Biologisk Institut

 

 
  1. 2021
  2. Udgivet

    Carbon cycling in freshwater ecosystems — from pond to stream network

    Martinsen, K. T., 2021, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 120 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  3. Udgivet

    Cardiovascular autonomic neuropathy and the impact on progression of diabetic kidney disease in type 1 diabetes

    Bjerre-Christensen, T., Winther, S. A., Tofte, N., Theilade, S., Ahluwalia, Tarun Veer Singh, Lajer, M., Hansen, T. W., Rossing, Peter & Hansen, C. S., 2021, I: B M J Open Diabetes Research & Care. 9, 1, 9 s., e002289.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  4. Udgivet

    Caste-specific recognition patterns in a fungus-growing termite

    Bos, N. & van Zweden, J. S., 2021, I: Animal Behaviour. 182, s. 125-133 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    Catalogue of lichens (and some related fungi) of Navarino Island, Cape Horn Biosphere Reserve, Chile

    Etayo, J., Sancho, L. G., Gómez-Bolea, A., Søchting, Ulrik, Aguirre, F. & Rozzi, R., 2021, I: Anales del Instituto de la Patagonia. 49, s. 1-110

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  6. Udgivet

    Century-long records reveal shifting challenges to seagrass recovery

    Krause-Jensen, D., Duarte, C. M., Sand-Jensen, Kaj & Carstensen, J., 2021, I: Global Change Biology. 27, 3, s. 563-575 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  7. Udgivet

    Cervicovaginal microbiome dynamics after taking oral probiotics

    Chen, Chen, Hao, L., Zhang, Z., Tian, L., Zhang, X., Zhu, J., Jie, Zhuye, Tong, X., Xiao, L., Zhang, T., Jin, X., Xu, X., Yang, H., Wang, J., Kristiansen, Karsten & Jia, H., 2021, I: Journal of Genetics and Genomics. 48, 8, s. 716-726 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  8. Udgivet

    Characterization and description of Faecalibacterium butyricigenerans sp. nov. and F. longum sp. nov., isolated from human faeces

    Zou, Y., Lin, X., Xue, W., Tuo, L., Chen, M., Chen, X., Sun, C., Li, F., Liu, S., Dai, Y., Kristiansen, Karsten & Xiao, L., 2021, I: Scientific Reports. 11, 13 s., 11340.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  9. Udgivet

    Characterization of an archaeal virus replication initiator protein and first insights into virus assembly of spindle-shaped virus SMV1

    Zhang, W., 2021, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 140 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  10. Udgivet

    Characterization of genomic clones by targeted deep sequencing of ctDNA to monitor liver cancer

    Sun, Y., Kong, X., Yu, J., Zheng, X., Lin, M., Cheng, Z., Wang, H., An, N., Xie, Y., Zeng, S., Xue, S., Xia, M., Wei, X., Song, L., Liu, F., Fan, C., Fang, Z., Gao, L., Yang, Y., Zhu, S. & 1 flere, Shi, T., 2021, I: Translational Cancer Research. 10, 10, s. 4387-4402 24 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. Udgivet

    Characterization of respiratory microbial dysbiosis in hospitalized COVID-19 patients

    Zhong, H., Wang, Y., Shi, Z., Zhang, L., Ren, H., He, W., Zhang, Z., Zhu, A., Zhao, J., Xiao, F., Yang, F., Liang, T., Ye, F., Zhong, B., Ruan, S., Gan, M., Zhu, J., Li, F., Li, F., Wang, D. & 13 flere, Li, J., Ren, P., Zhu, S., Yang, H., Wang, J., Kristiansen, Karsten, Tun, H. M., Chen, W., Zhong, N., Xu, X., Li, Y., Li, J. & Zhao, J., 2021, I: Cell Discovery. 7, 14 s., 23.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Characterization of the human skin resistome and identification of two microbiota cutotypes

    Li, Z., Xia, J., Jiang, L., Tan, Y., An, Y., Zhu, X., Ruan, J., Chen, Z., Zhen, H., Ma, Y., Jie, Z., Xiao, L., Yang, H., Wang, J., Kristiansen, K., Xu, X., Jin, L., Nie, C., Krutmann, J., Liu, X. & 1 flere, Wang, J., 2021, I: Microbiome. 9, 18 s., 47.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  13. Udgivet

    Characterizing Conformational Changes of ASIC1a During Gating and Peptide Modulation

    Heusser, Stephanie, Sheikh, Zeshan Pervez, Borg, C. B., Galleano, I. & Pless, Stephan, 2021, s. 337A-337A.

    Publikation: KonferencebidragKonferenceabstrakt til konferenceForskningfagfællebedømt

  14. Udgivet

    Charge Engineering Reveals the Roles of Ionizable Side Chains in Electrospray Ionization Mass Spectrometry

    Abramsson, M. L., Sahin, C., Hopper, J. T. S., Branca, R. M. M., Danielsson, J., Xu, M., Chandler, S. A., Österlund, N., Ilag, L. L., Leppert, A., Costeira-Paulo, J., Lang, L., Teilum, K., Laganowsky, A., Benesch, J. L. P., Oliveberg, M., Robinson, C. V., Marklund, E. G., Allison, T. M., Winther, J. R. & 1 flere, Landreh, M., 2021, I: JACS Au. 1, 12, s. 2385-2393 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  15. Udgivet

    Charge Interactions in a Highly Charge-Depleted Protein

    Hervø-Hansen, S., Højgaard, C., Johansson, Kristoffer Enøe, Wang, Y., Wahni, K., Young, D., Messens, J., Teilum, Kaare, Lindorff-Larsen, Kresten & Winther, Jakob R., 2021, I: Journal of the American Chemical Society. 143, 6, s. 2500-2508 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  16. Udgivet

    Chlorophyll-a concentrations in 82 large alpine lakes on the Tibetan Plateau during 2003–2017: temporal–spatial variations and influencing factors

    Pi, X., Feng, L., Li, W., Liu, J., Kuang, X., Shi, K., Qi, W., Chen, D. & Tang, Jing, 2021, I: International Journal of Digital Earth. 14, 6, s. 714-735 22 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  17. Udgivet

    Chromosome-scale genomes provide new insights into subspecies divergence and evolutionary characteristics of the giant panda

    Guang, X., Lan, T., Wan, Q. H., Huang, Y., Li, H., Zhang, M., Li, R., Zhang, Z., Lei, Y., Zhang, L., Zhang, H., Li, D., Li, X., Li, H., Xu, Y., Qiao, M., Wu, D., Tang, K., Zhao, P., Lin, J-Q. & 11 flere, Sahu, S. K., Liang, Q., Jiang, W., Zhang, D., Xu, X., Liu, X., Lisby, Michael, Yang, H., Kristiansen, Karsten, Liu, Huan & Fang, S., 2021, I: Science Bulletin. 66, 19, s. 2002-2013 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  18. Udgivet

    Circulating Free Fatty Acid and Phospholipid Signature Predicts Early Rapid Kidney Function Decline in Patients With Type 1 Diabetes

    Afshinnia, F., Rajendiran, T. M., He, C., Byun, J., Montemayor, D., Darshi, M., Tumova, J., Kim, J., Limonte, C. P., Miller, R. G., Costacou, T., Orchard, T. J., Ahluwalia, Tarun Veer Singh, Rossing, Peter, Snell-Bergeon, J. K., de Boer, I. H., Natarajan, L., Michailidis, G., Sharma, K. & Pennathur, S., 2021, I: Diabetes Care. 44, 9, s. 2098-2106 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  19. Udgivet

    Co-occurrence of contaminants in marine fish from the North East Atlantic Ocean: Implications for human risk assessment

    Ho, Q. T., Bank, M. S., Azad, A. M., Nilsen, B. M., Frantzen, S., Boitsov, S., Maage, A., Kögel, T., Sanden, M., Frøyland, L., Hannisdal, R., Hove, H., Lundebye, A. K., Nøstbakken, O. J. & Madsen, L., 2021, I: Environment International. 157, 13 s., 106858.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  20. Udgivet

    Co-option of immune effectors by the hormonal signalling system triggering metamorphosis in Drosophila melanogaster

    Nunes, C., Koyama, Takashi & Sucena, É., 2021, I: PLOS Genetics. 17, 11, 24 s., e1009916.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  21. Udgivet

    Co-selection of antibiotic resistance genes, and mobile genetic elements in the presence of heavy metals in poultry farm environments

    Mazhar, S. H., Li, Xuan Ji, Rashid, A., Su, J., Xu, J., Brejnrod, A. D., Su, J., Wu, Y., Zhu, Y., Zhou, S. G., Feng, R. & Rensing, C., 2021, I: Science of the Total Environment. 755, Part 2, 10 s., 142702.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  22. Udgivet

    Combining Bayesian age models and genetics to investigate population dynamics and extinction of the last mammoths in northern Siberia

    Dehasque, M., Chrzanová Pecnerová, Patrícia, Muller, H., Tikhonov, A., Nikolskiy, P., Tsigankova, V. I., Danilov, G. K., Díez-del-Molino, D., Vartanyan, S., Dalén, L. & Lister, A. M., 2021, I: Quaternary Science Reviews. 259, 10 s., 106913.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  23. Udgivet

    Commercially available kelp and seaweed products – valuable iodine source or risk of excess intake?

    Aakre, I., Solli, D. D., Markhus, M. W., Mæhre, H. K., Dahl, L., Henjum, S., Alexander, J., Korneliussen, P., Madsen, L. & Kjellevold, M., 2021, I: Food & Nutrition Research. 65, 17 s., 7584.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  24. Udgivet

    Community-wide changes reflecting bacterial interspecific interactions in multispecies biofilms

    Sadiq, F. A., Burmølle, Mette, Heyndrickx, M., Flint, S., Lu, W., Chen, W., Zhao, J. & Zhang, H., 2021, I: Critical Reviews in Microbiology. 47, 3, s. 338-358 21 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  25. Udgivet

    Comparative Genomic Analyses of Flavobacterium psychrophilum Isolates Reveals New Putative Genetic Determinants of Virulence Traits

    Castillo, D., Donati, V. L., Jørgensen, J., Sundell, K., Dalsgaard, I., Madsen, L., Wiklund, T. & Middelboe, Mathias, 2021, I: Microorganisms. 9, 8, 15 s., 1658.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  26. Udgivet

    Comparative Genomic and Metabolic Analysis of Streptomyces sp. RB110 Morphotypes Illuminates Genomic Rearrangements and Formation of a New 46-Membered Antimicrobial Macrolide

    Um, S., Guo, H., Thiengmag, S., Benndorf, R., Murphy, Rob, Rischer, M., Braga, D., Poulsen, Michael, de Beer, Z. W., Lackner, G. & Beemelmanns, C., 2021, I: ACS chemical biology. 16, 8, s. 1482-1492

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  27. Udgivet

    Comparative Genomics Analysis of Keratin-Degrading Chryseobacterium Species Reveals Their Keratinolytic Potential for Secondary Metabolite Production

    Kang, D., Shoaie, S., Jacquiod, S., Sørensen, Søren Johannes & Ledesma-Amaro, R., 2021, I: Microorganisms. 9, 5, 15 s., 1042.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  28. Udgivet

    Comparative Genomics of Novel Agrobacterium G3 Strains Isolated From the International Space Station and Description of Agrobacterium tomkonis sp. nov.

    Singh, N. K., Lavire, C., Nesme, Joseph, Vial, L., Nesme, X., Mason, C. E., Lassalle, F. & Venkateswaran, K., 2021, I: Frontiers in Microbiology. 12, 15 s., 765943.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  29. Udgivet

    Comparative analysis of the alveolar microbiome in COPD, ECOPD, Sarcoidosis, and ILD patients to identify respiratory illnesses specific microbial signatures

    Gupta, S., Shariff, M., Chaturvedi, G., Sharma, A., Goel, N., Yadav, M., Mortensen, M. S., Sørensen, Søren Johannes, Mukerji, M. & Chauhan, N. S., 2021, I: Scientific Reports. 11, 11 s., 3963.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  30. Udgivet

    Comparative bioacoustics: a roadmap for quantifying and comparing animal sounds across diverse taxa

    Odom, K. J., Araya-Salas, M., Morano, J. L., Ligon, R. A., Leighton, G. M., Taff, C. C., Dalziell, A. H., Billings, A. C., Germain, Ryan Ross, Pardo, M., de Andrade, L. G., Hedwig, D., Keen, S. C., Shiu, Y., Charif, R. A., Webster, M. S. & Rice, A. N., 2021, I: Biological Reviews. 96, 4, s. 1135-1159 25 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  31. Udgivet

    Comparative transcriptome analysis reveals key epigenetic targets in SARS-CoV-2 infection

    Salgado-Albarrán, M., Navarro-Delgado, E. I., Del Moral-Morales, A., Alcaraz, N., Baumbach, J., González-Barrios, R. & Soto-Reyes, E., 2021, I: n p j Systems Biology and Applications. 7, 14 s., 21.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  32. Udgivet

    Comparison of Delivery Methods in Phage Therapy against Flavobacterium columnare Infections in Rainbow Trout

    Kunttu, H. M. T., Runtuvuori-Salmela, A., Middelboe, Mathias, Clark, J. & Sundberg, L. R., 2021, I: Antibiotics. 10, 8, 19 s., 914.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  33. Udgivet

    Competition-based screening helps to secure the evolutionary stability of a defensive microbiome

    Worsley, S. F., Innocent, T. M., Holmes, N. A., Al-Bassam, M. M., Schiøtt, M., Wilkinson, B., Murrell, J. C., Boomsma, Jacobus J., Yu, D. W. & Hutchings, M. I., 2021, I: BMC Biology. 19, 20 s., 205.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  34. Udgivet

    Comprehensive analysis of genetic and clinical characteristics of 30 patients with X-linked juvenile retinoschisis in China

    Gao, F., Dong, J., Wang, D., Chen, F., Hu, F., Chang, Q., Xu, P., Liu, W., Li, J., Huang, Y., Wu, J. & Xu, G., 2021, I: Acta Ophthalmologica. 99, 4, s. e470-e479 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  35. Udgivet

    Computational and Experimental Assessment of Backbone Templates for Computational Redesign of the Thioredoxin Fold

    Marin, Frederikke Isa, Johansson, Kristoffer Enøe, O'Shea, Charlotte, Lindorff-Larsen, Kresten & Winther, Jakob R., 2021, I: The Journal of Physical Chemistry B. 125, 40, s. 11141-11149

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  36. Udgivet
  37. Udgivet

    Computational methods for chromosome-scale haplotype reconstruction

    Garg, S., 2021, I: Genome Biology. 22, 24 s., 101.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  38. Udgivet

    Conformational Ensembles of Noncoding Elements in the SARS-CoV-2 Genome from Molecular Dynamics Simulations

    Bottaro, S., Bussi, G. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2021, I: Journal of the American Chemical Society. 143, 22, s. 8333-8343

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  39. Udgivet

    Connecting the αα-hubs: same fold, disordered ligands, new functions

    Staby, L., Bugge, K., Falbe-Hansen, R. G., Salladini, Edoardo, Skriver, Karen & Kragelund, Birthe Brandt, 2021, I: Cell Communication and Signaling. 19, 5 s., 2.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLetterForskningfagfællebedømt

  40. Udgivet

    Conservation of Long-tailed Macaques: Implications of the Updated IUCN Status and the CoVID-19 Pandemic

    Hansen, Malene Friis, Gill, M., Nawangsari, V. A., Sanchez, K. L., Cheyne, S. M., Nijman, V. & Fuentes, A., 2021, I: Primate Conservation. 35, 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  41. Udgivet

    Conservative route to genome compaction in a miniature annelid

    Martín-Durán, J. M., Vellutini, B. C., Marlétaz, F., Cetrangolo, V., Cvetesic, N., Thiel, D., Henriet, S., Grau-Bové, X., Carrillo-Baltodano, A. M., Gu, W., Kerbl, A., Marquez, Y., Bekkouche, N., Chourrout, D., Gómez-Skarmeta, J. L., Irimia, M., Lenhard, B., Worsaae, Katrine & Hejnol, A., 2021, I: Nature Ecology and Evolution. 5, 2, s. 231-242

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  42. Udgivet

    Contingency and determinism in the evolution of bird song sound frequency

    Friis, J. I., Dabelsteen, Torben & Cardoso, G. C., 2021, I: Scientific Reports. 11, 9 s., 11600.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  43. Udgivet

    Contrasting responses of major and minor volatile compounds to warming and gall-infestation in the Arctic willow Salix myrsinites

    Swanson, L., Li, Tao & Rinnan, Riikka, 2021, I: Science of the Total Environment. 793, 10 s., 148516.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  44. Udgivet

    Contrasting use of space by two migratory Afro-Palearctic warblers on their African non-breeding grounds

    Mostafa, D. A. A., Willemoes, M., Salewski, V., Ortvad, T. E., Dabelsteen, Torben & Thorup, Kasper, 2021, I: Journal of Ornithology. 162, 3, s. 813-821 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  45. Udgivet

    Contributions to OH reactivity from unexplored volatile organic compounds measured by PTR-ToF-MS – a case study in a suburban forest of the Seoul metropolitan area during the Korea–United States Air Quality Study (KORUS-AQ) 2016

    Sanchez, D., Seco, Roger, Gu, D., Guenther, A., Mak, J., Lee, Y., Kim, D., Ahn, J., Blake, D., Herndon, S., Jeong, D., Sullivan, J. T., Mcgee, T., Park, R. & Kim, S., 2021, I: Atmospheric Chemistry and Physics. 21, 8, s. 6331-6345 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  46. Udgivet

    Correlated transcriptional responses provide insights into the synergy mechanisms of the furazolidone, vancomycin, and sodium deoxycholate triple combination in escherichia coli

    Olivera, Catrina Diane Peralta, Cox, M. P., Rowlands, G. J. & Rakonjac, J., 2021, I: mSphere. 6, 5, 14 s., e00627-21.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  47. Udgivet

    Cruise Report EUROFLEETS2 ESAW-2 ‘Evolution and spreading of the Southern Adriatic Waters'(ESAW) ESAW-2

    Kovacevic, V., Bensi, M., Giani, M., Dellisanti, Walter, Urbini, L., Pacciaroni, M., Muslim, S., Mihanovic, H., Pavlovic, M. & Karthauser, C., 2021, Relazione Interna OGS 2021/50 OCE 21.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiFormidling

  48. Udgivet

    Crustacean Fauna of the Aral Sea and its Relation to Ichthyofauna During the Modern Regression Crisis and Efforts at Restoration

    Plotnikov, I. S., Aladin, N. V., Mossin, J. & Høeg, Jens Thorvald, 2021, I: Zoological Studies. 60, 24 s., 25.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  49. Udgivet

    Cryo-EM reveals the architecture of placental malaria VAR2CSA and provides molecular insight into chondroitin sulfate binding

    Wang, Kaituo, Dagil, Robert, Lavstsen, Thomas, Misra, S. K., Spliid, C. B., Wang, Y., Gustavsson, Tobias, Sandoval, D. R., Vidal-Calvo, E. E., Choudhary, Swati, Agerbæk, Mette Ørskov, Lindorff-Larsen, Kresten, Nielsen, Morten Agertoug, Theander, Thor Grundtvig, Sharp, J. S., Clausen, Thomas Mandel, Gourdon, Pontus Emanuel & Salanti, Ali, 2021, I: Nature Communications. 12, 1, 10 s., 2956.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  50. Udgivet

    DEER-PREdict: Software for efficient calculation of spin-labeling EPR and NMR data from conformational ensembles

    Tesei, Giulio, Martins, J. M., Kunze, M. B. A., Wang, Y., Crehuet, R. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2021, I: PLOS Computational Biology. 17, 1, 18 s., e1008551.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  51. Udgivet

    DNA Double-Strand Break-Induced Gene Amplification in Yeast

    Strucko, T., Lisby, Michael & Mortensen, U. H., 2021, Homologous Recombination: Methods and Protocols. Aguilera, A. & Carreira, A. (red.). Humana Press, s. 239-252 14 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 2153).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt