Kortlægning af diversiteten af kloak-associerede bakteriearter

Normalt anser man CPE for at spredes via direkte patient-til-patient kontakt og det er ikke afklaret hvor stor en andel, der kan tilskrives smitte fra afløb. Dette ønsker vi med dette projekt at få klarhed over.

Projekttype: Master

Baggrund:
I den nationale overvågning af carbapenem-resistente enterobakterier (CPE) ser vi relativt ofte udbrud af visse typer bakterier, der normalt også kan findes i kloakker og afløb. Vi har i flere tilfælde kunne spore specifikke CPE udbrud tilbage til netop disse afløbs-reservoirs. Normalt anser man CPE for at spredes via direkte patient-til-patient kontakt og det er ikke afklaret hvor stor en andel der kan tilskrives smitte fra afløb. For at kunne uddybe dette spørgsmål nærmere, ønsker vi på sigt at lave en kortlægning af hhv. samfunds- og hospitalsreservoirs og efterfølgende bakteriel typning som beskrevet nedenfor. Men for at dette kan lade sig gøre skal der udvikles egnede metoder til prøvetagning og hurtig-screening af fundne isolater.

Formål:

1. At udvikle en metode til at isolere klinisk relevante bakterier (primært Citrobacter spp, Enterobacter spp og Klebsiella spp. Og evt også E. coli) fra kloakker
2. At afprøve en simpel PCR-typningsmetode til at opdele isolater fra kloakker/afløb i klonale grupper.
3. At sekventere og sammenligne udvalgte isolater fra kloakken og sammenligne disse med tilsvarende isolater fra vores nationale CPE overvågning.

Hypotese:

1. At afløb er tilholdssted for klinisk relevant bakterier som Citrobacter spp, Enterobacter spp og Klebsiella spp. (og måske E. coli også).
2. At der er bestemte typer (MLST-niveau), der er dominerende i kloakker/afløb.
3. At der er bestemte typer (MLST-niveau), der dominerer i kloakker/afløb uden for hospitalerne og at disse kan er forskellige fra dem man finder i infektioner hos indlagte patienter (CPE isolater og måske også isolater generelt).

Metoder:

1. Udvikle en metode til at tage biofilm-prøver i afløb og toiletter.
2. Udvikle/efterprøve metode til selektivt at opformere de relevante bakteriearter i laboratoriet.
3. Artsbestemmelse via Maldi-TOF analyse.
4. Evt. resistensbestemmelse af udvalgte isolater.
5. Eventuelt indsamling af de ovenfornævnte arter direkte fra en klinisk mikrobiologisk afdeling.
6. Udvikle/afprøve PCR metode, så som RAPD, til at se, om man kan gruppere bakterier efter klonalitet.
7. Helgenomsekventere udvalgte kloner og lave WGS analyser for at bestemme MLST typer og klonale typer. Sammenligning til kendte typer fra CPE overvågningen.
8. Evt. udføre biofilmassays på udvalgte succesfulde kloner på samme type af materiale, som de er isoleret fra (porcelæn eller rustfrit stål).

 Forventet udbytte:
En kortlægning af diversiteten af kloak-associerede bakteriearter med fokus på dem, der oftest giver infektioner hos mennesker og som især relaterer sig til de typer, vi ser i vores CPE overvågning.

Kontaktinformation:
Såfremt du ønsker nærmere information omkring projektet, kan du kontakte: Henrik Hasman, Statens Serum Institut, tlf.: 40207660.

Intern vejleder: Søren Sørensen, e-mail: sjs@bio.ku.dk