Biologisk Institut

 

 
  1. 2023
  2. Udgivet

    Benchmarking RNA Editing Detection Tools

    Morales, D. R., Rennie, Sarah & Uchida, S., 2023, I: BioTech. 12, 3, 18 s., 56.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  3. Udgivet

    The genetic background of hydrocephalus in a population-based cohort: implication of ciliary involvement

    Munch, Tina Nørgaard, Hedley, P. L., Hagen, C. M., Baekvad-Hansen, M., Geller, F., Bybjerg-Grauholm, J., Nordentoft, Merete, Borglum, A. D., Werge, Thomas, Melbye, M., Hougaard, D. M., Larsen, Lars Allan, Christensen, Søren Tvorup & Christiansen, M., 2023, I: Brain Communications. 5, 1, 14 s., fcad004.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  4. Udgivet

    Impact of Microbial Symbionts on Fungus-Farming Termites and Their Derived Ecosystem Functions

    Murphy, Rob, Sinotte, Veronica Marie, Schmidt, Suzanne, Li, Guangshuo, Hamilton Renalias, J., Koné, N. A. & Poulsen, Michael, 2023, Assessing the Microbiological Health of Ecosystems. Hurst, C. J. (red.). Wiley, s. 185-203

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    RibDif2: expanding amplicon analysis to full genomes

    Murphy, Rob & Strube, M. L., 2023, I: Bioinformatics Advances. 3, 1, 5 s., vbad111.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  6. Udgivet

    Modeling the radiative, thermal and chemical microenvironment of 3D scanned corals

    Murthy, Swathi, Picioreanu, C. & Kühl, Michael, 2023, I: Frontiers in Marine Science. 10, 17 s., 1160208.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  7. Udgivet

    Molecular Characterization and Morpho-Taxonomy of Gambierdiscus caribaeus Vandersea, Litaker, M.A.Faust, Kibler, W.C.Holland & P.A.Tester (Dinophyceae) from Mauritius Island, South-West Indian Ocean

    Mussai, P., Larsen, Jacob & Jeewon, R., 2023, I: Cryptogamie, Algologie. 44, 1, s. 1-11 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  8. Udgivet

    Ribosomal DNA Sequence-Based Taxonomy and Antimicrobial Activity of Prorocentrum spp. (Dinophyceae) from Mauritius Coastal Waters, South-West Indian Ocean

    Mussai, P., Larsen, Jacob, Alrefaei, A. F. & Jeewon, R., 2023, I: Marine Drugs. 21, 4, 16 s., 216.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  9. Udgivet

    Flood-tolerant rice for enhanced production and livelihood of smallholder farmers of Africa

    Mwakyusa, L., Dixit, S., Herzog, Max, Heredia, M. C., Madege, R. R. & Kilasi, N. L., 2023, I: Frontiers in Sustainable Food Systems. 7, 13 s., 1244460.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  10. Udgivet

    Screening of potential donors for anaerobic stress tolerance during germination in rice

    Mwakyusa, L., Heredia, M. C., Kilasi, N. L., Madege, R. R., Herzog, Max & Dixit, S., 2023, I: Frontiers in Plant Science. 14, 13 s., 1261101.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. Udgivet

    High-resolution crystal structure of the Mu8.1 conotoxin from Conus mucronatus

    Müller, E., Hackney, Celeste Menuet, Ellgaard, Lars & Morth, J. P., 2023, I: Acta crystallographica. Section F, Structural biology communications. 79, 9, s. 240-246 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    NHA1 is a cation/proton antiporter essential for the water-conserving functions of the rectal complex in Tribolium castaneum.

    Naseem, Muhammad Tayyib, Beaven, R., Koyama, Takashi, Naz, S., Su, S., Leader, D. P., Klærke, Dan Arne, Callø, Kirstine, Denholm, B. & Halberg, Kenneth Veland, 2023, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 120, 13, 11 s., e2217084120.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  13. Udgivet

    Plastic debris in lakes and reservoirs

    Nava, V., Chandra, S., Aherne, J., Alfonso, M. B., Antão-Geraldes, A. M., Attermeyer, K., Bao, R., Bartrons, M., Berger, S. A., Biernaczyk, M., Bissen, R., Brookes, J. D., Brown, D., Cañedo-Argüelles, M., Canle, M., Capelli, C., Carballeira, R., Cereijo, J. L., Chawchai, S., Christensen, S. T. & 59 flere, Christoffersen, Kirsten Seestern, de Eyto, E., Delgado, J., Dornan, T. N., Doubek, J. P., Dusaucy, J., Erina, O., Ersoy, Z., Feuchtmayr, H., Frezzotti, M. L., Galafassi, S., Gateuille, D., Gonçalves, V., Grossart, H. P., Hamilton, D. P., Harris, T. D., Kangur, K., Kankılıç, G. B., Kessler, R., Kiel, C., Krynak, E. M., Leiva-Presa, À., Lepori, F., Matias, M. G., Matsuzaki, S. I. S., McElarney, Y., Messyasz, B., Mitchell, M., Mlambo, M. C., Motitsoe, S. N., Nandini, S., Orlandi, V., Owens, C., Özkundakci, D., Pinnow, S., Pociecha, A., Raposeiro, P. M., Rõõm, E. I., Rotta, F., Salmaso, N., Sarma, S. S. S., Sartirana, D., Scordo, F., Sibomana, C., Siewert, D., Stepanowska, K., Tavşanoğlu, Ü. N., Tereshina, M., Thompson, J., Tolotti, M., Valois, A., Verburg, P., Welsh, B., Wesolek, B., Weyhenmeyer, G. A., Wu, N., Zawisza, E., Zink, L. & Leoni, B., 2023, I: Nature. 619, s. 317-322 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  14. Udgivet

    Gambierdiscus (gonyaulacales, dinophyceae) diversity in Vietnamese waters with description of G. vietnamensis sp. nov.

    Nguyen-Ngoc, L., Larsen, Jacob, Doan-Nhu, H., Nguyen, X. V., Chomérat, N., Lundholm, Nina, Phan-Tan, L., Dao, H. V., Nguyen, N. L., Nguyen, H. H. & Van Chu, T., 2023, I: Journal of Phycology. 59, 3, s. 496-517

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  15. Udgivet

    Reasons for the dramatic loss of Lobelia dortmanna, a keystone plant species of softwater lakes in the Northern Hemisphere

    Nielsen, S. R., Martinsen, K. T., Pedersen, Ole & Båstrup-Spohr, Lars, 2023, I: Freshwater Biology. 68, 10, s. 1673-1684 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  16. Udgivet

    Global online trade in primates for pets

    Nijman, V., Morcatty, T. Q., El Bizri, H. R., Al-Razi, H., Ang, A., Ardiansyah, A., Atoussi, S., Bergin, D., Bell, S., Braga-Pereira, F., Campera, M., Das, N., Silva, F. E., Feddema, K., Foreman, G., Fourage, A., Gnanaolivu, S. D., Hansen, M. F., Račevska, E., Rapone, B. C. & 13 flere, Regmi, G. R., Shepherd, C. R., Shukhova, S., Siriwat, P., Smith, J. H., Mir Mohamad Tabar, S. A., Tavares, A. S., Weldon, A. V., Wilson, A., Yamaguchi, N., Zhang, M., Svensson, M. S. & Anne-Isola Nekaris, K., 2023, I: Environmental Development. 48, 15 s., 100925.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  17. Udgivet

    Application of whole genome sequencing data in population genetics: identifying sex-linked scaffolds and inferring admixture in a unique cattle population

    Nursyifa, Casia, 2023, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 225 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  18. Udgivet

    Exploring antidepressant treatment response using biological and clinical measurements

    Nøhr, A. K., 2023, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 125 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  19. Udgivet

    The barrier to radial oxygen loss protects roots against hydrogen sulphide intrusion and its toxic effect

    Peralta Ogorek, Lucas León, Takahashi, H., Nakazono, M. & Pedersen, Ole, 2023, I: New Phytologist. 238, 5, s. 1825-1837 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  20. Udgivet

    Long-read MinION™ sequencing of 16S and 16S-ITS-23S rRNA genes provides species-level resolution of Lactobacillaceae in mixed communities

    Olivier, S. A., Bull, M. K., Strube, M. L., Murphy, Rob, Ross, T., Bowman, J. P. & Chapman, B., 2023, I: Frontiers in Microbiology. 14, 15 s., 1290756.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  21. Udgivet

    Salt-affected soils in Tanzanian agricultural lands: Type of soils and extent of the problem

    Omar, M. M., Shitindi, M. J., Massawe, B. H. J., Fue, K. G., Meliyo, J. L. & Pedersen, Ole, 2023, I: Sustainable Environment. 9, 1, 19 s., 2205731.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  22. Udgivet

    Seabird’s cry: repertoire and vocal expression of contextual valence in the little auk (Alle alle)

    Osiecka, A. N., Briefer, Elodie, Kidawa, D. & Wojczulanis-Jakubas, K., 2023, I: Scientific Reports. 13, 1, 10 s., 8623.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  23. Udgivet

    Social calls of the little auk (Alle alle) reflect body size and possibly partnership, but not sex

    Osiecka, A. N., Briefer, Elodie, Kidawa, D. & Wojczulanis-jakubas, K., 2023, I: Royal Society Open Science. 10, 9, 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  24. Udgivet

    Integrated NMR/Molecular Dynamics Determination of the Ensemble Conformation of a Thermodynamically Stable CUUG RNA Tetraloop

    Oxenfarth, A., Kümmerer, Felix, Bottaro, S., Schnieders, R., Pinter, G., Jonker, H. R. A., Fürtig, B., Richter, C., Blackledge, M., Lindorff-Larsen, Kresten & Schwalbe, H., 2023, I: Journal of the American Chemical Society. 145, 30, s. 16557-16572 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  25. Udgivet

    Use and detection of a vitamin B1 degradation product yields new views of the marine B1 cycle and plankton metabolite exchange

    Paerl, R. W., Curtis, N. P., Bittner, Meriel Jennifer, Cohn, M. R., Gifford, S. M., Bannon, C. C., Rowland, E. & Bertrand, E. M., 2023, I: mBio. 14, 4, 21 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  26. Udgivet

    CNEReg Interprets Ruminant-specific Conserved Non-coding Elements by Developmental Gene Regulatory Network

    Pan, X., Ma, Z., Sun, X., Li, H., Zhang, T., Zhao, C., Wang, N., Heller, Rasmus, Hung Wong, W., Wang, W., Jiang, Y. & Wang, Y., 2023, I: Genomics, Proteomics and Bioinformatics. 21, 3, s. 632-648 17 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  27. Udgivet

    Epithelium dynamics differ in time and space when exposed to the permeation enhancers penetramax and EGTA. A head-to-head mechanistic comparison

    Panou, D. A., Pedersen, Stine Helene Falsig, Kristensen, Mie & Nielsen, Hanne Mørck, 2023, I: Frontiers in Drug Delivery. 3, 16 s., 1221628.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  28. Udgivet

    Xyloplax princealberti (Asteroidea, Echinodermata): A New Species That Is Not Always Associated with Wood Falls

    Payne, C. Y., Tilic, E., Boschen-Rose, R. E., Gannon, A., Stiller, Josefin, Hiley, A. S., Grupe, B. M., Mah, C. L. & Rouse, G. W., 2023, I: Diversity. 15, 12, 21 s., 1212.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  29. Udgivet

    Cilia and flagella

    Pedersen, Lotte Bang, Jurisch-Yaksi, N., Schmid, F. M. & Christensen, Søren Tvorup, 2023, Encyclopedia of Cell Biology, Second Edition. Bradshaw, R. A., Hart, G. W. & Stahl, P. D. (red.). 2 udg. Oxford: Elsevier, Bind 3. s. 164-188 25 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt

  30. Udgivet

    Genome sequence and genomic analysis of liver abscess caused by hypervirulent Klebsiella pneumoniae

    Pei, N., Liu, X., Jian, Z., Yan, Q., Liu, Q., Kristiansen, Karsten, Li, J. & Liu, W., 2023, I: 3 Biotech. 13, 3, 7 s., 76.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  31. Udgivet

    Outer apoplastic barriers in roots: prospects for abiotic stress tolerance

    Peralta Ogorek, Lucas León, Jimenez Serna, Juan de la Cruz, Visser, E. J. W., Takahashi, H., Nakazono, M., Shabala, S. & Pedersen, Ole, 2023, I: Functional Plant Biology. 51, 11 s., FP23133.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  32. Udgivet

    Assessment of models for calculating the hydrodynamic radius of intrinsically disordered proteins

    Pesce, Francesco, Newcombe, Estella Anne, Seiffert, P., Tranchant, E. E., Olsen, Johan Gotthardt, Grace, C. R., Kragelund, Birthe Brandt & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: Biophysical Journal. 122, 2, s. 310-321 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  33. Udgivet

    Combining Experiments and Simulations to Examine the Temperature-Dependent Behavior of a Disordered Protein

    Pesce, Francesco & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: Journal of Physical Chemistry B. 127, 28, s. 6277-6286 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  34. Udgivet

    Understanding intrinsically disordered proteins: from integrative modelling to design

    Pesce, Francesco, 2023, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 156 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  35. Udgivet

    Temporal phosphoproteomics reveals WEE1-dependent control of 53BP1 pathway

    Petrosius, V., Benada, Jan, Nielsen, Olaf, Schoof, E. M. & Sørensen, Claus Storgaard, 2023, I: iScience. 26, 1, 24 s., 105806.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  36. Udgivet
  37. Udgivet

    Past, Present and Future of the Aral Sea - A Review of its Fauna and Flora before and during the Regression Crisis

    Plotnikov, I. S., Aladin, N. V., Zhakova, L. V., Mossin, J. & Høeg, Jens Thorvald, 2023, I: Zoological Studies. 62, 38 s., 19.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  38. Udgivet

    A research agenda for nonvascular photoautotrophs under climate change

    Porada, P., Bader, M. Y., Berdugo, M. B., Colesie, C., Ellis, C. J., Giordani, P., Herzschuh, U., Ma, Y., Launiainen, S., Nascimbene, J., Petersen, I., Raggio Quílez, J., Rodríguez-Caballero, E., Rousk, K., Sancho, L. G., Scheidegger, C., Seitz, S., Van Stan, J. T., Veste, M., Weber, B. & 1 flere, Weston, D. J., 2023, I: New Phytologist. 237, 5, 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  39. Udgivet

    Functions of m6A-YTH modules in plants: Lessons from high-throughput sequencing analyses

    Porcelli, C., 2023, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 178 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  40. Udgivet

    tRNAs Are Stable After All: Pitfalls in Quantification of tRNA from Starved Escherichia coli Cultures Exposed by Validation of RNA Purification Methods

    Prossliner, T., Agrawal, S., Heidemann, Ditte Fogh, Sorensen, M. A. A. & Svenningsen, Sine Lo, 2023, I: mBio. 14, 1, 18 s., e02805-22.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  41. Udgivet

    Systematic Analysis of Long Non-Coding RNAs in Inflammasome Activation in Monocytes/Macrophages

    Qian, N., Distefano, R., Ilieva, M., Madsen, J. H., Rennie, Sarah & Uchida, S., 2023, I: Non-coding RNA. 9, 5, 16 s., 50.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  42. Udgivet

    A population of stem cells with strong regenerative potential discovered in deer antlers

    Qin, T., Zhang, G., Zheng, Y., Li, S., Yuan, Y., Li, Q., Hu, M., Si, H., Wei, G., Gao, X., Cui, X., Xia, B., Ren, J., Wang, K., Ba, H., Liu, Z., Heller, R., Li, Z., Wang, W., Huang, J. & 2 flere, Li, C. & Qiu, Q., 2023, I: Science (New York, N.Y.). 379, 6634, s. 840-847 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  43. Udgivet
  44. Udgivet

    Molecular Epidemiology of HCV RNA Genotype-3 in Dhaka City, Bangladesh

    Rahman, M. A., Islam, M. M., Ali, M. E., Islam, M. A., Afroze, F., Hossain, Mohammad Shamim & Rus'd, A. A., 2023, I: Global Medical Genetics. 10, 3, s. 199-204 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  45. Udgivet

    Co-diversification of an intestinal Mycoplasma and its salmonid host

    Rasmussen, Jacob Agerbo, Kiilerich, P., Madhun, A. S., Waagbø, R., Lock, E. J. R., Madsen, L., Gilbert, M Thomas P, Kristiansen, Karsten & Limborg, Morten Tønsberg, 2023, I: ISME Journal. 17, 5, s. 682-692 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  46. Udgivet

    Probabilistic modelling in genomics

    Rasmussen, Malthe Sebro, 2023, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 158 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  47. Udgivet

    Hepatic PGC-1α has minor regulatory effect on the liver transcriptome and metabolome during high fat high fructose diet and exercise training

    Rasmussen, M. K., Thøgersen, R., Horsbøl Lindholm, P., Bertram, H. C. & Pilegaard, Henriette, 2023, I: Gene. 851, 14 s., 147039.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  48. Udgivet

    Xenobiotic Exposure and Migraine-Associated Signaling: A Multimethod Experimental Study Exploring Cellular Assays in Combination with Ex Vivo and In Vivo Mouse Models

    Rasmussen, Rikke Holm, Christensen, S. L., Callø, Kirstine, Nielsen, B. S., Rehfeld, A., Taylor-Clark, T. E., Haanes, Kristian Agmund, Taboureau, O., Audouze, K., Klærke, Dan Arne, Olesen, Jes & Kristensen, D. M., 2023, I: Environmental Health Perspectives. 131, 11, 14 s., 117003.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  49. Udgivet

    Microbial Dynamics in Newly Diagnosed and Treatment Naive IBD Patients in the Mediterranean

    Rausch, P., Ellul, S., Pisani, A., Bang, C., Tabone, T., Cordina, C. M., Zahra, G., Franke, A. & Ellul, P., 2023, I: Inflammatory Bowel Diseases. 29, 7, 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  50. Udgivet

    Rodent behavior following a dural inflammation model with anti-CGRP migraine medication treatment

    Reducha, Philip Victor, Bömers, J. P., Edvinsson, L. & Haanes, Kristian Agmund, 2023, I: Frontiers in Neurology. 14, 13 s., 1082176.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  51. Udgivet

    Bi-directional interactions between anti-diabetics and human gut microbiota

    Ren, H., 2023, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 108 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning