Søren Johannes Sørensen
Professor
Microbiology
Universitetsparken 15
2100 København Ø
- Udgivet
Genome sequence of Kocuria varians G6 ssolated from a slaughterhouse in Denmark
Raghupathi, P. K., Herschend, J., Røder, Henriette Lyng, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2016, I: Genome Announcements. 4, 2, 2 s., e00076-16.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Draft genome assembly of two Pseudoclavibacter helvolus strains, G8 and W3, isolated from slaughterhouse environments
Raghupathi, P. K., Herschend, J., Røder, Henriette Lyng, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2016, I: Genome Announcements. 4, 2, 1 s., e00077-16.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cultivation of hard-to-culture subsurface mercury-resistant bacteria and discovery of new merA gene sequences
Rasmussen, L. D., Zawadsky, C., Binnerup, S. J., Øregaard, G., Sørensen, Søren Johannes & Kroer, Niels, 2008, I: Applied and Environmental Microbiology. 74, 12, s. 3795-803 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Group-specific PCR primers to amplify 24S α-subunit rRNA genes from Kinetoplastida (Protozoa) used in denaturing gradient gel electrophoresis
Rasmussen, L. D., Ekelund, Flemming, Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes & Johnsen, K., 2001, I: Microbial Ecology. 42, 2, s. 109-115Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The effect of longterm exposure to mercury on the bacterial community in marine sediment
Rasmussen, L. D. & Sørensen, Søren Johannes, 1998, I: Current Microbiology. 36, s. 291-297Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning
- Udgivet
Effects of mercury contimanation on the culturable heterotrophic, functional and genetic diversity of the bacterial community in soil
Rasmussen, L. D. & Sørensen, Søren Johannes, 2001, I: FEMS Microbiology Ecology. 36, s. 1-9Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Application of a mer-lux biosensor for estimating bioavailable mercury in soil
Rasmussen, L. D., Sørensen, Søren Johannes, Turner, R. R. & Barkay, T., 2000, I: Soil Biology & Biochemistry. 32, 5, s. 639-646Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ecological succession in the vaginal microbiota during pregnancy and birth
Rasmussen, Morten Arendt, Thorsen, Jonathan Jan Ilve, Dominguez-Bello, M. G., Blaser, M. J., Mortensen, M. S., Brejnrod, A. D., Shah, S. A., Hjelmsø, M. H., Lehtimäki, J., Trivedi, Urvish, Bisgaard, H., Sørensen, Søren Johannes & Stokholm, Jakob, 2020, I: The ISME Journal. 14, 9, s. 2325-2335 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
High prevalence of biofilm synergy among bacterial soil isolates in cocultures indicates bacterial interspecific cooperation
Ren, D., Madsen, Jonas Stenløkke, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 11 jan. 2015, I: ISME Journal. 9, s. 81-89 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
High-throughput screening of multispecies biofilm formation and quantitative PCR-based assessment of individual species proportions, useful for exploring interspecific bacterial interactions
Ren, D., Madsen, Jonas Stenløkke, de la Cruz Perera, C. I., Bergmark, L., Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2014, I: Microbial Ecology. 68, 1, s. 146-154 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
- Udgivet
- Udgivet
- Udgivet
- Udgivet
Enhanced plasmid loss in bacterial populations exposed to the antimicrobial compound irgasan delivered from interpenetrating polymer network silicone hydrogels
Riber, Leise, Burmølle, Mette, Alm, M., Milani, S. M., Thomsen, P., Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2016, I: Plasmid. 87-88, s. 72-78 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Exploring the immediate and long-term impact on bacterial communities in soil amended with animal and urban organic waste fertilizers using pyrosequencing and screening for horizontal transfer of antibiotic resistance
Riber, Leise, Poulsen, P. H. B., Abu Al-Soud, W., Hansen, L. B. S., Bergmark, L., Brejnrod, A. D., Norman, A., Hansen, Lars Hestbjerg, Magid, Jakob & Sørensen, Søren Johannes, 2014, I: F E M S Microbiology Ecology. 90, 1, s. 206-224 19 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Natural decay process affects the abundance and community structure of Bacteria and Archaea in Picea abies logs
Rinta-Kanto, J. M., Sinkko, H., Rajala, T., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes, Tamminen, M. V. & Timonen, S., 2016, I: F E M S Microbiology Ecology. 92, 7, 10 s., fiw087.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Temporal oral microbiome changes with brushing in children with cleft lip and palate
Rodrigues, R., Chung, A. P., Mortensen, M. S., Fernandes, M. H., Monteiro, A. B., Furfuro, R., Silva, C. C., Manso, M. C., Sørensen, Søren Johannes & Morais, P. V., 2021, I: Heliyon. 7, 9 s., e06513.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The infant gut virome is associated with preschool asthma risk independently of bacteria
Rodríguez, C. L., Shah, S. A., Rasmussen, Morten Arendt, Thorsen, J., Boulund, U., Pedersen, C. T., Castro-Mejía, J. L., Poulsen, Christina Egeø, Poulsen, C. S., Deng, Ling, Larsen, Frej Andreas Nøhr, Widdowson, Michael Lawrence, Zhang, Yichang, Sørensen, Søren Johannes, Moineau, S., Petit, M. A., Chawes, Bo Lund Krogsgaard, Bønnelykke, Klaus, Nielsen, Dennis Sandris & Stokholm, Jakob, 2023, I: Nature Medicine. 30, s. 138-148 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The giraffe (Giraffa camelopardalis) rumen microbiome
Roggenbuck, M., Sauer, C., Poulsen, M., Bertelsen, M. F. & Sørensen, Søren Johannes, 2014, I: F E M S Microbiology Ecology. 90, 1, s. 237-246 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The microbiome of New World vultures
Roggenbuck, M., Schnell, I. B., Blom, N., Bælum, J., Bertelsen, M. F., Sicheritz-Pontén, T., Sørensen, Søren Johannes, Gilbert, M Thomas P, Graves, G. R. & Hansen, L. H., 2014, I: Nature Communications. 5, 7 s., 5498.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Vitamin D and allergic airway disease shape the murine lung microbiome in a sex-specific manner
Roggenbuck, M., Anderson, D., Barfod, K. K., Feelisch, M., Geldenhuys, S., Sørensen, Søren Johannes, Weeden, C. E., Hart, P. H. & Gorman, S., 2016, I: Respiratory Research. 17, 18 s., 116.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Improvement of pesticide removal in contaminated media using aqueous extracts from contaminated biopurification systems
Romero, I. A., van Dillewijn, P., Nesme, Joseph, Sørensen, Søren Johannes & Romero, E., 2019, I: Science of the Total Environment. 691, s. 749-759 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
CRISPRCasTyper: Automated Identification, Annotation, and Classification of CRISPR-Cas Loci
Russel, J., Pinilla Redondo, Rafael, Mayo-Muñoz, D., Shah, S. A. & Sørensen, Søren Johannes, 2020, I: CRISPR Journal. 3, 6, s. 462-469 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Antagonism correlates with metabolic similarity in diverse bacteria
Russel, J., Røder, Henriette Lyng, Madsen, Jonas Stenløkke, Burmølle, Mette & Sørensen, Søren Johannes, 3 okt. 2017, I: Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 114, 40, s. 10684-10688 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Microbial diversity and dynamics throughout manufacturing and ripening of surface ripened semi-hard Danish Danbo cheeses investigated by culture-independent techniques
Ryssel, M., Johansen, P., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes, Arneborg, Nils & Jespersen, Lene, 2015, I: International Journal of Food Microbiology. 215, s. 124-30 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Enhanced bacterial mutualism through an evolved biofilm phenotype
Røder, Henriette Lyng, Herschend, J., Russel, J., Andersen, M. F., Madsen, Jonas Stenløkke, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 1 nov. 2018, I: I S M E Journal. 12, s. 2608-2618 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Studying bacterial multispecies biofilms: where to start?
