Biologisk Institut

 

 
  1. 2024
  2. Udgivet

    ClockstaRX: Testing Molecular Clock Hypotheses With Genomic Data

    Duchene, David, Duchêne, S., Stiller, Josefin, Heller, Rasmus & Ho, S. Y. W., 2024, I: Genome Biology and Evolution. 16, 4, 7 s., evae064.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  3. Udgivet

    Co-localization of antibiotic resistance genes is widespread in the infant gut microbiome and associates with an immature gut microbial composition

    Li, Xuan Ji, Brejnrod, A., Trivedi, Urvish, Russel, J., Thorsen, J., Shah, S. A., Vestergaard, G. A., Rasmussen, Morten Arendt, Nesme, Joseph, Bisgaard, H., Stokholm, Jakob & Sørensen, Søren Johannes, 2024, I: Microbiome. 12, 1, 18 s., 87.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  4. E-pub ahead of print

    Coexisting with carnivores: insights into local attitudes toward African wild dogs (Lycaon pictus) in the Maasai Mara, Kenya

    Cornu, L., Broekhuis, F., Kavwele, C. M., Mogensen, N., Sakat, D. & Briefer, Elodie, 2024, (E-pub ahead of print) I: Human Dimensions of Wildlife.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKommentar/debatForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    Comment on “DpCoA tagSeq: Barcoding dpCoA-Capped RNA for Direct Nanopore Sequencing via Maleimide-Thiol Reaction”

    Vinther, Jeppe, 2024, I: Analytical Chemistry. 96, 1, s. 606-609 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKommentar/debatForskningfagfællebedømt

  6. Udgivet

    Comparative skull osteology of Amphisbaena arda and Amphisbaena vermicularis (Squamata: Amphisbaenidae)

    Paiva, C. L., Hipsley, Christy Anna, Müller, J., Zaher, H. & Costa, H. C., 2024, I: Journal of Morphology. 285, 5, 14 s., e21702.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  7. Udgivet

    Comparison of the DNBSEQ platform and Illumina HiSeq 2000 for bacterial genome assembly

    Hu, T., Chen, J., Lin, X., He, W., Liang, H., Wang, M., Li, W., Wu, Z., Han, Mo, Jin, X., Kristiansen, Karsten, Xiao, L. & Zou, Y., 2024, I: Scientific Reports. 14, 1, 9 s., 1292.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  8. Udgivet

    Complexity of avian evolution revealed by family-level genomes

    Stiller, J., Feng, S., Chowdhury, A-A., Rivas-González, I., Duchêne, D. A., Fang, Q., Deng, Y., Kozlov, A., Stamatakis, A., Claramunt, S., Nguyen, J. M. T., Ho, S. Y. W., Faircloth, B. C., Haag, J., Houde, P., Cracraft, J., Balaban, M., Mai, U., Chen, G., Gao, R. & 32 flere, Zhou, C., Xie, Y., Huang, Z., Cao, Z., Yan, Z., Ogilvie, H. A., Nakhleh, L., Lindow, Bent Erik Kramer, Morel, B., Fjeldså, Jon, Hosner, Peter Andrew, Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Petersen, Bent, Tobias, J. A., Székely, T., Kennedy, J. D., Hart Reeve, A., Liker, A., Stervander, M., Antunes, A., Tietze, D. T., Bertelsen, Mads Frost, Lei, F., Rahbek, Carsten, Graves, G. R., Schierup, M. H., Warnow, T., Braun, E. L., Gilbert, M Thomas P, Jarvis, E. D., Mirarab, S. & KU, thw266, 2024, I: Nature. 629, s. 851–860 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  9. Udgivet

    Conformational ensembles of the human intrinsically disordered proteome

    Tesei, Giulio, Trolle, A. I., Jonsson, Nicolas, Betz, J., Knudsen, F. E., Pesce, Francesco, Johansson, Kristoffer Enøe & Lindorff-Larsen, Kresten, 2024, I: Nature. 626, s. 897-904 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  10. Udgivet

    Contrasting effects of increasing dissolved iron on photosynthesis and O2  availability in the gastric cavity of two Mediterranean corals

    Dellisanti, Walter, Zhang, Qingfeng, Ferrier-pagès, C. & Kühl, Michael, 2024, I: PeerJ. 12, 24 s., e17259.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. Udgivet

    Control of Vibrio vulnificus proliferation in the Baltic Sea through eutrophication and algal bloom management

    Riedinger, D. J., Fernández-juárez, V., Delgado, L. F., Sperlea, T., Hassenrück, C., Herlemann, D. P. R., Pansch, C., Kataržytė, M., Bruck, F., Ahrens, A., Rakowski, M., Piwosz, K., Stevenson, A., Reusch, T. B. H., Gyraitė, G., Schulz-bull, D., Benterbusch-brockmöller, H., Kube, S., Dupke, S., Andersson, A. F. & 2 flere, Riemann, Lasse & Labrenz, M., 2024, I: Communications Earth & Environment. 5, 1, 12 s., 246.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Controlling biases in targeted plant removal experiments

    Monteux, S., Blume-Werry, G., Gavazov, K., Kirchhoff, L., Krab, E. J., Lett, Signe, Pedersen, Emily Pickering & Väisänen, M., 2024, I: New Phytologist. 242, 4, s. 1835-1845 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  13. Udgivet

    Crispr-Cas Repurposed: Defense and Counter-defense on Mobile Genetic Elements

    Camara, Sarah, 2024, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 186 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  14. Udgivet

    Crop management strategies shape the shared temporal dynamics of soil food web structure and functioning

    Hedde, M., Coudrain, V., Maron, P. A., Chauvat, M., Cheviron, N., Ekelund, Flemming, Mougin, C., Mary, B., Recous, S., Villenave, C. & Thébault, E., 2024, I: Agriculture, Ecosystems and Environment. 370, 11 s., 109058.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  15. Udgivet

    Cross-feeding während der Ausbreitung auf Oberflächen

    Kovács, Á. T. & Kiesewalter, Heiko T., 2024, I: BioSpektrum. 30, 1, s. 71 1 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKommentar/debatForskningfagfællebedømt

  16. Udgivet

    Cytotoxicity of Prymnesium parvum extracts and prymnesin analogs on epithelial fish gill cells RTgill‑W1 and the human colon cell line HCEC‑1CT

    Varga, E., Prause, H., Riepl, M., Hochmayr, N., Berk, D., Attakpah, E., Kiss, E., Medic, Nikola, Del Favero, G., Larsen, T. O., Hansen, Per Juel & Marko, D., 2024, I: Archives of Toxicology. 98, s. 999–1014 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  17. Udgivet

    DNA binding redistributes activation domain ensemble and accessibility in pioneer factor Sox2

    Bjarnason, S., McIvor, J. A. P., Prestel, Andreas, Demény, K. S., Bullerjahn, J. T., Kragelund, Birthe Brandt, Mercadante, D. & Heidarsson, P. O., 2024, I: Nature Communications. 15, 1, 16 s., 1445.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  18. Udgivet

    DNA metabarcoding reveals the impact of Cu2+ on soil cercozoan diversity

    Lourenço, L., Ellegaard Bager, S., Ng, D. Y. K., Sheikh, Sanea, Kindtler, Nikolaj Lunding, Nielsen, Ida Broman, Frøslev, Tobias Guldberg & Ekelund, Flemming, 2024, I: Protist. 175, 2, 9 s., 126016.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  19. Udgivet

    Deciphering unique and shared interactions between the human gut microbiota and oral antidiabetic drugs

    Ren, H., Shi, Z., Yang, F., Wang, S., Yuan, F., Li, T., Li, M., Zhu, J., Li, J., Wu, K., Zhang, Y., Ning, G., Kristiansen, Karsten, Wang, W., Gu, Y. & Zhong, H., 2024, I: iMeta. 3, 2, 9 s., e179.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKommentar/debatForskningfagfællebedømt

  20. Udgivet

    Deep Learning for Elucidating Modifications to RNA—Status and Challenges Ahead

    Rennie, Sarah, 2024, I: Genes. 15, 5, 16 s., 629.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  21. Udgivet

    Deep mutational scanning reveals a correlation between degradation and toxicity of thousands of aspartoacylase variants

    Grønbæk-Thygesen, Martin, Voutsinos, Vasileios, Johansson, Kristoffer Enøe, Schulze, Thea Klarsø, Cagiada, Matteo, Pedersen, Line, Clausen, L., Nariya, S., Powell, R. L., Stein, Amelie, Fowler, D. M., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2024, I: Nature Communications. 15, 1, 18 s., 4026.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  22. Udgivet

    DeepLocRNA: an interpretable deep learning model for predicting RNA subcellular localization with domain-specific transfer-learning

    Wang, Jun, Horlacher, M., Cheng, L. & Winther, Ole, 2024, I: Bioinformatics. 40, 2, 10 s., btae065.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  23. Udgivet

    Destabilization and Degradation of a Disease-Linked PGM1 Protein Variant

    Gouliaev, F., Jonsson, Nicolas, Gersing, S., Lisby, Michael, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2024, I: Biochemistry. 63, 11, s. 1423–1433 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  24. Udgivet

    DiscoTope-3.0: improved B-cell epitope prediction using inverse folding latent representations

    Høie, M. H., Gade, F. S., Johansen, J., Würtzen, C., Winther, Ole, Nielsen, M. & Marcatili, P., 2024, I: Frontiers in Immunology. 15, 12 s., 1322712.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  25. Udgivet

    Dissolved organic matter offsets the detrimental effects of climate change in the nitrogen‐fixing cyanobacterium Crocosphaera

    Filella, A., Umbricht, J., Klett, A., Vogts, A., Vannier, T., Grosso, O., Voss, M., Riemann, Lasse & Benavides, M., 2024, I: Limnology and Oceanography Letters. 9, 3, s. 296-306 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  26. Udgivet

    Diverse roles of the metal binding domains and transport mechanism of copper transporting P-type ATPases

    Guo, Zongxin, Orädd, F., Bågenholm, Viktoria, Grønberg, C., Ma, J. F., Ott, P., Wang, Y., Andersson, M., Pedersen, Per Amstrup, Wang, Kaituo & Gourdon, Pontus Emanuel, 2024, I: Nature Communications. 15, 1, 16 s., 2690.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt