Biologisk Institut

 

 
  1. Udgivet

    SOAPdenovo-Trans: de novo transcriptome assembly with short RNA-Seq reads

    Xie, Y., Wu, G., Tang, J., Luo, R., Patterson, J., Liu, S., Huang, W., He, G., Gu, S., Li, S., Zhou, X., Lam, T., Li, Y., Xu, X., Wong, G. K. & Wang, J., 2014, I: Bioinformatics. 30, 12, s. 1660-1666 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  2. Udgivet

    Noninvasive prenatal paternity testing by maternal plasma DNA sequencing in twin pregnancies

    Xie, Y., Qu, N., Lin, S., Jiang, H., Zhang, Y., Zhang, X., Liang, H., Chen, F. & Ou, X., 2020, I: Electrophoresis. 41, 12, s. 1095-1102

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  3. Udgivet

    Spatial chromatin accessibility sequencing resolves high-order spatial interactions of epigenomic markers

    Xie, Y., Ruan, F., Li, Y., Luo, M., Zhang, C., Chen, Z., Xie, Z., Weng, Z., Chen, W., Chen, W., Fang, Y., Sun, Y., Guo, M., Wang, J., Xu, S., Wang, H. & Tang, C., 2024, I: eLife. 12, 20 s., RP87868.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  4. Udgivet

    Shotgun metagenomics of 250 adult twins reveals genetic and environmental impacts on the gut microbiome

    Xie, H., Guo, R., Zhong, H., Feng, Q., Lan, Z., Qin, B., Ward, K. J., Jackson, M. A., Xia, Y., Chen, X., Chen, B., Xia, H., Xu, C., Li, F., Xu, X., Al-Aama, J. Y., Yang, H., Wang, J., Kristiansen, K., Wang, J. & 5 flere, Steves, C. J., Bell, J. T., Li, J., Spector, T. D. & Jia, H., 2016, I: Cell Systems. 3, 6, s. 572-584.e3 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    An integrated gene catalog and over 10,000 metagenome-assembled genomes from the gastrointestinal microbiome of ruminants

    Xie, F., Jin, W., Si, H., Yuan, Y., Tao, Y., Liu, J., Wang, X., Yang, C., Li, Q., Yan, X., Lin, L., Jiang, Q., Zhang, L., Guo, C., Greening, C., Heller, R., Guan, L. L., Pope, P. B., Tan, Z., Zhu, W. & 4 flere, Wang, M., Qiu, Q., Li, Z. & Mao, S., 2021, I: Microbiome. 9, 20 s., 137.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  6. Udgivet

    ERK and USP5 govern PD-1 homeostasis via deubiquitination to modulate tumor immunotherapy

    Xiao, X., Shi, J., He, C., Bu, X., Sun, Y., Gao, M., Xiang, B., Xiong, W., Dai, P., Mao, Q., Xing, X., Yao, Y., Yu, H., Xu, G., Li, S., Ren, Y., Chen, B., Jiang, C., Meng, G., Lee, Y. R. & 4 flere, Wei, W., Freeman, G. J., Xie, C. & Zhang, J., 2023, I: Nature Communications. 14, 1, 19 s., 2859.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  7. Udgivet

    High-fat feeding rather than obesity drives taxonomical and functional changes in the gut microbiota in mice

    Xiao, L., Sonne, S. B., Feng, Q., Chen, N., Xia, Z., Li, X., Fang, Z., Zhang, D., Fjære, E., Midtbø, L. K., Derrien, M., Hugenholtz, F., Tang, L., Li, J., Zhang, J., Liu, C., Hao, Q., Vogel, U. B., Mortensen, A., Kleerebezem, M. & 8 flere, Licht, T. R., Yang, H., Wang, J., Li, Y., Arumugam, Mani, Wang, J., Madsen, L. & Kristiansen, Karsten, 8 apr. 2017, I: Microbiome. 5, 12 s., 43.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  8. Udgivet

    A catalog of the mouse gut metagenome: [incl. Author Correction]

    Xiao, L., Feng, Q., Liang, S., Sonne, S. B., Xia, Z., Qiu, X., Li, X., Long, H., Zhang, J., Zhang, D., Liu, C., Fang, Z., Chou, J., Glanville, J., Hao, Q., Kotowska, D. E., Colding, C. S., Licht, T. R., Wu, D., Yu, J. & 17 flere, Sung, J. J. Y., Liang, Q., Li, J., Jia, H., Lan, Z., Tremaroli, V., Dworzynski, P., Nielsen, H. B., Bäckhed, G. F., Dore, J., Le Chatelier, E., Ehrlich, S. D., Lin, J. C., Arumugam, Mani, Wang, J., Madsen, L. & Kristiansen, Karsten, 2015, I: Nature Biotechnology. 33, 10, s. 1103-1108 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  9. Udgivet

    A reference gene catalogue of the pig gut microbiome

    Xiao, L., Estellé, J., Kiilerich, P., Ramayo-Caldas, Y., Xia, Z., Feng, Q., Liang, S., Pedersen, A. Ø., Kjeldsen, N. J., Liu, C., Maguin, E., Doré, J., Pons, N., Le Chatelier, E., Prifti, E., Li, J., Jia, H., Liu, X., Xu, X., Ehrlich, S. D. & 4 flere, Madsen, L., Kristiansen, Karsten, Rogel-Gaillard, C. & Wang, J., 2016, I: Nature Microbiology. 1, 6 s., 16161.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLetterForskningfagfællebedømt

  10. Udgivet

    Identification of a disease-causing mutation in a Chinese patient with retinitis pigmentosa by targeted next-generation sequencing

    Xiao, J., Guo, X., Wang, Y., Shao, M., Wei, X., Du, L., Li, L., Sun, Y. & Yang, Y., 8 nov. 2017, I: European Journal of Ophthalmology. 27, 6, s. 791-796 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. E-pub ahead of print

    Hypoxia in tomato (Solanum lycopersicum) fruit during ripening: Biophysical elucidation by a 3D reaction–diffusion model

    Xiao, H., Verboven, P., Tong, Shuai, Pedersen, Ole & Nicolaï, B., 2024, (E-pub ahead of print) I: Plant Physiology.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Hypoxia in tomato fruit during ripening caused by contrasting tissue-specific diffusion resistance and respiration

    Xiao, H., Tong, Shuai, Salagovic, J., Pedersen, Ole, Verboven, P. & Nicolaï, B. M., 2022, s. 48.

    Publikation: KonferencebidragKonferenceabstrakt til konferenceForskningfagfællebedømt

  13. Udgivet

    Integrative analysis of genomic sequencing data reveals higher prevalence of LRP1B mutations in lung adenocarcinoma patients with COPD

    Xiao, D., Li, F., Pan, H., Liang, H., Wu, K. & He, J., 18 maj 2017, I: Scientific Reports. 7, 8 s., 2121.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  14. Udgivet

    Enhancing CRISPR-Cas9 gRNA efficiency prediction by data integration and deep learning

    Xiang, X., Corsi, G. I., Anthon, C., Qu, K., Pan, X., Liang, X., Han, P., Dong, Z., Liu, L., Zhong, J., Ma, T., Wang, J., Zhang, X., Jiang, H., Xu, F., Liu, X., Xu, X., Wang, J., Yang, H., Bolund, L. & 4 flere, Church, G. M., Lin, L., Gorodkin, Jan & Luo, Y., 2021, I: Nature Communications. 12, 1, 9 s., 3238.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  15. Udgivet

    Identification and functional analysis of circulating extrachromosomal circular DNA in schizophrenia implicate its negative effect on the disorder

    Xiang, X., Pan, Xiaoguang, Lv, W., Chen, S., Li, J., Zhang, H., Liao, Y., Yu, J., Li, J., Dang, Y., You, Z., Wang, L., Chen, W., Han, Peng & Tang, J., 2023, I: Clinical and Translational Medicine. 13, 11, 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKommentar/debatForskningfagfællebedømt