Røder, Henriette Lyng, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2016, I: Trends in Microbiology. 24, 6, s. 503-513 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Interspecies interactions reduce selection for a biofilm-optimized variant in a four-species biofilm model
Røder, Henriette Lyng, Liu, W., Sørensen, Søren Johannes, Madsen, Jonas Stenløkke & Burmølle, Mette, 2019, I: Environmental Microbiology Reports. 11, 6, s. 835-839 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The impact of the conjugative IncP-1 plasmid pKJK5 on multispecies biofilm formation is dependent on the plasmid host
Røder, Henriette Lyng, Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2013, I: F E M S Microbiology Letters. 344, 2, s. 186-192 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Interspecies interactions result in enhanced biofilm formation by co-cultures of bacteria isolated from a food processing environment
Røder, Henriette Lyng, Raghupathi, P. K., Herschend, J., Brejnrod, A. D., Knoechel, Susanne, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2015, I: Food Microbiology. 51, s. 18-24 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Acromyrmex leaf-cutting ants have simple gut microbiota with nitrogen-fixing potential
Sapountzis, P., Zhukova, M., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes, Schiøtt, M. & Boomsma, Jacobus J., 2015, I: Applied and Environmental Microbiology. 81, 16, s. 5527-5537 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Heterogeneity in recombinant protein production
Schalén, M., Johanson, T., Neves Lundin, A. L., Sørensen, Søren Johannes & Lantz, A. E., 2012, I: New Biotechnology. 29, Supplement, 0, s. S78 1 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Salmonella persistence in soil depends on reciprocal interactions with indigenous microorganisms
Schierstaedt, J., Jechalke, S., Nesme, Joseph, Neuhaus, K., Sørensen, Søren Johannes, Grosch, R., Smalla, K. & Schikora, A., 2020, I: Environmental Microbiology. 22, 7, s. 2639-2652 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Microbial indicators for soil quality
Schloter, M., Nannipieri, P., Sørensen, Søren Johannes & van Elsas, J. D., jan. 2018, I: Biology and Fertility of Soils. 54, 1, s. 1-10 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A community resource for paired genomic and metabolomic data mining
Schorn, M. A., Verhoeven, S., Ridder, L., Huber, F., Acharya, D. D., Aksenov, A. A., Aleti, G., Moghaddam, J. A., Aron, A. T., Aziz, S., Bauermeister, A., Bauman, K. D., Baunach, M., Beemelmanns, C., Beman, J. M., Berlanga-Clavero, M. V., Blacutt, A. A., Bode, H. B., Boullie, A., Brejnrod, A. & 90 flere, , 2021, I: Nature Chemical Biology. 17, 4, s. 363-368Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Critical Assessment of Metagenome Interpretation: a benchmark of metagenomics software
Sczyrba, A., Hofmann, P., Belmann, P., Koslicki, D., Janssen, S., Dröge, J., Gregor, I., Majda, S., Fiedler, J., Dahms, E., Bremges, A., Fritz, A., Garrido-Oter, R., Jørgensen, T. S., Shapiro, N., Blood, P. D., Gurevich, A., Bai, Y., Turaev, D., DeMaere, M. Z. & 47 flere, , 2017, I: Nature Methods. 14, 11, s. 1063-1071 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A new method for determining the metabolic activity of specific bacterial populations in soil using tritiated leucine and immunomagnetic separation
Sengeløv, G., Sørensen, Søren Johannes, Frette, L. & Kroer, Niels, 2000, I: Biology and Fertility of Soils. 32, 3, s. 202-208Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Methods for detection of conjugative plasmid transfer in aquatic environments
Sengeløv, G. & Sørensen, Søren Johannes, 1998, I: Current Microbiology. 37, s. 274-280Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning
- Udgivet
Effect of genomic location on horizontal transfer of a recombinant gene cassette between Pseudomonas strains in the rhizosphere and spermosphere of barley seedlings
Sengeløv, G., Kristensen, K. J., Sørensen, A. M. H., Kroer, Niels & Sørensen, Søren Johannes, 2001, I: Current Microbiology. 42, s. 160-167Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Influence of fungal-bacterial interactions on bacterial conjugation in the residuesphere
Sengeløv, G., Kowalchuk, G. A. & Sørensen, Søren Johannes, 2000, I: FEMS Microbiology Ecology. 31, s. 39-45Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Expanding known viral diversity in the healthy infant gut
Shah, S. A., Deng, L., Thorsen, J., Pedersen, A. G., Dion, M. B., Castro-Mejía, J. L., Silins, R., Romme, F. O., Sausset, R., Jessen, L. E., Ndela, E. O., Hjelmsø, M., Rasmussen, M. A., Redgwell, T. A., Rodríguez, C. L., Vestergaard, G., Zhang, Y., Chawes, B., Bønnelykke, K., Sørensen, S. J. & 6 flere, , 2023, I: Nature Microbiology. 8, s. 986–998Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Mineralisation of 2,6-dichlorobenzamide (BAM) in dichlobenil-exposed soils and isolation of a BAM-mineralising Aminobacter sp.
Simonsen, A., Holtze, M. S., Sørensen, S. R., Sørensen, Søren Johannes & Aamund, J., 2006, I: Environmental Pollution. 144, 1, s. 289-295Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Loss of microbial diversity in soils is coincident with reductions in some specialized functions
Singh, B. K., Quince, C., Macdonald, C. A., Khachane, A., Thomas, N., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes, He, Z., White, D., Sinclair, A., Crooks, B., Zhou, J. & Campbell, C. D., 2014, I: Environmental Microbiology. 16, 8, s. 2408-2420 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Similar sponge-associated bacteria can be acquired via both vertical and horizontal transmission
Sipkema, D., de Caralt, S., Morillo, J. A., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes, Smidt, H. & Uriz, M. J., 2015, I: Environmental Microbiology. 17, 10, s. 3807-3821 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Long-Term Fertilization Strategy Impacts Rhizoctonia solani–Microbe Interactions in Soil and Rhizosphere and Defense Responses in Lettuce
Sommermann, L., Babin, D., Behr, J. H., Chowdhury, S. P., Sandmann, M., Windisch, S., Neumann, G., Nesme, Joseph, Sørensen, Søren Johannes, Schellenberg, I., Rothballer, M., Geistlinger, J., Smalla, K. & Grosch, R., 2022, I: Microorganisms. 10, 9, 27 s., 1717.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A converging subset of soil bacterial taxa is permissive to the IncP-1 plasmid pKJK5 across a range of soil copper contamination
Song, J., Klümper, U., Riber, Leise, Dechesne, A., Smets, B. F., Sørensen, Søren Johannes & Brandt, Kristian Koefoed, 2020, I: FEMS Microbiology Ecology. 96, 11, 10 s., fiaa200.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Kin discrimination promotes horizontal gene transfer between unrelated strains in Bacillus subtilis
Stefanic, P., Belcijan, K., Kraigher, B., Kostanjšek, R., Nesme, Joseph, Madsen, Jonas Stenløkke, Kovac, J., Sørensen, Søren Johannes, Vos, M. & Mandic-Mulec, I., 2021, I: Nature Communications. 12, 11 s., 3457.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Delivery mode and gut microbial changes correlate with an increased risk of childhood asthma
Stokholm, Jakob, Thorsen, Jonathan Jan Ilve, Blaser, M. J., Rasmussen, Morten Arendt, Hjelmsø, M., Shah, S., Christensen, E. D., Chawes, Bo Lund Krogsgaard, Bønnelykke, Klaus, Brix, S., Mortensen, M. S., Brejnrod, A., Vestergaard, G., Trivedi, Urvish, Sørensen, Søren Johannes & Bisgaard, H., 2020, I: Science Translational Medicine. 12, 569, 14 s., eaax9929.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Maturation of the gut microbiome and risk of asthma in childhood
Stokholm, Jakob, Blaser, M. J., Thorsen, Jonathan Jan Ilve, Rasmussen, Morten Arendt, Waage, J. E., Vinding, R. K., Schoos, A. M., Kunøe, A., Fink, N. R., Chawes, Bo Lund Krogsgaard, Bønnelykke, Klaus, Brejnrod, A. D., Mortensen, M. S., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes & Bisgaard, H., 2018, I: Nature Communications. 9, 10 s., 141.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Nutrient Fortification of Human Donor Milk Affects Intestinal Function and Protein Metabolism in Preterm Pigs
Sun, Jing, Li, Y., Nguyen, Duc Ninh, Mortensen, M. S., van den Akker, C. H. P., Skeath, T., Pors, S. E., Pankratova, Stanislava, Rudloff, S., Sørensen, Søren Johannes, Burrin, D. G., Thymann, Thomas & Sangild, Per Torp, 2018, I: Journal of Nutrition. 148, 3, s. 336-347 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Interspecific interactions in dual-species biofilms of soil bacteria: effects of fertilization practices
Sun, X., Cai, P., Sørensen, Søren Johannes, Mortimer, M., Gao, C., Huang, Q., Wang, Y., Lin, X., Wu, Y., Zhu, D. & Chen, R., 2020, I: Journal of Soils and Sediments. 20, 3, s. 1494-1501 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
454 pyrosequencing analyses of bacterial and archaeal richness in 21 full-scale biogas digesters
Sundberg, C., Abu Al-Soud, W., Larsson, M., Alm, E., Yekta, S. S., Svensson, B. H., Sørensen, Søren Johannes & Karlsson, A., 2013, I: FEMS Microbiology Ecology. 85, 3, s. 612-626 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
An overview of plasmid transfer in the plant microbiome
Sanchez Salazar, Angela Maria, Taparia, Tanvi, Olesen, Asmus Kalckar, Acuña, J. J., Sørensen, Søren Johannes & Jorquera, M. A., 2023, I: Plasmid. 127, 11 s., 102695.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Conjugative Plasmid Conferring Resistance to Olaquindox
Sørensen, A. H., Hansen, Lars Hestbjerg, Johannesen, E. & Sørensen, Søren Johannes, 2003, I: Antimicrobial agents and Chemotheraphy. 47, 2, s. 798-799 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Direct Detection and Quantification of Horizontal Gene Transfer Using Flow Cytometry and gfp as a Reporter Gene
Sørensen, Søren Johannes, Sørensen, A. H., Hansen, Lars Hestbjerg, Oregaard, G. & Veal, D., 2003, I: Current Microbiology. 47, 2, s. 129-133 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Molecular methods for assessing and manipulating the diversity of microbial populations and processes
Sørensen, Søren Johannes, de Lipthay, J. R., Müller, A. K., Barkay, T., Hansen, Lars Hestbjerg & Rasmussen, L. D., 2002, Enzymes in the Environment: Activity, Ecology, and Applications. Burns, R. G. & Dick, R. P. (red.). Marcel Dekker, 363 s. (Books in soils, plants, and the environment).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Application of whole-cell biosensors in soil
Sørensen, Søren Johannes, Hansen, Lars Hestbjerg, Burmølle, Mette, Oregaard, G. & Hermansen, P., 2004, Molecular Microbial Ecology Manual. Kowalchuk, G. A., de Bruijn, F. J., Head, I. M., Akkermans, A. D. L. & van Elsas, J. D. (red.). 2. ed udg. Kluwer Academic Publishers, s. 1613-1628 8.03Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning
- Udgivet
Making bio-sense of toxicity: new developments in whole-cell biosencors
Sørensen, Søren Johannes, Burmølle, Mette & Hansen, Lars Hestbjerg, 2006, I: Current Opinion in Biotechnology. 17, 1, s. 11-16Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Transfer of plasmid RP4 in the spermosphere and rhizosphere of barley seedling
Sørensen, Søren Johannes & Jensen, L., 1998, I: Antonie van Leeuwenhoek. International Journal of General and Molecular Microbiology. 73, s. 69-77Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning
- Udgivet
Predation by protozoa on Escherichia coli K12 in soil and transfer of resistance plasmid RP4 to indigenous bacteria in soil
Sørensen, Søren Johannes, Schyberg, T. & Rønn, Regin, 1999, I: Appl. Soil Ecol.. 11, s. 79-90Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Studying plasmid horizontal transfer in situ: a critical review
Sørensen, Søren Johannes, Bailey, M., Hansen, Lars Hestbjerg, Kroer, Niels & Wuertz, S., 2005, I: Nature Reviews. Microbiology. 3, 9, s. 700-710Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning
- Udgivet
Plasmid transfer in aquatic environments. Molecular Microbial Ecology Manual
Sørensen, Søren Johannes (red.), Øregaard, G. (red.), De Lipthay, J. R. (red.) & Kroer, Niels (red.), 2004, The Netherlands: Kluwer Academic Publishers.Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Bog › Forskning
- Udgivet
Plasmid transfer of pBR322 derivatives from reeA E.coli K12 donor strain to various natural gram-negative isolates
Sørensen, Søren Johannes, 1992, The Release of Genetically Modified Microorganisms. New York: Plenum Publishing Corporation, s. 197-198Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning
- Udgivet
Mobilization of non-conjugative plasmids, pBR322-derivatives from laboratory strains of escherichia coli to indigenous bacteria isolated from seawater
Sørensen, Søren Johannes, 1992, I: Microbial Releases. 1, s. 17-22Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning
- Udgivet
Extrachromosomal replicons:
Sørensen, Søren Johannes, 2011, Lewin's GENES X. Lewin, B., Krebs, J. E., Goldstein, E. S., Kilpatrick, S. T. & Goldstein, E. S. (red.). 10th ed udg. Sudbury, Mass. : Jones and Bartlett Publishers, s. 282-298 16 s. (Jones and Bartlett books in computer science).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Undervisning
- Udgivet
Survival of Escherichia coli K12 in seawater
Sørensen, Søren Johannes, 1991, I: FEMS Microbiology Ecology. 85, s. 161-168Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning
- Udgivet
Identification of the amidase BbdA that initiates biodegradation of the groundwater micropollutant 2,6-dichlorobenzamide (BAM) in Aminobacter sp. MSH1
T'Syen, J., Tassoni, R., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes, Leroy, B., Sekhar, A., Wattiez, R., De Mot, R. & Springael, D., 2015, I: Environmental Science & Technology (Washington). 49, 19, s. 11703-11713 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification of Beneficial Microbial Consortia and Bioactive Compounds with Potential as Plant Biostimulants for a Sustainable Agriculture
Tabacchioni, S., Passato, S., Ambrosino, P., Huang, L., Caldara, M., Cantale, C., Hett, J., Del Fiore, A., Fiore, A., Schlüter, A., Sczyrba, A., Maestri, E., Marmiroli, N., Neuhoff, D., Nesme, J., Sørensen, S. J., Aprea, G., Nobili, C., Presenti, O., Giovannetti, G. & 4 flere, , 2021, I: Microorganisms. 9, 2, 23 s., 426.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
How Microbial Aggregates Protect against Nanoparticle Toxicity
Tang, J., Wu, Y., Esquivel-Elizondo, S., Sørensen, Søren Johannes & Rittmann, B. E., 2018, I: Trends in Biotechnology. 36, 11, s. 1171-1182Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The scent of symbiosis: gut bacteria may affect social interactions in leaf-cutting ants
Teseo, S., van Zweden, J. S., Pontieri, L., Kooij, P. W., Sørensen, Søren Johannes, Wenseleers, T., Poulsen, Michael, Boomsma, Jacobus J. & Sapountzis, P., 2019, I: Animal Behaviour. 150, s. 239-254Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Infant airway microbiota and topical immune perturbations in the origins of childhood asthma
Thorsen, Jonathan Jan Ilve, Rasmussen, Morten Arendt, Waage, J., Mortensen, M., Brejnrod, A., Bønnelykke, Klaus, Chawes, Bo Lund Krogsgaard, Brix, S., Sørensen, Søren Johannes, Stokholm, Jakob & Bisgaard, H., 2019, I: Nature Communications. 10, 8 s., 5001.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The Airway Microbiota Modulates Effect of Azithromycin Treatment for Episodes of Recurrent Asthma-like Symptoms in Preschool Children: A Randomized Clinical Trial
Thorsen, Jonathan Jan Ilve, Stokholm, Jakob, Rasmussen, Morten Arendt, Mortensen, M. S., Brejnrod, A. D., Hjelmsø, M., Shah, S., Chawes, Bo Lund Krogsgaard, Bønnelykke, Klaus, Sørensen, Søren Johannes & Bisgaard, H., 2021, I: American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine. 204, 2, s. 149-158Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Large-scale benchmarking reveals false discoveries and count transformation sensitivity in 16S rRNA gene amplicon data analysis methods used in microbiome studies
Thorsen, Jonathan Jan Ilve, Brejnrod, A. D., Mortensen, M. S., Rasmussen, Morten Arendt, Stokholm, Jakob, Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes, Bisgaard, H. & Waage, J. E., 2016, I: Microbiome. 4, 14 s., 62.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The airway microbiota of neonates colonized with asthma-associated pathogenic bacteria
Thorsen, Jonathan Jan Ilve, Li, Xuan Ji, Peng, Shuang, Sunde, R. B., Shah, S. A., Bhattacharyya, M., Poulsen, C. S., Poulsen, Christina Egeø, Leal Rodriguez, C., Widdowson, Michael Lawrence, Neumann, A. U., Trivedi, Urvish, Chawes, Bo Lund Krogsgaard, Bønnelykke, Klaus, Bisgaard, H., Sørensen, Søren Johannes & Stokholm, Jakob, 2023, I: Nature Communications. 14, 12 s., 6668.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Asthma and Wheeze Severity and the Oropharyngeal Microbiota in Children and Adolescents
Thorsen, J., Stokholm, J., Rasmussen, M. A., Roggenbuck-Wedemeyer, M., Vissing, N. H., Mortensen, M. S., Brejnrod, A. D., Fleming, L., Bush, A., Roberts, G., Singer, F., Frey, U., Hedlin, G., Nordlund, B., Murray, C. S., Abdel-Aziz, M. I., Hashimoto, S., van Aalderen, W., Maitland-van der Zee, A. H., Shaw, D. & 13 flere, , 2022, I: Annals of the American Thoracic Society. 19, 12, s. 2031-2043 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Deciphering bacteria associated with a pre-parasitic stage of the root-knot nematode Meloidogyne hapla in nemato-suppressive and nemato-conducive soils
Topalović, O., Santos, S. S., Heuer, H., Nesme, Joseph, Kanfra, X., Hallmann, J., Sørensen, Søren Johannes & Vestergård, M., 2022, I: Applied Soil Ecology. 172, 9 s., 104344.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A post-planktonic era of in vitro infectious models: issues and changes addressed by a clinically relevant wound like media
Trivedi, Urvish, Madsen, Jonas Stenløkke, Rumbaugh, K. P., Wolcott, R. D., Burmølle, Mette & Sørensen, Søren Johannes, 2017, I: Critical Reviews in Microbiology. 43, 4, s. 453-465 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Persistence and progression of staphylococcal infection in the presence of public goods
Trivedi, Urvish, Fell, C., Madsen, Jonas Stenløkke, Everett, J., Burmølle, Mette, Rumbaugh, K. P. & Sørensen, Søren Johannes, 2020, I: npj Biofilms and Microbiomes. 6, 5 s., 55.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Staphylococcus aureus coagulases are exploitable yet stable public goods in clinically relevant conditions
Trivedi, Urvish, Madsen, Jonas Stenløkke, Everett, J., Fell, C., Russel, J., Haaber, J., Crosby, H. A., Horswill, A. R., Burmølle, Mette, Rumbaugh, K. P. & Sørensen, Søren Johannes, 11 dec. 2018, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115, 50, s. E11771-E11779Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sequence and comparative analysis of Lactococcus lactis c2 dairy bacteriphages with different thermal inactivation
Vogensen, Finn Kvist, Nielsen, C. L. M., Bashir, A., Kot, Witold, Hansen, Lars Hestbjerg, Neve, H., Heller, K. J., Sørensen, Søren Johannes & Knoechel, Susanne, aug. 2011.Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
- Udgivet
The mycorrhizal fungus (Glomus intraradices) affects microbial activity in the rhizosphere of pea plants (Pisum sativum)
Wamberg, C., Christensen, Søren, Jakobsen, I., Müller, A. K. & Sørensen, Søren Johannes, 2003, I: Soil Biology & Biochemistry. Vol. 35, issue 10, s. 1349-1357Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Spatial analysis of the root system coupled to microbial community inoculation shed light on rhizosphere bacterial community assembly
Wei, S., Jacquiod, S., Philippot, L., Blouin, M. & Sørensen, Søren Johannes, 2021, I: Biology and Fertility of Soils. 57, 7, s. 973-989 17 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Short- and long-term impacts of azithromycin treatment on the gut microbiota in children: a double-blind, randomized, placebo-controlled trial
Wei, S., Mortensen, M. S., Stokholm, Jakob, Brejnrod, A. D., Thorsen, Jonathan Jan Ilve, Rasmussen, Morten Arendt, Trivedi, Urvish, Bisgaard, H. & Sørensen, Søren Johannes, 2018, I: EBioMedicine. 38, s. 265-272Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Impact of intensive lifestyle intervention on gut microbiota composition in type 2 diabetes: a post-hoc analysis of a randomized clinical trial
Wei, S., Brejnrod, A. D., Trivedi, Urvish, Mortensen, M. S., Johansen, M. Y., Karstoft, Kristian, Vaag, A. A., Ried-Larsen, M. & Sørensen, Søren Johannes, 2022, I: Gut Microbes. 14, 1, 15 s., 2005407.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Impact of Long-Term Organic and Mineral Fertilization on Rhizosphere Metabolites, Root–Microbial Interactions and Plant Health of Lettuce
Windisch, S., Sommermann, L., Babin, D., Chowdhury, S. P., Grosch, R., Moradtalab, N., Walker, F., Höglinger, B., El-Hasan, A., Armbruster, W., Nesme, Joseph, Sørensen, Søren Johannes, Schellenberg, I., Geistlinger, J., Smalla, K., Rothballer, M., Ludewig, U. & Neumann, G., 2021, I: Frontiers in Microbiology. 11, 26 s., 597745.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Bulk soil and maize rhizosphere resistance genes, mobile genetic elements and microbial communities are differently impacted by organic and inorganic fertilization
Wolters, B., Jacquiod, S. J. A., Sørensen, Søren Johannes, Widyasari-Mehta, A., Bech, T. B., Kreuzig, R. & Smalla, K., 2018, I: F E M S Microbiology Ecology. 94, 4, 13 s., fiy027.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Soil amendment with sewage sludge affects soil prokaryotic community composition, mobilome and resistome
Wolters, B., Fornefeld, E., Jechalke, S., Su, J., Zhu, Y., Sørensen, Søren Johannes, Smalla, K. & Jacquiod, S., 2019, I: F E M S Microbiology Reviews. 95, 1, s. 1-14 fiy193.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Biosolids for safe land application: does wastewater treatment plant size matters when considering antibiotics, pollutants, microbiome, mobile genetic elements and associated resistance genes?
Wolters, B., Hauschild, K., Blau, K., Mulder, I., Heyde, B. J., Sørensen, Søren Johannes, Siemens, J., Jechalke, S., Smalla, K. & Nesme, Joseph, 2022, I: Environmental Microbiology. 24, 3, s. 1573-1589 17 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cooperative microbial interactions drive spatial segregation in porous environments
Wu, Y., Fu, C., Peacock, C. L., Sørensen, Søren Johannes, Redmile-Gordon, M. A., Xiao, K. Q., Gao, C., Liu, J., Huang, Q., Li, Z., Song, P., Zhu, Y., Zhou, J. & Cai, P., 2023, I: Nature Communications. 14, 1, 14 s., 4226.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The needle mycobiome of Picea glauca – A dynamic system reflecting surrounding environment and tree phenological traits
Würth, D. G., Dahl, M. B., Trouillier, M., Wilmking, M., Unterseher, M., Scholler, M., Sørensen, Søren Johannes, Mortensen, M. & Schnittler, M., 2019, I: Fungal Ecology. 41, s. 177-186 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Culture-dependent and -independent investigations of microbial diversity on urinary catheters
Xu, Y., Moser, Claus Ernst, Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes, Høiby, Niels, Nielsen, P. H. & Thomsen, T. R., 2012, I: Journal of Clinical Microbiology. 50, 12, s. 3901-3908 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Bioinformatic approaches reveal metagenomic characterization of soil microbial community
Xu, Z., Hansen, M. A., Hansen, Lars Hestbjerg, Jacquiod, S. J. A. & Sørensen, Søren Johannes, 2014, I: P L o S One. 9, 4, 11 s., e93445.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Emergent bacterial community properties induce enhanced drought tolerance in Arabidopsis
Yang, Nan, Nesme, Joseph, Røder, Henriette Lyng, Li, Xuan Ji, Zuo, Zhangli Thomsen, Petersen, Morten, Burmølle, Mette & Sørensen, Søren Johannes, 2021, I: npj Biofilms and Microbiomes. 7, 11 s., 82.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Interspecific interactions facilitate keystone species in a multispecies biofilm that promotes plant growth
Yang, Nan, Røder, Henriette Lyng, Wicaksono, W. A., Wassermann, B., Russel, J., Li, Xuan Ji, Nesme, Joseph, Berg, G., Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2024, I: The ISME Journal. 18, 1, 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Rhizosphere microbial communities associated to rose replant disease: links to plant growth and root metabolites
Yim, B., Baumann, A., Grunewaldt-Stöcker, G., Liu, B., Beerhues, L., Zühlke, S., Sapp, M., Nesme, Joseph, Sørensen, Søren Johannes, Smalla, K. & Winkelmann, T., 2020, I: Horticulture Research. 7, 16 s., 144.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Effects of soil pre-treatment with Basamid© granules, Brassica juncea, Raphanus sativus, and Tagetes patula on bacterial and fungal communities at two apple replant disease sites
Yim, B., Nitt, H., Wrede, A., Jacquiod, S. J. A., Sørensen, Søren Johannes, Winkelmann, T. & Smalla, K., 1 sep. 2017, I: Frontiers in Microbiology. 8, 15 s., 1604.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Soil texture is a stronger driver of the maize rhizosphere microbiome and extracellular enzyme activities than soil depth or the presence of root hairs
Yim, B., Ibrahim, Z., Rüger, L., Ganther, M., Maccario, Lorrie, Sørensen, Søren Johannes, Heintz-Buschart, A., Tarkka, M. T., Vetterlein, D., Bonkowski, M., Blagodatskaya, E. & Smalla, K., 2022, I: Plant and Soil. 478, 1-2, s. 229-251 23 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Horizontal transmission of a multidrug-resistant IncN plasmid isolated from urban wastewater
Yu, Z., Wang, Q., Pinilla Redondo, Rafael, Madsen, Jonas Stenløkke, Clasen, K. A. D., Ananbeh, H., Olesen, Asmus Kalckar, Gong, Zhuang, Yang, Nan, Dechesne, A., Smets, B., Nesme, Joseph & Sørensen, Søren Johannes, 2024, I: Ecotoxicology and Environmental Safety. 271, 12 s., 115971.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Insights into the circular: The cryptic plasmidome and its derived antibiotic resistome in the urban water systems
Yu, Z., He, Wanli, Klincke, F., Madsen, Jonas Stenløkke, Kot, Witold, Hansen, Lars Hestbjerg, Quintela-Baluja, M., Balboa, S., Dechesne, A., Smets, B., Nesme, Joseph & Sørensen, Søren Johannes, 2024, I: Environment International. 183, 12 s., 108351.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 4269
Flest downloads
-
5133
downloads
Gut microbiota in human adults with type 2 diabetes differs from non-diabetic adults
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
3027
downloads
Sequence and comparative analysis of Leuconostoc dairy bacteriophages
Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
Udgivet -
2838
downloads
Complete genome sequence of the cystic fibrosis pathogen Achromobacter xylosoxidans NH44784-1996 complies with important pathogenic phenotypes
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet