Biologisk Institut

 

 
  1. 2019
  2. Udgivet

    De novo transcriptome assembly of the cubomedusa Tripedalia cystophora, including the analysis of a set of genes involved in peptidergic neurotransmission

    Nielsen, S. K. D., Koch, Thomas Lund, Hauser, Frank, Garm, Anders Lydik & Grimmelikhuijzen, Cornelis (Cok), 2019, I: BMC Genomics. 20, s. 1-20 20 s., 175.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  3. Udgivet

    Deciphering links between bacterial interactions and spatial organization in multispecies biofilms

    Liu, W., Jacquiod, S., Brejnrod, A., Russel, J., Burmølle, Mette & Sørensen, Søren Johannes, 2019, I: ISME Journal. 13, 12, s. 3054-3066 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  4. Udgivet

    Decomposition of an N-fixing invasive plant compared with a native species: consequences for ecosystem

    Marchante, E., Marchante, H., Freitas, H., Kjøller, Annelise Helene & Struwe, Sten, 2019, I: Applied Soil Ecology. 138, s. 19-31

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    Deconvolution of autoencoders to learn biological regulatory modules from single cell mRNA sequencing data

    Kinalis, S., Nielsen, Finn Cilius, Winther, Ole & Bagger, F. O., 2019, I: BMC Bioinformatics. 20, 9 s., 379.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  6. Udgivet

    Deconvolution of single-cell multi-omics layers reveals regulatory heterogeneity

    Liu, L., Liu, C., Quintero, A., Wu, L., Yuan, Y., Wang, M., Cheng, M., Leng, L., Xu, L., Dong, G., Li, R., Liu, Y., Wei, X., Xu, J., Chen, X., Lu, H., Chen, D., Wang, Q., Zhou, Q., Lin, X. & 17 flere, Li, G., Liu, S., Wang, Q., Wang, H., Fink, J. L., Gao, Z., Liu, X., Hou, Y., Zhu, S., Yang, H., Ye, Y., Lin, G., Chen, F., Herrmann, C., Eils, R., Shang, Z. & Xu, X., 2019, I: Nature Communications. 10, s. 1-10 470.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  7. Udgivet

    Deepened winter snow significantly influences the availability and forms of nitrogen taken up by plants in High Arctic tundra

    Mörsdorf, M. A., Baggesen, N. S., Yoccoz, N. G., Michelsen, Anders, Elberling, Bo, Ambus, Per Lennart & Cooper, E. J., 2019, I: Soil Biology & Biochemistry. 135, s. 222-234 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  8. Udgivet

    Degradation pathways in protein quality control

    Kampmeyer, Caroline, 2019, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 158 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  9. Udgivet

    Dermal Denticles of Three Slowly Swimming Shark Species: Microscopy and Flow Visualization

    Feld, K., Kolborg, Anne Noer, Nyborg, C. M., Salewski, M., Steffensen, John Fleng & Berg-Sørensen, K., 2019, I: Biomimetics. 4, 2, 20 s., 38.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  10. Udgivet

    Description of six new species of Mesonerilla (Nerillidae, Annelida) and an emended description of M. intermedia Wilke, 1953, from marine and cave environments

    Worsaae, Katrine, Mikkelsen, M. D. & Martínez, A., 2019, I: Marine Biodiversity. 49, 5, s. 2141-2165 25 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. Udgivet

    Design of a liver cancer-specific selector for the analysis of circulating tumor DNA

    Sun, Y., Meng, R., Tang, H., Wang, H., Guo, X., Ma, Y., Yang, Y., Wei, X., Mu, F., Wu, G., Wang, J., Liu, J., Niu, M. & Xue, J., 2019, I: Oncology Letters. 17, 6, s. 5369-5376

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Detecting sequence signals in targeting peptides using deep learning

    Almagro Armenteros, J. J., Salvatore, Marco, Emanuelsson, O., Winther, Ole, von Heijne, G., Elofsson, A. & Nielsen, H., 2019, I: Life Science Alliance. 2, 5, 14 s., 201900429.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  13. Udgivet

    Detection of internal N7-methylguanosine (m7G) RNA modifications by mutational profiling sequencing

    Enroth, Christel Hougård, Poulsen, L. D., Iversen, S., Kirpekar, F., Albrechtsen, Anders & Vinther, Jeppe, 2019, I: Nucleic Acids Research. 47, 20, 13 s., e126.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  14. Udgivet

    Detection of slicer activity by immunopurified plant ARGONAUTE1

    Arribas Hernandez, Laura, Vigh, Maria Louisa & Brodersen, Peter, 2019, Plant MicroRNAs: Methods and Protocols. Folter, S. D. (red.). Humana Press, s. 295-316 22 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 1932).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt

  15. Udgivet

    Detoxification Genes Differ Between Cactus-, Fruit-, and Flower-Feeding Drosophila

    Rane, R. V., Clarke, D. F., Pearce, S. L., KU, thw266, Hoffmann, A. A. & Oakeshott, J. G., 2019, I: The Journal of Heredity. 110, 1, s. 80-91 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  16. Udgivet

    Development of an indirect quantitation method to assess ichthyotoxic B-type prymnesins from Prymnesium parvum

    Svenssen, D. K., Binzer, S. B., Medic, Nikola, Hansen, Per Juel, Larsen, T. O. & Varga, E., 2019, I: Toxins. 11, 5, 15 s., 251.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  17. Udgivet

    Diel O2 dynamics in partially and completely submerged deepwater rice: leaf gas films enhance internodal O2 status, influence gene expression, and accelerate stem elongation for ‘snorkelling’ during submergence

    Mori, Y., Kurokawa, Y., Koike, M., Malik, A. I., Colmer, T. D., Ashikari, M., Pedersen, Ole & Nagai, K., 2019, I: Plant and Cell Physiology. 60, 5, s. 973-985

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  18. Udgivet

    Dietary Protein Sources Differentially Affect the Growth of Akkermansia muciniphila and Maintenance of the Gut Mucus Barrier in Mice

    Zhao, F., Zhou, G., Liu, X., Song, S., Xu, X., Hooiveld, G., Müller, M., Liu, L., Kristiansen, Karsten & Li, C., 2019, I: Molecular Nutrition & Food Research. 63, 23, 11 s., 1900589.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  19. Udgivet

    Differences in arbuscular mycorrhizal colonisation influence cadmium uptake in plants

    Rask, K. A., Johansen, Jesper Liengaard, Kjøller, Rasmus & Ekelund, Flemming, 2019, I: Environmental and Experimental Botany. 162, s. 223-229 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  20. Udgivet

    Different Degrees of Niche Differentiation for Bacteria, Fungi, and Myxomycetes Within an Elevational Transect in the German Alps

    Dahl, M. B., Brejnrod, A. D., Russel, J., Sørensen, Søren Johannes & Schnittler, M., 2019, I: Microbial Ecology. 78, 3, s. 764-780

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  21. Udgivet

    Disease-free monoculture farming by fungus-growing termites

    Otani, S., Challinor, V. L., Kreuzenbeck, N. B., Kildgaard, S., Christensen, S. K., Larsen, L. L. M., Aanen, D. K., Rasmussen, S. A., Beemelmanns, C. & Poulsen, Michael, 2019, I: Scientific Reports. 9, s. 1-10 8819.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  22. Udgivet

    Dissecting the statistical properties of the linear extrapolation method of determining protein stability

    Lindorff-Larsen, Kresten, 2019, I: Protein engineering, design & selection : PEDS. 32, 10, s. 471-479 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  23. Udgivet

    Distinct gut metagenomics and metaproteomics signatures in prediabetics and treatment-naïve type 2 diabetics

    Zhong, H., Ren, H., Lu, Y., Fang, C., Hou, G., Yang, Z., Chen, B., Yang, F., Zhao, Y., Shi, Z., Zhou, B., Wu, J., Zou, H., Zi, J., Chen, J., Bao, X., Hu, Y., Gao, Y., Zhang, J., Xu, X. & 10 flere, Hou, Y., Yang, H., Wang, J., Liu, S., Jia, H., Madsen, L., Brix, S., Kristiansen, Karsten, Liu, F. & Li, J., 2019, I: EBioMedicine. 47, s. 373-383 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  24. Udgivet

    Distinguishing extant elephants ivory from mammoth ivory using a short sequence of cytochrome b gene

    Ngatia, J. N., Lan, T. M., Ma, Y., Dinh, T. D., Wang, Z., Dahmer, T. D. & Chun Xu, Y., 2019, I: Scientific Reports. 9, 12 s., 18863.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  25. Udgivet

    Distribution of platinum between nuclear and cytosolic fractions: can subcellular fractionation be performed quantitatively?

    Dam, C. S., Lambert, Ian Henry, Gammelgaard, Bente & Stürup, Stefan, 2019, I: Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis. 165, s. 82-89 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  26. Udgivet

    Distributions of three Alexandrium species and their toxins across a salinity gradient suggest an increasing impact of GDA producing A. pseudogonyaulax in shallow brackish waters of Northern Europe

    Kremp, A., Hansen, Per Juel, Tillmann, U., Savela, H., Suikkanen, S., Voß, D., Barrera, F., Jakobsen, H. H. & Krock, B., 2019, I: Harmful Algae. 87, 14 s., 101622.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  27. Udgivet

    Diversification of Vibrio anguillarum Driven by the Bacteriophage CHOED

    León, M., Kokkari, C., García, K., Castillo, D., Katharios, P. & Bastías, R., 2019, I: Frontiers in Microbiology. 10, 15 s., 1396.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  28. Udgivet

    Diversity and evolution of the stygobitic Speleonerilla nom. nov. (Nerillidae, Annelida) with description of three new species from anchialine caves in the Caribbean and Lanzarote

    Worsaae, Katrine, Gonzalez, B. C., Kerbl, A., Nielsen, S. H., Jørgensen, J. T., Armenteros, M., Iliffe, T. M. & Martínez, A., 2019, I: Marine Biodiversity. 49, 5, s. 2167-2192

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  29. Udgivet

    Double quantile regression accurately assesses distance to boundary trade-offs

    Cardoso, G. C., 2019, I: Methods in Ecology and Evolution. 10, 8, s. 1322-1331 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  30. Udgivet

    Draft Genome Assembly and Population Genetics of an Agricultural Pollinator, the Solitary Alkali Bee (Halictidae: Nomia melanderi)

    Kapheim, K. M., Pan, H., Li, C., Blatti, C., Harpur, B. A., Ioannidis, P., Jones, B. M., Kent, C. F., Ruzzante, L., Sloofman, L., Stolle, E., Waterhouse, R. M., Zayed, A., KU, thw266 & Wcislo, W. T., 2019, I: G3: Genes, Genomes, Genetics (Bethesda). 9, 3, s. 625-634

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  31. Udgivet

    Draft Genome Sequence of Chromatium okenii Isolated from the Stratified Alpine Lake Cadagno

    Luedin, S. M., Liechti, N., Cox, R. P., Danza, F., Frigaard, Niels-Ulrik, Posth, Nicole Rita Elisabeth, Pothier, J. F., Roman, S., Storelli, N., Wittwer, M. & Tonolla, M., 2019, I: Scientific Reports. 9, 14 s., 1936 .

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  32. Udgivet

    Drivers of net methane uptake across Greenlandic dry heath tundra landscapes

    St Pierre, K. A., Danielsen, Birgitte Kortegaard, Hermesdorf, Lena, D'Imperio, Ludovica, Iversen, Lars Lønsmann & Elberling, Bo, 2019, I: Soil Biology and Biochemistry. 138, 9 s., 107605.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  33. Udgivet

    Drug resistance of human immunodeficiency virus type 1 protease: Implications for substrate specificity

    Koivisto, J. M., 2019, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  34. Udgivet

    Dynamic evolutionary history and gene content of sex chromosomes across diverse songbirds

    Xu, L., Auer, G., Peona, V., Suh, A., Deng, Y., Feng, S., KU, thw266, Blom, M. P. K., Christidis, L., Prost, S., Irestedt, M. & Zhou, Q., 2019, I: Nature Ecology and Evolution. 3, 5, s. 834-844 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  35. Udgivet

    Dynamical Oligomerisation of Histidine Rich Intrinsically Disordered Proteins Is Regulated through Zinc-Histidine Interactions

    Cragnell, C., Staby, L., Lenton, S., Kragelund, Birthe Brandt & Skepö, M., 2019, I: Biomolecules. 9, 5, 20 s., 168.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  36. Udgivet

    Ecology and conservation of long-tailed macaques (Macaca fascicularis) in a human-macaque interface: Understanding misunderstood monkeys

    Hansen, Malene Friis, 2019, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  37. Udgivet

    Editorial: Optics and Ecophysiology of Coral Reef Organisms

    Wangpraseurt, D., Larkum, A. W. D., Ferrier-Pagès, C., Salih, A., Warner, M. E., Dubinsky, Z. & Kühl, Michael, 2019, I: Frontiers in Marine Science. 6, 3 s., 742.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLederForskningfagfællebedømt

  38. Udgivet

    Effect of ethylenediaminetetraacetic acid and biochar on Cu accumulation and subcellular partitioning in Amaranthus retroflexus L.

    Liu, N., Dai, J., Tian, H., He, H. & Zhu, Y., 2019, I: Environmental Science and Pollution Research. 26, 10, s. 10343-10353

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  39. Udgivet

    Effect of long-term organic and mineral fertilization strategies on rhizosphere microbiota assemblage and performance of lettuce

    Paul Chowdhury, S., Babin, D., Sandmann, M., Jacquiod, S., Sommermann, L., Sørensen, Søren Johannes, Fliessbach, A., Mäder, P., Geistlinger, J., Smalla, K., Rothballer, M. & Grosch, R., 2019, I: Environmental Microbiology. 21, 7, s. 2426-2439

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  40. Udgivet

    Effect of nitrogen limitation on polyhydroxyalkanoates production efficiency, properties and microbial dynamics using a soil-derived mixed continuous culture

    Ntaikou, I., Koumelis, I., Kamilari, M., Iatridi, Z., Tsitsilianis, C. & Lyberatos, G., 2019, I: International Journal of Biobased Plastics. 1, 1, s. 31-47

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  41. Udgivet

    Effect of the Nursing Mother on the Gut Microbiome of the Offspring During Early Mouse Development

    Treichel, N. S., Prevorsek, Z., Mrak, V., Kostric, M., Vestergaard, G., Foesel, B., Pfeiffer, S., Stres, B., Schöler, A. & Schloter, M., 2019, I: Microbial Ecology. 78, 2, s. 517-527

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  42. Udgivet

    Effects of allochthonous dissolved organic matter input on microbial composition and nitrogen-cycling genes at two contrasting estuarine sites

    Happel, E. M., Markussen, T. M., Teikari, J. E., Huchaiah, V., Alneberg, J., Andersson, A. F., Sivonen, K., Middelboe, Mathias, Kisand, V. & Riemann, Lasse, 2019, I: F E M S Microbiology Ecology. 95, 9, 10 s., fiz123.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  43. Udgivet

    Effects of exercise and dietary protein sources on adiposity and insulin sensitivity in obese mice

    Fjære, E., Myrmel, L. S., Lützhøft, Ditte Olsen, Andersen, H., Holm, J. B., Kiilerich, P., Hannisdal, R., Liaset, B., Kristiansen, Karsten & Madsen, L., 2019, I: Journal of Nutritional Biochemistry. 66, s. 98-109

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  44. Udgivet

    Effects of geography and species variation on selenium and mercury molar ratios in Northeast Atlantic marine fish communities

    Azad, A. M., Frantzen, S., Bank, M. S., Nilsen, B. M., Duinker, A., Madsen, L. & Maage, A., 2019, I: Science of the Total Environment. 652, s. 1482-1496

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  45. Udgivet

    Effects of oxygen-glucose deprivation (OGD) on barrier properties and mRNA transcript levels of selected marker proteins in brain endothelial cells/astrocyte co-cultures

    Tornabene, E., Helms, H. C. C., Pedersen, Stine Helene Falsig & Larsen, Birger Brodin, 2019, I: PLoS ONE. 14, 8, 20 s., e0221103.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  46. Udgivet

    Efficient and unique cobarcoding of second-generation sequencing reads from long DNA molecules enabling cost-effective and accurate sequencing, haplotyping, and de novo assembly

    Wang, O., Chin, R., Cheng, X., Wu, M. K. Y., Mao, Q., Tang, J., Sun, Y., Anderson, E., Lam, H. K., Chen, D., Zhou, Y., Wang, L., Fan, F., Zou, Y., Xie, Y., Zhang, R. Y., Drmanac, S., Nguyen, D., Xu, C., Villarosa, C. & 19 flere, Gablenz, S., Barua, N., Nguyen, S., Tian, W., Liu, J. S., Wang, J., Liu, X., Qi, X., CHEN, Ao, Wang, H., Dong, Y., Zhang, W., Alexeev, A., Yang, H., Wang, J., Kristiansen, Karsten, Xu, X., Drmanac, R. & Peters, B. A., 2019, I: Genome Research. 29, 5, s. 798-808

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  47. Udgivet

    Efflux-Pump Upregulation: From Tolerance to High-level Antibiotic Resistance?

    Frimodt-Møller, Jakob & Løbner-Olesen, Anders, 2019, I: Trends in Microbiology. 27, 4, s. 291-293

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  48. Udgivet

    Efomycins K and L From a Termite-Associated Streptomyces sp. M56 and Their Putative Biosynthetic Origin

    Klassen, J. L., Lee, S. R., Poulsen, Michael, Beemelmanns, C. & Kim, K. H., 2019, I: Frontiers in Microbiology. 10, 8 s., 1739.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  49. Udgivet

    Elevated CO2 leads to enhanced photosynthesis but decreased growth in early life stages of reef building coralline algae

    Ordoñez, A., Wangpraseurt, D., Lyndby, N. H., Kühl, Michael & Diaz-Pulida, G., 2019, I: Frontiers in Marine Science. 5, s. 1-11 495.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  50. Udgivet

    Emerging Methods for Biological Control of Barley Diseases Including the Role of Endophytes

    Høyer, A. K., Jørgensen, Hans Jørgen Lyngs, Jensen, Birgit, Murphy, B. R. & Hodkinson, T. R., 2019, Endophytes for a Growing World. Hodkinson, T. R., Doohan, F. M., Saunders, M. J. & Murphy, B. R. (red.). Cambridge University Press, s. 93-119 27 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt

  51. Udgivet

    En fælles front for alle bier

    Dupont, Y. L., Madsen, H. B., Rasmussen, C., Hansted, L., Kryger, P., Ravn, H. P., Schmidt, I. K., Olesen, J. M., Holm, E., Langer, V., Sigsgaard, L., Eilenberg, J., Skov, C., Lassen, K., Ahrenfeldt, E. J., Calabuig, I., Holst, N., Boelt, B., Jensen, A. B., Lecocq, A. & 2 flere, Howe, A. G. & Termansen, Mette, 2019, I: Aktuel Naturvidenskab. 2019, 4, s. 2

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKommentar/debatForskning