Biologisk Institut

 

 
  1. 2023
  2. Udgivet

    BIND&MODIFY: a long-range method for single-molecule mapping of chromatin modifications in eukaryotes

    Weng, Z., Ruan, F., Chen, W., Chen, Z., Xie, Y., Luo, M., Xie, Z., Zhang, C., Wang, J., Sun, Y., Fang, Y., Guo, M., Tan, C., Chen, W., Tong, Y., Li, Y., Wang, H. & Tang, C., 2023, I: Genome Biology. 24, 1, 29 s., 61.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  3. Udgivet

    Bacterial bioindicators enable biological status classification along the continental Danube river

    Fontaine, L., Pin, L., Savio, D., Friberg, N., Kirschner, A. K. T., Farnleitner, A. H. & Eiler, A., 2023, I: Communications Biology . 6, 1, 11 s., 862.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  4. Udgivet

    Bacteriophages suppress CRISPR–Cas immunity using RNA-based anti-CRISPRs

    Camara, Sarah, Mayo-Muñoz, D., Russel, J., Fagerlund, R. D., Madsen, Jonas Stenløkke, Fineran, P. C., Sørensen, Søren Johannes & Pinilla Redondo, Rafael, 2023, I: Nature. 623, 7987, s. 601-607 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    Basal level of ppGpp coordinates Escherichia coli cell heterogeneity and ampicillin resistance and persistence

    Grucela, Paulina Katarzyna & Zhang, Yong, 2023, I: Microbial Cell. 10, 11, s. 248-260 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  6. Udgivet

    Benchmarking RNA Editing Detection Tools

    Morales, D. R., Rennie, Sarah & Uchida, S., 2023, I: BioTech. 12, 3, 18 s., 56.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  7. Udgivet

    Between inflammation, homeostasis and adaptation: Systemic and tissue-specific responses to maternal immune activation

    Hansen, Signe Schmidt Kjølner, 2023, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 177 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  8. Udgivet

    Bi-directional interactions between anti-diabetics and human gut microbiota

    Ren, H., 2023, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 108 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  9. Udgivet

    Biofilm formation and cell plasticity drive diazotrophy in an anoxygenic phototrophic bacterium

    Fernandez Juarez, Victor, Hallstrøm, S., Pacherres, Cesar, Wang, J., Coll-Garcia, G., Kühl, Michael & Riemann, Lasse, 2023, I: Applied and Environmental Microbiology. 89, 11, s. 1-19 19 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  10. Udgivet

    Biological soil crusts on agricultural soils of mesic regions promote microbial cross-kingdom co-occurrences and nutrient retention

    Kurth, J. K., Albrecht, M., Glaser, K., Karsten, U., Vestergaard, G., Armbruster, M., Kublik, S., Schmid, C. A. O., Schloter, M. & Schulz, S., 2023, I: Frontiers in Microbiology. 14, 16 s., 1169958.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. Udgivet

    Bowhead NEIL1: molecular cloning, characterization, and enzymatic properties

    Holm, S., Larsen, R. M., Holst, C. M., Heide-Jørgensen, M. P., Steffensen, John Fleng, Stevnsner, T. & Larsen, K., 2023, I: Biochimie. 206, s. 136-149 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Bridging the gap in African biodiversity genomics and bioinformatics

    Sharaf, A., Ndiribe, C. C., Omotoriogun, T. C., Abueg, L., Badaoui, B., Badiane Markey, F. J., Beedessee, G., Diouf, D., Duru, V. C., Ebuzome, C., Eziuzor, S. C., Jaufeerally Fakim, Y., Formenti, G., Ghanmi, N., Guerfali, F. Z., Houaga, I., Ideozu, J. E., Katee, S. M., Khayi, S., Kuja, J. O. & 16 flere, Kwon-Ndung, E. H., Marks, R. A., Moila, A. M., Mungloo-Dilmohamud, Z., Muzemil, S., Nigussie, H., Osuji, J. O., Ras, V., Tchiechoua, Y. H., Zoclanclounon, Y. A. B., Tolley, K. A., Ziyomo, C., Mapholi, N., Muigai, A. W. T., Djikeng, A. & Ebenezer, T. G. E., 2023, I: Nature Biotechnology. 41, 9, s. 1348-1354 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  13. Udgivet

    CNEReg Interprets Ruminant-specific Conserved Non-coding Elements by Developmental Gene Regulatory Network

    Pan, X., Ma, Z., Sun, X., Li, H., Zhang, T., Zhao, C., Wang, N., Heller, Rasmus, Hung Wong, W., Wang, W., Jiang, Y. & Wang, Y., 2023, I: Genomics, Proteomics and Bioinformatics. 21, 3, s. 632-648 17 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  14. Udgivet

    CRI-SPA: a high-throughput method for systematic genetic editing of yeast libraries

    Cachera, P., Olsson, H., Coumou, H., Jensen, M. L., Sánchez, B., Strucko, T., Van den broek, M., Daran, J., Jensen, M., Sonnenschein, N., Lisby, Michael & Mortensen, U., 2023, I: Nucleic acids symposium series. 51, 17, 14 s., e91.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  15. Udgivet

    CRISPRi screen for enhancing heterologous alpha-amylase yield in Bacillus subtilis

    Geissler, Adrian Sven, Fehler, A. O., Poulsen, L. D., Gonzalez-Tortuero, E., Kallehauge, T. B., Alkan, F., Anthon, Christian, Seemann, Ernst Stefan, Rasmussen, M. D., Breuener, A., Hjort, C., Vinther, Jeppe & Gorodkin, Jan, 2023, I: Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology. 50, 1, 16 s., kuac028.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  16. Udgivet

    Can the Wild Perennial, Rhizomatous Rice Species Oryza longistaminata be a Candidate for De Novo Domestication?

    Tong, Shuai, Ashikari, M., Nagai, K. & Pedersen, Ole, 2023, I: Rice. 16, 1, 20 s., 13.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  17. E-pub ahead of print

    Carbon and nitrogen uptake through photosynthesis and feeding by photosymbiotic Acantharia

    Mansour, J. S., Hansen, Per Juel, Leroux, C. & Not, F., 2023, (E-pub ahead of print) I: Open Research Europe.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  18. Udgivet

    Cationic amphiphilic antihistamines inhibit STAT3 via Ca2+-dependent lysosomal H+ efflux

    Liu, B., Chen, R., Zhang, Y., Huang, J., Luo, Y., Rosthøj, Susanne, Zhao, C. & Jaattela, Marja, 2023, I: Cell Reports. 42, 2, 20 s., 112137.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  19. Udgivet

    Cell Plasticity of Marine Mediterranean Diazotrophs to Climate Change Factors and Nutrient Regimes

    Fernandez Juarez, Victor, Zech, E. H., Pol-Pol, E. & Agawin, N. S. R., 2023, I: Diversity. 15, 3, 18 s., 316.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  20. Udgivet

    Centenarians have a diverse gut virome with the potential to modulate metabolism and promote healthy lifespan

    Johansen, Joachim, Atarashi, K., Arai, Y., Hirose, N., Sørensen, Søren Johannes, Vatanen, T., Knip, M., Honda, K., Xavier, R. J., Rasmussen, Simon & Plichta, D. R., 2023, I: Nature Microbiology. 8, s. 1064-1078 18 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  21. Udgivet

    Changes in the functional diversity of modern bird species over the last million years

    Germain, Ryan Ross, Feng, S., Buffan, L., Carmona, C. P., Chen, G., Graves, G. R., Tobias, J. A., Rahbek, Carsten, Lei, F., Fjeldså, Jon, Hosner, Peter Andrew, Gilbert, M Thomas P, Zhang, G. & Nogues, David Bravo, 2023, I: PNAS. 120, 7, 9 s., e2201945119.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  22. Udgivet

    Characterization of industrially-produced Lacticaseibacillus rhamnosus GG and Lactobacillus acidophilus LA-5: Analysis of genomic integrity, transcriptome and phenotypes

    Strickertsson, Marianne Stage, 2023, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 206 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  23. Udgivet

    Chemical Stimulation of Heterocyte Differentiation by the Feather Moss Hylocomium splendens: a Potential New Step in Plant-Cyanobacteria Symbioses

    Alvarenga, Danillo Oliveira, Elmdam, I. V., Timm, A. B. & Rousk, Kathrin, 2023, I: Microbial Ecology. 86, s. 419-430 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  24. Udgivet

    Chromosome-scale genomes of commercial timber trees (Ochroma pyramidale, Mesua ferrea, and Tectona grandis)

    Sahu, S. K., Liu, M., Chen, Y., Gui, J., Fang, D., Chen, X., Yang, T., He, C., Cheng, L., Yang, J., Sahu, D. N., Li, L., Wang, H., Mu, W., Wei, J., Liu, J., Zhao, Y., Zhang, S., Lisby, M., Liu, X. & 4 flere, Xu, X., Li, L., Wang, S. & Liu, Huan, 2023, I: Scientific Data. 10, 1, 13 s., 512.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  25. Udgivet

    Chromosome-scale genomes of commercially important mahoganies, Swietenia macrophylla and Khaya senegalensis

    Sahu, S. K., Liu, M., Wang, G., Chen, Y., Li, R., Fang, D., Sahu, D. N., Mu, W., Wei, J., Liu, J., Zhao, Y., Zhang, S., Lisby, Michael, Liu, X., Xu, X., Li, L., Wang, S., Liu, Huan & He, C., 2023, I: Scientific Data. 10, 9 s., 832.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  26. Udgivet

    Chronic acidosis rewires cancer cell metabolism through PPARα signaling

    Rolver, M. G., Holland, L. K. K., Ponniah, M., Prasad, N. S., Yao, Jiayi, Schnipper, J., Kramer, S., Elingaard-Larsen, L., Pedraz-Cuesta, E., Liu, B., Pardo, L. A., Maeda, K., Sandelin, Albin Gustav & Pedersen, Stine Helene Falsig, 2023, I: International Journal of Cancer. 152, 8, 17 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  27. Udgivet

    Cilia and flagella

    Pedersen, Lotte Bang, Jurisch-Yaksi, N., Schmid, F. M. & Christensen, Søren Tvorup, 2023, Encyclopedia of Cell Biology, Second Edition. Bradshaw, R. A., Hart, G. W. & Stahl, P. D. (red.). 2 udg. Oxford: Elsevier, Bind 3. s. 164-188 25 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt

  28. Udgivet

    Circular and Circulating DNA in Inflammatory Bowel Disease: From Pathogenesis to Potential Molecular Therapies

    Di Vincenzo, F., Yadid, Y., Petito, V., Emoli, V., Masi, L., Gerovska, D., Araúzo-Bravo, M. J., Gasbarrini, A., Regenberg, Birgitte & Scaldaferri, F., 2023, I: Cells. 12, 15, 29 s., 1953.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  29. Udgivet

    Clinical diagnosis of genetic disorders at both single-nucleotide and chromosomal levels based on BGISEQ-500 platform

    Liu, Y., Mao, L., Huang, H., Li, W., Man, J., Zhang, W., Wang, L., Li, L., Sun, Y., Zhai, T., Guo, X., Du, L., Huang, J., Li, H., Wan, Y. & Wei, X., 2023, I: Human Genome Variation. 10, 1, 43 s., 15.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  30. Udgivet

    ClockstaRX: testing molecular clock hypotheses with genomic data

    Duchene, David, Duchêne, S., Stiller, Josefin, Heller, Rasmus & Ho, S. Y. W., 2023, bioRxiv, 15 s.

    Publikation: Working paperPreprintForskning

  31. Udgivet

    Cloning and deorphanization of three inotocin (insect oxytocin/vasopressin-like) receptors and their ligand from the tick Ixodes scapularis

    Hauser, Frank, Al-Ribaty, T., Stebegg, M., Thygesen, G. & Grimmelikhuijzen, Cornelis (Cok), 2023, I: Biochemical and Biophysical Research Communications. 680, s. 34-41 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  32. Udgivet

    Close coupling of plant functional types with soil microbial community composition drives soil carbon and nutrient cycling in tundra heath

    Koranda, M., Rinnan, Riikka & Michelsen, Anders, 2023, I: Plant and Soil. 488, s. 551-572 22 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  33. Udgivet

    Co-diversification of an intestinal Mycoplasma and its salmonid host

    Rasmussen, Jacob Agerbo, Kiilerich, P., Madhun, A. S., Waagbø, R., Lock, E. J. R., Madsen, L., Gilbert, M Thomas P, Kristiansen, Karsten & Limborg, Morten Tønsberg, 2023, I: ISME Journal. 17, 5, s. 682-692 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  34. E-pub ahead of print

    Coexisting with carnivores: insights into local attitudes toward African wild dogs (Lycaon pictus) in the Maasai Mara, Kenya

    Cornu, L., Broekhuis, F., Kavwele, C. M., Mogensen, N., Sakat, D. & Briefer, Elodie, 2023, (E-pub ahead of print) I: Human Dimensions of Wildlife.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKommentar/debatForskningfagfællebedømt

  35. Udgivet
  36. Udgivet

    Combining Experiments and Simulations to Examine the Temperature-Dependent Behavior of a Disordered Protein

    Pesce, Francesco & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: Journal of Physical Chemistry B. 127, 28, s. 6277-6286 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  37. Udgivet

    Combining a novel biofilm reactor with a constructed wetland for rural, decentralized wastewater treatment

    Zhang, R., Liu, X., Wang, L., Xu, P., Li, K., Chen, X., Meng, R., Pu, Y., Yang, X., Rousseau, D. P. L. & Van Hulle, S. W. H., 2023, I: Chemical Engineering Journal. 455, 11 s., 140906.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  38. Udgivet

    Combining methods for non-invasive fecal DNA enables whole genome and metagenomic analyses in wildlife biology

    de Flamingh, A., Ishida, Y., Chrzanová Pecnerová, Patrícia, Vilchis, S., Siegismund, Hans Redlef, van Aarde, R. J., Malhi, R. S. & Roca, A. L., 2023, I: Frontiers in Genetics. 13, 14 s., 1021004.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  39. Udgivet

    Comment on “Intrinsic protein disorder uncouples affinity from binding specificity

    Teilum, Kaare, Olsen, Johan Gotthardt & Kragelund, Birthe Brandt, 2023, I: Protein Science. 32, 4, 2 s., e4602.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKommentar/debatForskningfagfællebedømt

  40. Udgivet

    Community dynamics and co-occurrence relationships of pelagic ciliates and their potential prey at a coastal and an offshore station in the ultra-oligotrophic Eastern Mediterranean Sea

    Romano, F., Pitta, P. & John, U., 2023, I: Frontiers in Genetics. 14, 15 s., 1219085.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  41. Udgivet

    Comparable early-stage decomposition but contrasting underlying drivers between surface and cave habitats along an elevational gradient

    Bodawatta, Kasun Harshana, Ravn, N., Oromí, P., Esquivel, J. L. M., Michelsen, Anders, Poulsen, Michael, Jønsson, Knud Andreas & Reboleira, Ana Sofia, 2023, I: Ecological Indicators. 154, 12 s., 110607.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  42. Udgivet

    Comparative genomics of Stutzerimonas balearica (Pseudomonas balearica): diversity, habitats, and biodegradation of aromatic compounds

    Salvà-Serra, F., Pérez-Pantoja, D., Donoso, R. A., Jaén-Luchoro, D., Fernandez Juarez, Victor, Engström-Jakobsson, H., Moore, E. R. B., Lalucat, J. & Bennasar-Figueras, A., 2023, I: Frontiers in Microbiology. 14, 19 s., 1159176.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  43. Udgivet

    Comparative genomics reveals the hybrid origin of a macaque group

    Zhang, B. L., Chen, W., Wang, Z., Pang, W., Luo, M. T., Wang, S., Shao, Y., He, W. Q., Deng, Y., Zhou, L., Chen, J., Yang, M. M., Wu, Y., Wang, L., Fernández-Bellon, H., Molloy, S., Meunier, H., Wanert, F., Kuderna, L., Marques-Bonet, T. & 10 flere, Roos, C., Qi, X. G., Li, M., Liu, Z., Schierup, M. H., Cooper, D. N., Liu, J., Zheng, Y. T., KU, thw266 & Wu, D. D., 2023, I: Science Advances. 9, 22, 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  44. Udgivet

    Comparative molecular and morphological species delineation of Halammohydra Remane, 1927 (Hydrozoa): with the description of four new species

    Tödter, L., Worsaae, Katrine & Schmidt-Rhaesa, A., 2023, I: Organisms Diversity and Evolution. 23, s. 455-476 22 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  45. Udgivet

    Comparison of In-Frame Deletion, Homology-Directed Repair, and Prime Editing-Based Correction of Duchenne Muscular Dystrophy Mutations

    Zhao, X., Qu, Kunli, Curci, B., Yang, H., Bolund, L., Lin, L. & Luo, Y., 2023, I: Biomolecules. 13, 5, 15 s., 870.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  46. Udgivet

    Composition and distribution of diazotrophs in the Baltic Sea

    Salamon Slater, E. R., Turk-kubo, K. A., Hallstrøm, S., Kesy, K., Laas, P., Magasin, J., Zehr, J. P., Labrenz, M. & Riemann, Lasse, 2023, I: Estuarine, Coastal and Shelf Science. 294, 12 s., 108527.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  47. Udgivet

    Compositional breakpoints of freshwater plant communities across continents

    García-Girón, J., Heino, J., Båstrup-Spohr, Lars, Clayton, J., Winton, M. D., Feldmann, T., Fernández-Aláez, C., Ecke, F., Grillas, P., Hoyer, M. V., Kolada, A., Kosten, S., Lukács, B. A., Mjelde, M., Mormul, R. P., Rhazi, L., Rhazi, M., Sass, L., Xu, J. & Alahuhta, J., 2023, I: Limnetica. 42, 2, 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  48. Udgivet

    Compromised junctional integrity phenocopies age-dependent renal dysfunction in Drosophila Snakeskin mutants

    Dornan, A. J., Halberg, Kenneth Veland, Beuter, L. K., Davies, S. A. & Dow, J. A. T., 2023, I: Journal of Cell Science. 136, 19, 15 s., jcs261118.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  49. Udgivet

    Conformational and oligomeric states of SPOP from small-angle X-ray scattering and molecular dynamics simulations

    Thomasen, Emil, Cuneo, M. J., Mittag, T. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: eLife. 12, 23 s., e84147.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  50. Udgivet

    Conformational entropy in molecular recognition of intrinsically disordered proteins

    Skriver, Karen, Theisen, Frederik Friis & Kragelund, Birthe Brandt, 2023, I: Current Opinion in Structural Biology. 83, 8 s., 102697.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  51. Udgivet

    Confusion will be my epitaph: genome-scale discordance stifles phylogenetic resolution of Holothuroidea

    Koch, N. M., Tilic, E., Miller, A. K., Stiller, Josefin & Rouse, G. W., 2023, I: Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences. 290, 2002, 11 s., 20230988.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt