Biologisk Institut

 

 
  1. 2024
  2. E-pub ahead of print

    NBR1-mediated selective autophagy of ARF7 modulates root branching

    Ebstrup, E., Ansbøl, J., Paez-Garcia, A., Culp, H., Chevalier, J., Clemmens, P., Coll, N. S., Moreno-Risueno, M. A. & Rodriguez, Eleazar, 2024, (E-pub ahead of print) I: EMBO Reports.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  3. Udgivet

    A comparison of short-read, HiFi long-read, and hybrid strategies for genome-resolved metagenomics

    Eisenhofer Philipona, Raphael A, Nesme, J., Santos-Bay, Luisa, Koziol, Adam Leslie, Sørensen, Søren Johannes, Alberdi, Antton & Aizpurua Arrieta, Ostaizka, 2024, I: Microbiology Spectrum. 12, 4, 14 s., e03590-23.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  4. Udgivet

    Protocol for genomic recombineering in Yersinia ruckeri using CRISPR Cas12a coupled with the λ Red system

    Ejaz, Rooshanie Nadia, Taylor, Nicholas M I & Rebrova, Eva Maria, 2024, I: STAR Protocols. 5, 2, 17 s., 103014.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    Cadmium accumulation in organisms from a spruce plantation amended with wood ash - an environmental risk?

    Ekelund, Flemming, Cruz-Paredes, C., Jørgensen, Christian Hviid Friis, Vestergård, M., Rasmussen, K. R., Mortensen, Louise Hindborg, Kindtler, Nikolaj Lunding, Rønn, Regin, Christensen, Søren, Johansen, Jesper Liengaard & Kjøller, Rasmus, 2024, I: Trees, Forests and People. 15, 6 s., 100499.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  6. Udgivet

    AI Implementation and Capability Development in Manufacturing: An Action Research Case

    Eklöf, Jon, Snis, U. L., Hamelryck, Thomas Wim, Grima, A. & Rønning, Ola, 2024, Proceedings of the 57th Hawaii International Conference on System Sciences - HICSS 2024. Hawaii International Conference on System Sciences, 10 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportKonferencebidrag i proceedingsForskningfagfællebedømt

  7. Udgivet

    Osmotic stress tolerance and transcriptomic response of Ramazzottius varieornatus (Eutardigrada: Ramazzottiidae) following tun formation

    Emdee, N., Møbjerg, A., Grollmann, M. M. & Møbjerg, Nadja, 2024, I: Zoological Journal of the Linnean Society. 200, 1, s. 220-229 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  8. Udgivet

    Early life factors and oral microbial signatures define the risk of caries in a Swedish cohort of preschool children

    Eriksen, C., Boustedt, K., Sonne, Si Brask, Dahlgren, J., Kristiansen, Karsten, Twetman, Svante, Brix, S. & Roswall, J., 2024, I: Scientific Reports. 14, 1, 13 s., 8463.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  9. Udgivet

    The dynamics of phage predation on a microcolony

    Eriksen, R. S., Larsen, Frej Andreas Nøhr, Svenningsen, Sine Lo, Sneppen, Kim & Mitarai, Namiko, 2024, I: Biophysical Journal. 123, 2, s. 147-156 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  10. Udgivet

    Recent progress in understanding the cellular and genetic basis of plant responses to low oxygen holds promise for developing flood-resilient crops

    Fagerstedt, K. V., Pucciariello, C., Pedersen, Ole & Perata, P., 2024, I: Journal of Experimental Botany. 75, 5, s. 1217–1233 17 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. E-pub ahead of print

    Dissolved organic matter offsets the detrimental effects of climate change in the nitrogen‐fixing cyanobacterium Crocosphaera

    Filella, A., Umbricht, J., Klett, A., Vogts, A., Vannier, T., Grosso, O., Voss, M., Riemann, Lasse & Benavides, M., 2024, (E-pub ahead of print) I: Limnology and Oceanography Letters.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Bacterial chromosomes and their replication

    Frimodt-Møller, Jakob, Boesen, Thias Oberg, Charbon, Godefroid & Løbner-Olesen, Anders, 2024, Molecular Medical Microbiology. Tang, Y-W., Hindiyeh, M. Y., Liu, D., Sails, A., Spearman, P. & Zhang, J-R. (red.). 3 udg. Academic Press, Bind 1. s. 279-307 29 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt

  13. Udgivet

    Removal from the wild endangers the once widespread long-tailed macaque

    Gamalo, L. E., Ilham, K., Jones-Engel, L., Gill, M., Sweet, R., Aldrich, B., Phiapalath, P., Van Bang, T., Ahmed, T., Kite, S., Paramasivam, S., Seiha, H., Zainol, M. Z., Nielsen, D. R. K., Ruppert, N., Fuentes, A. & Hansen, Malene Friis, 2024, I: American Journal of Primatology. 86, 3, 10 s., e23547.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKommentar/debatForskningfagfællebedømt

  14. Udgivet

    GLP-1 metabolite GLP-1(9–36) is a systemic inhibitor of mouse and human pancreatic islet glucagon secretion

    Gandasi, N. R., Gao, R., Kothegala, L., Pearce, A., Santos, C., Acreman, S., Basco, D., Benrick, A., Chibalina, M. V., Clark, A., Guida, C., Harris, M., Johnson, P. R. V., Knudsen, J. G., Ma, J., Miranda, C., Shigeto, M., Tarasov, A. I., Yeung, H. Y., Thorens, B. & 5 flere, Asterholm, I. W., Zhang, Q., Ramracheya, R., Ladds, G. & Rorsman, P., 2024, I: Diabetologia. 67, s. 528–546 19 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  15. E-pub ahead of print

    Eyes, Vision, and Bioluminescence in Deep-Sea Brisingid Sea Stars

    Garm, Anders Lydik, Hamilton, O., Glenner, Henrik, Irwin, Alison Ruth & Mah, C., 2024, (E-pub ahead of print) I: Biological Bulletin.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  16. Udgivet

    Characterizing glucokinase variant mechanisms using a multiplexed abundance assay

    Gersing, S., Schulze, Thea Klarsø, Cagiada, Matteo, Stein, Amelie, Roth, F. P., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2024, I: Genome Biology. 25, 1, 22 s., 98.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  17. Udgivet

    Imaging of extracellular and intracellular ATP in pancreatic beta cells reveals correlation between glucose metabolism and purinergic signalling

    Ghiasi, S. M., Christensen, Nynne, Pedersen, Per Amstrup, Skovhøj, Emil Zeng & Novak, Ivana, 2024, I: Cellular Signalling. 117, 12 s., 111109.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  18. Udgivet

    Cellular and molecular mechanisms of aspartoacylase and its role in Canavan disease

    Grønbæk-Thygesen, Martin & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2024, I: Cell and Bioscience. 14, 1, 33 s., 45.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  19. Udgivet

    Analysis of Genomic and Transcriptomic Signatures Associated with Amyotrophic Lateral Sclerosis

    Guan, Liping, 2024, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 146 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  20. Udgivet

    Population size and social structure of lions in a west African protected area

    Gueye, M., Pellaton, R., Van Cauteren, D., Mengual, L., Van Dongen, S., Leirs, H., Bertola, Laura, Faye, P. M., Diop, B., Diop, M. M., Kanté, A. & de Iongh, H., 2024, I: African Journal of Ecology. 62, 1, 11 s., e13226.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  21. Udgivet

    Response of underwater photosynthesis to light, CO2, temperature, and submergence time of Taxodium distichum, a flood-tolerant tree

    Guo, J., Xue, J., Yin, Y., Pedersen, Ole & Hua, J., 2024, I: Frontiers in Plant Science. 15, 13 s., 1355729.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  22. Udgivet

    Diverse roles of the metal binding domains and transport mechanism of copper transporting P-type ATPases

    Guo, Zongxin, Orädd, F., Bågenholm, Viktoria, Grønberg, C., Ma, J. F., Ott, P., Wang, Y., Andersson, M., Pedersen, Per Amstrup, Wang, Kaituo & Gourdon, Pontus Emanuel, 2024, I: Nature Communications. 15, 1, 16 s., 2690.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  23. Udgivet

    BloodSpot 3.0: a database of gene and protein expression data in normal and malignant haematopoiesis

    Gíslason, M. H., Demircan, G. S., Prachar, Marek, Furtwängler, Benjamin, Schwaller, J., Schoof, E., Porse, Bo Torben, Rapin, N. & Bagger, F., 2024, I: Nucleic acids symposium series. 52, D1, s. D1138–D1142 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  24. Udgivet

    Mechanisms of Systemic Osmoregulation in Insects

    Halberg, Kenneth Veland & Denholm, B., 2024, I: Annual Review of Entomology. 69, s. 415-438 24 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  25. Udgivet

    Plant trait and vegetation data along a 1314 m elevation gradient with fire history in Puna grasslands, Perú

    Halbritter, A. H., Vandvik, V., Cotner, S. H., Farfan-Rios, W., Maitner, B. S., Michaletz, S. T., Oliveras Menor, I., Telford, R. J., Ccahuana, A., Cruz, R., Sallo-Bravo, J., Santos-Andrade, P. E., Vilca-Bustamante, L. L., Castorena, M., Chacón-Labella, J., Christiansen, C. T., Duran, S. M., Egelkraut, D. D., Gya, R., Haugum, S. V. & 42 flere, Seltzer, L., Silman, M. R., Strydom, T., Spiegel, M. P., Barros, A., Birkeli, K., Boakye, M., Chiappero, F., Chmurzynski, A., Garen, J. C., Gaudard, J., Gauthier, T. L. J., Geange, S. R., Gonzales, F. N., Henn, J. J., Hošková, K., Isaksen, A., Jessup, L. H., Johnson, W., Kusch, E., Lepley, K., Lift, M., Martyn, T. E., Muñoz Mazon, M., Middleton, S. L., Quinteros Casaverde, N. L., Navarro, J., Zepeda, V., Ocampo-Zuleta, K., Palomino-Cardenas, A. C., Pastor Ploskonka, S., Pierfederici, M. E., Pinelli, V., Rickenback, J., Roos, R. E., Rui, H. S., Sanchez Diaz, E., Sánchez-Tapia, A., Smith, A., Urquiaga-Flores, E., von Oppen, J. & Enquist, B. J., 2024, I: Scientific Data. 11, 1, 18 s., 225.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  26. Udgivet

    Carving out a Glycoside Hydrolase Active Site for Incorporation into a New Protein Scaffold Using Deep Network Hallucination

    Hansen, A. L., Theisen, Frederik Friis, Crehuet, R., Marcos, E., Aghajari, N. & Willemoës, Martin, 2024, I: ACS Synthetic Biology. 13, 3, s. 862-875 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  27. Udgivet

    Editorial overview: New and revitalized old targets in metabolic disease

    Hansen, Jacob B. & Novak, Ivana, 2024, I: Current Opinion in Pharmacology. 75, 3 s., 102434.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLederForskningfagfællebedømt

  28. E-pub ahead of print

    High N6-methyladenosine-activated TCEAL8 mRNA is a novel pancreatic cancer marker

    Hara, T., Meng, S., Sato, H., Tatekawa, S., Sasaki, K., Takeda, Y., Tsuji, Y., Arao, Y., Ofusa, K., Kitagawa, T., Yamada, D., Takahashi, H., Kobayashi, S., Motooka, D., Suzuki, Y., Rennie, S., Uchida, S., Mori, M., Ogawa, K., Doki, Y. & 2 flere, Eguchi, H. & Ishii, H., 2024, (E-pub ahead of print) I: Cancer Science.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  29. Udgivet

    The tick Ixodes scapularis has five different GPCRs specifically activated by ACP (adipokinetic hormone/corazonin-related peptide)

    Hauser, Frank, Stebegg, M., Al-Ribaty, T., Petersen, L. B., Møller, M., Drag, Markus Hodal, Sigurdsson, H. H., Vilhelm, M. J., Thygesen, G. & Grimmelikhuijzen, Cornelis (Cok), 2024, I: Biochemical and Biophysical Research Communications. 717, 7 s., 149992.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  30. Udgivet

    Obituary: Claus Nielsen (March 28th, 1938–January 18th, 2024)

    Hay-Schmidt, Anders & Høeg, Jens Thorvald, 2024, I: Zoomorphology. 143, s. 1-3

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskning

  31. Udgivet

    Crop management strategies shape the shared temporal dynamics of soil food web structure and functioning

    Hedde, M., Coudrain, V., Maron, P. A., Chauvat, M., Cheviron, N., Ekelund, Flemming, Mougin, C., Mary, B., Recous, S., Villenave, C. & Thébault, E., 2024, I: Agriculture, Ecosystems and Environment. 370, 11 s., 109058.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  32. E-pub ahead of print

    Antibiotic implant irrigation and deep infection: A retrospective study of 1508 patients undergoing breast reconstruction with implants

    Hemmingsen, Mathilde Nejrup, Bennedsen, A. K., Kullab, R. B., Weltz, T. K., Ørholt, M., Norlin, C. B., Kalstrup, J., Bredgaard, R., Sørensen, Søren Johannes, Bjarnsholt, Thomas, Hølmich, Lisbet Rosenkrantz, Damsgaard, T. E., Vester-Glowinski, Peter Viktor & Herly, Mikkel, 2024, (E-pub ahead of print) I: Plastic and Reconstructive Surgery. 26 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  33. Udgivet
  34. Udgivet

    The molecular basis for cellular function of intrinsically disordered protein regions

    Holehouse, A. S. & Kragelund, Birthe Brandt, 2024, I: Nature Reviews Molecular Cell Biology. 25, s. 187–211 25 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  35. Udgivet

    Positive selection has shaped the evolution of Argentine ant immune genes both in native and introduced supercolonies

    Holmberg, I., Tolonen, L., Paviala, J., Pedersen, Jes Søe, Helanterä, H. & Viljakainen, L., 2024, I: Journal of Evolutionary Biology. 37, 2, s. 131–140 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  36. Udgivet

    The extrachromosomal circular DNA atlas of aged and young mouse brains

    Hong, X., Li, J., Han, Peng, Li, S., Yu, J., Zhang, H., Li, J., Dang, Y. & Xiang, X., 2024, I: Scientific Data. 11, 1, 8 s., 318.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  37. Udgivet

    Comparison of the DNBSEQ platform and Illumina HiSeq 2000 for bacterial genome assembly

    Hu, T., Chen, J., Lin, X., He, W., Liang, H., Wang, M., Li, W., Wu, Z., Han, Mo, Jin, X., Kristiansen, Karsten, Xiao, L. & Zou, Y., 2024, I: Scientific Reports. 14, 1, 9 s., 1292.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  38. Udgivet

    DiscoTope-3.0: improved B-cell epitope prediction using inverse folding latent representations

    Høie, M. H., Gade, F. S., Johansen, J., Würtzen, C., Winther, Ole, Nielsen, M. & Marcatili, P., 2024, I: Frontiers in Immunology. 15, 12 s., 1322712.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  39. Udgivet

    Regional impacts of warming on biodiversity and biomass in high latitude stream ecosystems across the Northern Hemisphere

    Jackson, M. C., Friberg, N., Moliner Cachazo, L., Clark, D. R., Mutinova, P. T., O’Gorman, E. J., Kordas, R. L., Gallo, B., Pichler, D. E., Bespalaya, Y., Aksenova, O. V., Milner, A., Brooks, S. J., Dunn, N., Lee, K. W. K., Ólafsson, J. S., Gíslason, G. M., Millan, L., Bell, T., Dumbrell, A. J. & 1 flere, Woodward, G., 2024, I: Communications Biology . 7, 1, 8 s., 316.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  40. Udgivet

    MYC activity at enhancers drives prognostic transcriptional programs through an epigenetic switch

    Jakobsen, S. T., Jensen, R. A. M., Madsen, M. S., Ravnsborg, T., Vaagenso, C. S., Siersbæk, M. S., Einarsson, H., Andersson, Robin, Jensen, O. N. & Siersbæk, R., 2024, I: Nature Genetics. 56, s. 663–674 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  41. Udgivet

    Long-read genome sequencing provides novel insights into the harmful algal bloom species Prymnesium parvum

    Jian, J., Wu, Z., Silva-núñez, A., Li, X., Zheng, X., Luo, B., Liu, Y., Fang, X., Workman, C. T., Larsen, T. O., Hansen, Per Juel & Sonnenschein, E. C., 2024, I: Science of the Total Environment. 908, 168042.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  42. Udgivet

    Translational frontiers: insight from lymphatics in skin regeneration

    Jiang, Y. & Perez-Moreno, Mirna, 2024, I: Frontiers in Physiology. 15, 8 s., 1347558.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  43. Udgivet

    Flooding stress and responses to hypoxia in plants

    Jimenez Serna, Juan de la Cruz, Mustroph, A., Pedersen, Ole, Weits, D. A. & Schmidt-schippers, R., 2024, I: Functional Plant Biology. 51, 4, 5 s., FP24061.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  44. Udgivet

    Overcoming constraints to measuring O2 diffusivity and consumption of intact roots

    Jimenez Serna, Juan de la Cruz, Armstrong, W., Colmer, T. D. & Pedersen, Ole, 2024, I: Plant Physiology. 195, 1, s. 283-286 4 s., kiae046.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKommentar/debatForskningfagfællebedømt

  45. Udgivet

    Chromatin image-driven modelling

    Kadlof, M., Banecki, K., Chilinski, Mateusz & Plewczynski, D., 2024, I: Methods. 226, s. 54-60 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  46. Udgivet

    Optimizing cleaning strategies for biofouling in reverse osmosis membrane systems: A comparative study using a self-formed instrument

    Khani, M., Hansen, Mads Frederik, Rasekh, B., Nosrati, M., Burmølle, Mette, Ghasemipanah, K. & Zamir, S. M., 2024, I: Journal of Industrial and Engineering Chemistry. 132, s. 448-460 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  47. Udgivet

    Fertilizer regime and cultivar affect barley growth and rhizobiome composition

    Kindtler, Nikolaj Lunding, Sheikh, Sanea, Richardy, J., Krogh, E., Maccario, Lorrie, Vestergård, M., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Ekelund, Flemming & Laursen, Kristian Holst, 2024, I: Applied Soil Ecology. 198, 13 s., 105384.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  48. Udgivet

    Microbial community composition unaffected by mycorrhizal plant removal in sub-arctic tundra

    Kirchhoff, L., Gavazov, K., Blume-Werry, G., Krab, E. J., Lett, Signe, Pedersen, Emily Pickering, Peter, M., Pfister, S., Väisänen, M. & Monteux, S., 2024, I: Fungal Ecology. 69, 11 s., 101342.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  49. Udgivet

    Cross-feeding während der Ausbreitung auf Oberflächen

    Kovács, Á. T. & Kiesewalter, Heiko T., 2024, I: BioSpektrum. 30, 1, s. 71 1 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKommentar/debatForskningfagfællebedømt

  50. Udgivet

    Dynamics of inflammation-associated plasma proteins following faecal microbiota transplantation in patients with psoriatic arthritis and healthy controls: exploratory findings from the FLORA trial [Inkl. Correction]

    Kragsnaes, M. S., Jensen, J. R. B., Nilsson, A. C., Malik, M. I., Munk, H. L., Pedersen, J. K., Horn, H. C., Kruhøffer, M., Kristiansen, Karsten, Mullish, B. H., Marchesi, J. R., Kjeldsen, J., Röttger, R. & Ellingsen, T., 2024, I: RMD Open. 10, 1, 13 s., e003750.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  51. Udgivet