Ole Winther
Professor MSO, Gæsteprofessor
- Udgivet
A comparison of tools for copy-number variation detection in germline whole exome and whole genome sequencing data
Gabrielaite, M., Torp, M. H., Rasmussen, Malthe Sebro, Andreu-Sánchez, S., Vieira, Filipe Garrett, Pedersen, C. B., Kinalis, S., Madsen, M. B., Kodama, M., Demircan, G. S., Simonyan, A., Yde, C. W., Olsen, L. R., Marvig, R. L., Østrup, O., Rossing, Caroline Maria, Nielsen, Finn Cilius, Winther, Ole & Bagger, F. O., 2021, I: Cancers. 13, 24, 6283.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A comparison of tools for copy-number variation detection in germline whole exome and whole genome sequencing data
Gabrielaite, M., Torp, M., Rasmussen, M., Andreu-Sánchez, S., Vieira, Filipe Garrett, Pedersen, C., Kinalis, S., Madsen, M., Yde, C., Rønn, O. L., Marvig, R., Østrup, O., Rossing, Caroline Maria, Nielsen, Finn Cilius, Winther, Ole & Bagger, F. O., 2021, bioRxiv, 29 s.Publikation: Working paper › Preprint › Forskning
- Udgivet
A computational method for identification of vaccine targets from protein regions of conserved human leukocyte antigen binding
Olsen, L. R., Simon, C., Kudahl, U. J., Bagger, F. O., Winther, Ole, Reinherz, E. L., Zhang, G. L. & Brusic, V., 2015, I: B M C Medical Genomics. 8, Suppl 4, 6 s., 5.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A perspective on inverse design of battery interphases using multi-scale modelling, experiments and generative deep learning
Bhowmik, A., Castelli, I. E., Garcia-Lastra, J. M., Bjørn-Jørgensen, P., Winther, Ole & Vegge, T., 2019, I: Energy Storage Materials. 21, s. 446-456Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Airway inflammation in chronic rhinosinusitis with nasal polyps and asthma: the united airways concept further supported
Håkansson, K., Bachert, C., Konge, Lars, Thomsen, Simon Francis, Pedersen, Anders Elm, Poulsen, Steen Seier, Martin-Bertelsen, T., Winther, Ole, Backer, Vibeke & von Buchwald, Christian, 2015, I: PloS one. 10, 7, 11 s., e0127228.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
An introduction to deep learning on biological sequence data: examples and solutions
Jurtz, V. I., Johansen, A. R., Nielsen, M., Almagro Armenteros, J. J., Nielsen, H., Sønderby, C. K., Winther, Ole & Sønderby, S. K., 15 nov. 2017, I: Bioinformatics. 33, 22, s. 3685-3690 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Angiotensinogen and HLA class II predict bevacizumab response in recurrent glioblastoma patients
Urup, T., Michaelsen, Signe Regner, Olsen, L. R., Toft, A., Christensen, I. J., Grunnet, K., Winther, Ole, Broholm, H., Kosteljanetz, M., Issazadeh-Navikas, Shohreh, Poulsen, H. S. & Lassen, Ulrik Niels, okt. 2016, I: Molecular Oncology. 10, 8, s. 1160-1168Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Autoencoding beyond pixels using a learned similarity metric
Larsen, A. B. L., Sønderby, S. K., Larochelle, H. & Winther, Ole, 2016, Proceedings of The 33rd International Conference on Machine Learning. Balcan, M. F. & Weinberger, K. Q. (red.). s. 1558–1566 9 s. (JMLR: Workshop and Conference Proceedings, Bind 48).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
BayesMD: Flexible Biological Modeling for Motif Discovery
Tang, M. E., Krogh, Anders & Winther, Ole, 2008, I: Journal of Computational Biology. 15, 10, s. 1347-63 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Binning microbial genomes using deep learning
Nissen, J. N., Sønderby, C. K., Armenteros, J. J. A., Grønbech, Christopher Heje, Nielsen, H. B., Petersen, T. N., Winther, Ole & Rasmussen, Simon, 2018, (bioRxiv).Publikation: Working paper › Preprint › Forskning
- Udgivet
Bioinformatics for cancer immunotherapy target discovery
Olsen, L. R., Campos, B., Stein Barnkob, M., Winther, Ole, Brusic, V. & Andersen, M. H., 2014, I: Cancer Immunology, Immunotherapy. 63, 12, s. 1235-1249 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
BloodSpot: a database of gene expression profiles and transcriptional programs for healthy and malignant haematopoiesis
Bagger, F. O., Sasivarevic, D., Hadi Sohi, S., Laursen, L. G., Pundhir, Sachin, Sønderby, C. K., Winther, Ole, Rapin, N. & Porse, Bo Torben, 4 jan. 2016, I: Nucleic Acids Research. 44, D1, s. D917-24 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Bone signaling in middle ear development: a genome-wide differential expression analysis
Nielsen, M. C., Martin-Bertelsen, T., Friis, M., Winther, Ole, Friis-Hansen, Lennart Jan, Cayé-Thomasen, Per & Sørensen, Mads Sølvsten, 2014, I: Anatomical Record. 297, 12, s. 2349-2355 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Calibrated uncertainty for molecular property prediction using ensembles of message passing neural networks
Busk, J., Jørgensen, P. B., Bhowmik, A., Schmidt, M. N., Winther, Ole & Vegge, T., 2022, I: Machine Learning: Science and Technology. 3, 1, 12 s., 015012.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Can large language models reason about medical questions?
Liévin, V., Hother, C. E., Motzfeldt, A. G. & Winther, Ole, 2024, I: Patterns. 5, 3, 12 s., 100943.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cancers of unknown primary origin (CUP) are characterized by chromosomal instability (CIN) compared to metastasis of know origin
Vikeså, J., Møller, A. K. H., Kaczkowski, B., Helweg-Larsen, R. B., Winther, Ole, Henao Giraldo, R., Krogh, Anders, Perell, K., Jensen, F., Daugaard, G. & Nielsen, Finn Cilius, 2015, I: B M C Cancer. 15, 14 s., 151.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cellular origin of prognostic chromosomal aberrations in AML patients
Mora-Jensen, H., Jendholm, L. J., Rapin, N. P. J., Andersen, M. K., Roug, A. S., Bagger, F. O., Bullinger, L., Winther, Ole, Borregaard, N., Porse, Bo Torben & Theilgaard-Mønch, Kim, 11 feb. 2015, I: Leukemia. 29, s. 1785-1789 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Comparing cancer vs normal gene expression profiles identifies new disease entities and common transcriptional programs in AML patients
Rapin, N. P. J., Bagger, F. O., Jendholm, L. J., Mora-Jensen, H., Krogh, Anders, Kohlmann, A., Thiede, C., Borregaard, N., Bullinger, L., Winther, Ole, Theilgaard-Mønch, Kim & Porse, Bo Torben, 6 feb. 2014, I: Blood (online). 123, 6, s. 894-904 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Competence classification of cumulus and granulosa cell transcriptome in embryos matched by morphology and female age
Borup, R., Thuesen, L. L., tcg964, tcg964, Andersen, A. N., Ziebe, S., Winther, Ole & Grøndahl, M. L., 2016, I: P L o S One. 11, 4, s. 1-19 19 s., e0153562.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Convolutional LSTM networks for subcellular localization of proteins
Sønderby, S. K., Sønderby, C. K., Nielsen, H. & Winther, Ole, 2015, Algorithms for Computational Biology. Dediu, A-H., Hernández-Quiroz, F., Martín-Vide, C. & Rosenblueth, D. A. (red.). Springer, s. 68-80 13 s. (Lecture notes in computer science, Bind 9199).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Daily estimates of clinical severity of symptoms in bipolar disorder from smartphone-based self-assessments
Busk, J., Faurholt-Jepsen, M., Frost, M., Bardram, J. E., Kessing, Lars Vedel & Winther, Ole, 2020, I: Translational Psychiatry. 10, 12 s., 194.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Deconvolution of autoencoders to learn biological regulatory modules from single cell mRNA sequencing data
Kinalis, S., Nielsen, Finn Cilius, Winther, Ole & Bagger, F. O., 2019, I: BMC Bioinformatics. 20, 9 s., 379.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Deep Learning for Diagnostic Binary Classification of Multiple-Lesion Skin Diseases
Thomsen, K., Christensen, A. L., Iversen, L., Lomholt, H. B. & Winther, Ole, 2020, I: Frontiers in Medicine. 7, 7 s., 574329.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Deep integrative models for large-scale human genomics
Sigurdsson, Arnór Ingi, Louloudis, Ioannis, Banasik, Karina, Westergaard, David, Winther, Ole, Lund, O., Ostrowski, Sisse Rye, Erikstrup, C., Pedersen, Ole Birger Vesterager, Nyegaard, Mette, Brunak, Søren, Vilhjálmsson, B. & Rasmussen, Simon, 2023, I: Nucleic Acids Symposium Series. 51, 12, 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
DeepLoc: prediction of protein subcellular localization using deep learning
Almagro Armenteros, J. J., Sønderby, C. K., Sønderby, S. K., Nielsen, H. & Winther, Ole, 1 nov. 2017, I: Bioinformatics. 33, 21, s. 3387-3395 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
DeepLoc 2.0: multi-label subcellular localization prediction using protein language models
Thumuluri, V., Almagro Armenteros, J. J., Johansen, A. R., Nielsen, H. & Winther, Ole, 2022, I: Nucleic Acids Research. 50, W1, s. W228-W234Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
DeepLocRNA: an interpretable deep learning model for predicting RNA subcellular localization with domain-specific transfer-learning
Wang, Jun, Horlacher, M., Cheng, L. & Winther, Ole, 2024, I: Bioinformatics. 40, 2, 10 s., btae065.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
DeepPeptide predicts cleaved peptides in proteins using conditional random fields
Teufel, Felix Georg, Refsgaard, J. C., Madsen, C. T., Stahlhut, C., Grønborg, M., Winther, Ole & Madsen, D., 2023, I: Bioinformatics (Oxford, England). 39, 10, 6 s., btad616.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Deorphanizing Peptides Using Structure Prediction
Teufel, Felix Georg, Refsgaard, J. C., Kasimova, M. A., Deibler, K., Madsen, C. T., Stahlhut, C., Grønborg, M., Winther, Ole & Madsen, D., 2023, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 63, 9, 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
DermX: An end-to-end framework for explainable automated dermatological diagnosis
Jalaboi, R., Faye, F., Orbes-Arteaga, M., Jørgensen, D., Winther, Ole & Galimzianova, A., 2023, I: Medical Image Analysis. 83, 12 s., 102647.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Detecting sequence signals in targeting peptides using deep learning
Almagro Armenteros, J. J., Salvatore, Marco, Emanuelsson, O., Winther, Ole, von Heijne, G., Elofsson, A. & Nielsen, H., 2019, I: Life Science Alliance. 2, 5, 14 s., 201900429.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Differential gene expression in the otic capsule and the middle ear-an annotation of bone-related signaling genes
Nielsen, M. C., Martin-Bertelsen, T., Friis, M., Winther, Ole, Friis-Hansen, Lennart Jan, Rye-Jørgensen, N., Bloch, S. & Sørensen, Mads Sølvsten, 2015, I: Otology & Neurotology. 36, 4, s. 727-732 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
DiscoTope-3.0: improved B-cell epitope prediction using inverse folding latent representations
Høie, M. H., Gade, F. S., Johansen, J., Würtzen, C., Winther, Ole, Nielsen, M. & Marcatili, P., 2024, I: Frontiers in Immunology. 15, 12 s., 1322712.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Discovery of regulatory elements is improved by a discriminatory approach
Valen, E., Sandelin, Albin Gustav, Winther, Ole & Krogh, Anders, 2009, I: PLoS Computational Biology. 5, 11, s. e1000562Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Down-regulation of microRNAs controlling tumourigenic factors in follicular thyroid carcinoma
Rossing, M., Helweg-Larsen, R. B., Henao Giraldo, R., Winther, Ole, Vikeså, J., Niazi, O., Godballe, C., Krogdahl, A., Glud, M., Sørensen, C. H., Kiss, K., Bennedbæk, F. N. & Nielsen, Finn Cilius, 2012, I: Journal of Molecular Endocrinology. 48, 1, s. 11-23 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Enterococcus faecalis infection causes inflammation, intracellular oxphos-independent ROS production, and DNA damage in human gastric cancer cells
Strickertsson, J. A. B., Desler, Claus, Martin-Bertelsen, T., Machado, A. M. D., Wadstrøm, T., Winther, Ole, Rasmussen, Lene Juel & Friis-Hansen, Lennart Jan, 2013, I: PLOS ONE. 8, 4, s. 1-13 13 s., e63147.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Explainable Image Quality Assessments in Teledermatological Photography
Jalaboi, R., Winther, Ole & Galimzianova, A., 2023, I: Telemedicine and e-Health. 29, 9, s. 1342-1348 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Forecasting Mood in Bipolar Disorder From Smartphone Self-assessments: Hierarchical Bayesian Approach
Busk, J., Faurholt-Jepsen, M., Frost, M., Bardram, J. E., Kessing, Lars Vedel & Winther, Ole, 1 apr. 2020, I: JMIR mHealth and uHealth. 8, 4, 14 s., e15028.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Gene expression of the endolymphatic sac
Friis, M., Martin-Bertelsen, T., Friis-Hansen, Lennart Jan, Winther, Ole, Henao Giraldo, R., Sørensen, Mads Sølvsten & Qvortrup, Klaus, 2011, I: Acta Oto-Laryngologica. 131, 12, s. 1257-63 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome-wide detection and analysis of hippocampus core promoters using DeepCAGE
Valen, E., Pascarella, G., Chalk, A., Maeda, N., Kojima, M., Kawazu, C., Murata, M., Nishiyori, H., Lazarevic, D., Motti, D., Marstrand, T. T., Tang, M-H. E., Zhao, X., Krogh, A., Winther, O., Arakawa, T., Kawai, J., Wells, C., Daub, C., Harbers, M. & 4 flere, , 2009, I: Genome Research. 19, 2, s. 255-65 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Graph neural network interatomic potential ensembles with calibrated aleatoric and epistemic uncertainty on energy and forces
Busk, J., Schmidt, M. N., Winther, Ole, Vegge, T. & Jørgensen, P. B., 2023, I: Physical Chemistry Chemical Physics. 25, s. 25828-25837 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
GraphPart: homology partitioning for biological sequence analysis
Teufel, Felix Georg, Gíslason, M. H., Almagro Armenteros, J. J., Johansen, A. R., Winther, Ole & Nielsen, H., 2023, I: NAR Genomics and Bioinformatics. 5, 4, 9 s., lqad088.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Growth-rate regulated genes have profound impact on interpretation of transcriptome profiling in Saccharomyces cerevisiae
Regenberg, Birgitte, Grotkjaer, T., Winther, Ole, Fausbøll, A., Akesson, M., Bro, C., Hansen, L. K., Brunak, Søren & Nielsen, Jens Bo, 2006, I: Genome Biology (Online Edition). 7, 11, s. R107Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
HemaExplorer: a database of mRNA expression profiles in normal and malignant haematopoiesis
Bagger, F. O., Rapin, N. P. J., Theilgaard-Mønch, Kim, Kaczkowski, B., Thorén, L. A. M., Jendholm, L. J., Winther, Ole & Porse, Bo Torben, 2013, I: Nucleic Acids Research. 41, Database issue, s. D1034-D1039 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification and validation of 174 COVID-19 vaccine candidate epitopes reveals low performance of common epitope prediction tools
Prachar, Marek, Justesen, S., Steen-Jensen, D. B., Thorgrimsen, S., Jurgons, E., Winther, Ole & Bagger, F. O., 2020, I: Scientific Reports. 10, 8 s., 20465.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Improved metagenome binning and assembly using deep variational autoencoders
Nissen, J. N., Johansen, Joachim, Allesoe, R. L., Sonderby, C. K., Armenteros, J. J. A., Grønbech, Christopher Heje, Jensen, Lars Juhl, Nielsen, H. B., Petersen, T. N., Winther, Ole & Rasmussen, Simon, 2021, I: Nature Biotechnology. 39, s. 555-560Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Improving The Analysis Of Gene Expression Profiles By Comparing AML Blasts With Their Nearest Normal Counterparts
Rapin, N., Bagger, F. O., Jendholm, J., Mora-Jensen, H. I., Krogh, Anders, Kohlmann, A., Thiede, C., Borregaard, N., Bullinger, L., Winther, Ole, Theilgaard-Mønch, Kim & Porse, Bo Torben, 2013, I: Blood. 122, 21Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Integrative analyses reveal novel strategies in HPV11,-16 and -45 early infection
Kaczkowski, B., Rossing, M., Andersen, D. K., Dreher, A., Morevati, M., Visser, M. A., Winther, Ole, Nielsen, Finn Cilius & Norrild, B., 2012, I: Scientific Reports. 2, s. 515Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Interpretable autoencoders trained on single cell sequencing data can transfer directly to data from unseen tissues
Walbech, J. S., Kinalis, S., Winther, Ole, Nielsen, Finn Cilius & Bagger, F. O., 2022, I: Cells. 11, 12 s., 85.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
JASPAR, the open access database of transcription factor-binding profiles: new content and tools in the 2008 update.
Bryne, J. C., Valen, E., Tang, M. E., Marstrand, T., Winther, Ole, da Piedade, I., Krogh, Anders, Lenhard, B. & Sandelin, Albin Gustav, 2008, I: Nucleic Acids Research. 36, Database issue, s. D102-6Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 171145930
Flest downloads
-
2986
downloads
Multivariate Hawkes process models of the occurrence of regulatory elements
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
2490
downloads
HemaExplorer: a database of mRNA expression profiles in normal and malignant haematopoiesis
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
984
downloads
Enterococcus faecalis infection causes inflammation, intracellular oxphos-independent ROS production, and DNA damage in human gastric cancer cells
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet