Mortensen, M. S., Russel, J., Trivedi, Urvish, Rasmussen, Morten Arendt, Stokholm, Jakob, Bisgaard, H. & Sørensen, Søren Johannes, 2020, I: Microbiome. 8, 16 s., 115.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  13. Udgivet

    Ecological patterns, diversity and core taxa of microbial communities in groundwater-fed rapid gravity filters

    Gülay, A., Musovic, S., Albrechtsen, H., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes & Smets, B. F., 2016, I: The ISME Journal. 10, 9, s. 2209-2222 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  14. Udgivet

    DNA-and RNA-SIP Reveal Nitrospira spp. as Key Drivers of Nitrification in Groundwater-Fed Biofilters

    Gülay, A., Fowler, S. J., Tatari, K., Thamdrup, B., Albrechtsen, H., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes & Smets, B. F., 2019, I: mBio. 10, 6, 14 s., e01870-19.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  15. Udgivet

    Neonatal metabolome of caesarean section and risk of childhood asthma

    Gürdeniz, G., Ernst, M., Rago, D., Kim, M., Courraud, J., Stokholm, Jakob, Bønnelykke, Klaus, Björkbom, A., Trivedi, Urvish, Sørensen, Søren Johannes, Brix, Susanne, Hougaard, D., Rasmussen, Morten Arendt, Cohen, A. S., Bisgaard, H. & Chawes, Bo Lund Krogsgaard, 2022, I: The European Respiratory Journal. 59, 6, 11 s., 2102406.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  16. Udgivet

    Vaginal dysbiosis in pregnancy associates with risk of emergency caesarean section: a prospective cohort study

    Haahr, T., Clausen, Tine Dalsgaard, Thorsen, J., Rasmussen, Morten Arendt, Mortensen, M. S., Lehtimäki, J., Shah, S. A., Hjelmsø, M. H., Bønnelykke, Klaus, Chawes, Bo Lund Krogsgaard, Vestergaard, G., Jacobsson, B., Larsson, P., Brix, S., Sørensen, Søren Johannes, Bisgaard, H. & Stokholm, Jakob, 2022, I: Clinical Microbiology and Infection. 28, 4, s. Pages 588-595

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  17. Udgivet

    Whole-genome sequence of Pseudomonas fluorescens EK007-RG4, a promising biocontrol agent against a broad range of bacteria, including the fire blight bacterium Erwinia amylovora

    Habibi, R., Tarighi, S., Behravan, J., Taheri, P., Kjøller, Annelise Helene, Brejnrod, A. D., Madsen, Jonas Stenløkke & Sørensen, Søren Johannes, 2017, I: Genome Announcements. 5, 13, 2 s., e00026-17.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  18. Udgivet

    Design of growth-dependent biosensors based on destabilized GFP for the detection of physiological behavior of Escherichia coli in heterogeneous bioreactors

    Han, S., Delvigne, F., Brognaux, A., Charbon, G. E. & Sørensen, Søren Johannes, 2013, I: Biotechnology Progress. 29, 2, s. 553-563 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  19. Udgivet

    All equal, all different?

    Han, S., Lundin, L. & Sørensen, Søren Johannes, 2010.

    Publikation: KonferencebidragPosterForskning

  20. Udgivet

    Construction of biosensors to investigate physiological diversity in fermentation processes

    Han, S., Lundin, L. & Sørensen, Søren Johannes, 2011.

    Publikation: KonferencebidragPosterForskning

  21. Udgivet
  22. Udgivet

    The use of whole-cell biosensors to detect and quantify compounds or conditions affecting biological systems

    Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2001, I: Microbial Ecology. 42, 4, s. 483-494

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  23. Udgivet

    Design and Synthesis of a Quintessential Self-Transmissible IncX1 Plasmid, pX1.0

    Hansen, Lars Hestbjerg, Bentzon-Tilia, M., Bentzon-Tilia, S., Norman, A., Rafty, L. & Sørensen, Søren Johannes, maj 2011, I: P L o S One. 6, 5, 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  24. Udgivet

    Chromosomal insertion of the entire Escherichia coli lactose operon, into two strains of Pseudomonas, using a modified mini-Tn5 delivery system

    Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes & Jensen, L. B., 1997, I: Gene. 186, 2, s. 167-173

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  25. Udgivet

    Substrate specificity of the OqxAB multidrug resistance pump in Escherichia coli and selected enteric bacteria

    Hansen, Lars Hestbjerg, Jensen, L. B., Sørensen, H. I. & Sørensen, Søren Johannes, 2007, I: Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 60, 1, s. 145-147

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  26. Udgivet

    The effect of the lacY gene on the induction of IPTG inducible promoters, studied in Escherichia coli and Pseudomonas fluorescens

    Hansen, Lars Hestbjerg, Knudsen, S. & Sørensen, Søren Johannes, 1998, I: Current Microbiology. 36, 6, s. 341-347

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  27. Udgivet

    Plasmid Encoded Multidrug Efflux Pump Conferring Resistance to Olaquindox in Escherichia coli

    Hansen, Lars Hestbjerg, Johannesen, E., Burmølle, Mette, Sørensen, A. H. & Sørensen, Søren Johannes, 2004, I: Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 48, 9, s. 3332-3337

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  28. Udgivet

    Versatile biosensor vectors for detection and quantification of mercury

    Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2000, I: FEMS Microbiology Letters. 193, 1, s. 123-127

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  29. Udgivet

    Detection of Oxytetracycline production by Streptomyces rimosus in soil microcosms by combining whole-cell biosensors and flow cytometry

    Hansen, Lars Hestbjerg, Ferrari, B., Sørensen, A. H., Veal, D. & Sørensen, Søren Johannes, 2001, I: Applied and Environmental Microbiology. 67, 1, s. 239-244

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  30. Udgivet

    Determination of the genetic background for resistance to olaquindox, a Gram-negative growth promoter

    Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes & Jensen, L. B., 2006, I: DANMAP 2005 - July 2006. s. 100-100 1 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskning

  31. Udgivet

    The Prevalence of the OqxAB Multidrug Efflux Pump amongst Olaquindox-Resistant Escherichia coli in Pigs

    Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes, Jørgensen, H. S. & Jensen, L. B., 2005, I: Microbial Drug Resistance. 11, 4, s. 378-382

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  32. Udgivet

    Quantification of bioavailable chlortetracycline in pig feces using a bacterial whole-cell biosensor

    Hansen, Lars Hestbjerg, Aarestrup, F. & Sørensen, Søren Johannes, 2002, I: Veterinary Microbiology. 87, 1, s. 51-57

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  33. Udgivet

    Detection and quantification of tetracyclines by whole cell biosensors

    Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2000, I: FEMS Microbiology Letters. 190, 2, s. 273-278

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  34. Udgivet

    Distinct gene expression profile of Xanthomonas retroflexus engaged in synergistic multispecies biofilm formation

    Hansen, L. B. S., Ren, D., Burmølle, Mette & Sørensen, Søren Johannes, 2017, I: The ISME Journal. 11, 1, s. 300-303 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLetterForskningfagfællebedømt

  35. Udgivet

    EMBRACE-WATERS statement: Recommendations for reporting of studies on antimicrobial resistance in wastewater and related aquatic environments

    Hassoun-Kheir, N., Stabholz, Y., Kreft, J-U., de la Cruz, R., Dechesne, A., Smets, B. F., Romalde, J. L., Lema, A., Balboa, S., García-Riestra, C., Torres-Sangiao, E., Neuberger, A., Graham, D., Quintela-Baluja, M., Stekel, D. J., Graham, J., Pruden, A., Nesme, J., Sørensen, S. J., Hough, R. & 1 flere, Paul, M., 2021, I: One Health. 13, 9 s., 100339.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  36. Udgivet

    Comparison of antibiotic-resistant bacteria and antibiotic resistance genes abundance in hospital and community wastewater: A systematic review

    Hassoun-Kheir, N., Stabholz, Y., Kreft, J., de la Cruz, R., Romalde, J. L., Nesme, Joseph, Sørensen, Søren Johannes, Smets, B. F., Graham, D. & Paul, M., 2020, I: Science of the Total Environment. 743, 11 s., 140804.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  37. Udgivet

    Quantitative Flow Cytometry to Understand Population Heterogeneity in Response to Changes in Substrate Availability in Escherichia coli and Saccharomyces cerevisiae Chemostats

    Heins, A., Johanson, T., Han, S., Lundin, L., Carlquist, M., Gernaey, K. V., Sørensen, Søren Johannes & Lantz, A. E., 2019, I: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. 7, 15 s., 187.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  38. Udgivet

    The effect of acetate on population heterogeneity in different cellular characteristics of Escherichia coli in aerobic batch cultures

    Heins, A., Lundin, L., Nunes, I., Gernaey, K. V., Sørensen, Søren Johannes & Eliasson Lantz, A., 2019, I: Biotechnology Progress. 35, 3, e2796.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  39. E-pub ahead of print

    Antibiotic implant irrigation and deep infection: A retrospective study of 1508 patients undergoing breast reconstruction with implants

    Hemmingsen, Mathilde Nejrup, Bennedsen, A. K., Kullab, R. B., Weltz, T. K., Ørholt, M., Norlin, C. B., Kalstrup, J., Bredgaard, R., Sørensen, Søren Johannes, Bjarnsholt, Thomas, Hølmich, Lisbet Rosenkrantz, Damsgaard, T. E., Vester-Glowinski, Peter Viktor & Herly, Mikkel, 2024, (E-pub ahead of print) I: Plastic and Reconstructive Surgery. 26 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  40. Udgivet

    Prophylactic treatment of breast implants with a solution of gentamicin, vancomycin and cefazolin antibiotics for women undergoing breast reconstructive surgery: protocol for a randomised, double-blind, placebo-controlled trial (The BREAST-AB trial)

    Hemmingsen, M. N., Larsen, A., Weltz, T. K., Ørholt, M., Wiberg, S., Bennedsen, A. K., Bille, C., Carstensen, L. F., Jensen, L. T., Bredgaard, R., Koudahl, V., Schmidt, Volker-Jürgen, Vester-Glowinski, Peter Viktor, Hølmich, Lisbet Rosenkrantz, Sørensen, Søren Johannes, Bjarnsholt, Thomas, Damsgaard, Tine M Engberg & Herly, Mikkel, 2022, I: BMJ Open. 12, 9, s. e058697

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  41. Udgivet

    Pharmacokinetics of Locally Applied Antibiotic Prophylaxis for Implant-Based Breast Reconstruction

    Hemmingsen, Mathilde Nejrup, Bennedsen, A. K., Kullab, R. B., Norlin, C. B., Ørholt, M., Larsen, A., Bue, M., Lichtenberg, Mads, Hertz, Frederik Boëtius, Damsgaard, T. E., Vester-Glowinski, Peter Viktor, Sørensen, Søren Johannes, Bjarnsholt, Thomas & Herly, Mikkel, 2023, I: JAMA network open. 6, 12, 11 s., E2348414.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  42. Udgivet

    Genome sequence of Kocuria palustris strain W4

    Herschend, J., Raghupathi, P. K., Røder, Henriette Lyng, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2016, I: Genome Announcements. 4, 2, 1 s., e00074-16.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  43. Udgivet

    A meta-proteomics approach to study the interspecies interactions affecting microbial biofilm development in a model community

    Herschend, J., Damholt, Z. B. V., Marquard, A. M., Svensson, B., Sørensen, Søren Johannes, Hägglund, Per Mårten & Burmølle, Mette, 28 nov. 2017, I: Scientific Reports. 7, 13 s., 16483.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  44. Udgivet

    Metabolic Profiling of Interspecies Interactions During Sessile Bacterial Cultivation Reveals Growth and Sporulation Induction in Paenibacillus amylolyticus in Response to Xanthomonas retroflexus

    Herschend, J., Ernst, M., Koren, K., Melnik, A. V., da Silva, R. R., Røder, Henriette Lyng, Damholt, Z. B. V., Hägglund, Per Mårten, Svensson, B., Sørensen, Søren Johannes, Kühl, Michael, Dorrestein, P. C. & Burmølle, Mette, 2022, I: Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 12, 17 s., 805473.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  45. Udgivet

    Genome sequence of Arthrobacter antarcticus strain W2, isolated from a slaughterhouse

    Herschend, J., Raghupathi, P. K., Røder, Henriette Lyng, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2016, I: Genome Announcements. 4, 2, 2 s., e00073-16.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  46. Udgivet

    Draft genome sequences of two Kocuria isolates, K. salsicia G1 and K. rhizophila G2, isolated from a slaughterhouse in Denmark

    Herschend, J., Raghupathi, P. K., Røder, Henriette Lyng, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2016, I: Genome Announcements. 4, 2, 2 s., e00075-16.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  47. Udgivet

    Prenatal dietary supplements influence the infant airway microbiota in a randomized factorial clinical trial

    Hjelmsø, M. H., Shah, S. A., Thorsen, Jonathan Jan Ilve, Rasmussen, Morten Arendt, Vestergaard, G., Mortensen, M. S., Brejnrod, A., Brix, S., Chawes, Bo Lund Krogsgaard, Bønnelykke, Klaus, Sørensen, Søren Johannes, Stokholm, Jakob & Bisgaard, H., 2020, I: Nature Communications. 11, 10 s., 426.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  48. Udgivet

    Bias in bacterial diversity as a result of Nycodenz extraction from bulk soil

    Holmsgaard, P. N., Norman, A., Hede, S. C., Poulsen, P. H. B., Al-Soud, W. A., Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 14 jul. 2011, I: Soil Biology & Biochemistry. 43, 10, s. 2152-2159 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  49. Udgivet

    Bias in Nycodenz extraction from bulk soil analysed by amplicon high throughput sequencing

    Holmsgaard, P. N., Poulsen, P. H. B., Hede, S., Abu Al-Soud, W., Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, aug. 2010.

    Publikation: KonferencebidragPosterForskning

  50. Udgivet

    Simultaneous pyrosequencing of the 16S rRNA, IncP-1 trfA, and merA genes

    Holmsgaard, P. N., Sørensen, Søren Johannes & Hansen, Lars Hestbjerg, 2013, I: Journal of Microbiological Methods. 95, 2, s. 280-284 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  51. Udgivet

    Response of the bacterial community in an on-farm biopurification system, to which diverse pesticides are introduced over an agricultural season

    Holmsgaard, P. N., Dealtry, S., Dunon, V., Heuer, H., Hansen, Lars Hestbjerg, Springael, D., Smalla, K., Riber, Leise & Sørensen, Søren Johannes, okt. 2017, I: Environmental Pollution. 229, s. 854-862 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  52. Udgivet

    Bias in Nycodenz extraction from bulk soil analysed by amplicon high throughput sequencing

    Holmsgaard, P. N., Poulsen, P., Hede, S., Abu Al-Soud, W., Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, nov. 2010.

    Publikation: KonferencebidragPosterForskning

  53. Udgivet

    The effect of early probiotic exposure on the preterm infant gut microbiome development

    Hui, Y., Smith, Birgitte, Mortensen, M. S., Krych, Lukasz, Sørensen, Søren Johannes, Greisen, Gorm, Krogfelt, K. A. & Nielsen, Dennis Sandris, 2021, I: Gut Microbes. 13, 1, 15 s., 1951113.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  54. Udgivet

    Comparative genomic analysis reveals ecological differentiation in the genus Carnobacterium

    Iskandar, C. F., Borges, F., Taminiau, B., Daube, G., Zagorec, M., Remenant, B., Leisner, Jørgen, Hansen, M. A., Sørensen, Søren Johannes, Mangavel, C., Cailliez-Grimal, C. & Revol-Junelles, A., 2017, I: Frontiers in Microbiology. 8, 14 s., 357.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  55. Udgivet

    Artificial selection of stable rhizosphere microbiota leads to heritable plant phenotype changes

    Jacquiod, S., Spor, A., Wei, S., Munkager, V., Bru, D., Sørensen, Søren Johannes, Salon, C., Philippot, L. & Blouin, M., 2022, I: Ecology Letters. 25, 1, s. 189-201 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  56. Udgivet

    Long-term soil metal exposure impaired temporal variation in microbial metatranscriptomes and enriched active phages

    Jacquiod, S., Nunes, I., Brejnrod, A., Hansen, M. A., Holm, Peter Engelund, Johansen, A., Brandt, Kristian Koefoed, Priemé, Anders & Sørensen, Søren Johannes, 2018, I: Microbiome. 6, s. 1-14 223.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  57. Udgivet

    Deciphering conjugative plasmid permissiveness in wastewater microbiomes

    Jacquiod, S. J. A., Brejnrod, A. D., Milani, S. M., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes & Riber, Leise, jul. 2017, I: Molecular Ecology. 26, 13, s. 3556-3571 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  58. Udgivet

    Long-term industrial metal contamination unexpectedly shaped diversity and activity response of sediment microbiome

    Jacquiod, S. J. A., Cyriaque, V., Riber, Leise, Al-Soud, W. A., Gillan, D. C., Wattiez, R. & Sørensen, Søren Johannes, 15 feb. 2018, I: Journal of Hazardous Materials. 344, s. 299-307 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  59. Udgivet

    Metagenomes provide valuable comparative information on soil microeukaryotes

    Jacquiod, S. J. A., Stenbæk, J., Santos, S. S., Winding, A., Sørensen, Søren Johannes & Priemé, Anders, 2016, I: Research in Microbiology. 167, 5, s. 436-450 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  60. Udgivet

    Bacterial community analysis for investigating bacterial transfer from tonsils to the pig carcass

    Jakobsen, A. M., Bahl, M. I., Buschhardt, T., Hansen, T. B., Abu Al-Soud, W., Brejnrod, A. D., Sørensen, Søren Johannes, Nesbakken, T. & Aabo, S., 2019, I: International Journal of Food Microbiology. 295, s. 8-18 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  61. Udgivet

    Characterisation, dissemination and persistence of gentamicin resistant Escherichia coli from a Danish university hospital to the waste water environment

    Jakobsen, L., Sandvang, D., Hansen, Lars Hestbjerg, Bagger-Skjøt, L., Westh, Henrik T., Jørgensen, C., Hansen, D. S., Pedersen, B. M., Monnet, D. L., Frimodt-Møller, N., Sørensen, Søren Johannes & Hammerum, A. M., 2008, I: Environment International. 34, 1, s. 108-15 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  62. Udgivet

    Complete genome sequence of the cystic fibrosis pathogen Achromobacter xylosoxidans NH44784-1996 complies with important pathogenic phenotypes

    Jakobsen, T. H., Hansen, M. A., Jensen, P. Ø., Hansen, L., Riber, L., Cockburn, A. P. I., Kolpen, M., Hansen, C. R., Ridderberg, W., Eickhardt-Sørensen, S. R., Hansen, M., Kerpedjiev, P., Alhede, M., Qvortrup, K., Burmølle, M., Moser, C. E., Kühl, M., Ciofu, O., Givskov, M., Sørensen, S. J. & 2 flere, Høiby, Niels & Bjarnsholt, Thomas, 2013, I: P L o S One. 8, 7, 17 s., e68484.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  63. Udgivet

    Plasmid metagenomics reveals multiple antibiotic resistance gene classes among the gut microbiomes of hospitalised patients

    Jitwasinkul, T., Suriyaphol, P., Tangphatsornruang, S., Hansen, M. A., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes, Permpikul, C., Rongrungruang, Y. & Tribuddharat, C., 2016, I: Journal of Global Antimicrobial Resistance. 6, s. 57-66 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  64. Udgivet

    Centenarians have a diverse gut virome with the potential to modulate metabolism and promote healthy lifespan

    Johansen, Joachim, Atarashi, K., Arai, Y., Hirose, N., Sørensen, Søren Johannes, Vatanen, T., Knip, M., Honda, K., Xavier, R. J., Rasmussen, Simon & Plichta, D. R., 2023, I: Nature Microbiology. 8, s. 1064-1078 18 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  65. Udgivet

    Genome binning of viral entities from bulk metagenomics data

    Johansen, Joachim, Plichta, D. R., Nissen, J. N., Jespersen, Marie Louise, Shah, S. A., Deng, Ling, Stokholm, Jakob, Bisgaard, H., Nielsen, Dennis Sandris, Sørensen, Søren Johannes & Rasmussen, Simon, 2022, I: Nature Communications. 13, 12 s., 965.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  66. Udgivet

    Microbial degradation of street dust polycyclic aromatic hydrocarbons in microcosms simulating diffuse pollution of urban soil.

    Johnsen, A. R., de Lipthay, J. R., Sørensen, Søren Johannes, Ekelund, Flemming, Christensen, P., Andersen, O., Karlson, U. & Jacobsen, C. S., 2006, I: Environmental Microbiology. 8, 3, s. 535-45 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  67. Udgivet

    Biodegradation, bioaccessibility and genotoxicity of diffuse polycyclic aromatic hydrocarbon (PAH) pollution at a motorway site

    Johnson, A. R., Lipthay, J. R. D., Reichenberg, F., Sørensen, Søren Johannes, Andersen, O., Christensen, P., Binderup, M. & Jacobsen, C. S., 2006, I: Environmental Science & Technology (Washington). 40, 10, s. 3293-3298

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  68. Udgivet

    Legacy Effects on the Recovery of Soil Bacterial Communities from Extreme Temperature Perturbation

    Jurburg, S. D., Nunes, I. M., Brejnrod, A. D., Jacquiod, S. J. A., Priemé, Anders, Sørensen, Søren Johannes, Van Elsas, J. D. & Salles, J. F., 2017, I: Frontiers in Microbiology. 8, 13 s., 1832.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  69. Udgivet

    Autogenic succession and deterministic recovery following disturbance in soil bacterial communities

    Jurburg, S. D., Nunes, I. M., Stegen, J. C., Le Roux, X., Priemé, Anders, Sørensen, Søren Johannes & Salles, J. F., 6 apr. 2017, I: Scientific Reports. 7, 11 s., 45691.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  70. Udgivet

    Plasmids, viruses, and other circular elements in rat gut

    Jørgensen, T. S., Hansen, M. A., Xu, Z., Tabak, M. A., Sørensen, Søren Johannes & Hansen, Lars Hestbjerg, 2017, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 30 s.

    Publikation: Working paperForskning

  71. Udgivet

    Current strategies for mobilome research

    Jørgensen, T. S., Kiil, A. S., Hansen, M. A., Sørensen, Søren Johannes & Hansen, Lars Hestbjerg, 2015, I: Frontiers in Microbiology. 5, 6 s., 750.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  72. Udgivet

    Hundreds of circular novel plasmids and DNA elements identified in a rat cecum metamobilome

    Jørgensen, T. S., Xu, Z., Hansen, M. A., Sørensen, Søren Johannes & Hansen, L. H., 2014, I: P L o S One. 9, 2, 9 s., e87924.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  73. Udgivet

    Free-Living Nematodes Together With Associated Microbes Play an Essential Role in Apple Replant Disease

    Kanfra, X., Liu, B., Beerhues, L., Sørensen, Søren Johannes & Heuer, H., 2018, I: Frontiers in Plant Science. 9, s. 1-13 1666.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  74. Udgivet

    Comparative Genomics Analysis of Keratin-Degrading Chryseobacterium Species Reveals Their Keratinolytic Potential for Secondary Metabolite Production

    Kang, D., Shoaie, S., Jacquiod, S., Sørensen, Søren Johannes & Ledesma-Amaro, R., 2021, I: Microorganisms. 9, 5, 15 s., 1042.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  75. Udgivet

    Construction of Simplified Microbial Consortia to Degrade Recalcitrant Materials Based on Enrichment and Dilution-to-Extinction Cultures

    Kang, D., Jacquiod, S., Herschend, J., Wei, S., Nesme, Joseph & Sørensen, Søren Johannes, 2020, I: Frontiers in Microbiology. 10, 10 s., 3010.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  76. Udgivet

    Metagenomic analysis of a keratin-degrading bacterial consortium provides insight into the keratinolytic mechanisms

    Kang, D., Huang, Y., Nesme, Joseph, Herschend, J., Jacquiod, S., Kot, Witold, Hansen, Lars Hestbjerg, Lange, L. & Sørensen, Søren Johannes, 2021, I: Science of the Total Environment. 761, 9 s., 143281.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  77. Udgivet

    Enrichment and characterization of an environmental microbial consortium displaying efficient keratinolytic activity

    Kang, D., Herschend, J., Abu Al-Soud, W., Mortensen, M. S., Gonzalo, M., Jacquiod, S. J. A. & Sørensen, Søren Johannes, 2018, I: Bioresource Technology. 270, s. 303-310

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  78. Udgivet

    Unravelling plasmidome distribution and interaction with its hosting microbiome

    Kav, A. B., Rozov, R., Bogumil, D., Sørensen, Søren Johannes, Hansen, Lars Hestbjerg, Benhar, I., Halperin, E., Shamir, R. & Mizrahi, I., 2020, I: Environmental Microbiology. 22, 1, s. 32-44

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  79. Udgivet

    Bacterial chitinolytic communities respond to chitin and pH alteration in soil

    Kielak, A., Cretoiu, M., Semenov, A., Sørensen, Søren Johannes & van Elsas, J., 2013, I: Applied and Environmental Microbiology. 79, 1, s. 263-272 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  80. Udgivet

    Rifaximin has minor effects on bacterial composition, inflammation and bacterial translocation in cirrhosis: a randomized trial

    Kimer, N., Pedersen, J. S., Tavenier, J., Christensen, J. E., Busk, T. M., Hobolth, L., Krag, A., Abu Al-Soud, W., Mortensen, M. S., Sørensen, Søren Johannes, Møller, Søren & Bendtsen, Flemming, jan. 2018, I: Journal of Gastroenterology and Hepatology. 33, 1, s. 307-314 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  81. Udgivet

    Metal stressors consistently modulate bacterial conjugal plasmid uptake potential in a phylogenetically conserved manner

    Klümper, U., Dechesne, A., Riber, Leise, Brandt, Kristian Koefoed, Gülay, A., Sørensen, Søren Johannes & Smets, B. F., 2017, I: The ISME Journal. 11, 1, s. 152-165 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  82. Udgivet

    Broad host range plasmids can invade an unexpectedly diverse fraction of a soil bacterial community

    Klümper, U., Riber, Leise, Dechesne, A., Sannazzaro, A. I., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes & Smets, B. F., 2015, I: I S M E Journal. 9, s. 934-945 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  83. Udgivet

    Sequence and comparative analysis of Leuconostoc dairy bacteriophages

    Kot, Witold, Hansen, Lars Hestbjerg, Neve, H., Hammer, K., Sørensen, Søren Johannes, Heller, K. J. & Vogensen, Finn Kvist, 2011. 1 s.

    Publikation: KonferencebidragKonferenceabstrakt til konferenceForskning

  84. Udgivet

    Sequence and comparative analysis of Leuconostoc dairy bacteriophages

    Kot, Witold, Hansen, Lars Hestbjerg, Neve, H., Hammer, K., Pedersen, P. D., Sørensen, Søren Johannes, Heller, K. J. & Vogensen, Finn Kvist, 2011. 1 s.

    Publikation: KonferencebidragPosterForskning

  85. Udgivet

    Sequence and comparative analysis of Leuconostoc dairy bacteriophages

    Kot, Witold, Hansen, Lars Hestbjerg, Neve, H., Hammer, K., Jacobsen, S., Pedersen, P. D., Sørensen, Søren Johannes, Heller, K. J. & Vogensen, Finn Kvist, 2014, I: International Journal of Food Microbiology. 176, s. 29-37 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  86. Udgivet

    Complete genome sequences of four novel Lactococcus lactis phages distantly related to the Rare 1706 Phage Species

    Kot, Witold, Neve, H., Vogensen, Finn Kvist, Heller, K. J., Sørensen, Søren Johannes & Hansen, L. H., 2014, I: Genome Announcements. 2, 4, 2 s., e00265-14.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  87. Udgivet

    DPS - a rapid method for genome sequencing of DNA-containing bacteriophages directly from a single plaque

    Kot, Witold, Vogensen, Finn Kvist, Sørensen, Søren Johannes & Hansen, Lars Hestbjerg, 2014, I: Journal of Virological Methods. 196, s. 152-156 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  88. Udgivet

    Effect of root exudates and bacterial metabolic activity on conjugal gene transfer in the rhizosphere of a marsh plant

    Kroer, Niels, Barkay, T., Sørensen, Søren Johannes & Weber, D., 1998, I: FEMS Microbiology Ecology. 25, 4, s. 375-384 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  89. Udgivet

    Effect of root exudates and bacterial metabolic activity on conjugal gene transfer in the rhizosphere of a marsch plant

    Kroer, Niels, Barkay, T., Sørensen, Søren Johannes & Weber, D., 1998, I: FEMS Microbiology Ecology. 25, s. 375-384

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskning

  90. Udgivet
  91. Udgivet

    Large-scale association analyses identify host factors influencing human gut microbiome composition

    Kurilshikov, A., Medina-Gomez, C., Bacigalupe, R., Radjabzadeh, D., Wang, J., Demirkan, A., Le Roy, C. I., Raygoza Garay, J. A., Finnicum, C. T., Liu, X., Zhernakova, D. V., Bonder, M. J., Hansen, T. H., Frost, F., Rühlemann, M. C., Turpin, W., Moon, J. Y., Kim, H. N., Lüll, K., Barkan, E. & 84 flere, Shah, S. A., Fornage, M., Szopinska-Tokov, J., Wallen, Z. D., Borisevich, D., Agreus, L., Andreasson, A., Bang, C., Bedrani, L., Bell, J. T., Bisgaard, H., Boehnke, M., Boomsma, D. I., Burk, R. D., Claringbould, A., Croitoru, K., Davies, G. E., van Duijn, C. M., Duijts, L., Falony, G., Fu, J., van der Graaf, A., Hansen, Torben, Homuth, G., Hughes, D. A., Ijzerman, R. G., Jackson, M. A., Jaddoe, V. W. V., Joossens, M., Jørgensen, T., Keszthelyi, D., Knight, R., Laakso, M., Laudes, M., Launer, L. J., Lieb, W., Lusis, A. J., Masclee, A. A. M., Moll, H. A., Mujagic, Z., Qibin, Q., Rothschild, D., Shin, H., Sørensen, Søren Johannes, Steves, C. J., Thorsen, Jonathan Jan Ilve, Timpson, N. J., Tito, R. Y., Vieira-Silva, S., Völker, U., Völzke, H., Võsa, U., Wade, K. H., Walter, S., Watanabe, K., Weiss, S., Weiss, F. U., Weissbrod, O., Westra, H. J., Willemsen, G., Payami, H., Jonkers, D. M. A. E., Arias Vasquez, A., de Geus, E. J. C., Meyer, K. A., Stokholm, Jakob, Segal, E., Org, E., Wijmenga, C., Kim, H. L., Kaplan, R. C., Spector, T. D., Uitterlinden, A. G., Rivadeneira, F., Franke, A., Lerch, M. M., Franke, L., Sanna, S., D’Amato, M., Pedersen, Oluf Borbye, Paterson, A. D., Kraaij, R., Raes, J. & Zhernakova, A., 2021, I: Nature Genetics. 53, s. 156-165 19 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  92. Udgivet

    Ecology and photobiology of chlorophyll d-containing cyanobacteria

    Kühl, Michael, Behrendt, L., Trampe, Erik, Sørensen, Søren Johannes, Chen, M., Qvortrup, K. & Larkum, A., 2012.

    Publikation: KonferencebidragKonferenceabstrakt til konferenceForskning

  93. Udgivet

    Ecology and photobiology of chlorophyll d-containing cyanobacteria

    Kühl, Michael, Behrendt, L., Trampe, Erik, Sørensen, Søren Johannes, Chen, M., Qvortrup, Klaus & Larkum, A. W. D., 2012.

    Publikation: KonferencebidragPosterForskning

  94. Udgivet

    Predominant genera of fecal microbiota in children with atopic dermatitis are not altered by intake of probiotic bacteria Lactobacillus acidophilus NCFM and Bifidobacterium animalis subsp.lactis Bi-07

    Larsen, Nadja, Vogensen, Finn Kvist, Gøbel, R. J., Michaelsen, Kim F., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes, Hansen, Lars Hestbjerg & Jakobsen, M., 2011, I: FEMS Microbiology Ecology. 75, 3, s. 482-496 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  95. Udgivet

    The effect of L. acidophilus NCFM intake on insulin sensitivity and gut microbiota: a randomized placebo-controlled trial

    Larsen, Nadja, Andreasen, A. S., Pedersen-Skovsgaard, T., Møller, K., van den Berg, F. W. J., Abu Al-Soud, W. M. A. F., Sørensen, Søren Johannes, Hansen, Lars Hestbjerg, Nielsen, Dennis Sandris, Vogensen, Finn Kvist, Pedersen, Bente Klarlund & Jakobsen, M., sep. 2010.

    Publikation: KonferencebidragKonferenceabstrakt til konferenceForskning

  96. Udgivet

    Gut microbiota in human adults with type 2 diabetes differs from non-diabetic adults

    Larsen, Nadja, Vogensen, Finn Kvist, van der Berg, Franciscus Winfried J, Nielsen, Dennis Sandris, Andreasen, Anne Sofie, Pedersen, Bente Klarlund, Abu Al-Soud, W. M. A. F., Sørensen, Søren Johannes, Hansen, Lars Hestbjerg & Jakobsen, M., 2010, I: PLoS ONE. 5, 2, s. e9085 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  97. Udgivet

    Urbanized microbiota in infants, immune constitution and later risk of atopic diseases

    Lehtimäki, J., Thorsen, Jonathan Jan Ilve, Rasmussen, Morten Arendt, Hjelmsø, M., Shah, S., Mortensen, M. S., Trivedi, Urvish, Vestergaard, G., Bønnelykke, Klaus, Chawes, Bo Lund Krogsgaard, Brix, S., Sørensen, Søren Johannes, Bisgaard, H. & Stokholm, Jakob, 2021, I: Journal of Allergy and Clinical Immunology. 148, 1, s. 234-243 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  98. Udgivet

    Fungi and bacteria in the beds of rural and urban infants correlate with later risk of atopic diseases

    Lehtimäki, J., Gupta, S., Hjelmsø, M., Shah, S., Thorsen, Jonathan Jan Ilve, Rasmussen, Morten Arendt, Soverini, M., Li, Xuan Ji, Russel, J., Trivedi, Urvish, Brix, S., Bønnelykke, Klaus, Chawes, Bo Lund Krogsgaard, Bisgaard, H., Sørensen, Søren Johannes & Stokholm, Jakob, 2023, I: Clinical and Experimental Allergy. 53, 12, s. 1268-1278 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  99. Udgivet

    The genome sequence of the lactic acid bacterium, Carnobacterium maltaromaticum ATCC 35586 encodes potential virulence factors

    Leisner, Jørgen, Hansen, M. A., Larsen, M. H., Hansen, L., Ingmer, Hanne & Sørensen, Søren Johannes, 2012, I: International Journal of Food Microbiology. 152, 3, s. 107-115 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  100. Udgivet

ID: 4269