  16. Udgivet

    Single base-resolution methylome of the silkworm reveals a sparse epigenomic map

    Xiang, H., Zhu, J., Chen, Q., Dai, F., Li, X., Li, M., Zhang, H., Zhang, G., Li, D., Dong, Y., Zhao, L., Lin, Y., Cheng, D., Yu, J., Sun, J., Zhou, X., Ma, K., He, Y., Zhao, Y., Guo, S. & 13 flere, Ye, M., Guo, G., Li, Y., Li, R., Zhang, X., Ma, L., Kristiansen, Karsten, Guo, Q., Jiang, J., Beck, S., Xia, Q., Wang, W. & Wang, J., 2010, I: Nature Biotechnology. 28, 5, s. 516-20 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  17. Udgivet

    Global dispersal and adaptive evolution of domestic cattle: a genomic perspective

    Xia, X., Qu, K., Wang, Y., Sinding, Mikkel Holger Strander, Wang, F., Hanif, Q., Ahmed, Z., Lenstra, J. A., Han, J., Lei, C. & Chen, N., 2023, I: Stress Biology. 3, 1, 13 s., 8.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  18. Udgivet

    Complete resequencing of 40 genomes reveals domestication events and genes in silkworm (Bombyx)

    Xia, Q., Guo, Y., Zhang, Z., Li, D., Xuan, Z., Li, Z., Dai, F., Li, Y., Cheng, D., Li, R., Cheng, T., Jiang, T., Becquet, C., Xu, X., Liu, C., Zha, X., Fan, W., Lin, Y., Shen, Y., Jiang, L. & 38 flere, Jensen, J., Hellmann, I., Tang, S., Zhao, P., Xu, H., Yu, C., Zhang, G., Li, J., Cao, J., Liu, S., He, N., Zhou, Y., Liu, H., Zhao, J., Ye, C., Du, Z., Pan, G., Zhao, A., Shao, H., Zeng, W., Wu, P., Li, C., Pan, M., Li, J., Yin, X., Li, D., Wang, J., Zheng, H., Wang, W., Zhang, X., Li, S., Yang, H., Lu, C., Nielsen, Rasmus, Zhou, Z., Wang, J., Xiang, Z. & Wang, J., 2009, I: Science. 326, 5951, s. 433-6 3 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  19. Udgivet

    Ursolic acid induces cell death and modulates autophagy through JNK pathway in apoptosis-resistant colorectal cancer cells

    Xavier, C. P. R., Lima, C. F., Pedro, D. F. N., Wilson, J. M., Kristiansen, Karsten & Pereira-Wilson, C., 2013, I: Journal of Nutritional Biochemistry. 24, 4, s. 706-712 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  20. Udgivet

    Novel Sequencing Approaches for the High-Throughput Identification of Full-length Poly(A) RNA Transcripts at the Single-cell Level

    XIE, Z., 2022, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 88 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  21. Udgivet

    The needle mycobiome of Picea glauca – A dynamic system reflecting surrounding environment and tree phenological traits

    Würth, D. G., Dahl, M. B., Trouillier, M., Wilmking, M., Unterseher, M., Scholler, M., Sørensen, Søren Johannes, Mortensen, M. & Schnittler, M., 2019, I: Fungal Ecology. 41, s. 177-186 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  22. Udgivet

    Genetic structure of fragmented November moth (Lepidoptera: Geometridae) populations in farmland

    Wynne, I. R., Loxdale, H. D., Brookes, C. P. & Woiwod, I. P., 2003, I: Biological Journal of the Linnean Society. Vol. 78, Issue 4, s. 467-477

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  23. Udgivet

    When less is more: shortening the Lpp protein leads to increased vancomycin resistance in Escherichia coli

    Wykes, H., Le, Van Hung Vuong, Olivera, Catrina Diane Peralta & Rakonjac, J., 2023, I: Journal of Antibiotics. 76, s. 746-750 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  24. Udgivet

    Purification and sequence determination of a yellow protein from sexually mature males of the desert locust, Schistocerca gregaria

    Wybrandt, G. B. & Andersen, S. O., 2001, I: Insect Biochemistry and Molecular Biology. 31, s. 1183-1189

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  25. Udgivet

    Cuticle-catalyzed coupling between polyamino acids and N-acetyldopamine

    Wybrandt, G. B. & Andersen, S. O., 1994, I: BBA General Subjects. 1201, s. 15-18

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskning