Biologisk Institut

 

 
  1. 2024
  2. Udgivet

    Carving out a Glycoside Hydrolase Active Site for Incorporation into a New Protein Scaffold Using Deep Network Hallucination

    Hansen, A. L., Theisen, Frederik Friis, Crehuet, R., Marcos, E., Aghajari, N. & Willemoës, Martin, 2024, I: ACS Synthetic Biology. 13, 3, s. 862-875 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  3. Udgivet

    Cellular and molecular mechanisms of aspartoacylase and its role in Canavan disease

    Grønbæk-Thygesen, Martin & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2024, I: Cell and Bioscience. 14, 1, 33 s., 45.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  4. Udgivet

    Changes in composition and function of soil microbial communities during secondary succession in oldfields on the Tibetan Plateau

    Ma, Hui, Yan, X., Gao, E., Qiu, Y., Sun, X., Wang, S., Wang, Y., Bruun, Hans Henrik, He, Z., Shi, X. & Zhao, Z., 2024, I: Plant and Soil. 495, s. 429–443 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    Characterizing glucokinase variant mechanisms using a multiplexed abundance assay

    Gersing, S., Schulze, Thea Klarsø, Cagiada, Matteo, Stein, Amelie, Roth, F. P., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2024, I: Genome Biology. 25, 1, 22 s., 98.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  6. Udgivet

    Checkpoint activation by Spd1: a competition-based system relying on tandem disordered PCNA binding motifs

    Olsen, Johan Gotthardt, Prestel, Andreas, Kassem, N., Broendum, S. S., Hossain, Mohammad Shamim, Simonsen, Signe, Grysbæk, M., Mortensen, J., Rytkjær, L. L., Haxholm, G. W., Marabini, R., Holmberg, Christian, Carr, A. M., Crehuet, R., Nielsen, Olaf & Kragelund, Birthe Brandt, 2024, I: Nucleic acids symposium series. 52, 4, s. 2030–2044 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  7. Udgivet

    Cholesterol-binding motifs in STING that control endoplasmic reticulum retention mediate anti-tumoral activity of cholesterol-lowering compounds

    Zhang, B. C., Laursen, M. F., Hu, L., Hazrati, H., Narita, R., Jensen, L. S., Hansen, A. S., Huang, J., Zhang, Y., Ding, X., Muyesier, M., Nilsson, E., Banasik, A., Zeiler, C., Mogensen, T. H., Etzerodt, A., Agger, R., Johannsen, M., Kofod-Olsen, E., Paludan, S. R. & 1 flere, Jakobsen, M. R., 2024, I: Nature Communications. 15, 1, 17 s., 2760.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  8. Udgivet

    Chromatin image-driven modelling

    Kadlof, M., Banecki, K., Chilinski, Mateusz & Plewczynski, D., 2024, I: Methods. 226, s. 54-60 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  9. Udgivet

    Circle-seq based method for eccDNA synthesis and its application as a canonical promoter independent vector for robust microRNA overexpression

    Yu, J., Zhang, H., Han, Peng, Jiang, X., Li, J., Li, B., Yang, S., He, C., Mao, S., Dang, Y. & Xiang, X., 2024, I: Computational and Structural Biotechnology Journal. 23, s. 358-368 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  10. Udgivet

    Circumtropical distribution and cryptic species of the meiofaunal enteropneust Meioglossus (Harrimaniidae, Hemichordata)

    Defourneaux, Eloïse Pauline Sarah, Herranz, Maria, Armenteros, M., Sørensen, Martin Vinther, Norenburg, J. L., Park, T. & Worsaae, Katrine, 2024, I: Scientific Reports. 14, 1, 20 s., 9296.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. Udgivet

    ClockstaRX: Testing Molecular Clock Hypotheses With Genomic Data

    Duchene, David, Duchêne, S., Stiller, Josefin, Heller, Rasmus & Ho, S. Y. W., 2024, I: Genome Biology and Evolution. 16, 4, 7 s., evae064.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Comment on “DpCoA tagSeq: Barcoding dpCoA-Capped RNA for Direct Nanopore Sequencing via Maleimide-Thiol Reaction”

    Vinther, Jeppe, 2024, I: Analytical Chemistry. 96, 1, s. 606-609 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKommentar/debatForskningfagfællebedømt

  13. Udgivet

    Comparative skull osteology of Amphisbaena arda and Amphisbaena vermicularis (Squamata: Amphisbaenidae)

    Paiva, C. L., Hipsley, Christy Anna, Müller, J., Zaher, H. & Costa, H. C., 2024, I: Journal of Morphology. 285, 5, 14 s., e21702.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  14. Udgivet

    Comparison of the DNBSEQ platform and Illumina HiSeq 2000 for bacterial genome assembly

    Hu, T., Chen, J., Lin, X., He, W., Liang, H., Wang, M., Li, W., Wu, Z., Han, Mo, Jin, X., Kristiansen, Karsten, Xiao, L. & Zou, Y., 2024, I: Scientific Reports. 14, 1, 9 s., 1292.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  15. Udgivet

    Conformational ensembles of the human intrinsically disordered proteome

    Tesei, Giulio, Trolle, A. I., Jonsson, Nicolas, Betz, J., Knudsen, F. E., Pesce, Francesco, Johansson, Kristoffer Enøe & Lindorff-Larsen, Kresten, 2024, I: Nature. 626, s. 897-904 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  16. Udgivet

    Control of Vibrio vulnificus proliferation in the Baltic Sea through eutrophication and algal bloom management

    Riedinger, D. J., Fernández-juárez, V., Delgado, L. F., Sperlea, T., Hassenrück, C., Herlemann, D. P. R., Pansch, C., Kataržytė, M., Bruck, F., Ahrens, A., Rakowski, M., Piwosz, K., Stevenson, A., Reusch, T. B. H., Gyraitė, G., Schulz-bull, D., Benterbusch-brockmöller, H., Kube, S., Dupke, S., Andersson, A. F. & 2 flere, Riemann, Lasse & Labrenz, M., 2024, I: Communications Earth & Environment. 5, 1, 12 s., 246.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  17. Udgivet

    Controlling biases in targeted plant removal experiments

    Monteux, S., Blume-Werry, G., Gavazov, K., Kirchhoff, L., Krab, E. J., Lett, Signe, Pedersen, Emily Pickering & Väisänen, M., 2024, I: New Phytologist. 242, 4, s. 1835-1845 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  18. Udgivet

    Crop management strategies shape the shared temporal dynamics of soil food web structure and functioning

    Hedde, M., Coudrain, V., Maron, P. A., Chauvat, M., Cheviron, N., Ekelund, Flemming, Mougin, C., Mary, B., Recous, S., Villenave, C. & Thébault, E., 2024, I: Agriculture, Ecosystems and Environment. 370, 11 s., 109058.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  19. Udgivet

    Cross-feeding während der Ausbreitung auf Oberflächen

    Kovács, Á. T. & Kiesewalter, Heiko T., 2024, I: BioSpektrum. 30, 1, s. 71 1 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKommentar/debatForskningfagfællebedømt

  20. Udgivet

    Cytotoxicity of Prymnesium parvum extracts and prymnesin analogs on epithelial fish gill cells RTgill‑W1 and the human colon cell line HCEC‑1CT

    Varga, E., Prause, H., Riepl, M., Hochmayr, N., Berk, D., Attakpah, E., Kiss, E., Medic, Nikola, Del Favero, G., Larsen, T. O., Hansen, Per Juel & Marko, D., 2024, I: Archives of Toxicology. 98, s. 999–1014 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  21. Udgivet

    DNA binding redistributes activation domain ensemble and accessibility in pioneer factor Sox2

    Bjarnason, S., McIvor, J. A. P., Prestel, Andreas, Demény, K. S., Bullerjahn, J. T., Kragelund, Birthe Brandt, Mercadante, D. & Heidarsson, P. O., 2024, I: Nature Communications. 15, 1, 16 s., 1445.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  22. Udgivet

    DNA metabarcoding reveals the impact of Cu2+ on soil cercozoan diversity

    Lourenço, L., Ellegaard Bager, S., Ng, D. Y. K., Sheikh, Sanea, Kindtler, Nikolaj Lunding, Nielsen, Ida Broman, Frøslev, Tobias Guldberg & Ekelund, Flemming, 2024, I: Protist. 175, 2, 9 s., 126016.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  23. Udgivet

    Deciphering unique and shared interactions between the human gut microbiota and oral antidiabetic drugs

    Ren, H., Shi, Z., Yang, F., Wang, S., Yuan, F., Li, T., Li, M., Zhu, J., Li, J., Wu, K., Zhang, Y., Ning, G., Kristiansen, Karsten, Wang, W., Gu, Y. & Zhong, H., 2024, I: iMeta. 3, 2, 9 s., e179.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKommentar/debatForskningfagfællebedømt

  24. Udgivet

    DeepLocRNA: an interpretable deep learning model for predicting RNA subcellular localization with domain-specific transfer-learning

    Wang, Jun, Horlacher, M., Cheng, L. & Winther, Ole, 2024, I: Bioinformatics. 40, 2, 10 s., btae065.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  25. Udgivet

    DiscoTope-3.0: improved B-cell epitope prediction using inverse folding latent representations

    Høie, M. H., Gade, F. S., Johansen, J., Würtzen, C., Winther, Ole, Nielsen, M. & Marcatili, P., 2024, I: Frontiers in Immunology. 15, 12 s., 1322712.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  26. E-pub ahead of print

    Dissolved organic matter offsets the detrimental effects of climate change in the nitrogen‐fixing cyanobacterium Crocosphaera

    Filella, A., Umbricht, J., Klett, A., Vogts, A., Vannier, T., Grosso, O., Voss, M., Riemann, Lasse & Benavides, M., 2024, (E-pub ahead of print) I: Limnology and Oceanography Letters.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt