Søren Johannes Sørensen
Professor
Microbiology
Universitetsparken 15
2100 København Ø
- Udgivet
Construction of an extended range whole-cell tetracycline biosensor by use of the tet(M) resistance gene
Bahl, M. I., Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2005, I: FEMS Microbiology Letters. 253, 2, s. 201-205Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Construction of biosensors to investigate physiological diversity in fermentation processes
Han, S., Lundin, L. & Sørensen, Søren Johannes, 2011.Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
- Udgivet
Cooperative microbial interactions drive spatial segregation in porous environments
Wu, Y., Fu, C., Peacock, C. L., Sørensen, Søren Johannes, Redmile-Gordon, M. A., Xiao, K. Q., Gao, C., Liu, J., Huang, Q., Li, Z., Song, P., Zhu, Y., Zhou, J. & Cai, P., 2023, I: Nature Communications. 14, 1, 14 s., 4226.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Coping with copper: legacy effect of copper on potential activity of soil bacteria following a century of exposure
Nunes, I. M., Jacquiod, S. J. A., Brejnrod, A. D., Holm, Peter Engelund, Johansen, A., Brandt, Kristian Koefoed, Priemé, Anders & Sørensen, Søren Johannes, 2016, I: F E M S Microbiology Ecology. 92, 11, 12 s., fiw175.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Critical Assessment of Metagenome Interpretation: a benchmark of metagenomics software
Sczyrba, A., Hofmann, P., Belmann, P., Koslicki, D., Janssen, S., Dröge, J., Gregor, I., Majda, S., Fiedler, J., Dahms, E., Bremges, A., Fritz, A., Garrido-Oter, R., Jørgensen, T. S., Shapiro, N., Blood, P. D., Gurevich, A., Bai, Y., Turaev, D., DeMaere, M. Z. & 47 flere, , 2017, I: Nature Methods. 14, 11, s. 1063-1071 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Critical Assessment of Metagenome Interpretation: the second round of challenges
Meyer, F., Fritz, A., Deng, Z. L., Koslicki, D., Lesker, T. R., Gurevich, A., Robertson, G., Alser, M., Antipov, D., Beghini, F., Bertrand, D., Brito, J. J., Brown, C. T., Buchmann, J., Buluç, A., Chen, B., Chikhi, R., Clausen, P. T. L. C., Cristian, A., Dabrowski, P. W. & 83 flere, , 2022, I: Nature Methods. 19, 4, s. 429-440Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cultivation of hard-to-culture subsurface mercury-resistant bacteria and discovery of new merA gene sequences
Rasmussen, L. D., Zawadsky, C., Binnerup, S. J., Øregaard, G., Sørensen, Søren Johannes & Kroer, Niels, 2008, I: Applied and Environmental Microbiology. 74, 12, s. 3795-803 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cultivation-independent examination of horizontal transfer and host range of an IncP-1 plasmid among gram-positive and gram-negative bacteria indigenous to the barley rhizosphere
Musovic, S., Oregaard, G., Kroer, Niels & Sørensen, Søren Johannes, 2006, I: Applied and Environmental Microbiology. 72, 10, s. 6687-6692 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Culture-dependent and -independent investigations of microbial diversity on urinary catheters
Xu, Y., Moser, Claus Ernst, Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes, Høiby, Niels, Nielsen, P. H. & Thomsen, T. R., 2012, I: Journal of Clinical Microbiology. 50, 12, s. 3901-3908 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Current strategies for mobilome research
Jørgensen, T. S., Kiil, A. S., Hansen, M. A., Sørensen, Søren Johannes & Hansen, Lars Hestbjerg, 2015, I: Frontiers in Microbiology. 5, 6 s., 750.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
DGGE and Pyrosequencing characterization of microbial community and methane-metabolizing microorganisms in livestock slurry surface crusts
Duan, Y. (., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes, Elsgaard, L., Petersen, S. O. & Boon, N., 2012.Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
- Udgivet
DNA-and RNA-SIP Reveal Nitrospira spp. as Key Drivers of Nitrification in Groundwater-Fed Biofilters
Gülay, A., Fowler, S. J., Tatari, K., Thamdrup, B., Albrechtsen, H., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes & Smets, B. F., 2019, I: mBio. 10, 6, 14 s., e01870-19.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
DPS - a rapid method for genome sequencing of DNA-containing bacteriophages directly from a single plaque
Kot, Witold, Vogensen, Finn Kvist, Sørensen, Søren Johannes & Hansen, Lars Hestbjerg, 2014, I: Journal of Virological Methods. 196, s. 152-156 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Deciphering bacteria associated with a pre-parasitic stage of the root-knot nematode Meloidogyne hapla in nemato-suppressive and nemato-conducive soils
Topalović, O., Santos, S. S., Heuer, H., Nesme, Joseph, Kanfra, X., Hallmann, J., Sørensen, Søren Johannes & Vestergård, M., 2022, I: Applied Soil Ecology. 172, 9 s., 104344.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Deciphering conjugative plasmid permissiveness in wastewater microbiomes
Jacquiod, S. J. A., Brejnrod, A. D., Milani, S. M., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes & Riber, Leise, jul. 2017, I: Molecular Ecology. 26, 13, s. 3556-3571 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Deciphering links between bacterial interactions and spatial organization in multispecies biofilms
Liu, W., Jacquiod, S., Brejnrod, A., Russel, J., Burmølle, Mette & Sørensen, Søren Johannes, 2019, I: ISME Journal. 13, 12, s. 3054-3066 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Delivery mode and gut microbial changes correlate with an increased risk of childhood asthma
Stokholm, Jakob, Thorsen, Jonathan Jan Ilve, Blaser, M. J., Rasmussen, Morten Arendt, Hjelmsø, M., Shah, S., Christensen, E. D., Chawes, Bo Lund Krogsgaard, Bønnelykke, Klaus, Brix, S., Mortensen, M. S., Brejnrod, A., Vestergaard, G., Trivedi, Urvish, Sørensen, Søren Johannes & Bisgaard, H., 2020, I: Science Translational Medicine. 12, 569, 14 s., eaax9929.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Design and Synthesis of a Quintessential Self-Transmissible IncX1 Plasmid, pX1.0
Hansen, Lars Hestbjerg, Bentzon-Tilia, M., Bentzon-Tilia, S., Norman, A., Rafty, L. & Sørensen, Søren Johannes, maj 2011, I: P L o S One. 6, 5, 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
- Udgivet
Design of growth-dependent biosensors based on destabilized GFP for the detection of physiological behavior of Escherichia coli in heterogeneous bioreactors
Han, S., Delvigne, F., Brognaux, A., Charbon, G. E. & Sørensen, Søren Johannes, 2013, I: Biotechnology Progress. 29, 2, s. 553-563 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Detection and quantification of tetracyclines by whole cell biosensors
Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2000, I: FEMS Microbiology Letters. 190, 2, s. 273-278Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Detection of Oxytetracycline production by Streptomyces rimosus in soil microcosms by combining whole-cell biosensors and flow cytometry
Hansen, Lars Hestbjerg, Ferrari, B., Sørensen, A. H., Veal, D. & Sørensen, Søren Johannes, 2001, I: Applied and Environmental Microbiology. 67, 1, s. 239-244Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Determination of the genetic background for resistance to olaquindox, a Gram-negative growth promoter
Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes & Jensen, L. B., 2006, I: DANMAP 2005 - July 2006. s. 100-100 1 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning
- Udgivet
Different Degrees of Niche Differentiation for Bacteria, Fungi, and Myxomycetes Within an Elevational Transect in the German Alps
Dahl, M. B., Brejnrod, A. D., Russel, J., Sørensen, Søren Johannes & Schnittler, M., 2019, I: Microbial Ecology. 78, 3, s. 764-780Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Differential responses of the gut microbiome and resistome to antibiotic exposures in infants and adults
Li, Xuan Ji, Brejnrod, A., Thorsen, J., Zachariasen, Trine, Trivedi, Urvish, Russel, J., Vestergaard, G. A., Stokholm, Jakob, Rasmussen, Morten Arendt & Sørensen, Søren Johannes, 2023, I: Nature Communications. 14, 1, 16 s., 8526.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Direct Detection and Quantification of Horizontal Gene Transfer Using Flow Cytometry and gfp as a Reporter Gene
Sørensen, Søren Johannes, Sørensen, A. H., Hansen, Lars Hestbjerg, Oregaard, G. & Veal, D., 2003, I: Current Microbiology. 47, 2, s. 129-133 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Discovery of multiple anti-CRISPRs highlights anti-defense gene clustering in mobile genetic elements
Pinilla Redondo, Rafael, Shehreen, S., Marino, N. D., Fagerlund, R. D., Brown, C. M., Sørensen, Søren Johannes, Fineran, P. C. & Bondy-Denomy, J., 2020, I: Nature Communications. 11, 11 s., 5652.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Distinct gene expression profile of Xanthomonas retroflexus engaged in synergistic multispecies biofilm formation
Hansen, L. B. S., Ren, D., Burmølle, Mette & Sørensen, Søren Johannes, 2017, I: The ISME Journal. 11, 1, s. 300-303 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Distinct rhizomicrobiota assemblages and plant performance in lettuce grown in soils with different agricultural management histories
Babin, D., Sommermann, L., Chowdhury, S. P., Behr, J. H., Sandmann, M., Neumann, G., Nesme, Joseph, Sørensen, Søren Johannes, Schellenberg, I., Rothballer, M., Geistlinger, J., Smalla, K. & Grosch, R., 2021, I: FEMS Microbiology Ecology. 97, 4, 21 s., fiab027.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Diverse gene functions in a soil mobilome
Luo, W., Xu, Z., Riber, Leise, Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2016, I: Soil Biology & Biochemistry. 101, s. 175-183 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Diversity and characterization of mercury-resistant bacteria in snow, freshwater and sea-ice brine from the High Arctic
Møller, A., Barkay, T., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes, Skov, H. & Kroer, Niels, 1 mar. 2011, I: F E M S Microbiology Ecology. 75, 3, s. 390-401 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Diversity of cultural and uncultrural Pseudomonas in an Urban Waste Filed Trial
Li, L., Bergmark, L., Abu Al-Soud, W., Hansen, Lars Hestbjerg, Norman, A. & Sørensen, Søren Johannes, nov. 2010.Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
- Udgivet
Draft Genome Sequence of the Soil Bacterium Burkholderia terrae Strain BS001, Which Interacts with Fungal Surface Structures
Nazir, R., Hansen, M. A., Sørensen, Søren Johannes & van Elsas, J. D., 2012, I: Journal of Bacteriology. 194, 16, s. 4480-4481 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Draft genome assembly of two Pseudoclavibacter helvolus strains, G8 and W3, isolated from slaughterhouse environments
Raghupathi, P. K., Herschend, J., Røder, Henriette Lyng, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2016, I: Genome Announcements. 4, 2, 1 s., e00077-16.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Draft genome sequence of Burkholderia sordidicola S170, a potential plant growth promoter isolated from coniferous forest soil in the Czech Republic
Lladó, S., Xu, Z., Sørensen, Søren Johannes & Baldrian, P., 2014, I: Genome Announcements. 2, 4, 2 s., e00810-14.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Draft genome sequences of two Kocuria isolates, K. salsicia G1 and K. rhizophila G2, isolated from a slaughterhouse in Denmark
Herschend, J., Raghupathi, P. K., Røder, Henriette Lyng, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2016, I: Genome Announcements. 4, 2, 2 s., e00075-16.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Draft genome sequences of two protease-producing strains of Arsukibacterium, isolated from two cold and alkaline environments
Lylloff, J. E., Hansen, L. B. S., Jepsen, M., Hallin, P. F., Sørensen, Søren Johannes, Stougaard, P. & Glaring, M. A., 2015, I: Genome Announcements. 3, 3, 2 s., e00585-15.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Draft genomes of seven isolates from Danish wastewater facilities belonging to Pseudomonas, Bacillus, Pseudochrobactrum, Brevundimonas, and Pandoraea
Maccario, Lorrie, Silva, A. F., Nesme, Joseph, Amador Hierro, Cristina Isabel, Sørensen, Søren Johannes, Cooper, V. S. & Røder, Henriette Lyng, 2023, I: Microbiology resource announcements. 12, 12, 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
EMBRACE-WATERS statement: Recommendations for reporting of studies on antimicrobial resistance in wastewater and related aquatic environments
Hassoun-Kheir, N., Stabholz, Y., Kreft, J-U., de la Cruz, R., Dechesne, A., Smets, B. F., Romalde, J. L., Lema, A., Balboa, S., García-Riestra, C., Torres-Sangiao, E., Neuberger, A., Graham, D., Quintela-Baluja, M., Stekel, D. J., Graham, J., Pruden, A., Nesme, J., Sørensen, S. J., Hough, R. & 1 flere, , 2021, I: One Health. 13, 9 s., 100339.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Early life treatment with vancomycin propagates Akkermansia muciniphila and reduces diabetes incidence in the NOD mouse
Hansen, Camilla Hartmann Friis, Krych, Lukasz, Nielsen, Dennis Sandris, Vogensen, Finn Kvist, Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes, Buschard, K. & Hansen, Axel Kornerup, 2012, I: Diabetologia. 55, 8, s. 2285-2294 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ecological patterns, diversity and core taxa of microbial communities in groundwater-fed rapid gravity filters
Gülay, A., Musovic, S., Albrechtsen, H., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes & Smets, B. F., 2016, I: The ISME Journal. 10, 9, s. 2209-2222 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ecological succession in the vaginal microbiota during pregnancy and birth
Rasmussen, Morten Arendt, Thorsen, Jonathan Jan Ilve, Dominguez-Bello, M. G., Blaser, M. J., Mortensen, M. S., Brejnrod, A. D., Shah, S. A., Hjelmsø, M. H., Lehtimäki, J., Trivedi, Urvish, Bisgaard, H., Sørensen, Søren Johannes & Stokholm, Jakob, 2020, I: The ISME Journal. 14, 9, s. 2325-2335 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
- Udgivet
Ecology and photobiology of chlorophyll d-containing cyanobacteria
Kühl, Michael, Behrendt, L., Trampe, Erik, Sørensen, Søren Johannes, Chen, M., Qvortrup, K. & Larkum, A., 2012.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning
- Udgivet
Ecosystem response of pasture soil communities to fumigation-induced microbial diversity reductions: an examination of the biodiversity-ecosystem function relationship
Griffiths, B. S., Ritz, K., Bardgett, R. D., Cook, R., Christensen, Søren, Ekelund, Flemming, Sørensen, Søren Johannes, Bååth, E., Bloem, J., De Ruiter, P. C., Dolfing, J. & Nicolardot, B., 2000, I: Oikos. 90, 2, s. 279-294Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Effect of Tetracycline on Transfer and Establishment of the Tetracycline-Inducible Conjugative Transposon Tn916 in the Guts of Gnotobiotic Rats
Bahl, M. I., Sørensen, Søren Johannes, Hansen, Lars Hestbjerg & Licht, T. R., 2004, I: Applied and Environmental Microbiology. 70, 2, s. 758-764Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Effect of genomic location on horizontal transfer of a recombinant gene cassette between Pseudomonas strains in the rhizosphere and spermosphere of barley seedlings
Sengeløv, G., Kristensen, K. J., Sørensen, A. M. H., Kroer, Niels & Sørensen, Søren Johannes, 2001, I: Current Microbiology. 42, s. 160-167Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Effect of long-term organic and mineral fertilization strategies on rhizosphere microbiota assemblage and performance of lettuce
Paul Chowdhury, S., Babin, D., Sandmann, M., Jacquiod, S., Sommermann, L., Sørensen, Søren Johannes, Fliessbach, A., Mäder, P., Geistlinger, J., Smalla, K., Rothballer, M. & Grosch, R., 2019, I: Environmental Microbiology. 21, 7, s. 2426-2439Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Effect of root exudates and bacterial metabolic activity on conjugal gene transfer in the rhizosphere of a marsch plant
Kroer, Niels, Barkay, T., Sørensen, Søren Johannes & Weber, D., 1998, I: FEMS Microbiology Ecology. 25, s. 375-384Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning
- Udgivet
Effect of root exudates and bacterial metabolic activity on conjugal gene transfer in the rhizosphere of a marsh plant
Kroer, Niels, Barkay, T., Sørensen, Søren Johannes & Weber, D., 1998, I: FEMS Microbiology Ecology. 25, 4, s. 375-384 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Effect of tetracycline on transfer and establishment of the tetracycline-inducible conjugative transposon Tn916 in the gut of gnotobiotic rats
Bahl, M. I., Sørensen, Søren Johannes, Hansen, L. H. & Licht, T. R., 2003, I: Applied and Environmental Microbiology. ., s. .Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Effects of fertilization with urban and agricultural organic wastes in a field trial – Prokaryotic diversity investigated by pyrosequencing
Poulsen, P. H. B., Abu Al-Soud, W., Bergmark, L., Magid, Jakob, Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2013, I: Soil Biology & Biochemistry. 57, s. 784-893 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Effects of mercury contimanation on the culturable heterotrophic, functional and genetic diversity of the bacterial community in soil
Rasmussen, L. D. & Sørensen, Søren Johannes, 2001, I: FEMS Microbiology Ecology. 36, s. 1-9Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Effects of soil pre-treatment with Basamid© granules, Brassica juncea, Raphanus sativus, and Tagetes patula on bacterial and fungal communities at two apple replant disease sites
Yim, B., Nitt, H., Wrede, A., Jacquiod, S. J. A., Sørensen, Søren Johannes, Winkelmann, T. & Smalla, K., 1 sep. 2017, I: Frontiers in Microbiology. 8, 15 s., 1604.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Emergent bacterial community properties induce enhanced drought tolerance in Arabidopsis
Yang, Nan, Nesme, Joseph, Røder, Henriette Lyng, Li, Xuan Ji, Zuo, Zhangli Thomsen, Petersen, Morten, Burmølle, Mette & Sørensen, Søren Johannes, 2021, I: npj Biofilms and Microbiomes. 7, 11 s., 82.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Endolithic chlorophyll d-containing phototrophs
Behrendt, L., Larkum, A. W. D., Norman, A., Qvortrup, Klaus, Chen, M., Ralph, P., Sørensen, Søren Johannes, Trampe, Erik & Kühl, Michael, 2011, I: I S M E Journal. 5, 6, s. 1072-6 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Enhanced Biofilm Formation and Increased Resistance to Antimicrobial Agents and Bacterial Invasion Are Caused by Synergistic Interactions in Multispecies Biofilms
Burmølle, Mette, Webb, J. S., Rao, D., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes & Kjelleberg, S., 2006, I: Applied and Environmental Microbiology. 72, 6, s. 3916-3923Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Enhanced bacterial mutualism through an evolved biofilm phenotype
Røder, Henriette Lyng, Herschend, J., Russel, J., Andersen, M. F., Madsen, Jonas Stenløkke, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 1 nov. 2018, I: I S M E Journal. 12, s. 2608-2618 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Enhanced degradation of phenoxyacetic acid in soil by horizontal transfer of the tfdA gene encoding a 2,4-dichlorophenoxyacetic acid dioxygenase
Lipthay, J. R. D., Barkay, T. & Sørensen, Søren Johannes, 2001, I: FEMS Microbiology Ecology. 35, s. 75-84Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Enhanced plasmid loss in bacterial populations exposed to the antimicrobial compound irgasan delivered from interpenetrating polymer network silicone hydrogels
Riber, Leise, Burmølle, Mette, Alm, M., Milani, S. M., Thomsen, P., Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2016, I: Plasmid. 87-88, s. 72-78 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Enrichment and characterization of an environmental microbial consortium displaying efficient keratinolytic activity
Kang, D., Herschend, J., Abu Al-Soud, W., Mortensen, M. S., Gonzalo, M., Jacquiod, S. J. A. & Sørensen, Søren Johannes, 2018, I: Bioresource Technology. 270, s. 303-310Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Environmental shaping of the bacterial and fungal community in infant bed dust and correlations with the airway microbiota
Gupta, S., Hjelmsø, M. H., Lehtimäki, J., Li, Xuan Ji, Mortensen, M. S., Russel, J., Trivedi, Urvish, Rasmussen, Morten Arendt, Stokholm, Jakob, Bisgaard, H. & Sørensen, Søren Johannes, 2020, I: Microbiome. 8, 16 s., 115.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Epigenetic landscape links upper airway microbiota in infancy with allergic rhinitis at 6 years of age
Morin, A., McKennan, C. G., Pedersen, C. T., Stokholm, Jakob, Chawes, Bo Lund Krogsgaard, Schoos, A. M., Naughton, K. A., Thorsen, Jonathan Jan Ilve, Mortensen, M. S., Vercelli, D., Trivedi, Urvish, Sørensen, Søren Johannes, Bisgaard, H., Nicolae, D. L., Bønnelykke, Klaus & Ober, C., 2020, I: Journal of Allergy and Clinical Immunology. 146, 6, s. 1358-1366Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Establishment and early succession of a multispecies biofilm composed of soil bacteria
Burmølle, Mette, Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2007, I: Microbial Ecology. 54, 2, s. 352-62 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Estimating the Transfer Range of Plasmids Encoding Antimicrobial Resistance in a Wastewater Treatment Plant Microbial Community
Li, L., Dechesne, A., He, Z., Madsen, Jonas Stenløkke, Nesme, Joseph, Sørensen, Søren Johannes & Smets, B. F., 8 maj 2018, I: Environmental Science & Technology Letters. 5, 5, s. 260-265 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Expanding known viral diversity in the healthy infant gut
Shah, S. A., Deng, L., Thorsen, J., Pedersen, A. G., Dion, M. B., Castro-Mejía, J. L., Silins, R., Romme, F. O., Sausset, R., Jessen, L. E., Ndela, E. O., Hjelmsø, M., Rasmussen, M. A., Redgwell, T. A., Rodríguez, C. L., Vestergaard, G., Zhang, Y., Chawes, B., Bønnelykke, K., Sørensen, S. J. & 6 flere, , 2023, I: Nature Microbiology. 8, s. 986–998Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Experimental methods and modeling techniques for description of cell population heterogeneity
Lencastre Fernandes, R., Nierychlo, M., Lundin, L., Pedersen, A. E., Tellez, P. E. P., Dutta, A., Carlquist, M., Bolic, A., Schäpper, D., Brunetti, A. C., Helmark, S., Heins, A-L., Jensen, A. D., Nopens, I., Rottwitt, K., Szita, N., Elsas, J. D. V., Nielsen, P. H., Martinussen, J., Sørensen, S. J. & 2 flere, , 2011, I: Biotechnology Advances. 29, 6, s. 575-599 25 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Exploring microbial determinants of apple replant disease (ARD): a microhabitat approach under split-root design
Balbín-Suárez, A., Lucas, M., Vetterlein, D., Sørensen, Søren Johannes, Winkelmann, T., Smalla, K. & Jacquiod, S., 2020, I: FEMS Microbiology Ecology. 96, 12, 12 s., fiaa211.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Exploring the complex response to linuron of bacterial communities from biopurification systems by means of cultivation-independent methods
Dealtry, S., Nour, E. H., Holmsgaard, P. N., Ding, G. C., Weichelt, V., Dunon, V., Heuer, H., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes, Springael, D. & Smalla, K., 2016, I: F E M S Microbiology Ecology. 92, 2, 12 s., fiv157.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Exploring the immediate and long-term impact on bacterial communities in soil amended with animal and urban organic waste fertilizers using pyrosequencing and screening for horizontal transfer of antibiotic resistance
Riber, Leise, Poulsen, P. H. B., Abu Al-Soud, W., Hansen, L. B. S., Bergmark, L., Brejnrod, A. D., Norman, A., Hansen, Lars Hestbjerg, Magid, Jakob & Sørensen, Søren Johannes, 2014, I: F E M S Microbiology Ecology. 90, 1, s. 206-224 19 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Extended-Spectrum β-Lactamase and Carbapenemase Genes are Substantially and Sequentially Reduced during Conveyance and Treatment of Urban Sewage
Li, L., Nesme, Joseph, Quintela-Baluja, M., Balboa, S., Hashsham, S., Williams, M. R., Yu, Z., Sørensen, Søren Johannes, Graham, D. W., Romalde, J. L., Dechesne, A. & Smets, B. F., 2021, I: Environmental Science & Technology. 55, 9, s. 5939-5949 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Facultative control of matrix production optimizes competitive fitness in Pseudomonas aeruginosa PA14 biofilm models
Madsen, Jonas Stenløkke, Lin, Y. C., Squyres, G. R., Price-Whelan, A., Torio, A. D. S., Song, A., Cornell, W. C., Sørensen, Søren Johannes, Xavier, J. B. & Dietrich, L. E. P., 2015, I: Applied and Environmental Microbiology. 81, 24, s. 8414-8426 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Fate of CMY-2-Encoding Plasmids Introduced into the Human Fecal Microbiota by Exogenous Escherichia coli
Anjum, M., Madsen, Jonas Stenløkke, Nesme, Joseph, Jana, B., Wiese, M., Jasinskyte, D., Nielsen, Dennis Sandris, Sørensen, Søren Johannes, Dalsgaard, Anders, Moodley, Arshnee, Bortolaia, V. & Guardabassi, Luca, 2019, I: Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 63, 5, 13 s., e02528-18.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Fluorescence recovery allows theimplementation of a fluorescence reporter gene platform applicable for the detection and quantification of horizontal gene transfer in anoxic environments
Pinilla Redondo, Rafael, Riber, Leise & Sørensen, Søren Johannes, 2018, I: Applied and Environmental Microbiology. 84, 6, 9 s., e02507-17.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Free-Living Nematodes Together With Associated Microbes Play an Essential Role in Apple Replant Disease
Kanfra, X., Liu, B., Beerhues, L., Sørensen, Søren Johannes & Heuer, H., 2018, I: Frontiers in Plant Science. 9, s. 1-13 1666.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Fungi and bacteria in the beds of rural and urban infants correlate with later risk of atopic diseases
Lehtimäki, J., Gupta, S., Hjelmsø, M., Shah, S., Thorsen, Jonathan Jan Ilve, Rasmussen, Morten Arendt, Soverini, M., Li, Xuan Ji, Russel, J., Trivedi, Urvish, Brix, S., Bønnelykke, Klaus, Chawes, Bo Lund Krogsgaard, Bisgaard, H., Sørensen, Søren Johannes & Stokholm, Jakob, 2023, I: Clinical and Experimental Allergy. 53, 12, s. 1268-1278 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genetic barcoding of dark-spored myxomycetes (Amoebozoa): identification, evaluation and application of a sequence similarity threshold for species differentiation in NGS studies
Dahl, M. B., Brejnrod, A. D., Unterseher, M., Hoppe, T., Feng, Y., Novozhilov, Y., Sørensen, Søren Johannes & Schnittler, M., mar. 2018, I: Molecular Ecology Resources. 18, 2, s. 306-318 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome binning of viral entities from bulk metagenomics data
Johansen, Joachim, Plichta, D. R., Nissen, J. N., Jespersen, Marie Louise, Shah, S. A., Deng, Ling, Stokholm, Jakob, Bisgaard, H., Nielsen, Dennis Sandris, Sørensen, Søren Johannes & Rasmussen, Simon, 2022, I: Nature Communications. 13, 12 s., 965.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome sequence of Arthrobacter antarcticus strain W2, isolated from a slaughterhouse
Herschend, J., Raghupathi, P. K., Røder, Henriette Lyng, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2016, I: Genome Announcements. 4, 2, 2 s., e00073-16.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome sequence of Kocuria palustris strain W4
Herschend, J., Raghupathi, P. K., Røder, Henriette Lyng, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2016, I: Genome Announcements. 4, 2, 1 s., e00074-16.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome sequence of Kocuria varians G6 ssolated from a slaughterhouse in Denmark
Raghupathi, P. K., Herschend, J., Røder, Henriette Lyng, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2016, I: Genome Announcements. 4, 2, 2 s., e00076-16.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome sequence of Psychrobacter cibarius strain W1
Raghupathi, P. K., Herschend, J., Røder, Henriette Lyng, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2016, I: Genome Announcements. 4, 3, 1 s., e00078-16.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome sequence of Leuconostoc mesenteroides subsp. cremoris strain T26, isolated from mesophilic undefined cheese starter
Pedersen, T. B., Kot, Witold, Hansen, L. H., Sørensen, Søren Johannes, Broadbent, J. R., Vogensen, Finn Kvist & Ardö, Ylva Margareta, 2014, I: Genome Announcements. 2, 3, 1 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome sequences of two Leuconostoc pseudomesenteroides strains isolated from Danish dairy starter cultures
Pedersen, T. B., Kot, Witold, Hansen, L. H., Sørensen, Søren Johannes, Broadbent, J. R., Vogensen, Finn Kvist & Ardö, Ylva Margareta, 2014, I: Genome Announcements. 2, 3, s. 2 e00484-14.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genomic and exoproteomic analyses of cold- and alkaline-adapted bacteria reveal an abundance of secreted subtilisin-like proteases
Lylloff, J. E., Hansen, L. B. S., Jepsen, M., Sanggaard, K. W., Vester, J. K., Enghild, J. J., Sørensen, Søren Johannes, Stougaard, P. & Glaring, M. A., 2016, I: Microbial Biotechnology. 9, 2, s. 245-256 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Green fluorescent protein (GFP) leakage from microbial biosensors provides useful information for the evaluation of the scale-down effect
Delvigne, F., Brognaux, A., Francis, F., Twizere, J., Gorret, N., Sørensen, Søren Johannes & Thonart, P., 2011, I: Biotechnology Journal. 6, 8, s. 968-978 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Group-specific PCR primers to amplify 24S α-subunit rRNA genes from Kinetoplastida (Protozoa) used in denaturing gradient gel electrophoresis
Rasmussen, L. D., Ekelund, Flemming, Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes & Johnsen, K., 2001, I: Microbial Ecology. 42, 2, s. 109-115Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Gut microbiota composition is correlated to grid floor induced stress and behavior in the BALB/c mouse
Bendtsen, K. M. B., Krych, Lukasz, Sørensen, Dorte Bratbo, Pang, W., Nielsen, Dennis Sandris, Josefsen, K., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes & Hansen, Axel Kornerup, 2012, I: P L o S One. 7, 10, 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Gut microbiota in human adults with type 2 diabetes differs from non-diabetic adults
Larsen, Nadja, Vogensen, Finn Kvist, van der Berg, Franciscus Winfried J, Nielsen, Dennis Sandris, Andreasen, Anne Sofie, Pedersen, Bente Klarlund, Abu Al-Soud, W. M. A. F., Sørensen, Søren Johannes, Hansen, Lars Hestbjerg & Jakobsen, M., 2010, I: PLoS ONE. 5, 2, s. e9085 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Heavy metal exposure causes changes in the metabolic health-associated gut microbiome and metabolites
Li, Xuan Ji, Brejnrod, A. D., Ernst, M., Rykær, M., Herschend, J., Olsen, N. M. C., Dorrestein, P. C., Rensing, C. & Sørensen, Søren Johannes, 2019, I: Environment International. 126, s. 454-467 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Heterogeneity in recombinant protein production
Schalén, M., Johanson, T., Neves Lundin, A. L., Sørensen, Søren Johannes & Lantz, A. E., 2012, I: New Biotechnology. 29, Supplement, 0, s. S78 1 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
High frequencies of antibiotic resistance genes in infants' meconium and early fecal samples
Gosalbes, M. J., Vallès, Y., Jiménez-Hernández, N., Balle, C., Riva, P., Miravet-Verde, S., de Vries, Lisbeth Elvira, Llop, S., Agersø, Y., Sørensen, Søren Johannes, Ballester, F. & Francino, M. P., 2016, I: Journal of Developmental Origins of Health and Disease. 7, 01, s. 35-44 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
High prevalence of biofilm synergy among bacterial soil isolates in cocultures indicates bacterial interspecific cooperation
Ren, D., Madsen, Jonas Stenløkke, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 11 jan. 2015, I: ISME Journal. 9, s. 81-89 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
High robustness of soil bacteria and funghi to multifactorial climate change manipulations
Bergmark, L., Haugwitz-Hardenberg-Reventlow, M. S., Sørensen, Søren Johannes & Priemé, Anders, 2012.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning
- Udgivet
High-throughput screening of multispecies biofilm formation and quantitative PCR-based assessment of individual species proportions, useful for exploring interspecific bacterial interactions
Ren, D., Madsen, Jonas Stenløkke, de la Cruz Perera, C. I., Bergmark, L., Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2014, I: Microbial Ecology. 68, 1, s. 146-154 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Horizontal Gene Transfer of an IncP1 Plasmid to Soil Bacterial Community Introduced by Escherichia coli through Manure Amendment in Soil Microcosms
Macedo, G., Olesen, Asmus Kalckar, Maccario, Lorrie, Leal, L. H., v. d. Maas, P., Heederik, D., Mevius, D., Sørensen, Søren Johannes & Schmitt, H., 2022, I: Environmental Science & Technology. 56, 16, s. 11398-11408 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Horizontal transmission of a multidrug-resistant IncN plasmid isolated from urban wastewater
Yu, Z., Wang, Q., Pinilla Redondo, Rafael, Madsen, Jonas Stenløkke, Clasen, K. A. D., Ananbeh, H., Olesen, Asmus Kalckar, Gong, Zhuang, Yang, Nan, Dechesne, A., Smets, B., Nesme, Joseph & Sørensen, Søren Johannes, 2024, I: Ecotoxicology and Environmental Safety. 271, 12 s., 115971.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Host-specific microbial communities in three sympatric North Sea sponges
Naim, M. A., Morillo, J. A., Sørensen, Søren Johannes, Abu Al-Soud, W., Smidt, H. & Sipkema, D., 2014, I: F E M S Microbiology Ecology. 90, 2, s. 390-403 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
How Microbial Aggregates Protect against Nanoparticle Toxicity
Tang, J., Wu, Y., Esquivel-Elizondo, S., Sørensen, Søren Johannes & Rittmann, B. E., 2018, I: Trends in Biotechnology. 36, 11, s. 1171-1182Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Hundreds of circular novel plasmids and DNA elements identified in a rat cecum metamobilome
Jørgensen, T. S., Xu, Z., Hansen, M. A., Sørensen, Søren Johannes & Hansen, L. H., 2014, I: P L o S One. 9, 2, 9 s., e87924.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 4269
Flest downloads
-
5133
downloads
Gut microbiota in human adults with type 2 diabetes differs from non-diabetic adults
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
3027
downloads
Sequence and comparative analysis of Leuconostoc dairy bacteriophages
Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
Udgivet -
2838
downloads
Complete genome sequence of the cystic fibrosis pathogen Achromobacter xylosoxidans NH44784-1996 complies with important pathogenic phenotypes
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet