Biologisk Institut

 

 
  1. 2020
  2. Udgivet

    Bionic 3D printed corals

    Wangpraseurt, D., You, S., Azam, F., Jacucci, G., Gaidarenko, O., Hildebrand, M., Kühl, Michael, Smith, A. G., Davey, M. P., Smith, A., Deheyn, D. D., Chen, S. & Vignolini, S., 2020, I: Nature Communications. 11, 8 s., 1748.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  3. Udgivet

    Biophysical characterization and industrial-scale production of Aquaporins: Human aquaporins in relation to lifestyle disease and identification of putative aquaporins for improved water filtration

    Krabbe, S. L., 2020, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 216 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  4. Udgivet

    Body fluid from the parasitic worm Ascaris suum inhibits broad-acting pro-inflammatory programs in dendritic cells

    Arora, P., Moll, J. M., Andersen, D., Workman, C. T., Williams, Andrew Richard, Kristiansen, Karsten & Brix, S., 2020, I: Immunology. 159, 3, s. 322-334

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    Broad-spectrum anti-CRISPR proteins facilitate horizontal gene transfer

    Mahendra, C., Christie, K. A., Osuna, B. A., Pinilla Redondo, Rafael, Kleinstiver, B. P. & Bondy-Denomy, J., 2020, I: Nature Microbiology. 5, 4, s. 620-629 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  6. Udgivet

    Byerne som hjemsted for bier

    Hansted, L., Dupont, Y. L., Rasmussen, C. & Madsen, Henning Bang, 2020, I: Nyt Fokus. 15, s. 16-19

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelFormidling

  7. Udgivet

    CAncer bioMarker Prediction Pipeline (CAMPP) - A standardized framework for the analysis of quantitative biological data

    Terkelsen, T., Krogh, Anders & Papaleo, E., 2020, I: PLOS Computational Biology. 16, 3, 20 s., e1007665.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  8. Udgivet
  9. Udgivet

    CRISPRCasTyper: Automated Identification, Annotation, and Classification of CRISPR-Cas Loci

    Russel, J., Pinilla Redondo, Rafael, Mayo-Muñoz, D., Shah, S. A. & Sørensen, Søren Johannes, 2020, I: CRISPR Journal. 3, 6, s. 462-469 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  10. Udgivet

    Cancer Cell Acid Adaptation Gene Expression Response is Correlated to Tumor-Specific Tissue Expression Profiles and Patient Survival

    Yao, Jiayi, Czaplinska, D., Ialchina, Renata, Schnipper, J., Liu, B., Sandelin, Albin Gustav & Pedersen, Stine Helene Falsig, 2020, I: Cancers. 12, 8, 27 s., 2183.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. Udgivet

    Carbon Dioxide Partial Pressure and Emission Throughout the Scandinavian Stream Network

    Martinsen, K. T., Kragh, T. & Sand-Jensen, Kaj, 2020, I: Global Biogeochemical Cycles. 34, 12, 14 s., e2020GB006703.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Carbon dioxide efflux and ecosystem metabolism of small forest lakes

    Martinsen, K. T., Kragh, T. & Sand-Jensen, Kaj, 2020, I: Aquatic Sciences. 82, 17 s., 9.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  13. Udgivet

    Caveats on the use of rotenone to estimate mixotrophic grazing in the oceans

    Ferreira, G. D. & Calbet, A., 2020, I: Scientific Reports. 10, 11 s., 3899.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  14. Udgivet

    Changes induced by heavy metals in the plant-associated microbiome of Miscanthus x giganteus

    Zadel, U., Nesme, Joseph, Michalke, B., Vestergaard, G., Płaza, G. A., Schröder, P., Radl, V. & Schloter, M., 2020, I: Science of the Total Environment. 711, 10 s., 134433.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  15. Udgivet

    Characterization of Arabidopsis thaliana Promoter Bidirectionality and Antisense RNAs by Inactivation of Nuclear RNA Decay Pathways

    Thieffry, A., Vigh, Maria Louisa, Lange, Jette Bornholdt, Ivanov, M., Brodersen, Peter & Sandelin, Albin Gustav, 2020, I: The Plant Cell. 32, 6, s. 1845-1867 23 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  16. Udgivet

    Characterization of a lipid-producing thermotolerant marine photosynthetic pico-alga in the genus Picochlorum (Trebouxiophyceae)

    Mucko, M., Padisák, J., Gligora Udovic, M., Pálmai, T., Novak, T., Medic, Nikola, Gasparovic, B., Peharec Stefanic, P., Orlic, S. & Ljubesic, Z., 2020, I: European Journal of Phycology. 55, 4, s. 384-399 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  17. Udgivet

    Characterization of a novel type III CRISPR-Cas effector provides new insights into the allosteric activation and suppression of the Cas10 DNase

    Lin, Jinzhong, Feng, M., Zhang, H. & She, Q., 2020, I: Cell Discovery. 6, 16 s., 29.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  18. Udgivet

    Chemical composition and antioxidant activity of Geranium macrorrhizum in relation to ploidy level and environmental conditions

    Cavar Zeljkovic, S., Siljak-Yakovlev, S., Tan, K. & Maksimovic, M., 2020, I: Plant Systematics and Evolution. 306, 2, 12 s., 18.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  19. Udgivet

    Chromatin accessibility and transcriptome landscapes of Monomorium pharaonis brain

    Wang, M., Liu, Y., Wen, T., Liu, W., Gao, Q., Zhao, J., Xiong, Z., Wang, Z., Jiang, W., Yu, Y., Wu, L., Yuan, Y., Wei, X., Xu, J., Cheng, M., Zhang, P., Li, P., Hou, Y., Yang, H., Zhang, G. & 3 flere, Li, Q., Liu, C. & Liu, L., 2020, I: Scientific Data. 7, 10 s., 217.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  20. Udgivet

    Circle-Seq: Isolation and Sequencing of Chromosome-Derived Circular DNA Elements in Cells

    Møller, H. D., 2020, DNA Electrophoresis: Methods and Protocols. Hanada, K. (red.). Humana Press, s. 165-181 17 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 2119).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt

  21. Udgivet

    Classifying disease-associated variants using measures of protein activity and stability

    Jepsen, M. M., Fowler, D. M., Hartmann-Petersen, Rasmus, Stein, Amelie & Lindorff-Larsen, Kresten, 2020, Protein Homeostasis Diseases: Mechanisms and Novel Therapies. Pey, A. L. (red.). Elsevier, s. 91-107

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt

  22. Udgivet

    Cleaner blues: Condition-dependent colour and cleaner fish service quality

    Trigo, S., Gomes, A. C. R., Cardoso, S. C., Teixeira, M., Cardoso, G. C. & Soares, M. C., 2020, I: Behavioural Processes. 181, 8 s., 104246.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  23. Udgivet

    Climate and land use change effects on soil erosion in two small agricultural catchment systems Fugnitz - Austria, Can Revull - Spain

    Lützenburg, Gregor, Bittner, Meriel Jennifer, Calsamiglia, A., Renschler, C. S., Estrany, J. & Poeppl, R., 2020, I: Science of the Total Environment. 704, 135389.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  24. Udgivet

    Clinical characteristics of the BREATHE cohort: a real-life study on patients with asthma and COPD

    Backer, V., Klein, D. K., Bodtger, U., Romberg, K., Porsbjerg, C., Erjefält, J. S., Kristiansen, K., Xu, R., Silberbrandt, A., Frøssing, L., Hvidtfeldt, M., Obling, N., Jarenbäck, L., Nasr, A., Tufvesson, E., Mori, M., Winther-Jensen, M., Karlsson, L., Nihlén, U., Flintegaard, T. V. & 1 flere, Bjermer, L., 2020, I: European Clinical Respiratory Journal. 7, 1, 11 s., 1736934.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  25. Udgivet

    Cloacal swabs and alcohol bird specimens are good proxies for compositional analyses of gut microbial communities of Great tits (Parus major)

    Bodawatta, Kasun Harshana, Puzejova, K., Sam, K., Poulsen, Michael & Jønsson, Knud Andreas, 2020, I: BMC Animal Microbiome. 2, 13 s., 9.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  26. Udgivet

    Closely related dinoflagellate species in vastly different habitats – an example of a marine–freshwater transition

    Annenkova, N. V., Hansen, Gert & Rengefors, K., 2020, I: European Journal of Phycology. 55, 4, s. 478-489 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  27. Udgivet

    Co-Chaperones in Targeting and Delivery of Misfolded Proteins to the 26S Proteasome

    Abildgaard, A. B., Andersen, Sarah Gersing, Larsen-Ledet, Sven, Nielsen, S. V., Stein, Amelie, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2020, I: Biomolecules. 10, 8, 24 s., 1141.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  28. Udgivet

    Colchicine treatment impairs skeletal muscle mitochondrial function and insulin sensitivity in an age-specific manner

    Buch, B. T., Halling, Jens Frey, Jørgensen, Stine Ringholm, Gudiksen, Anders, Kjøbsted, Rasmus, Olsen, M. A., Wojtaszewski, Jørgen F P & Pilegaard, Henriette, 2020, I: F A S E B Journal. 34, 6, s. 8653-8670

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  29. Udgivet

    Combining molecular dynamics simulations with small-angle X-ray and neutron scattering data to study multi-domain proteins in solution

    Nørgrd Larsen, Andreas, Wang, Y., Bottaro, S., Grudinin, S., Arleth, Lise & Lindorff-Larsen, Kresten, 2020, I: P L o S Computational Biology. 16, 4, 29 s., e1007870.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  30. Udgivet

    Community curation of bioinformatics software and data resources

    Ison, J., Ménager, H., Brancotte, B., Jaaniso, E., Salumets, A., Raček, T., Lamprecht, A. L., Palmblad, M., Kalaš, M., Chmura, Piotr Jaroslaw, Hancock, J. M., Schwämmle, V. & Ienasescu, H. I., 2020, I: Briefings in Bioinformatics. 21, 5, s. 1697-1705 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  31. Udgivet

    Community-intrinsic properties enhance keratin degradation from bacterial consortia

    Nasipuri, P., Herschend, J., Brejnrod, A. D., Madsen, Jonas Stenløkke, Espersen, R., Svensson, B., Burmølle, Mette, Jacquiod, S. & Sørensen, Søren Johannes, 2020, I: PLoS ONE. 15, 1, 26 s., e0228108.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  32. Udgivet

    Comparative Analysis of Sample Extraction and Library Construction for Shotgun Metagenomics

    Peng, Z., Zhu, X., Wang, Z., Yan, X., Wang, G., Tang, M., Jiang, A. & Kristiansen, Karsten, 2020, I: Bioinformatics and Biology Insights. 14, 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  33. Udgivet

    Comparative Proteomics and Secretomics Revealed Virulence and Antibiotic Resistance-Associated Factors in Vibrio parahaemolyticus Recovered From Commonly Consumed Aquatic Products

    Zhu, Z., Yang, L., Yu, P., Wang, Y., Peng, Xu & Chen, L., 2020, I: Frontiers in Microbiology. 11, 31 s., 1453.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  34. Udgivet

    Comparative Studies of NGS Assays and Sequencing Technologies

    Peng, Z., 2020, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 114 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  35. Udgivet

    Comparative home range size and habitat selection in provisioned and non-provisioned long-tailed macaques (Macaca fascicularis) in Baluran National Park, East Java, Indonesia

    Hansen, Malene Friis, Ellegaard, S., Moeller, M. M., van Beest, F. M., Fuentes, A., Nawangsari, V. A., Groendahl, C., Frederiksen, M. L., Stelvig, M., Schmidt, N. M., Traeholt, C. & Dabelsteen, Torben, 2020, I: Contributions to Zoology. 89, 4, s. 393-411 19 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  36. Udgivet

    Comparative transcriptome studies reveal mitochondrial role in lung cancer classification and mechanism in cancer-resistant species: Transcriptomics studies on cancer-resistant species

    Zhao, J., 2020, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 130 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  37. Udgivet

    Comparative transcriptomic analyses of chlorogenic acid and luteolosides biosynthesis pathways at different flowering stages of diploid and tetraploid Lonicera japonica

    Wang, H., Li, Y., Wang, S., Kong, D., Sahu, S. K., Bai, M., Li, H., Li, L., Xu, Y., Liang, H., Liu, Huan & Wu, H., 2020, I: PeerJ. 8, 24 s., e8690.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  38. Udgivet

    Comparative transcriptomics of primary cells in vertebrates

    Alam, T., Agrawal, S., Severin, J., Young, R. S., Andersson, R., Arner, E., Hasegawa, A., Lizio, M., Ramilowski, J. A., Abugessaisa, I., Ishizu, Y., Noma, S., Tarui, H., Taylor, M. S., Lassmann, T., Itoh, M., Kasukawa, T., Kawaji, H., Marchionni, L., Sheng, G. & 5 flere, Forrest, A. R. R., Khachigian, L. M., Hayashizaki, Y., Carninci, P. & de Hoon, M. J. L., 2020, I: Genome Research. 30, 7, s. 951-961 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  39. Udgivet

    Comparison of antibiotic-resistant bacteria and antibiotic resistance genes abundance in hospital and community wastewater: A systematic review

    Hassoun-Kheir, N., Stabholz, Y., Kreft, J., de la Cruz, R., Romalde, J. L., Nesme, Joseph, Sørensen, Søren Johannes, Smets, B. F., Graham, D. & Paul, M., 2020, I: Science of the Total Environment. 743, 11 s., 140804.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  40. Udgivet

    Compatibility of X-ray computed tomography with plant gene expression, rhizosphere bacterial communities and enzyme activities

    Ganther, M., Yim, B., Ibrahim, Z., Bienert, M. D., Lippold, E., Maccario, Lorrie, Sørensen, Søren Johannes, Bienert, G. P., Vetterlein, D., Heintz-Buschart, A., Blagodatskaya, E., Smalla, K. & Tarkka, M. T., 2020, I: Journal of Experimental Botany. 71, 18, s. 5603-5614 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  41. Udgivet

    Competitive mapping allows for the identification and exclusion of human DNA contamination in ancient faunal genomic datasets

    Feuerborn, Tatiana Richtman, Palkopoulou, E., van der Valk, T., von Seth, J., Munters, A. R., Chrzanová Pecnerová, Patrícia, Dehasque, M., Ureña, I., Ersmark, E., Lagerholm, V. K., Krzewinska, M., Rodríguez-Varela, R., Götherström, A., Dalén, L. & Díez-del-Molino, D., 2020, I: BMC Genomics. 21, 10 s., 844.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  42. Udgivet

    Composted sewage sludge influences the microbiome and persistence of human pathogens in soil

    Major, N., Schierstaedt, J., Jechalke, S., Nesme, Joseph, Ban, S. G., Černe, M., Sørensen, Søren Johannes, Ban, D. & Schikora, A., 2020, I: Microorganisms. 8, 7, 14 s., 1020.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  43. Udgivet

    Computing, Analyzing, and Comparing the Radius of Gyration and Hydrodynamic Radius in Conformational Ensembles of Intrinsically Disordered Proteins

    Ahmed, M. C., Crehuet, R. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2020, Intrinsically Disordered Proteins: Methods and Protocols. Kragelund, B. B. & Skriver, K. (red.). Humana Press, s. 429-445 17 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 2141).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt

  44. Udgivet

    Concerted action of kinesins KIF5B and KIF13B promotes efficient secretory vesicle transport to microtubule plus ends

    Serra-Marques, A., Martin, M., Katrukha, E. A., Grigoriev, I., Peeters, C. A. E., Liu, Q., Hooikaas, P. J., Yao, Y., Solianova, V., Smal, I., Pedersen, Lotte Bang, Meijering, E., Kaitein, L. C. & Akhmanova, A., 2020, I: eLife. 9, 37 s., e61302.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  45. Udgivet

    Conformational heterogeneity of Savinase from NMR, HDX-MS and X-ray diffraction analysis

    Wu, S., Nguyen, T. T. T. N., Moroz, O. V., Turkenburg, J. P., Nielsen, J. E., Wilson, K. S., Rand, Kasper Dyrberg & Teilum, Kaare, 2020, I: PeerJ. 8, 17 s., e9408.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  46. Udgivet

    Construction of Simplified Microbial Consortia to Degrade Recalcitrant Materials Based on Enrichment and Dilution-to-Extinction Cultures

    Kang, D., Jacquiod, S., Herschend, J., Wei, S., Nesme, Joseph & Sørensen, Søren Johannes, 2020, I: Frontiers in Microbiology. 10, 10 s., 3010.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  47. Udgivet

    Context Matters in Disorder Based Protein Communication

    Kragelund, Birthe Brandt, Prestel, Andreas, Wickmann, N., Martins, J., Boomsma, Wouter, Staby, L., Hendus-Altenburger, R. & Skriver, Karen, 2020, I: Biophysical Journal. 118, 3, suppl. 1, s. 491A 2407-Plat.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceabstrakt i tidsskriftForskningfagfællebedømt

  48. Udgivet

    Contrasting neurochemical and behavioral profiles reflects stress coping styles but not stress responsiveness in farmed gilthead seabream (Sparus aurata)

    Höglund, E., Moltesen, M., Castanheira, M. F., Thörnqvist, P., Silva, P. I. M., Øverli, Ø., Martins, C. & Winberg, S., 2020, I: Physiology and Behavior. 214, 8 s., 112759.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  49. Udgivet

    Contrasting responses of native and alien plant species to soil properties shed new light on the invasion of dune systems

    Vitti, S., Pellegrini, Elisa, Casolo, V., Trotta, G. & Boscutti, F., 2020, I: Journal of Plant Ecology. 13, 6, s. 667-675

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  50. Udgivet

    Coral reef survival under accelerating ocean deoxygenation

    Hughes, D. J., Alderdice, R., Cooney, C., Kühl, Michael, Pernice, M., Voolstra, C. R. & Sugget, D. J., 2020, I: Nature Climate Change. 10, 4, s. 296–307

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  51. Udgivet

    Counting Replication Origins to Measure Growth of Pathogens

    Charbon, Godefroid, Haugan, M. S., Frimodt-Møller, N. & Løbner-Olesen, Anders, 2020, I: Antibiotics. 9, 5, 5 s., 239.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt