Biologisk Institut

 

 
  1. 2023
  2. Udgivet

    Next Generation Sequencing Library Preparation Technologies and Applications

    Wu, Zongze, 2023, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 143 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  3. Udgivet

    Next generation sequencing facilitates the mining of genomic information in a clinical pathogen (Clostridium difficile) and the viromes of wildlife bats and rodents

    Zhao, Hailong, 2023, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 127 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  4. Udgivet

    Nitrogen fixation associated with two cohabiting moss species expresses different patterns under Cu and Zn contamination

    Sjøgren, T. D., Wang, Y. & Rousk, Kathrin, 2023, I: Environmental Science and Pollution Research. 30, s. 85701-85707 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    Nitrogen transformation processes in soil along a High Arctic tundra transect

    Guo, M., Wang, Q., Zhang, W., Jiao, Yi, Sun, B., Hou, L. & Zhu, R., 2023, I: Advances in Polar Science. 34, 2, s. 105-124 20 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  6. Udgivet

    Non-invasive investigation of the morphology and optical properties of the upside-down jellyfish Cassiopea with optical coherence tomography

    Lyndby, N. H., Murthy, Swathi, Bessette, S., Jakobsen, S. L., Meibom, A. & Kühl, Michael, 2023, I: Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences. 290, 2007, 11 s., 20230127.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  7. Udgivet

    Novel tRNA Gene Rearrangements in the Mitochondrial Genomes of Poneroid Ants and Phylogenetic Implication of Paraponerinae (Hymenoptera: Formicidae)

    Xiong, Z., He, Ding, Guang, X. & Li, Q., 2023, I: Life. 13, 10, 17 s., 2068.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  8. Udgivet

    On the origin and evolution of RNA editing in metazoans

    Zhang, P., Zhu, Y., Guo, Q., Li, J., Zhan, X., Yu, H., Xie, N., Tan, H., Lundholm, Nina, Garcia-Cuetos, L., Martin, M. D., Subirats, M. A., Su, Y., Ruiz-Trillo, I., Martindale, M. Q., Yu, J., Gilbert, M Thomas P, KU, thw266 & Li, Q., 2023, I: Cell Reports. 42, 2, 22 s., 112112.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  9. Udgivet

    On the origin of regulatory elements: Computational analyses of transposable elements in pluripotency and development

    Bakoulis, Stylianos, 2023, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 135 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  10. Udgivet

    Oral administration of helminth fluid modulates distinct tuft cell and immune-metabolic cues linked to reduced body fat

    Andersen, D., Moll, J. M., Arora, P., Danneskiold-Samsøe, Niels Banhos, Sonne, Si Brask, Workman, C. T., Williams, Andrew Richard, Kristiansen, Karsten & Brix, S., 2023, I: Parasite Immunology. 45, 7, 12 s., e12998.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. Udgivet

    Oropharyngeal Microbiota Clusters in Children with Asthma or Wheeze Associate with Allergy, Blood Transcriptomic Immune Pathways, and Exacerbation Risk

    U-BIOPRED Study Group, U. S. G., 2023, I: American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine. 208, 2, s. 142-154 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Out with a flash: Inactivation mechanism, structure and kinetics of copepod luciferases with gaussia luciferase as a representative example

    Dijkema, F. M., 2023, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 255 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  13. Udgivet

    Outer apoplastic barriers in roots: prospects for abiotic stress tolerance

    Peralta Ogorek, Lucas León, Jimenez Serna, Juan de la Cruz, Visser, E. J. W., Takahashi, H., Nakazono, M., Shabala, S. & Pedersen, Ole, 2023, I: Functional Plant Biology. 51, 11 s., FP23133.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  14. Udgivet

    Oxygen Depletion in Arctic Lakes: Circumpolar Trends, Biogeochemical Processes, and Implications of Climate Change

    Klanten, Y., Couture, R. M., Christoffersen, Kirsten Seestern, Vincent, W. F. & Antoniades, D., 2023, I: Global Biogeochemical Cycles. 37, 5, 20 s., e2022GB007616.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  15. Udgivet

    Parallel evolution of fish bi-modal breathing and expansion of olfactory receptor (OR) genes: toward a universal ORs nomenclature

    Silva, L., Mendes, T., Ramos, L., KU, thw266 & Antunes, A., 2023, I: Journal of Genetics and Genomics. 50, 8, 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  16. Udgivet

    Parental exposure to heat waves improves offspring reproductive investment in Tetranychus urticae (Acari: Tetranychidae), but not in its predator, Phytoseiulus persimilis (Acari: Phytoseiidae)

    Tscholl, T., Nachman, Gøsta Støger, Spangl, B., Scalmani, I. & Walzer, A., 2023, I: Ecology and Evolution. 13, 11, 20 s., e10748.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  17. Udgivet

    Past, Present and Future of the Aral Sea - A Review of its Fauna and Flora before and during the Regression Crisis

    Plotnikov, I. S., Aladin, N. V., Zhakova, L. V., Mossin, J. & Høeg, Jens Thorvald, 2023, I: Zoological Studies. 62, 38 s., 19.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  18. Udgivet

    Pelagic Nitrogen Fixation and Diazotrophs in the Eurasian Arctic Ocean: A Missing Piece of the Arctic Nitrogen Puzzle

    Winberg von Friesen, Lisa, 2023, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 192 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  19. Udgivet

    Pervasive incomplete lineage sorting illuminates speciation and selection in primates

    Rivas-González, I., Rousselle, M., Li, F., Zhou, L., Dutheil, J. Y., Munch, K., Shao, Y., Wu, D., Schierup, M. H. & KU, thw266, 2023, I: Science (New York, N.Y.). 380, 6648, 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  20. Udgivet

    Phage-Inducible Chromosomal Islands as a Diagnostic Platform to Capture and Detect Bacterial Pathogens

    Ibarra Chavez, Rodrigo, Reboud, J., Penadés, J. R. & Cooper, J. M., 2023, I: Advanced Science. 10, 24, 11 s., 2301643.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  21. Udgivet

    Phagotrophic Protists Modulate Copper Resistance of the Bacterial Community in Soil

    Lv, Z., Xu, M., Liu, Y., Rønn, Regin, Rensing, C., Liu, S., Gao, S., Liao, H., Liu, Y. R., Chen, W., Zhu, Y. G., Huang, Q. & Hao, X., 2023, I: Environmental Science and Technology. 57, 9, s. 3590-3601 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  22. Udgivet

    Pharmacokinetics of Locally Applied Antibiotic Prophylaxis for Implant-Based Breast Reconstruction

    Hemmingsen, Mathilde Nejrup, Bennedsen, A. K., Kullab, R. B., Norlin, C. B., Ørholt, M., Larsen, A., Bue, M., Lichtenberg, Mads, Hertz, Frederik Boëtius, Damsgaard, T. E., Vester-Glowinski, Peter Viktor, Sørensen, Søren Johannes, Bjarnsholt, Thomas & Herly, Mikkel, 2023, I: JAMA network open. 6, 12, 11 s., E2348414.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  23. Udgivet

    Pharmacological Nature of the Purinergic P2Y Receptor Subtypes That Participate in the Blood Pressure Changes Produced by ADPβS in Rats

    Silva-Velasco, R. C., Villanueva-Castillo, B., Haanes, Kristian Agmund, MaassenVanDenBrink, A. & Villalón, C. M., 2023, I: Pharmaceuticals. 16, 12, 19 s., 1683.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  24. Udgivet

    Phosphorylation of Schizosaccharomyces pombe Dss1 mediates direct binding to the ubiquitin-ligase Dma1 in vitro

    Jacobsen, Nina Louise, Bloch, Magnus Borup, Millard, P. S., Ruidiaz, Sarah Frederiksen, Elsborg, Jonas Damgaard, Boomsma, Wouter, Hendus-Altenburger, R., Hartmann-Petersen, Rasmus & Kragelund, Birthe Brandt, 2023, I: Protein Science. 32, 9, 16 s., e4733.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  25. Udgivet

    Photosynthetic capacity in seagrass seeds and early-stage seedlings of Zostera marina

    Brodersen, Kasper Elgetti & Kühl, Michael, 2023, I: New Phytologist. 239, 4, 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  26. Udgivet

    Phylogenomic analyses provide insights into primate evolution

    Shao, Y., Zhou, L., Li, F., Zhao, L., Zhang, B. L., Shao, F., Chen, J. W., Chen, C. Y., Bi, X., Zhuang, X. L., Zhu, H. L., Hu, J., Sun, Z., Li, X., Wang, D., Rivas-González, I., Wang, S., Wang, Y. M., Chen, W., Li, G. & 23 flere, Lu, H. M., Liu, Y., Kuderna, L. F. K., Farh, K. K. H., Fan, P. F., Yu, L., Li, M., Liu, Z. J., Tiley, G. P., Yoder, A. D., Roos, C., Hayakawa, T., Marques-Bonet, T., Rogers, J., Stenson, P. D., Cooper, D. N., Schierup, M. H., Yao, Y. G., Zhang, Y. P., Wang, W., Qi, X. G., KU, thw266 & Wu, D. D., 2023, I: Science (New York, N.Y.). 380, 6648, s. 913-924 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  27. Udgivet

    Physiological effects of temperature on Greenland halibut Reinhardtius hippoglossoides shows high vulnerability of Arctic stenotherms to global warming

    Ruth, A., Svendsen, M. B. S., Nygaard, R., Christensen, E. A. F., Bushnell, P. G. & Steffensen, John Fleng, 2023, I: Journal of Fish Biology. 103, 3, s. 675-683 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  28. Udgivet

    Phytoplankton diversity explained by connectivity across a mesoscale frontal system in the open ocean

    Bendtsen, Jørgen, Sørensen, L. L., Daugbjerg, Niels, Lundholm, Nina & Richardson, Katherine, 2023, I: Scientific Reports. 13, 12 s., 12117.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  29. Udgivet

    Plant YTHDF proteins are direct effectors of antiviral immunity against an N6-methyladenosine-containing RNA virus

    Martínez-Pérez, M., Aparicio, F., Arribas Hernandez, Laura, Tankmar, Mathias Due, Rennie, Sarah, von Bülow, Sören, Lindorff-Larsen, Kresten, Brodersen, Peter & Pallas, V., 2023, I: EMBO Journal. 42, 18, 17 s., e113378.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  30. Udgivet

    Plant traits and associated data from a warming experiment, a seabird colony, and along elevation in Svalbard

    Vandvik, V., Halbritter, A. H., Althuizen, I. H. J., Christiansen, C. T., Henn, J. J., Jónsdóttir, I. S., Klanderud, K., Macias-Fauria, M., Malhi, Y., Maitner, B. S., Michaletz, S., Roos, R. E., Telford, R. J., Bass, P., Björnsdóttir, K., Bustamante, L. L. V., Chmurzynski, A., Chen, S., Haugum, S. V., Kemppinen, J. & 15 flere, Lepley, K., Li, Y., Linabury, M., Matos, I. S., Neto-Bradley, B. M., Ng, M., Niittynen, P., Östman, S., Pánková, K., Roth, N., Castorena, M., Spiegel, M., Thomson, E., Vågenes, A. S. & Enquist, B. J., 2023, I: Scientific Data. 10, 1, 21 s., 578.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  31. Udgivet

    Plasmid permissiveness of wastewater microbiomes can be predicted from 16S rRNA sequences by machine learning

    Moradigaravand, D., Li, L., Dechesne, A., Nesme, Joseph, de la Cruz, R., Ahmad, H., Banzhaf, M., Sørensen, Søren Johannes, Smets, B. F. & Kreft, J. U., 2023, I: Bioinformatics (Oxford, England). 39, 7, 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  32. Udgivet

    Plasmids metagenomic: insight into their cryptic ecology

    He, Wanli, 2023, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 139 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  33. Udgivet

    Plastic debris in lakes and reservoirs

    Nava, V., Chandra, S., Aherne, J., Alfonso, M. B., Antão-Geraldes, A. M., Attermeyer, K., Bao, R., Bartrons, M., Berger, S. A., Biernaczyk, M., Bissen, R., Brookes, J. D., Brown, D., Cañedo-Argüelles, M., Canle, M., Capelli, C., Carballeira, R., Cereijo, J. L., Chawchai, S., Christensen, S. T. & 59 flere, Christoffersen, Kirsten Seestern, de Eyto, E., Delgado, J., Dornan, T. N., Doubek, J. P., Dusaucy, J., Erina, O., Ersoy, Z., Feuchtmayr, H., Frezzotti, M. L., Galafassi, S., Gateuille, D., Gonçalves, V., Grossart, H. P., Hamilton, D. P., Harris, T. D., Kangur, K., Kankılıç, G. B., Kessler, R., Kiel, C., Krynak, E. M., Leiva-Presa, À., Lepori, F., Matias, M. G., Matsuzaki, S. I. S., McElarney, Y., Messyasz, B., Mitchell, M., Mlambo, M. C., Motitsoe, S. N., Nandini, S., Orlandi, V., Owens, C., Özkundakci, D., Pinnow, S., Pociecha, A., Raposeiro, P. M., Rõõm, E. I., Rotta, F., Salmaso, N., Sarma, S. S. S., Sartirana, D., Scordo, F., Sibomana, C., Siewert, D., Stepanowska, K., Tavşanoğlu, Ü. N., Tereshina, M., Thompson, J., Tolotti, M., Valois, A., Verburg, P., Welsh, B., Wesolek, B., Weyhenmeyer, G. A., Wu, N., Zawisza, E., Zink, L. & Leoni, B., 2023, I: Nature. 619, s. 317-322 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  34. Udgivet

    Pooled analysis of frontal lobe transcriptomic data identifies key mitophagy gene changes in Alzheimer's disease brain

    Mei, T., Li, Yuan, Orduña Dolado, A., Li, Zhiquan, Andersson, Robin, Berliocchi, Laura & Rasmussen, Lene Juel, 2023, I: Frontiers in Aging Neuroscience. 15, 14 s., 1101216.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  35. Udgivet

    Possible signs of recovery of the nearly extirpated Spitsbergen bowhead whales: calves observed in east Greenland

    Tervo, O. M., Louis, Marie Georgette Yolande J, Sinding, Mikkel Holger Strander, Heide-Jørgensen, M. P. & Hansen, R. G., 2023, I: Polar Research. 42, 4 s., 8809.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  36. Udgivet

    Potential usages of A-to-I RNA editing patterns as diagnostic biomarkers

    Rodriguez Morales, D., Ilieva, M., Rennie, Sarah & Uchida, S., 2023, I: American journal of physiology. Cell physiology. 324, 4, s. C837-C842 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  37. Udgivet

    Predicting lake bathymetry from the topography of the surrounding terrain using deep learning

    Martinsen, K. T., Sand-Jensen, Kaj & Selvan, Raghav, 2023, I: Limnology and Oceanography: Methods. 21, 10, s. 625-636

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  38. Udgivet

    Prediction of Quality-control Degradation Signals in Yeast Proteins

    Johansson, Kristoffer Enøe, Mashahreh, B., Hartmann-Petersen, Rasmus, Ravid, T. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: Journal of Molecular Biology. 435, 2, 9 s., 167915.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  39. Udgivet

    Primary cilia as dynamic and diverse signalling hubs in development and disease

    Mill, P., Christensen, Søren Tvorup & Pedersen, Lotte Bang, 2023, I: Nature Reviews. Genetics. 24, 21 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  40. Udgivet

    Probabilistic modelling in genomics

    Rasmussen, Malthe Sebro, 2023, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 158 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  41. Udgivet

    Progesterone distribution in the trigeminal system and its role to modulate sensory neurotransmission: influence of sex

    Maddahi, A., Warfvinge, K., Holm, A., Edvinsson, J. C. A., Reducha, Philip Victor, Kazantzi, Spyridoula, Haanes, Kristian Agmund & Edvinsson, L., 2023, I: Journal of Headache and Pain. 24, 1, 16 s., 154.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  42. Udgivet

    Proteomic Profiling of Colorectal Adenomas Identifies a Predictive Risk Signature for Development of Metachronous Advanced Colorectal Neoplasia

    Bech, J. M., Terkelsen, Thilde Bagger, Bartels, Annette Snejbjerg, Coscia, F., Doll, S., Zhao, S., Zhang, Z., Brünner, N., Lindebjerg, J., Madsen, G. I., Fang, X., Mann, Matthias & Moreira, José, 2023, I: Gastroenterology. 165, 1, s. 121-132.e5

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  43. Udgivet

    Quantification of gene copy numbers is valuable in marine microbial ecology: a comment to Meiler et al. (2022).

    Zehr, J. P. & Riemann, Lasse, 2023, I: Limnology and Oceanography. 68, 6, 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKommentar/debatForskningfagfællebedømt

  44. Udgivet

    Quantitative Evaluation of Stem-like Markers of Human Glioblastoma Using Single-Cell RNA Sequencing Datasets

    He, Yue, Døssing, Kristina Benedikte V, Sloth, Ane Beth, He, Xuening, Rossing, M. & Kjær, Andreas, 2023, I: Cancers. 15, 5, 16 s., 1557.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  45. Udgivet

    RNA trafficking and subcellular localization—a review of mechanisms, experimental and predictive methodologies

    Wang, Jun, Horlacher, M., Cheng, L. & Winther, Ole, 2023, I: Briefings in Bioinformatics. 24, 5, 14 s., bbad249.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  46. Udgivet

    Range-wide population genomics of common seadragons shows secondary contact over a former barrier and insights on illegal capture

    Stiller, Josefin, Wilson, N. G. & Rouse, G., 2023, I: BMC Biology. 21, 17 s., 129.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  47. Udgivet

    Rapid and continuing regional decline of butterflies in eastern Denmark 1993-2019

    Bjerregård, E. B., Båstrup-Spohr, Lars, Markussen, Bo & Bruun, Hans Henrik, 2023, I: Biological Conservation. 284, 8 s., 110208.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  48. Udgivet

    Rapid protein stability prediction using deep learning representations

    Blaabjerg, Lasse Møller, Kassem, M. M., Good, L. L., Jonsson, Nicolas, Cagiada, Matteo, Johansson, Kristoffer Enøe, Boomsma, Wouter, Stein, Amelie & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: eLife. 12, 19 s., e82593.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  49. Udgivet

    Rare Catechol-O-methyltransferase Missense Variants Are Structurally Unstable Proteasome Targets

    Larsen, Fia Brunsgaard Valsted, Cagiada, Matteo, Dideriksen, J., Stein, Amelie, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2023, I: Biochemistry. 62, 8, 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  50. Udgivet
  51. Udgivet

    Reasons for the dramatic loss of Lobelia dortmanna, a keystone plant species of softwater lakes in the Northern Hemisphere

    Nielsen, S. R., Martinsen, K. T., Pedersen, Ole & Båstrup-Spohr, Lars, 2023, I: Freshwater Biology. 68, 10, s. 1673-1684 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt