Kresten Lindorff-Larsen
Professor
Biomolecular Sciences
Ole Maaløes Vej 5
2200 København N.
- 2024
- Udgivet
A mutational atlas for Parkin proteostasis
Clausen, L., Voutsinos, Vasileios, Cagiada, Matteo, Johansson, Kristoffer Enøe, Grønbæk-Thygesen, Martin, Nariya, S., Powell, R. L., Have, M. K. N., Østergaard, Vibe Hallundbæk, Stein, Amelie, Fowler, D. M., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2024, I: Nature Communications. 15, 1, 17 s., 1541.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Characterizing glucokinase variant mechanisms using a multiplexed abundance assay
Gersing, S., Schulze, Thea Klarsø, Cagiada, Matteo, Stein, Amelie, Roth, F. P., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2024, I: Genome Biology. 25, 1, 22 s., 98.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Conformational ensembles of the human intrinsically disordered proteome
Tesei, Giulio, Trolle, A. I., Jonsson, Nicolas, Betz, J., Knudsen, F. E., Pesce, Francesco, Johansson, Kristoffer Enøe & Lindorff-Larsen, Kresten, 2024, I: Nature. 626, s. 897-904 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
FRETpredict: a Python package for FRET efficiency predictions using rotamer libraries
Montepietra, D., Tesei, Giulio, Martins, J. M., Kunze, M. B. A., Best, R. B. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2024, I: Communications Biology . 7, 1, 10 s., 298.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
GMMA Can Stabilize Proteins Across Different Functional Constraints
Daffern, N., Johansson, Kristoffer Enøe, Baumer, Z. T., Robertson, N. R., Woojuh, J., Bedewitz, M. A., Davis, Z., Wheeldon, I., Cutler, S. R., Lindorff-Larsen, Kresten & Whitehead, T. A., 2024, I: Journal of Molecular Biology. 436, 11, 15 s., 168586.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2023
- Udgivet
Fitting Force Field Parameters to NMR Relaxation Data
Kümmerer, Felix, Orioli, S. & Lindorff-Larsen, Kresten, 5 jun. 2023, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 19, 12, s. 3741-3751 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A comprehensive map of human glucokinase variant activity
Gersing, S., Cagiada, Matteo, Gebbia, M., Gjesing, A. P., Coté, A. G., Seesankar, G., Li, R., Tabet, D., Weile, J., Stein, Amelie, Gloyn, A. L., Hansen, Torben, Roth, F. P., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2023, I: Genome Biology. 24, 1, 23 s., 97.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Accurate protein stability predictions from homology models
Valanciute, A., Nygaard, L., Zschach, Henrike, Maglegaard Jepsen, M., Lindorff-Larsen, Kresten & Stein, Amelie, 2023, I: Computational and Structural Biotechnology Journal. 21, s. 66-73 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Activation and substrate specificity of the human P4-ATPase ATP8B1
Dieudonné, T., Kümmerer, Felix, Laursen, M. J., Stock, C., Flygaard, R. K., Khalid, S., Lenoir, G., Lyons, J. A., Lindorff-Larsen, Kresten & Nissen, P., 2023, I: Nature Communications. 14, 1, 14 s., 7492.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Assessment of models for calculating the hydrodynamic radius of intrinsically disordered proteins
Pesce, Francesco, Newcombe, Estella Anne, Seiffert, P., Tranchant, E. E., Olsen, Johan Gotthardt, Grace, C. R., Kragelund, Birthe Brandt & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: Biophysical Journal. 122, 2, s. 310-321 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Combining Experiments and Simulations to Examine the Temperature-Dependent Behavior of a Disordered Protein
Pesce, Francesco & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: Journal of Physical Chemistry B. 127, 28, s. 6277-6286 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Conformational and oligomeric states of SPOP from small-angle X-ray scattering and molecular dynamics simulations
Thomasen, Emil, Cuneo, M. J., Mittag, T. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: eLife. 12, 23 s., e84147.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Discovering functionally important sites in proteins
Cagiada, Matteo, Bottaro, S., Lindemose, Søren, Schenstrøm, S. M., Stein, Amelie, Hartmann-Petersen, Rasmus & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: Nature Communications. 14, 1, 13 s., 4175.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Folding of heterologous proteins in bacterial cell factories: Cellular mechanisms and engineering strategies
Rong, Y., Jensen, S. I., Lindorff-Larsen, Kresten & Nielsen, A. T., 2023, I: Biotechnology Advances. 63, 21 s., 108079.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Global analysis of multi-mutants to improve protein function
Johansson, Kristoffer Enøe, Lindorff-Larsen, Kresten & Winther, Jakob R., 2023, I: Journal of Molecular Biology. 435, 8, 15 s., 168034.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
HSP70-binding motifs function as protein quality control degrons
Abildgaard, A. B., Voutsinos, Vasileios, Petersen, S. D., Larsen, Fia Brunsgaard Valsted, Kampmeyer, Caroline, Johansson, Kristoffer Enøe, Stein, Amelie, Ravid, T., Andréasson, C., Jensen, M. K., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2023, I: Cellular and Molecular Life Sciences. 80, 1, 17 s., 32.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Improved predictions of phase behaviour of intrinsically disordered proteins by tuning the interaction range
Tesei, Giulio & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: Open Research Europe. 2, 94, 24 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Insights into the conservation and diversification of the molecular functions of YTHDF proteins
Flores-Téllez, D., Tankmar, Mathias Due, von Bülow, Sören, Chen, Junyu, Lindorff-Larsen, Kresten, Brodersen, Peter & Arribas Hernandez, Laura, 2023, I: PLOS Genetics. 19, 10, 37 s., e1010980.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Integrated NMR/Molecular Dynamics Determination of the Ensemble Conformation of a Thermodynamically Stable CUUG RNA Tetraloop
Oxenfarth, A., Kümmerer, Felix, Bottaro, S., Schnieders, R., Pinter, G., Jonker, H. R. A., Fürtig, B., Richter, C., Blackledge, M., Lindorff-Larsen, Kresten & Schwalbe, H., 2023, I: Journal of the American Chemical Society. 145, 30, s. 16557-16572 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Interpreting the molecular mechanisms of disease variants in human transmembrane proteins
Tiemann, Johanna Katarina Sofie, Zschach, Henrike, Lindorff-Larsen, Kresten & Stein, Amelie, 2023, I: Biophysical Journal. 122, 11, 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Lynch syndrome, molecular mechanisms and variant classification
Abildgaard, A. B., Nielsen, S., Bernstein, I., Stein, Amelie, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2023, I: British Journal of Cancer. 128, 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Plant YTHDF proteins are direct effectors of antiviral immunity against an N6-methyladenosine-containing RNA virus
Martínez-Pérez, M., Aparicio, F., Arribas Hernandez, Laura, Tankmar, Mathias Due, Rennie, Sarah, von Bülow, Sören, Lindorff-Larsen, Kresten, Brodersen, Peter & Pallas, V., 2023, I: EMBO Journal. 42, 18, 17 s., e113378.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Prediction of Quality-control Degradation Signals in Yeast Proteins
Johansson, Kristoffer Enøe, Mashahreh, B., Hartmann-Petersen, Rasmus, Ravid, T. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: Journal of Molecular Biology. 435, 2, 9 s., 167915.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Rapid protein stability prediction using deep learning representations
Blaabjerg, Lasse Møller, Kassem, M. M., Good, L. L., Jonsson, Nicolas, Cagiada, Matteo, Johansson, Kristoffer Enøe, Boomsma, Wouter, Stein, Amelie & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: eLife. 12, 19 s., e82593.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Rare Catechol-O-methyltransferase Missense Variants Are Structurally Unstable Proteasome Targets
Larsen, Fia Brunsgaard Valsted, Cagiada, Matteo, Dideriksen, J., Stein, Amelie, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2023, I: Biochemistry. 62, 8, 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Slow conformational changes in the rigid and highly stable chymotrypsin inhibitor 2
Gavrilov, Y., Prestel, Andreas, Lindorff-Larsen, Kresten & Teilum, Kaare, 2023, I: Protein Science. 32, 4, 9 s., 4604.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The effect of linker conformation on performance and stability of a two-domain lytic polysaccharide monooxygenase
Forsberg, Z., Stepnov, A. A., Tesei, Giulio, Wang, Y., Buchinger, E., Kristiansen, S. K., Aachmann, F. L., Arleth, Lise, Eijsink, V. G. H., Lindorff-Larsen, Kresten & Courtade, G., 2023, I: Journal of Biological Chemistry. 299, 11, 17 s., 105262.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The prolactin receptor scaffolds Janus kinase 2 via co-structure formation with phosphoinositide-4,5-bisphosphate
Araya-Secchi, R., Bugge, K., Seiffert, P., Petry, A., Haxholm, G. W., Lindorff-Larsen, Kresten, Pedersen, Stine Helene Falsig, Arleth, Lise & Kragelund, Birthe Brandt, 2023, I: eLife. 12, 27 s., e84645.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Tyrosine kinases compete for growth hormone receptor binding and regulate receptor mobility and degradation
Chhabra, Y., Seiffert, P., Gormal, R. S., Vullings, M., Lee, C. M. M., Wallis, T. P., Dehkhoda, F., Indrakumar, S., Jacobsen, Nina Louise, Lindorff-Larsen, Kresten, Durisic, N., Waters, M. J., Meunier, F. A., Kragelund, Birthe Brandt & Brooks, A. J., 2023, I: Cell Reports. 42, 5, 26 s., 112490.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
WASCO: A Wasserstein-based Statistical Tool to Compare Conformational Ensembles of Intrinsically Disordered Proteins
González-Delgado, J., Sagar, A., Zanon, C., Lindorff-Larsen, Kresten, Bernadó, P., Neuvial, P. & Cortés, J., 2023, I: Journal of Molecular Biology. 435, 14, 11 s., 168053.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2022
- Udgivet
14-fold increased prevalence of rare glucokinase gene variant carriers in unselected Danish patients with newly diagnosed type 2 diabetes
Gjesing, A. P., Engelbrechtsen, L., Cathrine B. Thuesen, A., Have, C. T., Hollensted, M., Grarup, N., Linneberg, A., Steen Nielsen, J., Christensen, L. B., Thomsen, R. W., Johansson, K. E., Cagiada, M., Gersing, S., Hartmann-Petersen, R., Lindorff-Larsen, K., Vaag, A., Sørensen, H. T., Brandslund, I., Beck-Nielsen, H., Pedersen, O. & 2 flere, , 2022, I: Diabetes Research and Clinical Practice. 194, 9 s., 110159.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A structural biology community assessment of AlphaFold2 applications
Akdel, M., Pires, D. E., Porta Pardo, E., Jänes, J., Zalevsky, A. O., Meszaros, B., Bryant, P., Good, L. L., Laskowski, R. A., Pozzati, G., Shenoy, A., Zhu, W., Kundrotas, P., Serra, V. R., Rodrigues, C. H. M., Dunham, A. S., Burke, D., Borkakoti, N., Velankar, S., Frost, A. & 14 flere, , 2022, I: Nature Structural & Molecular Biology. 29, 11, 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Co-evolution of drug resistance and broadened substrate recognition in HIV protease variants isolated from an Escherichia coli genetic selection system
Koivisto, J. M., Poulsen, N. R., Larsen, B. S., Weibull, M. G. M., Stein, Amelie, Doro, F., Winther, Jakob R., Lindorff-Larsen, Kresten & Willemoës, Martin, 2022, I: The Biochemical journal. 479, 4, s. 479-501Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Conformational ensembles of intrinsically disordered proteins and flexible multidomain proteins
Thomasen, Emil & Lindorff-Larsen, Kresten, 2022, I: Biochemical Society Transactions. 50, 1, s. 541-554 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Conserved conformational dynamics determine enzyme activity
Torgeson, K. R., Clarkson, M. W., Granata, D., Lindorff-Larsen, Kresten, Page, R. & Peti, W., 2022, I: Science Advances. 8, 31, 10 s., eabo5546.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Conserved degronome features governing quality control associated proteolysis
Mashahreh, B., Armony, S., Johansson, Kristoffer Enøe, Chappleboim, A., Friedman, N., Gardner, R. G., Hartmann-Petersen, Rasmus, Lindorff-Larsen, Kresten & Ravid, T., 2022, I: Nature Communications. 13, 1, 13 s., 7588.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cryo-EM structure of the human NKCC1 transporter reveals mechanisms of ion coupling and specificity
Neumann, C., Rosenbæk, L. L., Flygaard, R. K., Habeck, M., Karlsen, J. L., Wang, Y., Lindorff-Larsen, Kresten, Gad, H. H., Hartmann, R., Lyons, J. A., Fenton, R. A. & Nissen, P., 2022, I: EMBO Journal. 41, 23, 15 s., e110169.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Deciphering the Alphabet of Disorder-Glu and Asp Act Differently on Local but Not Global Properties
Roesgaard, M. A., Lundsgaard, J. E., Newcombe, Estella Anne, Jacobsen, Nina Louise, Pesce, Francesco, Tranchant, E. E., Lindemose, Søren, Prestel, Andreas, Hartmann-Petersen, Rasmus, Lindorff-Larsen, Kresten & Kragelund, Birthe Brandt, 2022, I: Biomolecules. 12, 10, 19 s., 1426.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Disease-linked mutations cause exposure of a protein quality control degron
Kampmeyer, Caroline, Larsen-Ledet, Sven, Wagnkilde, M. R., Michelsen, M., Iversen, Henriette Kring Mangor, Nielsen, S. V., Lindemose, Søren, Caregnato, A., Ravid, T., Stein, Amelie, Teilum, Kaare, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2022, I: Structure. 30, 9, s. 1245-1253.e5Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Double Mutant of Chymotrypsin Inhibitor 2 Stabilized through Increased Conformational Entropy
Gavrilov, Y., Kümmerer, Felix, Orioli, S., Prestel, Andreas, Lindorff-Larsen, Kresten & Teilum, Kaare, 2022, I: Biochemistry. 61, 3, s. 160-170 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Effect of naturally-occurring mutations on the stability and function of cancer-associated NQO1: Comparison of experiments and computation
Pacheco-Garcia, J. L., Cagiada, Matteo, Tienne-Matos, K., Salido, E., Lindorff-Larsen, Kresten & L. Pey, A., 2022, I: Frontiers in Molecular Biosciences. 9, 17 s., 1063620.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
IL-2 is inactivated by the acidic pH environment of tumors enabling engineering of a pH-selective mutein
Gaggero, S., Martinez-Fabregas, J., Cozzani, A., Fyfe, P. K., Leprohon, M., Yang, J., Thomasen, F. E., Winkelmann, H., Magnez, R., Conti, A. G., Wilmes, S., Pohler, E., van Gijsel Bonnello, M., Thuru, X., Quesnel, B., Soncin, F., Piehler, J., Lindorff-Larsen, K., Roychoudhuri, R., Moraga, I. & 1 flere, , 2022, I: Science immunology. 7, 78, 15 s., eade5686.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Improving Martini 3 for Disordered and Multidomain Proteins
Thomasen, Emil, Pesce, Francesco, Roesgaard, M. A., Tesei, Giulio & Lindorff-Larsen, Kresten, 2022, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 18, 4, s. 2033-2041 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Increasing protein stability by inferring substitution effects from high-throughput experiments
Norrild, R. K., Johansson, Kristoffer Enøe, O'Shea, Charlotte, Morth, J. P., Lindorff-Larsen, Kresten & Winther, Jakob R., 2022, I: Cell Reports Methods. 2, 11, 11 s., 100333.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Mg2+-dependent conformational equilibria in CorA and an integrated view on transport regulation
Johansen, Nicolai Tidemand, Bonaccorsi, M., Bengtsen, T., Nørgrd Larsen, Andreas, Tidemand, Frederik Grønbæk, Pedersen, Martin Cramer, Huda, P., Berndtsson, J., Darwish, T., Yepuri, N. R., Martel, A., Pomorski, Thomas Guenther, Bertarello, A., Sansom, M., Rapp, M., Crehuet, R., Schubeis, T., Lindorff-Larsen, Kresten, Pintacuda, G. & Arleth, Lise, 2022, I: eLife. 11, 35 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Predicting and interpreting large-scale mutagenesis data using analyses of protein stability and conservation
Høie, M. H., Cagiada, Matteo, Frederiksen, A. H. B., Stein, Amelie & Lindorff-Larsen, Kresten, 2022, I: Cell Reports. 38, 2, 15 s., 110207.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The covalent reactivity of functionalized 5-hydroxy-butyrolactams is the basis for targeting of fatty acid binding protein 5 (FABP5) by the neurotrophic agent MT-21
Svenningsen, E. B., Ottosen, R. N., Jørgensen, K. H., Nisavic, M., Larsen, C. K., Hansen, B. K., Wang, Y., Lindorff-Larsen, Kresten, Tørring, T., Hacker, S. M., Palmfeldt, J. & Poulsen, T. B., 2022, I: RSC Chemical Biology. 3, 10, s. 1216-1229 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The role of water coordination in the pH-dependent gating of hAQP10
Truelsen, S. F., Missel, Julie Winkel, Gotfryd, K., Pedersen, Per Amstrup, Gourdon, Pontus Emanuel, Lindorff-Larsen, Kresten & Hélix-Nielsen, C., 2022, I: B B A - Biomembranes. 1864, 1, 13 s., 183809.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Transient exposure of a buried phosphorylation site in an autoinhibited protein
Orioli, S., Henning Hansen, C. G. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2022, I: Biophysical Journal. 121, 1, s. 91-101 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2021
- Udgivet
A dual-reporter system for investigating and optimizing protein translation and folding in E. coli
Zutz, A., Hamborg, L., Pedersen, L. E., Kassem, M. M., Papaleo, E., Koza, A., Herrgård, M. J., Ingemann Jensen, S., Teilum, Kaare, Lindorff-Larsen, Kresten & Nielsen, A. T., 2021, I: Nature Communications. 12, 15 s., 6093.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Accurate model of liquid-liquid phase behavior of intrinsically disordered proteins from optimization of single-chain properties
Tesei, Giulio, Schulze, T. K., Crehuet, R. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2021, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 118, 44, 10 s., e2111696118.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Architecture and assembly dynamics of the essential mitochondrial chaperone complex TIM9·10·12
Weinhäupl, K., Wang, Y., Hessel, A., Brennich, M., Lindorff-Larsen, Kresten & Schanda, P., 2021, I: Structure. 29, 9, s. 1065-1073.e4Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Charge Interactions in a Highly Charge-Depleted Protein
Hervø-Hansen, S., Højgaard, C., Johansson, Kristoffer Enøe, Wang, Y., Wahni, K., Young, D., Messens, J., Teilum, Kaare, Lindorff-Larsen, Kresten & Winther, Jakob R., 2021, I: Journal of the American Chemical Society. 143, 6, s. 2500-2508 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Computational and Experimental Assessment of Backbone Templates for Computational Redesign of the Thioredoxin Fold
Marin, Frederikke Isa, Johansson, Kristoffer Enøe, O'Shea, Charlotte, Lindorff-Larsen, Kresten & Winther, Jakob R., 2021, I: The Journal of Physical Chemistry B. 125, 40, s. 11141-11149Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
- Udgivet
Conformational Ensembles of Noncoding Elements in the SARS-CoV-2 Genome from Molecular Dynamics Simulations
Bottaro, S., Bussi, G. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2021, I: Journal of the American Chemical Society. 143, 22, s. 8333-8343Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cryo-EM reveals the architecture of placental malaria VAR2CSA and provides molecular insight into chondroitin sulfate binding
Wang, Kaituo, Dagil, Robert, Lavstsen, Thomas, Misra, S. K., Spliid, C. B., Wang, Y., Gustavsson, Tobias, Sandoval, D. R., Vidal-Calvo, E. E., Choudhary, Swati, Agerbæk, Mette Ørskov, Lindorff-Larsen, Kresten, Nielsen, Morten Agertoug, Theander, Thor Grundtvig, Sharp, J. S., Clausen, Thomas Mandel, Gourdon, Pontus Emanuel & Salanti, Ali, 2021, I: Nature Communications. 12, 1, 10 s., 2956.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
DEER-PREdict: Software for efficient calculation of spin-labeling EPR and NMR data from conformational ensembles
Tesei, Giulio, Martins, J. M., Kunze, M. B. A., Wang, Y., Crehuet, R. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2021, I: PLOS Computational Biology. 17, 1, 18 s., e1008551.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ensuring scientific reproducibility in bio-macromolecular modeling via extensive, automated benchmarks
Koehler Leman, J., Lyskov, S., Lewis, S. M., Adolf-Bryfogle, J., Alford, R. F., Barlow, K., Ben-Aharon, Z., Farrell, D., Fell, J., Hansen, W. A., Harmalkar, A., Jeliazkov, J., Kuenze, G., Krys, J. D., Ljubetič, A., Loshbaugh, A. L., Maguire, J., Moretti, R., Mulligan, V. K., Nance, M. L. & 30 flere, , 2021, I: Nature Communications. 12, 15 s., 6947.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Fitting Side-Chain NMR Relaxation Data Using Molecular Simulations
Kümmerer, Felix, Orioli, S., Harding-Larsen, D., Hoffmann, F., Gavrilov, Y., Teilum, Kaare & Lindorff-Larsen, Kresten, 2021, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 17, 8, s. 5262-5275 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Force Field Effects in Simulations of Flexible Peptides with Varying Polyproline II Propensity
Jephthah, S., Pesce, Francesco, Lindorff-Larsen, Kresten & Skepö, M., 2021, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 17, 10, s. 6634-6646 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Insight into Calcium-Binding Motifs of Intrinsically Disordered Proteins
Newcombe, Estella Anne, Fernandes, Catarina, Lundsgaard, J. E., Brakti, Inna, Lindorff-Larsen, Kresten, Langkilde, Annette Eva, Skriver, Karen & Kragelund, Birthe Brandt, 2021, I: Biomolecules. 11, 8, 17 s., 1173.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Interplay of folded domains and the disordered low-complexity domain in mediating hnRNPA1 phase separation
Martin, E. W., Thomasen, Emil, Milkovic, N. M., Cuneo, M. J., Grace, C. R., Nourse, A., Lindorff-Larsen, Kresten & Mittag, T., 2021, I: Nucleic Acids Research. 49, 5, s. 2931-2945 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Linking thermodynamics and measurements of protein stability
Lindorff-Larsen, Kresten & Teilum, Kaare, 2021, I: Protein engineering, design & selection : PEDS. 34, 13 s., gzab002.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Mapping the degradation pathway of a disease-linked aspartoacylase variant
Gersing, S. K., Wang, Y., Grønbæk-Thygesen, Martin, Kampmeyer, Caroline, Bjørnkjær, Lene, Willemoës, Martin, Andréasson, C., Stein, Amelie, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2021, I: PLOS Genetics. 17, 4, 28 s., e1009539.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Multiplexed assays reveal effects of missense variants in MSH2 and cancer predisposition
Nielsen, S. V., Hartmann-Petersen, Rasmus, Stein, Amelie & Lindorff-Larsen, Kresten, 2021, I: PLOS Genetics. 17, 4, 6 s., e1009496.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
On the Potential of Machine Learning to Examine the Relationship Between Sequence, Structure, Dynamics and Function of Intrinsically Disordered Proteins
Lindorff-Larsen, Kresten & Kragelund, Birthe Brandt, 2021, I: Journal of Molecular Biology. 433, 20, 22 s., 167196.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Order and disorder - An integrative structure of the full-length human growth hormone receptor
Kassem, N., Araya-Secchi, R., Bugge, K., Barclay, A., Steinocher, H., Khondker, A., Wang, Y., Lenard, A. J., Bürck, J., Sahin, Cagla, Ulrich, A. S., Landreh, M., Pedersen, Martin Cramer, Rheinstädter, M. C., Pedersen, Per Amstrup, Lindorff-Larsen, Kresten, Arleth, Lise & Kragelund, Birthe Brandt, 2021, I: Science Advances. 7, 27, 20 s., eabh3805.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Properdin oligomers adopt rigid extended conformations supporting function
Pedersen, D. V., Pedersen, M. N., Mazarakis, S. M. M., Wang, Y., Lindorff-Larsen, Kresten, Arleth, Lise & Andersen, G. R., 2021, I: eLife. 10, 22 s., e63356.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Refinement of α-Synuclein Ensembles Against SAXS Data: Comparison of Force Fields and Methods
Ahmed, M. C., Skaanning, L. K., Jussupow, A., Newcombe, Estella Anne, Kragelund, Birthe Brandt, Camilloni, C., Langkilde, Annette Eva & Lindorff-Larsen, Kresten, 2021, I: Frontiers in Molecular Biosciences. 8, 13 s., 654333.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Refining conformational ensembles of flexible proteins against small-angle x-ray scattering data
Pesce, Francesco & Lindorff-Larsen, Kresten, 2021, I: Biophysical Journal. 120, 22, s. 5124-5135 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Structural and functional variation of chitin-binding domains of a lytic polysaccharide monooxygenase from Cellvibrio japonicus
Madland, E., Forsberg, Z., Wang, Y., Lindorff-Larsen, Kresten, Niebisch, A., Modregger, J., Eijsink, V. G. H., Aachmann, F. L. & Courtade, G., 2021, I: Journal of Biological Chemistry. 297, 4, 17 s., 101084.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Synergistic stabilization of a double mutant in chymotrypsin inhibitor 2 from a library screen in E. coli
Hamborg, L., Granata, D., Olsen, Johan Gotthardt, Roche, J. V., Pedersen, L. E., Nielsen, A. T., Lindorff-Larsen, Kresten & Teilum, Kaare, 2021, I: Communications Biology . 4, 9 s., 980.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ubiquitin Interacting Motifs: Duality Between Structured and Disordered Motifs
Lambrughi, M., Maiani, E., Fas, B. A., Shaw, G. S., Kragelund, Birthe Brandt, Lindorff-Larsen, Kresten, Teilum, Kaare, Invernizzi, G. & Papaleo, E., 2021, I: Frontiers in Molecular Biosciences. 8, 14 s., 676235.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Understanding the Origins of Loss of Protein Function by Analyzing the Effects of Thousands of Variants on Activity and Abundance
Cagiada, Matteo, Johansson, Kristoffer Enøe, Valanciute, A., Nielsen, S. V., Hartmann-Petersen, Rasmus, Yang, J. J., Fowler, D. M., Stein, Amelie & Lindorff-Larsen, Kresten, 2021, I: Molecular Biology and Evolution. 38, 8, s. 3235-3246Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2020
- Udgivet
Structure and dynamics of a nanodisc by integrating NMR, SAXS and SANS experiments with molecular dynamics simulations.
Bengtsen, T., Midtgaard, S. R., Holm-Janas, Viktor, Kjølbye, L. R., Johansen, Nicolai Tidemand, Tesei, Giulio, Bottaro, S., Schiøtt, B., Arleth, Lise & Lindorff-Larsen, Kresten, 30 jul. 2020, I: eLife. 9, 24 s., e56518.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Small-angle Neutron Scattering Shows that the Solution Structures of the Bacterial Mg2+-Channel CorA are Overall Similar with and without Mg2+ Bound
Arleth, Lise, Johansen, Nicolai Tidemand, Bengtsen, T., Larsen, A. H., Tidemand, Frederik Grønbæk, Pomorski, Thomas Guenther & Lindorff-Larsen, Kresten, 7 feb. 2020, I: Biophysical Journal. 118, 3, Suppl. 1, s. 12A 1 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning
- Udgivet
Classifying disease-associated variants using measures of protein activity and stability
Jepsen, M. M., Fowler, D. M., Hartmann-Petersen, Rasmus, Stein, Amelie & Lindorff-Larsen, Kresten, 2020, Protein Homeostasis Diseases: Mechanisms and Novel Therapies. Pey, A. L. (red.). Elsevier, s. 91-107Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Co-Chaperones in Targeting and Delivery of Misfolded Proteins to the 26S Proteasome
Abildgaard, A. B., Gersing, S. K., Larsen-Ledet, Sven, Nielsen, S. V., Stein, Amelie, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2020, I: Biomolecules. 10, 8, 24 s., 1141.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Combining molecular dynamics simulations with small-angle X-ray and neutron scattering data to study multi-domain proteins in solution
Nørgrd Larsen, Andreas, Wang, Y., Bottaro, S., Grudinin, S., Arleth, Lise & Lindorff-Larsen, Kresten, 2020, I: P L o S Computational Biology. 16, 4, 29 s., e1007870.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Computing, Analyzing, and Comparing the Radius of Gyration and Hydrodynamic Radius in Conformational Ensembles of Intrinsically Disordered Proteins
Ahmed, M. C., Crehuet, R. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2020, Intrinsically Disordered Proteins: Methods and Protocols. Kragelund, B. B. & Skriver, K. (red.). Humana Press, s. 429-445 17 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 2141).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Folliculin variants linked to Birt-Hogg-Dubé syndrome are targeted for proteasomal degradation
Bjørnkjær, Lene, Stein, Amelie, Grønbæk-Thygesen, Martin, Nygaard, L., Søltoft, C. L., Nielsen, S. V., Lisby, Michael, Ravid, T., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2020, I: PLOS Genetics. 16, 11, 28 s., e1009187.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Global analysis of protein stability by temperature and chemical denaturation
Hamborg, L., Horsted, E. W., Johansson, Kristoffer Enøe, Willemoës, Martin, Lindorff-Larsen, Kresten & Teilum, Kaare, 2020, I: Analytical Biochemistry. 605, 7 s., 113863.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
How to learn from inconsistencies: Integrating molecular simulations with experimental data
Orioli, S., Nørgrd Larsen, Andreas, Bottaro, S. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2020, Computational Approaches for Understanding Dynamical Systems: Protein Folding and Assembly. Strodel, B. & Barz, B. (red.). Academic Press, s. 123-176 54 s. (Progress in Molecular Biology and Translational Science, Bind 170).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Integrating Molecular Simulation and Experimental Data: A Bayesian/Maximum Entropy Reweighting Approach
Bottaro, S., Bengtsen, T. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2020, Structural Bioinformatics: Methods and Protocols. Gáspári, Z. (red.). Humana Press, s. 219-240 22 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 2112).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Integrating NMR and simulations reveals motions in the UUCG tetraloop
Bottaro, S., Nichols, P. J., Vögeli, B., Parrinello, M. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2020, I: Nucleic Acids Research. 48, 11, s. 5839-5848 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Novel HARS2 missense variants identified in individuals with sensorineural hearing impairment and Perrault syndrome
Karstensen, H. G., Rendtorff, N. D., Hindbæk, L. S., Colombo, R., Stein, Amelie, Birkebæk, N. H., Hartmann-Petersen, Rasmus, Lindorff-Larsen, Kresten, Højland, A. T., Petersen, M. B. & Tranebjærg, Lisbeth, 2020, I: European Journal of Medical Genetics. 63, 3, 6 s., 103733.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Protein Dynamics Enables Phosphorylation of Buried Residues in Cdk2/Cyclin-A-Bound p27
Henriques, J. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2020, I: Biophysical Journal. 119, 10, s. 2010-2018 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Protein destabilization and degradation as a mechanism for hereditary disease
Nielsen, S. V., Schenstrøm, S. M., Christensen, Caspar Elo, Stein, Amelie, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2020, Protein Homeostasis Diseases: Mechanisms and Novel Therapies. Pey, A. L. (red.). Elsevier, s. 111-125Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Structural basis of client specificity in mitochondrial membrane-protein chaperones
Sučec, I., Wang, Y., Dakhlaoui, O., Weinhäupl, K., Jores, T., Costa, D., Hessel, A., Brennich, M., Rapaport, D., Lindorff-Larsen, Kresten, Bersch, B. & Schanda, P., 2020, I: Science Advances. 6, 51, 15 s., eabd0263.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
What Will Computational Modeling Approaches Have to Say in the Era of Atomistic Cryo-EM Data?
Fraser, J. S., Lindorff-Larsen, Kresten & Bonomi, M., 2020, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 60, 5, s. 2410-2412 3 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning › fagfællebedømt
- 2019
- Udgivet
Molecular dynamics-guided discovery of an ago-allosteric modulator for GPR40/FFAR1
Lückmann, Michael, Trauelsen, Mette, Bentsen, M. A., Nissen, T. A. D., Martins, J., Fallah, Z., Nygaard, M. M., Papaleo, E., Lindorff-Larsen, Kresten, Schwartz, Thue W. & Frimurer, Thomas Michael, 2 apr. 2019, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 116, 14, s. 7123-7128Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
PSX, Protein-Solvent Exchange: software for calculation of deuterium-exchange effects in small-angle neutron scattering measurements from protein coordinates
Pedersen, Martin Cramer, Wang, Y., Tidemand, Frederik Grønbæk, Martel, A., Lindorff-Larsen, Kresten & Arleth, Lise, 2019, I: Journal of Applied Crystallography. 52, 6, s. 1427-1436 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A Multi-State Coarse-Grained Simulation Model Captures Conformational Cycling in P-Type ATPases
Wang, Y., Saleh, N., Chu, X. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2019, I: Biophysical Journal. 116, 3, suppl. 1, s. 300a 1484-Plat.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Allosteric modulation of the sarcoplasmic reticulum Ca2+ ATPase by thapsigargin via decoupling of functional motions
Saleh, N., Wang, Y., Nissen, P. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2019, I: Physical Chemistry Chemical Physics. 21, 39, s. 21991-21995Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Barnaba: software for analysis of nucleic acid structures and trajectories
Bottaro, S., Bussi, G., Pinamonti, G., Reisser, S., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2019, I: RNA. 25, 2, s. 219-231Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Bayesian-Maximum-Entropy Reweighting of IDP Ensembles Based on NMR Chemical Shifts
Crehuet, R., Buigues, P. J., Salvatella, X. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2019, I: Entropy. 21, 9, 17 s., 898.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Biophysical and Mechanistic Models for Disease-Causing Protein Variants
Stein, Amelie, Fowler, D. M., Hartmann-Petersen, Rasmus & Lindorff-Larsen, Kresten, 2019, I: Trends in Biochemical Sciences. 44, 7, s. 575-588Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Computational and cellular studies reveal structural destabilization and degradation of MLH1 variants in Lynch syndrome
Abildgaard, A. B., Stein, Amelie, Nielsen, S. V., Schultz-Knudsen, Katrine, Papaleo, E., Shrikhande, A., Hoffmann, Eva, Bernstein, I., Gerdes, Anne-Marie Axø, Takahashi, M., Ishioka, C., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2019, I: eLife. 8, 28 s., e49138 .Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Dissecting the statistical properties of the linear extrapolation method of determining protein stability
Lindorff-Larsen, Kresten, 2019, I: Protein engineering, design & selection : PEDS. 32, 10, s. 471-479 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Fitting Corrections to an RNA Force Field Using Experimental Data
Cesari, A., Bottaro, S., Lindorff-Larsen, Kresten, Banás, P., Sponer, J. & Bussi, G., 2019, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 15, 6, s. 3425-3431Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Promoting transparency and reproducibility in enhanced molecular simulations
Bonomi, M., Bussi, G., Camilloni, C., Tribello, G. A., Banas, P., Barducci, A., Bernetti, M., Bolhuis, P. G., Bottaro, S., Branduardi, D., Capelli, R., Carloni, P., Ceriotti, M., Cesari, A., Chen, H., Chen, W., Colizzi, F., De, S., De La Pierre, M., Donadio, D. & 54 flere, , 2019, I: Nature Methods. 16, 8, s. 670-673Publikation: Bidrag til tidsskrift › Leder › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Protein stability and degradation in health and disease
Bjørnkjær, Lene, Abildgaard, A. B., Gersing, S. K., Stein, Amelie, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2019, Molecular Chaperones in Human Disorders. Donev, R. (red.). Academic Press, s. 61-83 (Advances in Protein Chemistry and Structural Biology, Bind 114).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Side chain to main chain hydrogen bonds stabilize a polyglutamine helix in a transcription factor
Escobedo, A., Topal, B., Kunze, M. B. A., Aranda, J., Chiesa, G., Mungianu, D., Bernardo-Seisdedos, G., Eftekharzadeh, B., Gairí, M., Pierattelli, R., Felli, I. C., Diercks, T., Millet, O., García, J., Orozco, M., Crehuet, R., Lindorff-Larsen, Kresten & Salvatella, X., 2019, I: Nature Communications. 10, 11 s., 2034.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Structural Basis for Properdin Oligomerization and Convertase Stimulation in the Human Complement System
Pedersen, D. V., Gadeberg, T. A. F., Thomas, C., Wang, Y., Joram, N., Jensen, R. K., Mazarakis, S. M. M., Revel, M., El Sissy, C., Petersen, S. V., Lindorff-Larsen, Kresten, Thiel, S., Laursen, N. S., Fremeaux-Bacchi, V. & Andersen, G. R., 2019, I: Frontiers in Immunology. 10, 19 s., 2007.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Substrate-induced conformational dynamics of the dopamine transporter
Nielsen, A. K., Möller, I. R., Wang, Y., Rasmussen, Søren Gøgsig Faarup, Lindorff-Larsen, Kresten, Rand, Kasper Dyrberg & Loland, Claus Juul, 2019, I: Nature Communications. 10, 14 s., 2714.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Toward mechanistic models for genotype-phenotype correlations in phenylketonuria using protein stability calculations
Scheller, R., Stein, Amelie, Nielsen, S. V., Marin, F. I., Gerdes, Anne-Marie Axø, Di Marco, M., Papaleo, E., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2019, I: Human Mutation. 40, 4, s. 444-457Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2018
- Udgivet
On the Calculation of SAXS Profiles of Folded and Intrinsically Disordered Proteins from Computer Simulations
Henriques, J., Arleth, Lise, Lindorff-Larsen, Kresten & Skepo, M., 3 aug. 2018, I: Journal of Molecular Biology. 430, 16, SI, s. 2521-2539Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Conformational ensembles of RNA oligonucleotides from integrating NMR and molecular simulations
Bottaro, S., Bussi, G., Kennedy, S. D., Turner, D. H. & Lindorff-Larsen, Kresten, 18 maj 2018, I: Science Advances. 4, 5, 8 s., eaar8521.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Dynamic activation and regulation of the mitogen-activated protein kinase p38
Kumar, G. S., Clarkson, M. W., Kunze, M. B. A., Granata, D., Wand, A. J., Lindorff-Larsen, Kresten, Page, R. & Peti, W., 1 maj 2018, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115, 18, s. 4655-4660 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A Combined Simulation and SAXS Study of the Dynamics of Lipid Nanodiscs
Bengtsen, T., Holm-Janas, Viktor, Midtgaard, S. R., Arleth, Lise & Lindorff-Larsen, Kresten, 17 feb. 2018, I: Biophysical Journal. 114, 3, Supp. 1, s. 559A-559A 1 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A Robust Proton Flux (pHlux) Assay for Studying the Function and Inhibition of the Influenza A M2 Proton Channel
Santner, P., Martins, J. M. D. S., Laursen, J. S., Behrendt, L., Riber, Leise, Olsen, Christian Adam, Arkin, I. T., Winther, Jakob R., Willemoës, Martin & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Biochemistry. 57, 41, s. 5949-5956Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Biophysical experiments and biomolecular simulations: a perfect match?
Bottaro, S. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Science. 361, 6400, s. 355-360 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cancer Mutations of the Tumor Suppressor SPOP Disrupt the Formation of Active, Phase-Separated Compartments
Bouchard, J. J., Otero, J. H., Scott, D. C., Szulc, E., Martin, E. W., Sabri, N., Granata, D., Marzahn, M. R., Lindorff-Larsen, Kresten, Salvatella, X., Schulman, B. A. & Mittag, T., 2018, I: Molecular Cell. 72, 1, s. 19-36, e1-e8Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Editorial overview: Theory and simulation: Interpreting experimental data at the molecular level
Best, R. B. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Current Opinion in Structural Biology. 49, s. iv-v 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Leder › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Enhancing coevolution-based contact prediction by imposing structural self-consistency of the contacts
Kassem, M. M., Christoffersen, L. B., Cavalli, A. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Scientific Reports. 8, 11112.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Frequency adaptive metadynamics for the calculation of rare-event kinetics
Wang, Y., Valsson, O., Tiwary, P., Parrinello, M. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Journal of Chemical Physics. 149, 7, s. 1-7 072309.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Gs protein peptidomimetics as allosteric modulators of the β2-adrenergic receptor
Boyhus, L. E., Danielsen, Mia, Bengtson, N. S., Kunze, M. B. A., Kubiak, X., Sminia, T. J., Løper, J. H., Tran, P. T., Lindorff-Larsen, Kresten, Rasmussen, Søren Gøgsig Faarup, Mathiesen, Jesper M. & Pedersen, D. S., 2018, I: RSC Advances. 8, 4, s. 2219-2228 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
How well do force fields capture the strength of salt bridges in proteins?
Ahmed, M. C. H., Papaleo, E. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: PeerJ. 6, 17 s., 4967.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Molecular dynamics ensemble refinement of the heterogeneous native state of NCBD using chemical shifts and NOEs
Papaleo, E., Camilloni, C., Teilum, Kaare, Vendruscolo, M. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: PeerJ. 6, s. 1-24 e5125.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Monte Carlo Sampling of Protein Folding by Combining an All-Atom Physics-Based Model with a Native State Bias
Wang, Y., Tian, P., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Journal of Physical Chemistry B. 122, 49, s. 11174-11185Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Random mutagenesis analysis of the Influenza A M2 proton channel reveals novel resistance mutants
Santner, P., Martins, J. M. D. S., Kampmeyer, Caroline, Hartmann-Petersen, Rasmus, Laursen, J. S., Stein, Amelie, Olsen, Christian Adam, Arkin, I. T., Winther, Jakob R., Willemoës, Martin & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Biochemistry. 57, 41, s. 5957-5968Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Role of protein dynamics in transmembrane receptor signalling
Wang, Y., Bugge, K. Ø., Kragelund, Birthe Brandt & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Current Opinion in Structural Biology. 48, s. 74-82 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Structural Basis of Membrane Protein Chaperoning through the Mitochondrial Intermembrane Space
Weinhaupl, K., Lindau, C., Hessel, A., Wang, Y., Schültze, C., Jores, T., Melchionda, L., Schönfisch, B., Kalbacher, H., Bersch, B., Rapaport, D., Brennich, M., Lindorff-Larsen, Kresten, Wiedemann, N. & Schanda, P., 2018, I: Cell. 175, 5, s. 1365-1379, e25Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Structural heterogeneity and dynamics in protein evolution and design
Johansson, Kristoffer Enøe & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Current Opinion in Structural Biology. 48, s. 157-163 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2017
- Udgivet
Blocking protein quality control to counter hereditary cancers
Kampmeyer, Caroline, Nielsen, S. V., Bjørnkjær, Lene, Stein, Amelie, Gerdes, Anne-Marie Axø, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, dec. 2017, I: Genes, Chromosomes & Cancer. 56, 12, s. 823-831 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A phosphorylation-motif for tuneable helix stabilisation in intrinsically disordered proteins - Lessons from the sodium proton exchanger 1 (NHE1)
Hendus-Altenburger, R., Lambrughi, M., Terkelsen, Thilde Bagger, Pedersen, Stine Helene Falsig, Papaleo, E., Lindorff-Larsen, Kresten & Kragelund, Birthe Brandt, sep. 2017, I: Cellular Signalling. 37, s. 40-51 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Biomolecular conformational changes and ligand binding: from kinetics to thermodynamics
Wang, Y., Martins, J. & Lindorff-Larsen, Kresten, sep. 2017, I: Chemical Science. 8, 9, s. 6466-6473 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
An efficient method for estimating the hydrodynamic radius of disordered protein conformations
Nygaard, M., Kragelund, Birthe Brandt, Papaleo, E. & Lindorff-Larsen, Kresten, 8 aug. 2017, I: Biophysical Journal. 113, 3, s. 550-557 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Mapping the universe of RNA tetraloop folds
Bottaro, S. & Lindorff-Larsen, Kresten, 25 jul. 2017, I: Biophysical Journal. 113, 2, s. 257-267 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Predicting the impact of Lynch syndrome-causing missense mutations from structural calculations
Nielsen, S. V., Stein, Amelie, Dinitzen, A. B., Papaleo, E., Tatham, M. H., Poulsen, E. G., Kassem, M. M., Rasmussen, Lene Juel, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 19 apr. 2017, I: PLoS Genetics. 13, 4, 26 s., e1006739.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Diversity-oriented peptide stapling: a third generation copper-catalysed azide–alkyne cycloaddition stapling and functionalisation strategy
Tran, T. P., Larsen, C. Ø., Røndbjerg, T., de Foresta, M., Kunze, M. B. A., Marek, A., Hartvig Løper, J., Boyhus, L., Knuhtsen, A., Lindorff-Larsen, Kresten & Pedersen, D. S., 8 mar. 2017, I: Chemistry: A European Journal. 23, 14, s. 3490-3495 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Conformational rigidity and protein dynamics at distinct timescales regulate PTP1B activity and allostery
Choy, M. S., Li, Y., Machado, L. E. S. F., Kunze, M. B. A., Connors, C. R., Wei, X., Lindorff-Larsen, Kresten, Page, R. & Peti, W., 16 feb. 2017, I: Molecular Cell. 65, 4, s. 644-658 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Class I Cytokine Receptors: Towards the Inside
Steinocher, H., Bugge, K. Ø., Nikolajsen, L. F., Lindorff-Larsen, Kresten, Brooks, A. & Kragelund, Birthe Brandt, 2017, I: Biophysical Society. Annual Meeting. Abstracts. 112, 3. Suppl. 1, s. 171A 1 s., 845-Plat.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt
- 2016
- Udgivet
Understanding single-pass transmembrane receptor signaling from a structural viewpoint—what are we missing?
Bugge, K. Ø., Lindorff-Larsen, Kresten & Kragelund, Birthe Brandt, dec. 2016, I: The FEBS Journal. 283, 24, s. 4424-4451 28 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A Monte Carlo study of the early steps of functional amyloid formation
Tian, P., Lindorff-Larsen, Kresten, Boomsma, Wouter, Jensen, Mogens Høgh & Otzen, D. E., 2016, I: P L o S One. 11, 1, 18 s., e0146096.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A combined computational and structural model of the full-length human prolactin receptor
Bugge, K. Ø., Papaleo, E., Haxholm, G. W., Hopper, J. T. S., Robinson, C. V., Olsen, Johan Gotthardt, Lindorff-Larsen, Kresten & Kragelund, Birthe Brandt, 2016, I: Nature Communications. 7, 11 s., 11578.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A soluble, folded protein without charged amino acid residues
Højgaard, C., Kofoed, Christian, Espersen, R., Johansson, Kristoffer Enøe, Villa, M., Willemoës, Martin, Lindorff-Larsen, Kresten, Teilum, Kaare & Winther, Jakob R., 2016, I: Biochemistry. 55, 28, s. 3949–3956 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Bioinformatics analysis identifies several intrinsically disordered human E3 ubiquitin-protein ligases
Boomsma, Wouter, Nielsen, S. V., Lindorff-Larsen, Kresten, Hartmann-Petersen, Rasmus & Ellgaard, Lars, 2016, I: PeerJ. 4, 18 s., e1725.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Computational redesign of thioredoxin is hypersensitive towards minor conformational changes in the backbone template
Johansson, Kristoffer Enøe, Johansen, Nicolai Tidemand, Christensen, S., Horowitz, S., Bardwell, J. C. A., Olsen, Johan Gotthardt, Willemoës, Martin, Lindorff-Larsen, Kresten, Ferkinghoff-Borg, J., Hamelryck, Thomas Wim & Winther, Jakob R., 2016, I: Journal of Molecular Biology. 428, 21, s. 4361-4377 17 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
DNA-binding protects p53 from interactions with cofactors involved in transcription-independent functions
Lambrughi, M., De Gioia, L., Gervasio, F. L., Lindorff-Larsen, Kresten, Nussinov, R., Urani, C., Bruschi, M. & Papaleo, E., 2016, I: Nucleic Acids Research. 44, 19, s. 9096-9109 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Mapping transiently formed and sparsely populated conformations on a complex energy landscape
Wang, Y., Papaleo, E. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2016, I: eLife. 5, 35 s., e17505.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Picosecond to Millisecond Structural Dynamics in Human Ubiquitin
Lindorff-Larsen, Kresten, Maragakis, P., Piana, S. & Shaw, D. E., 2016, I: Journal of Physical Chemistry B. 120, 33, s. 8313-8320 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Structure of the bacterial cytoskeleton protein bactofilin by NMR chemical shifts and sequence variation
Kassem, M. M., Wang, Y., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2016, I: Biophysical Journal. 110, 11, s. 2342-2348 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The role of protein loops and linkers in conformational dynamics and allostery
Papaleo, E., Saladino, G., Lambrughi, M., Lindorff-Larsen, Kresten, Gervasio, F. L. & Nussinov, R., 2016, I: Chemical Reviews. 116, 11, s. 6391-6423 33 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Topological constraints and modular structure in the folding and functional motions of GlpG, an intramembrane protease
Schafer, N. P., Truong, H. H., Otzen, D. E., Lindorff-Larsen, Kresten & Wolynes, P. G., 2016, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 113, 8, s. 2098-2103 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2015
- Udgivet
A two-step protein quality control pathway for a misfolded DJ-1 variant in fission yeast
Mathiassen, S. G., Larsen, I. B., Poulsen, E. G., Madsen, C. T., Papaleo, E., Lindorff-Larsen, Kresten, Kragelund, Birthe Brandt, Nielsen, Michael Lund, Kriegenburg, F. & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2015, I: The Journal of Biological Chemistry. 290, 34, s. 21141-21153 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Comparing molecular dynamics force fields in the essential subspace
Martin-García, F., Papaleo, E., Gomez-Puertas, P., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2015, I: PLoS ONE. 10, 3, 16 s., e0121114.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
ENCORE: Software for Quantitative Ensemble Comparison
Tiberti, M., Papaleo, E., Bengtsen, T., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2015, I: PLoS Computational Biology. 11, 10, 16 s., e1004415.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Exploiting hydrophobicity for efficient production of transmembrane helices for structure determination by NMR spectroscopy
Bugge, K. Ø., Steinocher, H., Brooks, A. J., Lindorff-Larsen, Kresten & Kragelund, Birthe Brandt, 2015, I: Analytical Chemistry. 87, 18, s. 9126–9131 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Interaction networks in protein folding via atomic-resolution experiments and long-time-scale molecular dynamics simulations
Sborgi, L., Verma, A., Piana, S., Lindorff-Larsen, Kresten, Cerminara, M., Santiveri, C. M., Shaw, D. E., De Alba, E. & Muñoz, V., 2015, I: Journal of the American Chemical Society. 137, 20, s. 6506-6516 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Structure of a functional amyloid protein subunit computed using sequence variation
Tian, P., Boomsma, Wouter, Wang, Y., Otzen, D., Jensen, Mogens Høgh & Lindorff-Larsen, Kresten, 2015, I: Journal of the American Chemical Society. 137, 1, s. 22–25 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
What does evolution tell us about the structure of a functional amyloid protein?
Tian, P., Boomsma, Wouter, Wang, Y., Otzen, D. E., Jensen, Mogens Høgh & Lindorff-Larsen, Kresten, 2015, I: Biophysical Journal. 108, 2, Supplement 1, s. 227a 1 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt
- 2014
- Udgivet
CECAM workshop on intrinsically disordered proteins
Rösner, Heike Ilona, Papaleo, E., Haxholm, G. W., Best, R. B., Kragelund, Birthe Brandt & Lindorff-Larsen, Kresten, 2014, I: Intrinsically Disordered Proteins. 2, 1, s. 1-5 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning
- Udgivet
Combining experiments and simulations using the maximum entropy principle
Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2014, I: PLoS Computational Biology. 10, 2, 9 s., e1003406.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Communication routes in ARID domains between distal residues in Helix 5 and the DNA-binding loops
Invernizzi, G., Tiberti, M., Lambrughi, M., Lindorff-Larsen, Kresten & Papaleo, E., 2014, I: P L o S Computational Biology (Online). 10, 9, 13 s., e1003744.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Conformational changes and free energies in a Proline isomerase
Papaleo, E., Sutto, L., Gervasio, F. L. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2014, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 10, 9, s. 4169-4174 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Equilibrium simulations of proteins using molecular fragment replacement and NMR chemical shifts
Boomsma, Wouter, Tian, P., Frellsen, J., Ferkinghoff-Borg, J., Hamelryck, Thomas Wim, Lindorff-Larsen, Kresten & Vendruscolo, M., 2014, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 38, s. 13852-13857 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Probabilistic determination of native state ensembles of proteins
Olsson, S., Vögeli, B. R., Cavalli, A., Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J., Lindorff-Larsen, Kresten & Hamelryck, Thomas Wim, 2014, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 10, 8, s. 3484-3491 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Robust estimation of diffusion-optimized ensembles for enhanced sampling
Tian, P., Jónsson, S. Æ., Ferkinghoff-Borg, J., Krivov, S. V. .., Lindorff-Larsen, Kresten, Irbäck, A. & Boomsma, Wouter, 2014, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 10, 2, s. 543–553 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2013
- Udgivet
A sticky cage can slow down folding
Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2013, I: Biophysical Journal. 104, 5, s. 964-965 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning
Atomic-level description of ubiquitin folding
Piana, S., Lindorff-Larsen, Kresten & Shaw, D. E., 2013, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 110, 15, s. 5915-5920 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Atomistic description of the folding of a dimeric protein
Piana, S., Lindorff-Larsen, Kresten & Shaw, D. E., 2013, I: Journal of Physical Chemistry Part B: Condensed Matter, Materials, Surfaces, Interfaces & Biophysical. 117, 42, s. 12935-12942 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
PHAISTOS: a framework for Markov chain Monte Carlo simulation and inference of protein structure
Boomsma, Wouter, Frellsen, J., Harder, T. P., Bottaro, S., Johansson, Kristoffer Enøe, Tian, P., Stovgaard, K., Andreetta, C., Olsson, S., Valentin, J., Antonov, L. D., Christensen, A. S., Borg, M., Jensen, Jan Halborg, Lindorff-Larsen, Kresten, Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2013, I: Journal of Computational Chemistry. 34, 19, s. 1697-1705 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Protein structure validation and refinement using amide proton chemical shifts derived from quantum mechanics
Christensen, A. S., Linnet, T. E., Borg, M., Boomsma, Wouter, Lindorff-Larsen, Kresten, Hamelryck, Thomas Wim & Jensen, Jan Halborg, 2013, I: PLoS ONE. 8, 12, 10 s., e84123.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The Structure of the Central Side Chain is Crucial for Anoplin Hemolytic Activity
Munk, J., Thøgersen, L., Uggerhøj, L. E., Wimmer, R., Frimodt-Møller, N., Lindorff-Larsen, Kresten & Hansen, Paul Robert, 2013, Proceedings of the 23rd American Peptide Symposium. Lebl, M. (red.). American Peptide SocietyPublikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Variational optimization of an all-atom implicit solvent force field to match explicit solvent simulation data
Bottaro, S., Lindorff-Larsen, Kresten & Best, R. B., 2013, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 9, 12, s. 5641-5652 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2012
Evaluating the effects of cutoffs and treatment of long-range electrostatics in protein folding simulations
Piana, S., Lindorff-Larsen, Kresten, Dirks, R. M., Salmon, J. K., Dror, R. O. & Shaw, D. E., 2012, I: P L o S One. 7, 6, 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Paths of long-range communication in the E2 enzymes of family 3: a molecular dynamics investigation
Papaleo, E., Lindorff-Larsen, Kresten & Gioia, L. D., 2012, I: Physical Chemistry Chemical Physics. 14, s. 12515-12525 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Protein folding kinetics and thermodynamics from atomistic simulation
Piana, S., Lindorff-Larsen, Kresten & Shaw, D. E., 2012, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 109, 44, s. 17845-17850 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Structure and dynamics of an unfolded protein examined by molecular dynamics simulation
Lindorff-Larsen, Kresten, Trbovic, N., Maragakis, P., Piana, S. & Shaw, D. E., 2012, I: Journal of the American Chemical Society. 134, 8, s. 3787-3791 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Systematic validation of protein force fields against experimental data
Lindorff-Larsen, Kresten, Maragakis, P., Piana, S., Eastwood, M. P., Dror, R. O. & Shaw, D. E., 2012, I: P L o S One. 7, 2, 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2011
Computational design and experimental testing of the fastest-folding ß-sheet protein
Piana, S., Sarkar, K., Lindorff-Larsen, Kresten, Guo, M., Gruebele, M. & Shaw, D. E., 7 jan. 2011, I: Journal of Molecular Biology. 405, 1, s. 43-48 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
How fast-folding proteins fold
Lindorff-Larsen, Kresten, Piana, S., Dror, R. O. & Shaw, D. E., 2011, I: Science (New York, N.Y.). 334, 6055, s. 517-20 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
How robust are protein folding simulations with respect to force field parameterization?
Piana, S., Lindorff-Larsen, Kresten & Shaw, D. E., 2011, I: Biophysical Journal (2011). 100, 9, s. L47-L49Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2010
Improved side-chain torsion potentials for the Amber ff99SB protein force field
Lindorff-Larsen, Kresten, Piana, S., Palmo, K., Maragakis, P., Klepeis, J. L., Dror, R. O. & Shaw, D. E., jun. 2010, I: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 78, 8, s. 1950-8 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Atomic-level characterization of the structural dynamics of proteins
Shaw, D. E., Maragakis, P., Lindorff-Larsen, Kresten, Piana, S., Dror, R. O., Eastwood, M. P., Bank, J. A., Jumper, J. M., Salmon, J. K., Shan, Y. & Wriggers, W., 2010, I: Science (New York, N.Y.). 330, 6002, s. 341-6 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Principles of conduction and hydrophobic gating in K+ channels
Jensen, M. Ø., Borhani, D. W., Lindorff-Larsen, Kresten, Maragakis, P., Jogini, V., Eastwood, M. P., Dror, R. O. & Shaw, D. E., 2010, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 107, 13, s. 5833-8 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2009
Automated Event Detection and Activity Monitoring in Long Molecular Dynamics Simulations
Wriggers, W., Stafford, K. A., Shan, Y., Piana, S., Maragakis, P., Lindorff-Larsen, Kresten, Miller, P. J., Gullingsrud, J., Rendleman, C. A., Eastwood, M. P., Dror, R. O. & Shaw, D. E., 1 okt. 2009, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 5, 10, s. 2595-2605 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Long-timescale molecular dynamics simulations of protein structure and function
Klepeis, J. L., Lindorff-Larsen, Kresten, Dror, R. O. & Shaw, D. E., 2009, I: Current Opinion in Structural Biology. 19, 2, s. 120-7 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Millisecond-scale molecular dynamics simulations on Anton
Shaw, D. E., Dror, R. O., Salmon, J. K., Grossman, J. P., Mackenzie, K. M., Bank, J. A., Young, C., Deneroff, M. M., Batson, B., Bowers, K. J., Chow, E., Eastwood, M. P., Ierardi, D., Klepeis, J. L., Kuskin, J., Larson, R. H., Lindorff-Larsen, K., Maragakis, P., Moraes, M. A., Piana, S. & 2 flere, , 2009, Proceedings of the Conference on High Performance Computing Networking, Storage and Analysis. Association for Computing Machinery, 11 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Similarity measures for protein ensembles
Lindorff-Larsen, Kresten & Ferkinghoff-Borg, J., 2009, I: PLoS ONE. 4, 1, 13 s., e4203.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2008
- Udgivet
Experimental parameterization of an energy function for the simulation of unfolded proteins
Nørgaard, A. B., Ferkinghoff-Borg, J. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2008, I: Biophysical Journal. 94, 1, s. 182-192Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Microsecond molecular dynamics simulation shows effect of slow loop dynamics on backbone amide order parameters of proteins
Maragakis, P., Lindorff-Larsen, Kresten, Eastwood, M. P., Dror, R. O., Klepeis, J. L., Arkin, I. T., Jensen, M. Ø., Xu, H., Trbovic, N., Friesner, R. A., Iii, A. G. P. & Shaw, D. E., 2008, I: Journal of Physical Chemistry Part B: Condensed Matter, Materials, Surfaces, Interfaces & Biophysical. 112, 19, s. 6155-6158 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2007
BPPred: a Web-based computational tool for predicting biophysical parameters of proteins
Geierhaas, C. D., Nickson, A. A., Lindorff-Larsen, Kresten, Clarke, J. & Vendruscolo, M., 2007, I: Protein Science. 16, 1, s. 125-34 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Detection of initiation sites in protein folding of the four helix bundle ACBP by chemical shift analysis.
Modig, K., Jürgensen, V. W., Lindorff-Larsen, Kresten, Fieber, W., Bohr, H. G. & Poulsen, F. M., 2007, I: FEBS Letters. 581, 25, s. 4965-4971 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2006
- Udgivet
Characterization of the residual structure in the unfolded state of the Delta 131 Delta fragment of staphylococcal nuclease
Francis, C. J., Lindorff-Larsen, Kresten, Best, R. B. & Bendruscolo, M., 2006, I: Proteins - Structure Function and Bioinformatics. 65, 1, s. 145-52Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Conformational fluctuations affect protein alignment in dilute liquid crystal media.
Louhivuori, M., Otten, R., Lindorff-Larsen, Kresten & Annila, A., 2006, I: Journal of the American Chemical Society. 128, 13, s. 4371-4376 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Relation between native ensembles and experimental structures of proteins.
Best, R. B., Lindorff-Larsen, Kresten, DePristo, M. A. & VEndruscolo, M., 2006, I: Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 103, 29, s. 10901-6Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Structure of the regulatory apparatus of a calcium-dependent protein kinase (CDPK): a novel mode of calmodulin-target recognition
Chandran, V., Stollar, E. J., Lindorff-Larsen, Kresten, Harper, J. F., Chazin, W. J., Dobson, C. M., Luisi, B. F. & Christodoulou, J., 2006, I: Journal of Molecular Biology. 357, 2, s. 400-10 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2005
- Udgivet
Formation of Native and Non-native Interactions in Ensembles of Denatured ACBP Molecules from Paramagnetic Relaxation Enhancement Studies
Kristjansdottir, S., Lindorff-Larsen, Kresten, Fieber, W., Dobson, C. M., Vendruscolo, M. & Poulsen, F. M., 2005, I: Journal of Molecular Biology. 347, 5, s. 1053-1062Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Interpreting Dynamically-Averaged Scalar Couplings in Proteins
Lindorff-Larsen, Kresten, Best, R. B. & Vendruscolo, M., 2005, I: Journal of Biomolecular NMR. 32, 4, s. 273-280Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Mapping Long-Range Interactions in a-Synuclein using Spin-Label NMR and Ensemble Molecular Dynamics Simulations
Dedmon, M. M., Lindorff-Larsen, Kresten, Christodoulou, J., Vendruscolo, M. & Dobson, C. M., 2005, I: Journal of the American Chemical Society. 127, 2, s. 476-477Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Protein folding and the organization of the protein topology universe
Lindorff-Larsen, Kresten, Røgen, P., Paci, E., Vendruscolo, M. & Dobson, C. M., 2005, I: TIBS -Trends in Biochemical Sciences. Regular ed.. 30, 1, s. 13-19Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning
- Udgivet
Simultaneous determination of protein structure and dynamics
Lindorff-Larsen, Kresten, Best, R. B., DePristo, M. A., Dobson, C. M. & Vendruscolo, M., 2005, I: Nature. 433, 7022, s. 128-132Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Transition State Contact Orders Correlate with Protein Folding Rates
Paci, E., Lindorff-Larsen, Kresten, Dobson, C. M., Karplus, M. & Vendruscolo, M., 2005, I: Journal of Molecular Biology. 352, 3, s. 495-500Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2004
Comparison of the transition state ensembles for folding of Im7 and Im9 determined using all-atom molecular dynamics simulations with phi value restraints
Paci, E., Friel, C. T., Lindorff-Larsen, Kresten, Radford, S. E., Karplus, M. & Vendruscolo, M., 2004, I: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 54, 3, s. 513-25 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Determination of an ensemble of structures representing the denatured state of the bovine acyl-coenzyme a binding protein
Lindorff-Larsen, Kresten, Kristjansdottir, S., Teilum, K., Fieber, W., Dobson, C. M., Poulsen, F. M. & Vendruscolo, M., 2004, I: Journal of the American Chemical Society. 126, 10, s. 3291-3219 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Transition states for protein folding have native topologies despite high structural variability
Lindorff-Larsen, Kresten, Vendruscolo, M., Paci, E. & Dobson, C. M., 2004, I: Nature Structural and Molecular Biology. 11, 5, s. 443-9 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2003
Calculation of mutational free energy changes in transition states for protein folding
Lindorff-Larsen, Kresten, Paci, E., Serrano, L., Dobson, C. M. & Vendruscolo, M., 2003, I: Biophysical Journal. 85, 2, s. 1207-14 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Parallel protein-unfolding pathways revealed and mapped
Wright, C. F., Lindorff-Larsen, Kresten, Randles, L. G. & Clarke, J., 2003, I: Nature Structural and Molecular Biology. 10, 8, s. 658-62 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2001
- Udgivet
Barley lipid transfer protein, LTP1, contains a new type of lipid-like post-translational modification
Lindorff-Larsen, Kresten, Lerche, M. H., Poulsen, F. M., Roepstorff, P. & Winther, J. R., 2001, I: Journal of Biological Chemistry. 276, 36, s. 33547-53 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Surprisingly high stability of barley lipid transfer protein, LTP1, towards denaturant, heat and proteases
Lindorff-Larsen, Kresten & Winther, Jakob R., 2001, I: FEBS Letters. 488, 3, s. 145-148 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2000
Thiol alkylation below neutral pH
Lindorff-Larsen, Kresten & Winther, J. R., 2000, I: Analytical Biochemistry. 286, 2, s. 308-10 3 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 35228567
Flest downloads
-
2308
downloads
Protein structure validation and refinement using amide proton chemical shifts derived from quantum mechanics
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
911
downloads
Similarity measures for protein ensembles
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
847
downloads
Evaluating the effects of cutoffs and treatment of long-range electrostatics in protein folding simulations
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt