Søren Johannes Sørensen

Oropharyngeal Microbiota Clusters in Children with Asthma or Wheeze Associate with Allergy, Blood Transcriptomic Immune Pathways, and Exacerbation Risk

U-BIOPRED Study Group, U. S. G., 2023, I: American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine. 208, 2, s. 142-154 13 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

A novel and affordable bioaugmentation strategy with microbial extracts to accelerate the biodegradation of emerging contaminants in different media

Aguilar-Romero, I., van Dillewijn, P., Nesme, Joseph, Sørensen, Søren Johannes, Nogales, R., Delgado-Moreno, L. & Romero, E., 2022, I: Science of the Total Environment. 834, 10 s., 155234.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Specificity and stability of the Acromyrmex–Pseudonocardia symbiosis

Andersen, Sandra Breum, Hansen, Lars Hestbjerg, Sapountzis, P., Sørensen, Søren Johannes & Boomsma, Jacobus J., 2013, I: Molecular Ecology. 22, 16, s. 4307-4321 15 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Fate of CMY-2-Encoding Plasmids Introduced into the Human Fecal Microbiota by Exogenous Escherichia coli

Anjum, M., Madsen, Jonas Stenløkke, Nesme, Joseph, Jana, B., Wiese, M., Jasinskyte, D., Nielsen, Dennis Sandris, Sørensen, Søren Johannes, Dalsgaard, Anders, Moodley, Arshnee, Bortolaia, V. & Guardabassi, Luca, 2019, I: Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 63, 5, 13 s., e02528-18.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

A culture-independent method for studying transfer of IncI1 plasmids from wild-type Escherichia coli in complex microbial communities

Anjum, M., Madsen, Jonas Stenløkke, Espinosa-Gongora, C., Jana, B., Wiese, M., Nielsen, Dennis Sandris, Sørensen, Søren Johannes, Moodley, Arshnee, Bortolaia, V. & Guardabassi, Luca, sep. 2018, I: Journal of Microbiological Methods. 152, s. 18-26 9 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Unexpected diversity among small-scale sample replicates of defined plant root compartments

Attia, S., Russel, J., Mortensen, M. S., Madsen, Jonas Stenløkke & Sørensen, Søren Johannes, 2022, I: ISME Journal. 16, 4, s. 997-1003 7 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Impact of long-term agricultural management practices on soil prokaryotic communities

Babin, D., Deubel, A., Jacquiod, S. J. A., Sørensen, Søren Johannes, Geistlinger, J., Grosch, R. & Smalla, K., 2019, I: Soil Biology & Biochemistry. 129, s. 17-28

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Distinct rhizomicrobiota assemblages and plant performance in lettuce grown in soils with different agricultural management histories

Babin, D., Sommermann, L., Chowdhury, S. P., Behr, J. H., Sandmann, M., Neumann, G., Nesme, Joseph, Sørensen, Søren Johannes, Schellenberg, I., Rothballer, M., Geistlinger, J., Smalla, K. & Grosch, R., 2021, I: FEMS Microbiology Ecology. 97, 4, 21 s., fiab027.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Phenotypic variability in bioprocessing conditions can be tracked on the basis of on-line flow cytometry and fits to a scaling law

Baert, J., Kinet, R., Brognaux, A., Delepierre, A., Telek, S., Sørensen, Søren Johannes, Riber, Leise, Fickers, P. & Delvigne, F., 2015, I: Biotechnology Journal. 10, 8, s. 1316-1325 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Effect of tetracycline on transfer and establishment of the tetracycline-inducible conjugative transposon Tn916 in the gut of gnotobiotic rats

Bahl, M. I., Sørensen, Søren Johannes, Hansen, L. H. & Licht, T. R., 2003, I: Applied and Environmental Microbiology. ., s. .

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

In vivo detection and quantification of tetracycline by use of a whole-cell biosensor in the intestine of rats

Bahl, M. I., Hansen, L. H., Licht, T. R. & Sørensen, Søren Johannes, 2003, I: Antimicrobial Agents and Chemotherapy. ., s. .

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Conjugative transfer facilitates stable maintenance of IncP-1 plasmid pKJK5 in Escherichia coli cells colonizing the gastrointestinal tract of the germfree rat

Bahl, M. I., Hansen, Lars Hestbjerg, Licht, T. & Sørensen, Søren Johannes, 2007, I: Applied and Environmental Microbiology. 73, 1, s. 341-343

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

In Vivo Detection and Quantification of Tetracycline by Use of a Whole-Cell Biosensor in the Rat Intestine

Bahl, M. I., Hansen, Lars Hestbjerg, Licht, T. R. & Sørensen, Søren Johannes, 2004, I: Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 48, 4, s. 1112-1117

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Quantification of plasmid loss in Escherichia coli cells by use of flow cytometry

Bahl, M. I., Sørensen, Søren Johannes & Hansen, Lars Hestbjerg, 2004, I: FEMS Microbiology Letters. 232, 1, s. 45-49

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Construction of an extended range whole-cell tetracycline biosensor by use of the tet(M) resistance gene

Bahl, M. I., Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2005, I: FEMS Microbiology Letters. 253, 2, s. 201-205

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

All IncP-1 plasmid subgroups, including the novel e subgroup, are prevalent in the influent of a Danish wastewater treatment plant

Bahl, M. I., Burmølle, Mette, Meisner, A., Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2009, I: Plasmid. 62, 2, s. 134-139 6 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Impact of conjugal transfer on the stability of IncP-1 plasmid pKJK5 in bacterial populations

Bahl, M. I., Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2007, I: FEMS Microbiology Letters. 266, s. 250-256

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

The multiple antibiotic resistance IncP-1 plasmid pKJK5 isolated from a soil environment is phylogenetically divergent from members of the previously established a, ß and d sub-groups

Bahl, M. I., Hansen, Lars Hestbjerg, Goesmann, A. & Sørensen, Søren Johannes, 2007, I: Plasmid. 58, 1, s. 31-43

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Effect of Tetracycline on Transfer and Establishment of the Tetracycline-Inducible Conjugative Transposon Tn916 in the Guts of Gnotobiotic Rats

Bahl, M. I., Sørensen, Søren Johannes, Hansen, Lars Hestbjerg & Licht, T. R., 2004, I: Applied and Environmental Microbiology. 70, 2, s. 758-764

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Root exposure to apple replant disease soil triggers local defense response and rhizoplane microbiome dysbiosis

Balbín-Suárez, A., Jacquiod, S., Rohr, A. D., Liu, B., Flachowsky, H., Winkelmann, T., Beerhues, L., Nesme, Joseph, Sørensen, Søren Johannes, Vetterlein, D. & Smalla, K., 2021, I: FEMS Microbiology Ecology. 97, 4, 14 s., fiab031.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Exploring microbial determinants of apple replant disease (ARD): a microhabitat approach under split-root design

Balbín-Suárez, A., Lucas, M., Vetterlein, D., Sørensen, Søren Johannes, Winkelmann, T., Smalla, K. & Jacquiod, S., 2020, I: FEMS Microbiology Ecology. 96, 12, 12 s., fiaa211.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

The murine lung microbiome in relation to the intestinal and vaginal bacterial communities

Barfod, K. K., Roggenbuck, M., Hansen, Lars Hestbjerg, Schjørring, S., Larsen, S. T., Sørensen, Søren Johannes & Krogfelt, K. A., 2013, I: B M C Microbiology. 13, 12 s., 303.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Alterations of the murine gut microbiome in allergic airway disease are independent of surfactant protein D

Barfod, K. K., Roggenbuck, M., Al-Shuweli, S., Fakih, D., Sørensen, Søren Johannes & Sørensen, G. L., mar. 2017, I: Heliyon. 3, 3, 19 s., e00262.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

An Unexpected Location of the Arginine Catabolic Mobile Element (ACME) in a USA300-Related MRSA Strain

Bartels, Mette Damkjær, Hansen, Lars Hestbjerg, Boye, K., Sørensen, Søren Johannes & Westh, Henrik T., 2011, I: P L o S One. 6, 1, 5 s., e16193.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Rose replant disease: detailed analyses of plant reactions, root endophytes and rhizosphere microbial communities

Baumann, A., Yim, B., Grunewaldt-Stöcker, G., Liu, B., Beerhues, L., Sapp, M., Nesme, Joseph, Sørensen, Søren Johannes, Smalla, K. & Winkelmann, T., 2020, I: Acta Horticulturae. 1283, s. 97-104 8 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceartikel › Forskning › fagfællebedømt

Long-term conservation tillage with reduced nitrogen fertilization intensity can improve winter wheat health via positive plant–microorganism feedback in the rhizosphere

Behr, J. H., Kuhl-Nagel, T., Sommermann, L., Moradtalab, N., Chowdhury, S. P., Schloter, M., Windisch, S., Schellenberg, I., Maccario, Lorrie, Sørensen, Søren Johannes, Rothballer, M., Geistlinger, J., Smalla, K., Ludewig, U., Neumann, G., Grosch, R. & Babin, D., 2024, I: FEMS Microbiology Ecology. 100, 2, 18 s., fiae003.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Chlorophyll f-driven photosynthesis in a cavernous cyanobacterium

Behrendt, L., Brejnrod, A. D., Schliep, M., Sørensen, Søren Johannes, Larkum, A. W. D. & Kühl, Michael, 2015, I: The ISME Journal. 9, 9, s. 2108-2111 4 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt

Endolithic chlorophyll d-containing phototrophs

Behrendt, L., Larkum, A. W. D., Norman, A., Qvortrup, Klaus, Chen, M., Ralph, P., Sørensen, Søren Johannes, Trampe, Erik & Kühl, Michael, 2011, I: I S M E Journal. 5, 6, s. 1072-6 5 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

In situ metabolomic- and transcriptomic-profiling of the host-associated cyanobacteria Prochloron and Acaryochloris marina

Behrendt, L., Raina, J., Lutz, A., Kot, W., Albertsen, M., Nielsen, P. H., Sørensen, Søren Johannes, Larkum, A. W. D. & Kühl, Michael, 2018, I: I S M E Journal. 12, s. 556–567 12 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Microbial diversity of biofilm communities in microniches associated with the didemnid ascidian Lissoclinum patella

Behrendt, L., Larkum, A. W. D., Trampe, Erik, Norman, A., Sørensen, Søren Johannes & Kühl, Michael, 2012, I: I S M E Journal. 6, s. 1222-1237 16 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Biofilm growth and near infrared radiation-driven photosynthesis of the chlorophyll d-containing cyanobacterium Acaryochloris marina

Behrendt, L., Schrameyer, V., Qvortrup, Klaus, Neves Lundin, A. L., Sørensen, Søren Johannes, Larkum, A. W. D. & Kühl, Michael, 2012, I: Applied and Environmental Microbiology. 78, 11, s. 3896-3904 9 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Rapid TaqMan-based quantification of chlorophyll d-containing cyanobacteria in the genus Acaryochloris

Behrendt, L., Nielsen, J. L., Sørensen, Søren Johannes, Larkum, A. W. D., Winther, Jakob R. & Kühl, Michael, 2014, I: Applied and Environmental Microbiology. 80, 10, s. 3244-3249 6 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Gut microbiota composition is correlated to grid floor induced stress and behavior in the BALB/c mouse

Bendtsen, K. M. B., Krych, Lukasz, Sørensen, Dorte Bratbo, Pang, W., Nielsen, Dennis Sandris, Josefsen, K., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes & Hansen, Axel Kornerup, 2012, I: P L o S One. 7, 10, 14 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Microbial diversity and PAH catabolic genes tracking spatial heterogeneity of PAH concentrations

Bengtsson, G., Törneman, N., Lipthay, J. R. D. & Sørensen, Søren Johannes, 2013, I: Microbial Ecology. 65, 1, s. 91-100 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Selection for Cu-tolerant bacterial communities with altered composition, but unaltered richness, via long-term Cu exposure

Berg, J., Brandt, Kristian Koefoed, Abu Al-Soud, W., Holm, Peter Engelund, Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes & Nybroe, O., 2012, I: Applied and Environmental Microbiology. 78, 20, s. 7438-7446 9 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Assessment of the specificity of Burkholderia and Pseudomonas qPCR assays for detection of these genera in soil using 454 pyrosequencing

Bergmark, L., Poulsen, P. H. B., Abu Al-Soud, W., Norman, A., Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2012, I: F E M S Microbiology Letters. 333, 1, s. 77-84 8 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Importance of microbial communities at the root-soil interface for extracellular polymeric substances and soil aggregation in semiarid grasslands

Bettermann, A., Zethof, J. H. T., Babin, D., Cammeraat, E. L. H., Solé-Benet, A., Lázaro, R., Luna, L., Nesme, Joseph, Sørensen, Søren Johannes, Kalbitz, K., Smalla, K. & Vogel, C., 2021, I: Soil Biology & Biochemistry. 159, 14 s., 108301.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Investigation of diversity of plasmids carrying the bla_TEM-52 gene

Bielak, E. M., Bergenholtz, R. D., Jørgensen, M. S., Sørensen, Søren Johannes, Hansen, Lars Hestbjerg & Hasman, H., 2011, I: Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 66, 11, s. 2465-74 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Manure and Doxycycline Affect the Bacterial Community and Its Resistome in Lettuce Rhizosphere and Bulk Soil

Blau, K., Jacquiod, S., Sørensen, Søren Johannes, Su, J., Zhu, Y., Smalla, K. & Jechalke, S., 2019, I: Frontiers in Microbiology. 10, s. 1-15 725.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

A low-cost, multiplexable, automated flow cytometry procedure for the characterization of microbial stress dynamics in bioreactors

Brognaux, A., Han, S., Sørensen, Søren Johannes, Lebeau, F., Thonart, P. & Delvigne, F., 2013, I: Microbial Cell Factories. 12, 100, 14 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Presence of N-acyl Homoserine Lactones in Soil Detected by a Whole-Cell Biosensor and Flow Cytometry

Burmølle, Mette, Hansen, Lars Hestbjerg, Oregaard, G. & Sørensen, Søren Johannes, 2003, I: Microbial Ecology. 45, 3, s. 226-236 11 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

The presence of embedded bacterial pure cultures in agar plates stimulate the culturability of soil bacteria.

Burmølle, Mette, Johnsen, K., Abu Al-Soud, W. M. A. F., Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2009, I: Journal of Microbiological Methods. 79, 2, s. 166-173 7 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Interactions in multispecies biofilms: do they actually matter?

Burmølle, Mette, Ren, D., Bjarnsholt, Thomas & Sørensen, Søren Johannes, 2014, I: Trends in Microbiology. 22, 2, s. 84-91 8 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

Biofilms in chronic infections - a matter of opportunity - monospecies biofilms in multispecies infections

Burmølle, Mette, Thomsen, T. R., Fazli, M., Dige, I., Christensen, L., Homøe, Preben, Tvede, M., Nyvad, B., Tolker-Nielsen, Tim, Givskov, Michael, Moser, Claus Ernst, Kirketerp-Møller, K., Johansen, Helle Krogh, Høiby, Niels, Jensen, Peter Østrup, Sørensen, Søren Johannes & Bjarnsholt, Thomas, 2010, I: FEMS Immunology and Medical Microbiology. 59, 3, s. 324-336 13 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

Establishment and early succession of a multispecies biofilm composed of soil bacteria

Burmølle, Mette, Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2007, I: Microbial Ecology. 54, 2, s. 352-62 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Enhanced Biofilm Formation and Increased Resistance to Antimicrobial Agents and Bacterial Invasion Are Caused by Synergistic Interactions in Multispecies Biofilms

Burmølle, Mette, Webb, J. S., Rao, D., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes & Kjelleberg, S., 2006, I: Applied and Environmental Microbiology. 72, 6, s. 3916-3923

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Type 3 fimbriae, encoded by the conjugative plasmid pOLA52, enhance biofilm formation and transfer frequencies in Enterobacteriaceae strains

Burmølle, Mette, Bahl, M. I., Jensen, L. B., Sørensen, Søren Johannes & Hansen, Lars Hestbjerg, 2008, I: Microbiology. 154, Pt 1, s. 187-95 8 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Sequencing of IncX-plasmids suggests ubiquity of mobile forms of a biofilm-promoting gene cassette recruited from Klebsiella pneumoniae

Burmølle, Mette, Norman, A., Sørensen, Søren Johannes & Hansen, Lars Hestbjerg, 2012, I: PLOS ONE. 7, 7, 9 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Use of a Whole-Cell Biosensor and Flow Cytometry to Detect AHL Production by an Indigenous Soil Community During Decomposition

Burmølle, Mette, Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2005, I: Microbial Ecology. 50, 2, s. 221-229

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Barley Rhizosphere Microbiome Transplantation: A Strategy to Decrease Susceptibility of Barley Grown in Soils With Low Microbial Diversity to Powdery Mildew

Bziuk, N., Maccario, Lorrie, Sørensen, Søren Johannes, Schikora, A. & Smalla, K., 2022, I: Frontiers in Microbiology. 13, 14 s., 830905.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Tillage shapes the soil and rhizosphere microbiome of barley - but not its susceptibility towards Blumeria graminis f. sp. hordei

Bziuk, N., Maccario, Lorrie, Douchkov, D., Lueck, S., Babin, D., Sørensen, Søren Johannes, Schikora, A. & Smalla, K., 2021, I: FEMS Microbiology Ecology. 97, 3, 14 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

The treasure inside barley seeds: microbial diversity and plant beneficial bacteria

Bziuk, N., Maccario, Lorrie, Straube, B., Wehner, G., Sørensen, Søren Johannes, Schikora, A. & Smalla, K., 2021, I: Environmental Microbiomes. 16, 21 s., 20.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Bacteriophages suppress CRISPR–Cas immunity using RNA-based anti-CRISPRs

Camara, Sarah, Mayo-Muñoz, D., Russel, J., Fagerlund, R. D., Madsen, Jonas Stenløkke, Fineran, P. C., Sørensen, Søren Johannes & Pinilla Redondo, Rafael, 2023, I: Nature. 623, 7987, s. 601-607 7 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Physiological heterogeneities in microbial populations and implications for physical stress tolerance

Carlqvist, M., Lencastre Fernandes, R., Helmark, S., Heins, A., Neves Lundin, A. L., Sørensen, Søren Johannes, Gernaey, K. & Eliasson Lantz, A., 2012, I: Microbial Cell Factories. 11, 94, 13 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Reduced tillage, cover crops and organic amendments affect soil microbiota and improve soil health in Uruguayan vegetable farming systems

Cerecetto, V., Smalla, K., Nesme, Joseph, Garaycochea, S., Fresia, P., Sørensen, Søren Johannes, Babin, D. & Leoni, C., 2021, I: FEMS Microbiology Ecology. 97, 3, 14 s., fiab023.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

The developing airway and gut microbiota in early life is influenced by age of older siblings

Christensen, E. D., Hjelmsø, M. H., Thorsen, Jonathan Jan Ilve, Shah, S., Redgwell, T., Poulsen, Christina Egeø, Trivedi, Urvish, Russel, J., Gupta, S., Chawes, Bo Lund Krogsgaard, Bønnelykke, Klaus, Sørensen, Søren Johannes, Rasmussen, Morten Arendt, Bisgaard, H. & Stokholm, Jakob, 2022, I: Microbiome. 10, 15 s., 106.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Tailings microbial community profile and prediction of its functionality in basins of tungsten mine

Chung, A. P., Coimbra, C., Farias, P., Francisco, R., Branco, R., Simão, F. V., Gomes, E., Pereira, A., Vila, M. C., Fiúza, A., Mortensen, M. S., Sørensen, Søren Johannes & Morais, P. V., 2019, I: Scientific Reports. 9, 13 s., 19596.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Mining of unexplored habitats for novel chitinases - chiA as a helper gene proxy in metagenomics

Cretoiu, M. S., Kielak, A. M., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes & van Elsas, J. D., 2012, I: Applied Microbiology and Biotechnology. 94, 5, s. 1347-1358 12 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Lead Drives Complex Dynamics of a Conjugative Plasmid in a Bacterial Community

Cyriaque, V., Madsen, Jonas Stenløkke, Fievez, L., Leroy, B., Hansen, Lars Hestbjerg, Bureau, F., Sørensen, Søren Johannes & Wattiez, R., 2021, I: Frontiers in Microbiology. 12, 14 s., 655903.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Selection and propagation of IncP conjugative plasmids following long-term anthropogenic metal pollution in river sediments

Cyriaque, V., Jacquiod, S. J. A., Riber, Leise, Abu Al-Soud, W., Gillan, D. C., Sørensen, Søren Johannes & Wattiez, R., 2020, I: Journal of Hazardous Materials. 382, 10 s., 121173.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Metal-induced bacterial interactions promote diversity in river-sediment microbiomes

Cyriaque, V., Géron, A., Billon, G., Nesme, Joseph, Werner, J., Gillan, D. C., Sørensen, Søren Johannes & Wattiez, R., 2020, I: F E M S Microbiology Ecology. 96, 6, 12 s., fiaa076.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Genetic barcoding of dark-spored myxomycetes (Amoebozoa): identification, evaluation and application of a sequence similarity threshold for species differentiation in NGS studies

Dahl, M. B., Brejnrod, A. D., Unterseher, M., Hoppe, T., Feng, Y., Novozhilov, Y., Sørensen, Søren Johannes & Schnittler, M., mar. 2018, I: Molecular Ecology Resources. 18, 2, s. 306-318 13 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Warmer winters result in reshaping of the European beech forest soil microbiome (bacteria, archaea and fungi) - With potential implications for ecosystem functioning

Dahl, M. B., Kreyling, J., Petters, S., Wang, H., Mortensen, M. S., Maccario, Lorrie, Sørensen, Søren Johannes, Urich, T. & Weigel, R., 2023, I: Environmental Microbiology. 25, 6, 18 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Different Degrees of Niche Differentiation for Bacteria, Fungi, and Myxomycetes Within an Elevational Transect in the German Alps

Dahl, M. B., Brejnrod, A. D., Russel, J., Sørensen, Søren Johannes & Schnittler, M., 2019, I: Microbial Ecology. 78, 3, s. 764-780

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Exploring the complex response to linuron of bacterial communities from biopurification systems by means of cultivation-independent methods

Dealtry, S., Nour, E. H., Holmsgaard, P. N., Ding, G. C., Weichelt, V., Dunon, V., Heuer, H., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes, Springael, D. & Smalla, K., 2016, I: F E M S Microbiology Ecology. 92, 2, 12 s., fiv157.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Shifts in abundance and diversity of mobile genetic elements after the introduction of diverse pesticides into an on-farm biopurification system over the course of a year

Dealtry, S., Holmsgaard, P. N., Dunon, V., Jechalke, S., Ding, G., Kroegerrecklenfort, E., Heuer, H., Hansen, Lars Hestbjerg, Springael, D., Zuehlke, S., Sørensen, Søren Johannes & Smalla, K., 2014, I: Applied and Environmental Microbiology. 80, 13, s. 4012-4020 9 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

It is elemental: soil nutrient stoichiometry drives bacterial diversity

Delgado-Baquerizo, M., Reich, P. B., Khachane, A. N., Campbell, C. D., Thomas, N., Freitag, T. E., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes, Bardgett, R. D. & Singh, B. K., 2017, I: Environmental Microbiology. 19, 3, s. 1176-1188 13 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Green fluorescent protein (GFP) leakage from microbial biosensors provides useful information for the evaluation of the scale-down effect

Delvigne, F., Brognaux, A., Francis, F., Twizere, J., Gorret, N., Sørensen, Søren Johannes & Thonart, P., 2011, I: Biotechnology Journal. 6, 8, s. 968-978 11 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Metabolic variability in bioprocessing: implications of microbial phenotypic heterogeneity

Delvigne, F., Zune, Q., Lara, A. R., Abu Al-Soud, W. & Sørensen, Søren Johannes, 2014, I: Trends in Biotechnology. 32, 12, s. 608-616 9 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

The fate of mercury in Arctic terrestrial and aquatic ecosystems, a review

Douglas, T. A., Loseto, L. L., Macdonald, R. W., Outridge, P., Dommergue, A., Poulain, A., Amyot, M., Barkay, T., Berg, T., Chételat, J., Constant, P., Evans, M., Ferrari, C., Gantner, N., Johnson, M. S., Kirk, J., Kroer, N., Larose, C., Lean, D., Nielsen, T. G. & 7 flere, Poissant, L., Rognerud, S., Skov, H., Sørensen, Søren Johannes, Wang, F., Wilson, S. & Zdanowicz, C. M., 2012, I: Environmental Chemistry (Online). 9, 4, s. 321-355 35 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

Methanotrophs, methanogens and microbial community structure in livestock slurry surface crusts

Duan, Y. F., Abu Al-Soud, W., Brejnrod, A. D., Sørensen, Søren Johannes, Elsgaard, L., Petersen, S. O. & Boon, N., 2014, I: Journal of Applied Microbiology. 117, 4, s. 1066-1078 13 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Hordeum vulgare differentiates its response to beneficial bacteria

Duan, Y., Han, M., Grimm, M., Schierstaedt, J., Imani, J., Cardinale, M., Le Jean, M., Nesme, Joseph, Sørensen, Søren Johannes & Schikora, A., 2023, I: BMC Plant Biology. 23, 1, 16 s., 460.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Long-Range PCR Reveals the Genetic Cargo of IncP-1 Plasmids in the Complex Microbial Community of an On-Farm Biopurification System Treating Pesticide-Contaminated Wastewater

Dunon, V., Holmsgaard, P. N., Dealtry, S., Lavigne, R., Sørensen, Søren Johannes, Smalla, K., Top, E. M. & Springael, D., 2022, I: Applied and Environmental Microbiology. 88, 3, 17 s., e01648-21.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

A comparison of short-read, HiFi long-read, and hybrid strategies for genome-resolved metagenomics

Eisenhofer Philipona, Raphael A, Nesme, J., Santos-Bay, Luisa, Koziol, Adam Leslie, Sørensen, Søren Johannes, Alberdi, Antton & Aizpurua Arrieta, Ostaizka, 2024, I: Microbiology Spectrum. 12, 4, 14 s., e03590-23.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Microbiomes associated with infective stages of root-knot and lesion nematodes in soil

Elhadyl, A., Giné, A., Topalovic, O., Jacquiod, S. J. A., Sørensen, Søren Johannes, Javier Sorribas, F. & Heuer, H., 4 maj 2017, I: PLoS ONE. 12, 5, 17 s., e0177145.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Characterization of the gut microbiota in leptin deficient obese mice: correlation to inflammatory and diabetic parameters

Ellekilde, M., Krych, Lukasz, Hansen, Camilla Hartmann Friis, Hufeldt, M. R., Dahl, K., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes, Vogensen, Finn Kvist, Nielsen, Dennis Sandris & Hansen, Axel Kornerup, 2014, I: Research in Veterinary Science. 96, 2, s. 241-250 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Biocontrol of Bacterial Wilt Disease Through Complex Interaction Between Tomato Plant, Antagonists, the Indigenous Rhizosphere Microbiota, and Ralstonia solanacearum

Elsayed, T. R., Jacquiod, S., Nour, E. H., Sørensen, Søren Johannes & Smalla, K., 2020, I: Frontiers in Microbiology. 10, 15 s., 2835.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Natural hot spots for gain of multiple resistances: arsenic and antibiotic resistances in heterotrophic, aerobic bacteria from marine hydrothermal vent fields

Farias, P., Santo, C. E., Branco, R., Francisco, R., Santos, S., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes & Morais, P. V., 2015, I: Applied and Environmental Microbiology. 81, 7, s. 2534-2543 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Impact of Tellurite on the Metabolism of Paenibacillus pabuli AL109b With Flagellin Production Explaining High Reduction Capacity

Farias, P., Francisco, R., Maccario, Lorrie, Herschend, J., Piedade, A. P., Sørensen, Søren Johannes & Morais, P. V., 2021, I: Frontiers in Microbiology. 12, 15 s., 718963.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Nitrogenase gene amplicons from global marine surface waters are dominated by genes of non-cyanobacteria

Farnelid, H., Andersson, A. F., Bertilsson, S., Abu Al-Soud, W., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes, Steward, G. F., Hagström, Å. & Riemann, Lasse, 2011, I: P L o S One. 6, 4, s. e19223 9 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Microbial community analysis of soils under different soybean cropping regimes in the Argentinean south-eastern Humid Pampas

Fernandez-Gnecco, G., Smalla, K., Maccario, Lorrie, Sørensen, Søren Johannes, Barbieri, P., Consolo, V. F., Covacevich, F. & Babin, D., 2021, I: FEMS Microbiology Ecology. 97, 3, 14 s., fiab007.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Recovery of GFP-labeled bacteria for culturing and molecular analysis after cell sorting using a benchtop flow cytometer

Ferrari, B. C., Øregaard, G. & Sørensen, Søren Johannes, 2004, I: Microbial Ecology. 48, s. 239-245

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Quantitative metagenomic analyses based on average genome size normalization

Frank, J. A. & Sørensen, Søren Johannes, 2011, I: Applied and Environmental Microbiology. 77, 7, s. 2513-2521 9 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

The bacterial microbiota in first-void urine from men with and without idiopathic urethritis

Frølund, M., Wikström, A., Lidbrink, P., Abu Al-Soud, W., Larsen, N., Harder, C. B., Sørensen, Søren Johannes, Jensen, J. S. & Ahrens, P., 2018, I: PLoS ONE. 13, 7, s. 1-19 e0201380.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Compatibility of X-ray computed tomography with plant gene expression, rhizosphere bacterial communities and enzyme activities

Ganther, M., Yim, B., Ibrahim, Z., Bienert, M. D., Lippold, E., Maccario, Lorrie, Sørensen, Søren Johannes, Bienert, G. P., Vetterlein, D., Heintz-Buschart, A., Blagodatskaya, E., Smalla, K. & Tarkka, M. T., 2020, I: Journal of Experimental Botany. 71, 18, s. 5603-5614 12 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

The initial inoculation ratio regulates bacterial coculture interactions and metabolic capacity

Gao, C., Cao, H., Cai, P. & Sørensen, Søren Johannes, 2021, I: ISME Journal. 15, s. 29-40 12 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

A novel baiting microcosm approach used to identify the bacterial community associated with Penicillium bilaii hyphae in soil

Ghodsalavi, B., Svenningsen, N. B., Hao, X., Olsson, S., Nicolaisen, Mette Haubjerg, Al-Soud, W. A., Sørensen, Søren Johannes & Nybroe, O., 27 okt. 2017, I: PLOS ONE. 12, 10, 14 s., e0187116.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Microbial diversity in a permanently cold and alkaline environment in Greenland

Glaring, M. A., Vester, J. K., Lylloff, J. E., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes & Stougaard, P., 2015, I: PLoS ONE. 10, 4, 22 s., e0124863.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Associational Resistance to Predation by Protists in a Mixed Species Biofilm

Goh, Y. F., Røder, Henriette Lyng, Chan, S. H., Ismail, M. H., Madsen, Jonas Stenløkke, Lee, K. W. K., Sørensen, Søren Johannes, Givskov, Michael, Burmølle, Mette, Rice, S. A. & McDougald, D., 2023, I: Applied and Environmental Microbiology. 89, 2, 16 s., e0174122.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Azo dying of α-keratin material improves microbial keratinase screening and standardization

Gonzalo, M., Espersen, R., Al-Soud, W. A., Cristiano Falco, F., Hägglund, Per Mårten, Sørensen, Søren Johannes, Svensson, B. & Jacquiod, S., 2020, I: Microbial Biotechnology. 13, 4, s. 984-996

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

High frequencies of antibiotic resistance genes in infants' meconium and early fecal samples

Gosalbes, M. J., Vallès, Y., Jiménez-Hernández, N., Balle, C., Riva, P., Miravet-Verde, S., de Vries, Lisbeth Elvira, Llop, S., Agersø, Y., Sørensen, Søren Johannes, Ballester, F. & Francino, M. P., 2016, I: Journal of Developmental Origins of Health and Disease. 7, 01, s. 35-44 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Ecosystem response of pasture soil communities to fumigation-induced microbial diversity reductions: an examination of the biodiversity-ecosystem function relationship

Griffiths, B. S., Ritz, K., Bardgett, R. D., Cook, R., Christensen, Søren, Ekelund, Flemming, Sørensen, Søren Johannes, Bååth, E., Bloem, J., De Ruiter, P. C., Dolfing, J. & Nicolardot, B., 2000, I: Oikos. 90, 2, s. 279-294

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

An examination of the biodiversity-ecosystem function relationship in arable soil microbial communities

Griffiths, B. S., Ritz, K., Wheatley, R., Kuan, H. L., Boag, B., Christensen, Søren, Ekelund, Flemming, Sørensen, Søren Johannes, Muller, S. & Bloem, J., 2001, I: Soil Biology & Biochemistry. 33, 12-13, s. 1713-1722

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Inducible Gene Expression by non-culturable bacteria in milk after pasterurization

Gunasekera, T. S., Atfield, A. H., Sørensen, Søren Johannes & Veal, D., 2002, I: Applied and Environmental Microbiology. 68(4), s. 1988-1994

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Comparative analysis of the alveolar microbiome in COPD, ECOPD, Sarcoidosis, and ILD patients to identify respiratory illnesses specific microbial signatures

Gupta, S., Shariff, M., Chaturvedi, G., Sharma, A., Goel, N., Yadav, M., Mortensen, M. S., Sørensen, Søren Johannes, Mukerji, M. & Chauhan, N. S., 2021, I: Scientific Reports. 11, 11 s., 3963.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Amplicon sequencing provides more accurate microbiome information in healthy children compared to culturing

Gupta, S., Mortensen, M. S., Schjørring, S., Trivedi, Urvish, Vestergaard, G., Stokholm, Jakob, Bisgaard, H., Krogfelt, K. A. & Sørensen, Søren Johannes, 2019, I: Communications Biology. 2, s. 1-7 7 s., 291.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Environmental shaping of the bacterial and fungal community in infant bed dust and correlations with the airway microbiota

Gupta, S., Hjelmsø, M. H., Lehtimäki, J., Li, Xuan Ji, Mortensen, M. S., Russel, J., Trivedi, Urvish, Rasmussen, Morten Arendt, Stokholm, Jakob, Bisgaard, H. & Sørensen, Søren Johannes, 2020, I: Microbiome. 8, 16 s., 115.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Ecological patterns, diversity and core taxa of microbial communities in groundwater-fed rapid gravity filters

Gülay, A., Musovic, S., Albrechtsen, H., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes & Smets, B. F., 2016, I: The ISME Journal. 10, 9, s. 2209-2222 14 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

DNA-and RNA-SIP Reveal Nitrospira spp. as Key Drivers of Nitrification in Groundwater-Fed Biofilters

Gülay, A., Fowler, S. J., Tatari, K., Thamdrup, B., Albrechtsen, H., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes & Smets, B. F., 2019, I: mBio. 10, 6, 14 s., e01870-19.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Neonatal metabolome of caesarean section and risk of childhood asthma

Gürdeniz, G., Ernst, M., Rago, D., Kim, M., Courraud, J., Stokholm, Jakob, Bønnelykke, Klaus, Björkbom, A., Trivedi, Urvish, Sørensen, Søren Johannes, Brix, Susanne, Hougaard, D., Rasmussen, Morten Arendt, Cohen, A. S., Bisgaard, H. & Chawes, Bo Lund Krogsgaard, 2022, I: The European Respiratory Journal. 59, 6, 11 s., 2102406.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Vaginal dysbiosis in pregnancy associates with risk of emergency caesarean section: a prospective cohort study

Haahr, T., Clausen, Tine Dalsgaard, Thorsen, J., Rasmussen, Morten Arendt, Mortensen, M. S., Lehtimäki, J., Shah, S. A., Hjelmsø, M. H., Bønnelykke, Klaus, Chawes, Bo Lund Krogsgaard, Vestergaard, G., Jacobsson, B., Larsson, P., Brix, S., Sørensen, Søren Johannes, Bisgaard, H. & Stokholm, Jakob, 2022, I: Clinical Microbiology and Infection. 28, 4, s. Pages 588-595

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Whole-genome sequence of Pseudomonas fluorescens EK007-RG4, a promising biocontrol agent against a broad range of bacteria, including the fire blight bacterium Erwinia amylovora

Habibi, R., Tarighi, S., Behravan, J., Taheri, P., Kjøller, Annelise Helene, Brejnrod, A. D., Madsen, Jonas Stenløkke & Sørensen, Søren Johannes, 2017, I: Genome Announcements. 5, 13, 2 s., e00026-17.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Design of growth-dependent biosensors based on destabilized GFP for the detection of physiological behavior of Escherichia coli in heterogeneous bioreactors

Han, S., Delvigne, F., Brognaux, A., Charbon, G. E. & Sørensen, Søren Johannes, 2013, I: Biotechnology Progress. 29, 2, s. 553-563 11 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Early life treatment with vancomycin propagates Akkermansia muciniphila and reduces diabetes incidence in the NOD mouse

Hansen, Camilla Hartmann Friis, Krych, Lukasz, Nielsen, Dennis Sandris, Vogensen, Finn Kvist, Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes, Buschard, K. & Hansen, Axel Kornerup, 2012, I: Diabetologia. 55, 8, s. 2285-2294 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

The use of whole-cell biosensors to detect and quantify compounds or conditions affecting biological systems

Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2001, I: Microbial Ecology. 42, 4, s. 483-494

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Design and Synthesis of a Quintessential Self-Transmissible IncX1 Plasmid, pX1.0

Hansen, Lars Hestbjerg, Bentzon-Tilia, M., Bentzon-Tilia, S., Norman, A., Rafty, L. & Sørensen, Søren Johannes, maj 2011, I: P L o S One. 6, 5, 6 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Chromosomal insertion of the entire Escherichia coli lactose operon, into two strains of Pseudomonas, using a modified mini-Tn5 delivery system

Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes & Jensen, L. B., 1997, I: Gene. 186, 2, s. 167-173

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Substrate specificity of the OqxAB multidrug resistance pump in Escherichia coli and selected enteric bacteria

Hansen, Lars Hestbjerg, Jensen, L. B., Sørensen, H. I. & Sørensen, Søren Johannes, 2007, I: Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 60, 1, s. 145-147

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

The effect of the lacY gene on the induction of IPTG inducible promoters, studied in Escherichia coli and Pseudomonas fluorescens

Hansen, Lars Hestbjerg, Knudsen, S. & Sørensen, Søren Johannes, 1998, I: Current Microbiology. 36, 6, s. 341-347

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Plasmid Encoded Multidrug Efflux Pump Conferring Resistance to Olaquindox in Escherichia coli

Hansen, Lars Hestbjerg, Johannesen, E., Burmølle, Mette, Sørensen, A. H. & Sørensen, Søren Johannes, 2004, I: Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 48, 9, s. 3332-3337

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Versatile biosensor vectors for detection and quantification of mercury

Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2000, I: FEMS Microbiology Letters. 193, 1, s. 123-127

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Detection of Oxytetracycline production by Streptomyces rimosus in soil microcosms by combining whole-cell biosensors and flow cytometry

Hansen, Lars Hestbjerg, Ferrari, B., Sørensen, A. H., Veal, D. & Sørensen, Søren Johannes, 2001, I: Applied and Environmental Microbiology. 67, 1, s. 239-244

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Determination of the genetic background for resistance to olaquindox, a Gram-negative growth promoter

Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes & Jensen, L. B., 2006, I: DANMAP 2005 - July 2006. s. 100-100 1 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning

The Prevalence of the OqxAB Multidrug Efflux Pump amongst Olaquindox-Resistant Escherichia coli in Pigs

Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes, Jørgensen, H. S. & Jensen, L. B., 2005, I: Microbial Drug Resistance. 11, 4, s. 378-382

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Quantification of bioavailable chlortetracycline in pig feces using a bacterial whole-cell biosensor

Hansen, Lars Hestbjerg, Aarestrup, F. & Sørensen, Søren Johannes, 2002, I: Veterinary Microbiology. 87, 1, s. 51-57

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Detection and quantification of tetracyclines by whole cell biosensors

Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 2000, I: FEMS Microbiology Letters. 190, 2, s. 273-278

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Distinct gene expression profile of Xanthomonas retroflexus engaged in synergistic multispecies biofilm formation

Hansen, L. B. S., Ren, D., Burmølle, Mette & Sørensen, Søren Johannes, 2017, I: The ISME Journal. 11, 1, s. 300-303 4 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt

EMBRACE-WATERS statement: Recommendations for reporting of studies on antimicrobial resistance in wastewater and related aquatic environments

Hassoun-Kheir, N., Stabholz, Y., Kreft, J-U., de la Cruz, R., Dechesne, A., Smets, B. F., Romalde, J. L., Lema, A., Balboa, S., García-Riestra, C., Torres-Sangiao, E., Neuberger, A., Graham, D., Quintela-Baluja, M., Stekel, D. J., Graham, J., Pruden, A., Nesme, J., Sørensen, S. J., Hough, R. & 1 flere, Paul, M., 2021, I: One Health. 13, 9 s., 100339.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Comparison of antibiotic-resistant bacteria and antibiotic resistance genes abundance in hospital and community wastewater: A systematic review

Hassoun-Kheir, N., Stabholz, Y., Kreft, J., de la Cruz, R., Romalde, J. L., Nesme, Joseph, Sørensen, Søren Johannes, Smets, B. F., Graham, D. & Paul, M., 2020, I: Science of the Total Environment. 743, 11 s., 140804.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

Quantitative Flow Cytometry to Understand Population Heterogeneity in Response to Changes in Substrate Availability in Escherichia coli and Saccharomyces cerevisiae Chemostats

Heins, A., Johanson, T., Han, S., Lundin, L., Carlquist, M., Gernaey, K. V., Sørensen, Søren Johannes & Lantz, A. E., 2019, I: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. 7, 15 s., 187.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

The effect of acetate on population heterogeneity in different cellular characteristics of Escherichia coli in aerobic batch cultures

Heins, A., Lundin, L., Nunes, I., Gernaey, K. V., Sørensen, Søren Johannes & Eliasson Lantz, A., 2019, I: Biotechnology Progress. 35, 3, e2796.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Antibiotic implant irrigation and deep infection: A retrospective study of 1508 patients undergoing breast reconstruction with implants

Hemmingsen, Mathilde Nejrup, Bennedsen, A. K., Kullab, R. B., Weltz, T. K., Ørholt, M., Norlin, C. B., Kalstrup, J., Bredgaard, R., Sørensen, Søren Johannes, Bjarnsholt, Thomas, Hølmich, Lisbet Rosenkrantz, Damsgaard, T. E., Vester-Glowinski, Peter Viktor & Herly, Mikkel, 2024, (E-pub ahead of print) I: Plastic and Reconstructive Surgery. 26 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Prophylactic treatment of breast implants with a solution of gentamicin, vancomycin and cefazolin antibiotics for women undergoing breast reconstructive surgery: protocol for a randomised, double-blind, placebo-controlled trial (The BREAST-AB trial)

Hemmingsen, M. N., Larsen, A., Weltz, T. K., Ørholt, M., Wiberg, S., Bennedsen, A. K., Bille, C., Carstensen, L. F., Jensen, L. T., Bredgaard, R., Koudahl, V., Schmidt, Volker-Jürgen, Vester-Glowinski, Peter Viktor, Hølmich, Lisbet Rosenkrantz, Sørensen, Søren Johannes, Bjarnsholt, Thomas, Damsgaard, Tine M Engberg & Herly, Mikkel, 2022, I: BMJ Open. 12, 9, s. e058697

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Pharmacokinetics of Locally Applied Antibiotic Prophylaxis for Implant-Based Breast Reconstruction

Hemmingsen, Mathilde Nejrup, Bennedsen, A. K., Kullab, R. B., Norlin, C. B., Ørholt, M., Larsen, A., Bue, M., Lichtenberg, Mads, Hertz, Frederik Boëtius, Damsgaard, T. E., Vester-Glowinski, Peter Viktor, Sørensen, Søren Johannes, Bjarnsholt, Thomas & Herly, Mikkel, 2023, I: JAMA network open. 6, 12, 11 s., E2348414.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Genome sequence of Kocuria palustris strain W4

Herschend, J., Raghupathi, P. K., Røder, Henriette Lyng, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2016, I: Genome Announcements. 4, 2, 1 s., e00074-16.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

A meta-proteomics approach to study the interspecies interactions affecting microbial biofilm development in a model community

Herschend, J., Damholt, Z. B. V., Marquard, A. M., Svensson, B., Sørensen, Søren Johannes, Hägglund, Per Mårten & Burmølle, Mette, 28 nov. 2017, I: Scientific Reports. 7, 13 s., 16483.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Metabolic Profiling of Interspecies Interactions During Sessile Bacterial Cultivation Reveals Growth and Sporulation Induction in Paenibacillus amylolyticus in Response to Xanthomonas retroflexus

Herschend, J., Ernst, M., Koren, K., Melnik, A. V., da Silva, R. R., Røder, Henriette Lyng, Damholt, Z. B. V., Hägglund, Per Mårten, Svensson, B., Sørensen, Søren Johannes, Kühl, Michael, Dorrestein, P. C. & Burmølle, Mette, 2022, I: Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 12, 17 s., 805473.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Genome sequence of Arthrobacter antarcticus strain W2, isolated from a slaughterhouse

Herschend, J., Raghupathi, P. K., Røder, Henriette Lyng, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2016, I: Genome Announcements. 4, 2, 2 s., e00073-16.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Draft genome sequences of two Kocuria isolates, K. salsicia G1 and K. rhizophila G2, isolated from a slaughterhouse in Denmark

Herschend, J., Raghupathi, P. K., Røder, Henriette Lyng, Sørensen, Søren Johannes & Burmølle, Mette, 2016, I: Genome Announcements. 4, 2, 2 s., e00075-16.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Prenatal dietary supplements influence the infant airway microbiota in a randomized factorial clinical trial

Hjelmsø, M. H., Shah, S. A., Thorsen, Jonathan Jan Ilve, Rasmussen, Morten Arendt, Vestergaard, G., Mortensen, M. S., Brejnrod, A., Brix, S., Chawes, Bo Lund Krogsgaard, Bønnelykke, Klaus, Sørensen, Søren Johannes, Stokholm, Jakob & Bisgaard, H., 2020, I: Nature Communications. 11, 10 s., 426.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Bias in bacterial diversity as a result of Nycodenz extraction from bulk soil

Holmsgaard, P. N., Norman, A., Hede, S. C., Poulsen, P. H. B., Al-Soud, W. A., Hansen, Lars Hestbjerg & Sørensen, Søren Johannes, 14 jul. 2011, I: Soil Biology & Biochemistry. 43, 10, s. 2152-2159 8 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Simultaneous pyrosequencing of the 16S rRNA, IncP-1 trfA, and merA genes

Holmsgaard, P. N., Sørensen, Søren Johannes & Hansen, Lars Hestbjerg, 2013, I: Journal of Microbiological Methods. 95, 2, s. 280-284 5 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Response of the bacterial community in an on-farm biopurification system, to which diverse pesticides are introduced over an agricultural season

Holmsgaard, P. N., Dealtry, S., Dunon, V., Heuer, H., Hansen, Lars Hestbjerg, Springael, D., Smalla, K., Riber, Leise & Sørensen, Søren Johannes, okt. 2017, I: Environmental Pollution. 229, s. 854-862 9 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

The effect of early probiotic exposure on the preterm infant gut microbiome development

Hui, Y., Smith, Birgitte, Mortensen, M. S., Krych, Lukasz, Sørensen, Søren Johannes, Greisen, Gorm, Krogfelt, K. A. & Nielsen, Dennis Sandris, 2021, I: Gut Microbes. 13, 1, 15 s., 1951113.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Comparative genomic analysis reveals ecological differentiation in the genus Carnobacterium

Iskandar, C. F., Borges, F., Taminiau, B., Daube, G., Zagorec, M., Remenant, B., Leisner, Jørgen, Hansen, M. A., Sørensen, Søren Johannes, Mangavel, C., Cailliez-Grimal, C. & Revol-Junelles, A., 2017, I: Frontiers in Microbiology. 8, 14 s., 357.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Artificial selection of stable rhizosphere microbiota leads to heritable plant phenotype changes

Jacquiod, S., Spor, A., Wei, S., Munkager, V., Bru, D., Sørensen, Søren Johannes, Salon, C., Philippot, L. & Blouin, M., 2022, I: Ecology Letters. 25, 1, s. 189-201 13 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Long-term soil metal exposure impaired temporal variation in microbial metatranscriptomes and enriched active phages

Jacquiod, S., Nunes, I., Brejnrod, A., Hansen, M. A., Holm, Peter Engelund, Johansen, A., Brandt, Kristian Koefoed, Priemé, Anders & Sørensen, Søren Johannes, 2018, I: Microbiome. 6, s. 1-14 223.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Deciphering conjugative plasmid permissiveness in wastewater microbiomes

Jacquiod, S. J. A., Brejnrod, A. D., Milani, S. M., Abu Al-Soud, W., Sørensen, Søren Johannes & Riber, Leise, jul. 2017, I: Molecular Ecology. 26, 13, s. 3556-3571 16 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Long-term industrial metal contamination unexpectedly shaped diversity and activity response of sediment microbiome

Jacquiod, S. J. A., Cyriaque, V., Riber, Leise, Al-Soud, W. A., Gillan, D. C., Wattiez, R. & Sørensen, Søren Johannes, 15 feb. 2018, I: Journal of Hazardous Materials. 344, s. 299-307 9 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Metagenomes provide valuable comparative information on soil microeukaryotes

Jacquiod, S. J. A., Stenbæk, J., Santos, S. S., Winding, A., Sørensen, Søren Johannes & Priemé, Anders, 2016, I: Research in Microbiology. 167, 5, s. 436-450 15 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Bacterial community analysis for investigating bacterial transfer from tonsils to the pig carcass

Jakobsen, A. M., Bahl, M. I., Buschhardt, T., Hansen, T. B., Abu Al-Soud, W., Brejnrod, A. D., Sørensen, Søren Johannes, Nesbakken, T. & Aabo, S., 2019, I: International Journal of Food Microbiology. 295, s. 8-18 11 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Characterisation, dissemination and persistence of gentamicin resistant Escherichia coli from a Danish university hospital to the waste water environment

Jakobsen, L., Sandvang, D., Hansen, Lars Hestbjerg, Bagger-Skjøt, L., Westh, Henrik T., Jørgensen, C., Hansen, D. S., Pedersen, B. M., Monnet, D. L., Frimodt-Møller, N., Sørensen, Søren Johannes & Hammerum, A. M., 2008, I: Environment International. 34, 1, s. 108-15 7 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Complete genome sequence of the cystic fibrosis pathogen Achromobacter xylosoxidans NH44784-1996 complies with important pathogenic phenotypes

Jakobsen, T. H., Hansen, M. A., Jensen, P. Ø., Hansen, L., Riber, L., Cockburn, A. P. I., Kolpen, M., Hansen, C. R., Ridderberg, W., Eickhardt-Sørensen, S. R., Hansen, M., Kerpedjiev, P., Alhede, M., Qvortrup, K., Burmølle, M., Moser, C. E., Kühl, M., Ciofu, O., Givskov, M., Sørensen, S. J. & 2 flere, Høiby, Niels & Bjarnsholt, Thomas, 2013, I: P L o S One. 8, 7, 17 s., e68484.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Plasmid metagenomics reveals multiple antibiotic resistance gene classes among the gut microbiomes of hospitalised patients

Jitwasinkul, T., Suriyaphol, P., Tangphatsornruang, S., Hansen, M. A., Hansen, Lars Hestbjerg, Sørensen, Søren Johannes, Permpikul, C., Rongrungruang, Y. & Tribuddharat, C., 2016, I: Journal of Global Antimicrobial Resistance. 6, s. 57-66 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Centenarians have a diverse gut virome with the potential to modulate metabolism and promote healthy lifespan

Johansen, Joachim, Atarashi, K., Arai, Y., Hirose, N., Sørensen, Søren Johannes, Vatanen, T., Knip, M., Honda, K., Xavier, R. J., Rasmussen, Simon & Plichta, D. R., 2023, I: Nature Microbiology. 8, s. 1064-1078 18 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Genome binning of viral entities from bulk metagenomics data

Johansen, Joachim, Plichta, D. R., Nissen, J. N., Jespersen, Marie Louise, Shah, S. A., Deng, Ling, Stokholm, Jakob, Bisgaard, H., Nielsen, Dennis Sandris, Sørensen, Søren Johannes & Rasmussen, Simon, 2022, I: Nature Communications. 13, 12 s., 965.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Microbial degradation of street dust polycyclic aromatic hydrocarbons in microcosms simulating diffuse pollution of urban soil.

Johnsen, A. R., de Lipthay, J. R., Sørensen, Søren Johannes, Ekelund, Flemming, Christensen, P., Andersen, O., Karlson, U. & Jacobsen, C. S., 2006, I: Environmental Microbiology. 8, 3, s. 535-45 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Biodegradation, bioaccessibility and genotoxicity of diffuse polycyclic aromatic hydrocarbon (PAH) pollution at a motorway site

Johnson, A. R., Lipthay, J. R. D., Reichenberg, F., Sørensen, Søren Johannes, Andersen, O., Christensen, P., Binderup, M. & Jacobsen, C. S., 2006, I: Environmental Science & Technology (Washington). 40, 10, s. 3293-3298

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Legacy Effects on the Recovery of Soil Bacterial Communities from Extreme Temperature Perturbation

Jurburg, S. D., Nunes, I. M., Brejnrod, A. D., Jacquiod, S. J. A., Priemé, Anders, Sørensen, Søren Johannes, Van Elsas, J. D. & Salles, J. F., 2017, I: Frontiers in Microbiology. 8, 13 s., 1832.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Autogenic succession and deterministic recovery following disturbance in soil bacterial communities

Jurburg, S. D., Nunes, I. M., Stegen, J. C., Le Roux, X., Priemé, Anders, Sørensen, Søren Johannes & Salles, J. F., 6 apr. 2017, I: Scientific Reports. 7, 11 s., 45691.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Current strategies for mobilome research

Jørgensen, T. S., Kiil, A. S., Hansen, M. A., Sørensen, Søren Johannes & Hansen, Lars Hestbjerg, 2015, I: Frontiers in Microbiology. 5, 6 s., 750.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Hundreds of circular novel plasmids and DNA elements identified in a rat cecum metamobilome

Jørgensen, T. S., Xu, Z., Hansen, M. A., Sørensen, Søren Johannes & Hansen, L. H., 2014, I: P L o S One. 9, 2, 9 s., e87924.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Free-Living Nematodes Together With Associated Microbes Play an Essential Role in Apple Replant Disease

Kanfra, X., Liu, B., Beerhues, L., Sørensen, Søren Johannes & Heuer, H., 2018, I: Frontiers in Plant Science. 9, s. 1-13 1666.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Comparative Genomics Analysis of Keratin-Degrading Chryseobacterium Species Reveals Their Keratinolytic Potential for Secondary Metabolite Production

Kang, D., Shoaie, S., Jacquiod, S., Sørensen, Søren Johannes & Ledesma-Amaro, R., 2021, I: Microorganisms. 9, 5, 15 s., 1042.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Construction of Simplified Microbial Consortia to Degrade Recalcitrant Materials Based on Enrichment and Dilution-to-Extinction Cultures

Kang, D., Jacquiod, S., Herschend, J., Wei, S., Nesme, Joseph & Sørensen, Søren Johannes, 2020, I: Frontiers in Microbiology. 10, 10 s., 3010.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Metagenomic analysis of a keratin-degrading bacterial consortium provides insight into the keratinolytic mechanisms

Kang, D., Huang, Y., Nesme, Joseph, Herschend, J., Jacquiod, S., Kot, Witold, Hansen, Lars Hestbjerg, Lange, L. & Sørensen, Søren Johannes, 2021, I: Science of the Total Environment. 761, 9 s., 143281.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Enrichment and characterization of an environmental microbial consortium displaying efficient keratinolytic activity

Kang, D., Herschend, J., Abu Al-Soud, W., Mortensen, M. S., Gonzalo, M., Jacquiod, S. J. A. & Sørensen, Søren Johannes, 2018, I: Bioresource Technology. 270, s. 303-310

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Unravelling plasmidome distribution and interaction with its hosting microbiome

Kav, A. B., Rozov, R., Bogumil, D., Sørensen, Søren Johannes, Hansen, Lars Hestbjerg, Benhar, I., Halperin, E., Shamir, R. & Mizrahi, I., 2020, I: Environmental Microbiology. 22, 1, s. 32-44

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Bacterial chitinolytic communities respond to chitin and pH alteration in soil

Kielak, A., Cretoiu, M., Semenov, A., Sørensen, Søren Johannes & van Elsas, J., 2013, I: Applied and Environmental Microbiology. 79, 1, s. 263-272 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Rifaximin has minor effects on bacterial composition, inflammation and bacterial translocation in cirrhosis: a randomized trial

Kimer, N., Pedersen, J. S., Tavenier, J., Christensen, J. E., Busk, T. M., Hobolth, L., Krag, A., Abu Al-Soud, W., Mortensen, M. S., Sørensen, Søren Johannes, Møller, Søren & Bendtsen, Flemming, jan. 2018, I: Journal of Gastroenterology and Hepatology. 33, 1, s. 307-314 8 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Metal stressors consistently modulate bacterial conjugal plasmid uptake potential in a phylogenetically conserved manner

Klümper, U., Dechesne, A., Riber, Leise, Brandt, Kristian Koefoed, Gülay, A., Sørensen, Søren Johannes & Smets, B. F., 2017, I: The ISME Journal. 11, 1, s. 152-165 14 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt