Kresten Lindorff-Larsen

Kresten Lindorff-Larsen

Professor

ORCID: 0000-0002-4750-6039

Udgivelsesår:
Alle
151 - 200 ud af 210Pr. side: 50
Sortering: Udgivelsesdato
  1. 2016
  2. Udgivet

    The role of protein loops and linkers in conformational dynamics and allostery

    Papaleo, E., Saladino, G., Lambrughi, M., Lindorff-Larsen, Kresten, Gervasio, F. L. & Nussinov, R., 2016, I: Chemical Reviews. 116, 11, s. 6391-6423 33 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

  3. Udgivet

    Topological constraints and modular structure in the folding and functional motions of GlpG, an intramembrane protease

    Schafer, N. P., Truong, H. H., Otzen, D. E., Lindorff-Larsen, Kresten & Wolynes, P. G., 2016, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 113, 8, s. 2098-2103 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  4. 2015
  5. Udgivet

    A two-step protein quality control pathway for a misfolded DJ-1 variant in fission yeast

    Mathiassen, S. G., Larsen, I. B., Poulsen, E. G., Madsen, C. T., Papaleo, E., Lindorff-Larsen, Kresten, Kragelund, Birthe Brandt, Nielsen, Michael Lund, Kriegenburg, F. & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2015, I: The Journal of Biological Chemistry. 290, 34, s. 21141-21153 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  6. Udgivet

    Comparing molecular dynamics force fields in the essential subspace

    Martin-García, F., Papaleo, E., Gomez-Puertas, P., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2015, I: PLoS ONE. 10, 3, 16 s., e0121114.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  7. Udgivet

    ENCORE: Software for Quantitative Ensemble Comparison

    Tiberti, M., Papaleo, E., Bengtsen, T., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2015, I: PLoS Computational Biology. 11, 10, 16 s., e1004415.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  8. Udgivet

    Exploiting hydrophobicity for efficient production of transmembrane helices for structure determination by NMR spectroscopy

    Bugge, K. Ø., Steinocher, H., Brooks, A. J., Lindorff-Larsen, Kresten & Kragelund, Birthe Brandt, 2015, I: Analytical Chemistry. 87, 18, s. 9126–9131 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  9. Interaction networks in protein folding via atomic-resolution experiments and long-time-scale molecular dynamics simulations

    Sborgi, L., Verma, A., Piana, S., Lindorff-Larsen, Kresten, Cerminara, M., Santiveri, C. M., Shaw, D. E., De Alba, E. & Muñoz, V., 2015, I: Journal of the American Chemical Society. 137, 20, s. 6506-6516 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  10. Udgivet

    Structure of a functional amyloid protein subunit computed using sequence variation

    Tian, P., Boomsma, Wouter, Wang, Y., Otzen, D., Jensen, Mogens Høgh & Lindorff-Larsen, Kresten, 2015, I: Journal of the American Chemical Society. 137, 1, s. 22–25 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  11. Udgivet

    What does evolution tell us about the structure of a functional amyloid protein?

    Tian, P., Boomsma, Wouter, Wang, Y., Otzen, D. E., Jensen, Mogens Høgh & Lindorff-Larsen, Kresten, 2015, I: Biophysical Journal. 108, 2, Supplement 1, s. 227a 1 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt

  12. 2014
  13. Udgivet

    CECAM workshop on intrinsically disordered proteins

    Rösner, Heike Ilona, Papaleo, E., Haxholm, G. W., Best, R. B., Kragelund, Birthe Brandt & Lindorff-Larsen, Kresten, 2014, I: Intrinsically Disordered Proteins. 2, 1, s. 1-5 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning

  14. Udgivet

    Combining experiments and simulations using the maximum entropy principle

    Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2014, I: PLoS Computational Biology. 10, 2, 9 s., e1003406.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  15. Udgivet

    Communication routes in ARID domains between distal residues in Helix 5 and the DNA-binding loops

    Invernizzi, G., Tiberti, M., Lambrughi, M., Lindorff-Larsen, Kresten & Papaleo, E., 2014, I: P L o S Computational Biology (Online). 10, 9, 13 s., e1003744.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  16. Udgivet

    Conformational changes and free energies in a Proline isomerase

    Papaleo, E., Sutto, L., Gervasio, F. L. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2014, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 10, 9, s. 4169-4174 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  17. Udgivet

    Equilibrium simulations of proteins using molecular fragment replacement and NMR chemical shifts

    Boomsma, Wouter, Tian, P., Frellsen, J., Ferkinghoff-Borg, J., Hamelryck, Thomas Wim, Lindorff-Larsen, Kresten & Vendruscolo, M., 2014, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 38, s. 13852-13857 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  18. Udgivet

    Probabilistic determination of native state ensembles of proteins

    Olsson, S., Vögeli, B. R., Cavalli, A., Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J., Lindorff-Larsen, Kresten & Hamelryck, Thomas Wim, 2014, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 10, 8, s. 3484-3491 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  19. Udgivet

    Robust estimation of diffusion-optimized ensembles for enhanced sampling

    Tian, P., Jónsson, S. Æ., Ferkinghoff-Borg, J., Krivov, S. V. .., Lindorff-Larsen, Kresten, Irbäck, A. & Boomsma, Wouter, 2014, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 10, 2, s. 543–553 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  20. 2013
  21. Udgivet

    A sticky cage can slow down folding

    Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2013, I: Biophysical Journal. 104, 5, s. 964-965 2 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning

  22. Atomic-level description of ubiquitin folding

    Piana, S., Lindorff-Larsen, Kresten & Shaw, D. E., 2013, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 110, 15, s. 5915-5920 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  23. Atomistic description of the folding of a dimeric protein

    Piana, S., Lindorff-Larsen, Kresten & Shaw, D. E., 2013, I: Journal of Physical Chemistry Part B: Condensed Matter, Materials, Surfaces, Interfaces & Biophysical. 117, 42, s. 12935-12942 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  24. Udgivet

    PHAISTOS: a framework for Markov chain Monte Carlo simulation and inference of protein structure

    Boomsma, Wouter, Frellsen, J., Harder, T. P., Bottaro, S., Johansson, Kristoffer Enøe, Tian, P., Stovgaard, K., Andreetta, C., Olsson, S., Valentin, J., Antonov, L. D., Christensen, A. S., Borg, M., Jensen, Jan Halborg, Lindorff-Larsen, Kresten, Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2013, I: Journal of Computational Chemistry. 34, 19, s. 1697-1705 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  25. Udgivet

    Protein structure validation and refinement using amide proton chemical shifts derived from quantum mechanics

    Christensen, A. S., Linnet, T. E., Borg, M., Boomsma, Wouter, Lindorff-Larsen, Kresten, Hamelryck, Thomas Wim & Jensen, Jan Halborg, 2013, I: PLoS ONE. 8, 12, 10 s., e84123.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  26. Udgivet

    The Structure of the Central Side Chain is Crucial for Anoplin Hemolytic Activity

    Munk, J., Thøgersen, L., Uggerhøj, L. E., Wimmer, R., Frimodt-Møller, N., Lindorff-Larsen, Kresten & Hansen, Paul Robert, 2013, Proceedings of the 23rd American Peptide Symposium. Lebl, M. (red.). American Peptide Society

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  27. Udgivet

    Variational optimization of an all-atom implicit solvent force field to match explicit solvent simulation data

    Bottaro, S., Lindorff-Larsen, Kresten & Best, R. B., 2013, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 9, 12, s. 5641-5652 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  28. 2012

  29. Evaluating the effects of cutoffs and treatment of long-range electrostatics in protein folding simulations

    Piana, S., Lindorff-Larsen, Kresten, Dirks, R. M., Salmon, J. K., Dror, R. O. & Shaw, D. E., 2012, I: P L o S One. 7, 6, 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  30. Udgivet

    Paths of long-range communication in the E2 enzymes of family 3: a molecular dynamics investigation

    Papaleo, E., Lindorff-Larsen, Kresten & Gioia, L. D., 2012, I: Physical Chemistry Chemical Physics. 14, s. 12515-12525 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  31. Protein folding kinetics and thermodynamics from atomistic simulation

    Piana, S., Lindorff-Larsen, Kresten & Shaw, D. E., 2012, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 109, 44, s. 17845-17850 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  32. Structure and dynamics of an unfolded protein examined by molecular dynamics simulation

    Lindorff-Larsen, Kresten, Trbovic, N., Maragakis, P., Piana, S. & Shaw, D. E., 2012, I: Journal of the American Chemical Society. 134, 8, s. 3787-3791 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  33. Systematic validation of protein force fields against experimental data

    Lindorff-Larsen, Kresten, Maragakis, P., Piana, S., Eastwood, M. P., Dror, R. O. & Shaw, D. E., 2012, I: P L o S One. 7, 2, 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  34. 2011

  35. Computational design and experimental testing of the fastest-folding ß-sheet protein

    Piana, S., Sarkar, K., Lindorff-Larsen, Kresten, Guo, M., Gruebele, M. & Shaw, D. E., 7 jan. 2011, I: Journal of Molecular Biology. 405, 1, s. 43-48 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  36. How fast-folding proteins fold

    Lindorff-Larsen, Kresten, Piana, S., Dror, R. O. & Shaw, D. E., 2011, I: Science (New York, N.Y.). 334, 6055, s. 517-20 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  37. How robust are protein folding simulations with respect to force field parameterization?

    Piana, S., Lindorff-Larsen, Kresten & Shaw, D. E., 2011, I: Biophysical Journal (2011). 100, 9, s. L47-L49

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  38. 2010

  39. Improved side-chain torsion potentials for the Amber ff99SB protein force field

    Lindorff-Larsen, Kresten, Piana, S., Palmo, K., Maragakis, P., Klepeis, J. L., Dror, R. O. & Shaw, D. E., jun. 2010, I: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 78, 8, s. 1950-8 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  40. Atomic-level characterization of the structural dynamics of proteins

    Shaw, D. E., Maragakis, P., Lindorff-Larsen, Kresten, Piana, S., Dror, R. O., Eastwood, M. P., Bank, J. A., Jumper, J. M., Salmon, J. K., Shan, Y. & Wriggers, W., 2010, I: Science (New York, N.Y.). 330, 6002, s. 341-6 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  41. Principles of conduction and hydrophobic gating in K+ channels

    Jensen, M. Ø., Borhani, D. W., Lindorff-Larsen, Kresten, Maragakis, P., Jogini, V., Eastwood, M. P., Dror, R. O. & Shaw, D. E., 2010, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 107, 13, s. 5833-8 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  42. 2009

  43. Automated Event Detection and Activity Monitoring in Long Molecular Dynamics Simulations

    Wriggers, W., Stafford, K. A., Shan, Y., Piana, S., Maragakis, P., Lindorff-Larsen, Kresten, Miller, P. J., Gullingsrud, J., Rendleman, C. A., Eastwood, M. P., Dror, R. O. & Shaw, D. E., 1 okt. 2009, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 5, 10, s. 2595-2605 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  44. Long-timescale molecular dynamics simulations of protein structure and function

    Klepeis, J. L., Lindorff-Larsen, Kresten, Dror, R. O. & Shaw, D. E., 2009, I: Current Opinion in Structural Biology. 19, 2, s. 120-7 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  45. Millisecond-scale molecular dynamics simulations on Anton

    Shaw, D. E., Dror, R. O., Salmon, J. K., Grossman, J. P., Mackenzie, K. M., Bank, J. A., Young, C., Deneroff, M. M., Batson, B., Bowers, K. J., Chow, E., Eastwood, M. P., Ierardi, D., Klepeis, J. L., Kuskin, J., Larson, R. H., Lindorff-Larsen, K., Maragakis, P., Moraes, M. A., Piana, S. & 2 flere, Shan, Y. & Towles, B., 2009, Proceedings of the Conference on High Performance Computing Networking, Storage and Analysis. Association for Computing Machinery, 11 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  46. Udgivet

    Similarity measures for protein ensembles

    Lindorff-Larsen, Kresten & Ferkinghoff-Borg, J., 2009, I: PLoS ONE. 4, 1, 13 s., e4203.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  47. 2008
  48. Udgivet

    Experimental parameterization of an energy function for the simulation of unfolded proteins

    Nørgaard, A. B., Ferkinghoff-Borg, J. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2008, I: Biophysical Journal. 94, 1, s. 182-192

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  49. Udgivet

    Microsecond molecular dynamics simulation shows effect of slow loop dynamics on backbone amide order parameters of proteins

    Maragakis, P., Lindorff-Larsen, Kresten, Eastwood, M. P., Dror, R. O., Klepeis, J. L., Arkin, I. T., Jensen, M. Ø., Xu, H., Trbovic, N., Friesner, R. A., Iii, A. G. P. & Shaw, D. E., 2008, I: Journal of Physical Chemistry Part B: Condensed Matter, Materials, Surfaces, Interfaces & Biophysical. 112, 19, s. 6155-6158 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  50. 2007

  51. BPPred: a Web-based computational tool for predicting biophysical parameters of proteins

    Geierhaas, C. D., Nickson, A. A., Lindorff-Larsen, Kresten, Clarke, J. & Vendruscolo, M., 2007, I: Protein Science. 16, 1, s. 125-34 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  52. Udgivet

    Detection of initiation sites in protein folding of the four helix bundle ACBP by chemical shift analysis.

    Modig, K., Jürgensen, V. W., Lindorff-Larsen, Kresten, Fieber, W., Bohr, H. G. & Poulsen, F. M., 2007, I: FEBS Letters. 581, 25, s. 4965-4971 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  53. 2006
  54. Udgivet

    Characterization of the residual structure in the unfolded state of the Delta 131 Delta fragment of staphylococcal nuclease

    Francis, C. J., Lindorff-Larsen, Kresten, Best, R. B. & Bendruscolo, M., 2006, I: Proteins - Structure Function and Bioinformatics. 65, 1, s. 145-52

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  55. Udgivet

    Conformational fluctuations affect protein alignment in dilute liquid crystal media.

    Louhivuori, M., Otten, R., Lindorff-Larsen, Kresten & Annila, A., 2006, I: Journal of the American Chemical Society. 128, 13, s. 4371-4376 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  56. Udgivet

    Relation between native ensembles and experimental structures of proteins.

    Best, R. B., Lindorff-Larsen, Kresten, DePristo, M. A. & VEndruscolo, M., 2006, I: Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 103, 29, s. 10901-6

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  57. Structure of the regulatory apparatus of a calcium-dependent protein kinase (CDPK): a novel mode of calmodulin-target recognition

    Chandran, V., Stollar, E. J., Lindorff-Larsen, Kresten, Harper, J. F., Chazin, W. J., Dobson, C. M., Luisi, B. F. & Christodoulou, J., 2006, I: Journal of Molecular Biology. 357, 2, s. 400-10 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  58. 2005
  59. Udgivet

    Formation of Native and Non-native Interactions in Ensembles of Denatured ACBP Molecules from Paramagnetic Relaxation Enhancement Studies

    Kristjansdottir, S., Lindorff-Larsen, Kresten, Fieber, W., Dobson, C. M., Vendruscolo, M. & Poulsen, F. M., 2005, I: Journal of Molecular Biology. 347, 5, s. 1053-1062

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  60. Udgivet

    Interpreting Dynamically-Averaged Scalar Couplings in Proteins

    Lindorff-Larsen, Kresten, Best, R. B. & Vendruscolo, M., 2005, I: Journal of Biomolecular NMR. 32, 4, s. 273-280

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  61. Mapping Long-Range Interactions in a-Synuclein using Spin-Label NMR and Ensemble Molecular Dynamics Simulations

    Dedmon, M. M., Lindorff-Larsen, Kresten, Christodoulou, J., Vendruscolo, M. & Dobson, C. M., 2005, I: Journal of the American Chemical Society. 127, 2, s. 476-477

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  62. Protein folding and the organization of the protein topology universe

    Lindorff-Larsen, Kresten, Røgen, P., Paci, E., Vendruscolo, M. & Dobson, C. M., 2005, I: TIBS -Trends in Biochemical Sciences. Regular ed.. 30, 1, s. 13-19

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning

Forrige 1 2 3 4 5 Næste

ID: 35228567